INTRODUCCIN Uno de los desafos de la gentica molecular es aislar segmentos de ADN y asignarles una secuencia y por lo tanto una posible funcin. Igualmente para el ARN, su aislamiento e identificacin son cruciales para entender los mecanismos moleculares que ocurren en la clula. Electroforesis GENERALIDADES ELECTROFORSIS EN GEL DE AGAROSA La electroforesis se define como el movimiento de molculas cargadas en un campo elctrico. El ADN est negativamente cargado. La electroforesis se realiza usando un gel (agarosa). El gel, una vez formado, tendr una malla de pequeos poros. Las molculas ms pequeas viajan ms fcilmente. Las molculas ms grandes son retardadas. El ADN se aislar de acuerdo a su tamao. Las molculas muy grandes son retenidas y la migracin no se da del todo. Electroforesis PROCEDIMIENTO VISUALIZACIN
Mezclar las cantidades correctas de Inclusin del gel de un colorante
agarosa en el buffer apropiado y verte intercalante (bromuro de etidio) dentro de una cmara/cubeta y dejar al ser Remojando el gel en el colorante dispersarse y solidificarse. despus de que se ha corrido. Colocar un peine (formacin de pocillos en el gel). El gel es despus colocado en un transilumindados, el cual emite luz Tambin se puede usar poliacrilamida UV. (aislamiento de protenas). Cualquier bromuro de etidio que Mezclar las muestras con un colorante esta conectado con el ADN se ver cargado (azul de bromofenol). fluorescente. Las molculas de ADN son analizadas junto a una muestra de ADN de peso molecular Esto se usa para fotografiar los conocido. resultados. Pureza y Concentracin de ADN
Determinacin realizada antes
de realizar experimentos Parmetros evaluados por genticos moleculares para Espectroscopa y Electroforesis evaluar la contaminacin de en gel. ADN con nucletidos, protenas o lpidos. Espectroscopa cidos nucleicos con un patrn de absorbancia de luz caracterstico. Electroforesis en gel Usado cuando se manipula ARN por su inestabilidad para evaluar su integridad y pureza. Anlisis por Transferencia Transferencia Southern Reportada en 1975. Desarrollo de anlisis de transferencia para ARN (Transferencia Northern) y protenas (Transferencia Western). Transferencia Southern Transferencia Southern Transferencia Northern Se utilizan sondas de ARN para identificar qu bandas del gel contienen secuencias complementarias a la de la sonda Se utiliza para identificar y localizar las secuencias de ARNm El gel incluye formamida, siendo un desnaturalizante Una de las ventajas del anlisis Northern es que es cuantificable. La oscuridad de la banda en el gel se refiere a la cantidad de ARNm presente Es posible medir los niveles de expresin, y con escneres densitmetros modernos Transferencia Dot el ARN no es sometido a electroforesis sino que se sita directamente sobre la membrana. No ofrece informacin sobre el tamao de las bandas del ARN hibridado Adems, si dos molculas de diferentes tamaos son detectadas, se seguir viendo como un solo punto. Por lo tanto el dot blot slo puede confirmar la presencia o ausencia de una ARN especifico que pueden ser detectados por las sondas de ARN. Transferencia Dot En un experimento particular: las clulas de levadura fueron cultivadas en un medio que contena 32P con el fin de producir radiactivo ARNt (sondas) y fueron luego asladas. Colonias de E. coli indica la presencia de un plsmido hbrido - fueron cultivadas y transferidas directamente a doce filtros de nitrocelulosa, cada uno con 95 clones. En preparacin para el sondeo, se lisaron las clulas y se desnaturalizo el ADN. El ADN del plsmido dentro de las clulas de cada clon fue el hibridado con las sondas radiactivas tRNA. En una autorradiografa, los puntos oscuros (radiactividad) indican clones portadores de genes de ARNt de levadura la hibridacin de ADN clonado se da sin una etapa de separacin. Transferencia de Western Se utiliza para un producto de Por ejemplo, al buscar la protena. expresin de una protena en Mediante electroforesis se particular en los clones. separan las diferentes Los clones seran transferidos a una membrana de nitrocelulosa protenas por su diferente en donde seran lisadas. peso molecular. un anticuerpo especfico para la protena particular, es Se transfieren a papel de aplicado a los filtros. nitrocelulosa. La autorradiografa podra el sondeo se realiza con despus localizar la presencia de los anticuerpos y por lo anticuerpos especficos para tanto indicar cul de los clones una protena particular, en contiene el gen particular y se lugar de que una sonda de est expresando. oligonucletidos radioactiva.