Bogot D.

C 9 mayo de 2017 Topologa ADN

Topologa del ADN

M. Guerrero

Universidad Distrital Francisco Jos de Caldas

Facultad de Ciencias y Educacin
Lic. En Biologa.

En la pregunta Qu es el ADN? Nos encontramos comnmente con la respuesta de que es la

molcula que contiene la informacin de la vida, y la herencia, y, es cierto, sin embargo, tambin es
ms que eso y su comportamiento no es tan lineal como se puede inferir de esta sencilla definicin,
el ADN es el responsable del desarrollo y funcionamiento de los seres vivos en general, tiene un
comportamiento que vara segn condiciones especficas y se encuentra embebido en un mundo
matemtico del que se hablar posteriormente.

Ahora, a modo de recorrido histrico se aportarn varios datos sobre el ADN. Aislado por primera
vez en 1869, por Friedrich Miescher, en 1919 Levene observ la formacin de una base nitrogenada,
una azcar y un grupo fosfato por cada nucletido, a su vez l propone una estructura en forma de
muelle (solenoide) con una repeticin fija de las bases. En 1940 Chargaff mediante experimentacin
establece las proporciones de las bases nitrogenadas que componen el ADN. Esto junto con resultados
obtenidos con difraccin de rayos X permitieron que ms tarde permitieron a Rosalind Franklin
aceptar la idea de que el ADN es una doble hlice. (Belchi-Daz, 2015)

No obstante, fueron James Watson y Francis Crick quienes, tomando como base los trabajos
realizados en el laboratorio por el propio Crick y el biofsico Wilkins, y de Franklin, desentraaron
la estructura de doble hlice de la molcula de ADN. (Belchi-Daz, 2015). A partir de este modelo,
parten varias investigaciones que han complementado la informacin de la cadena de ADN desde su
conformacin de bases nitrogenadas, adicionalmente se cambia la nocin de un comportamiento
lineal de la cadena de ADN, esto le da paso al superenrrollamiento que en resumidas cuentas se
puede entender como la capacidad del ADN de plegarse de forma tal que no ocupase gran espacio,
el cual trae consigo deformaciones graves de torsin y flexin adems de implicar un alto gasto
energtico (Mirkin, 2002)

En la doble hlice la torsin se da debido a que cada base es plana, pero al alinearse en el apilamiento
estas no lo hacen perfectamente, sino que forman un ngulo el cual se ve reflejado directamente en la
rigidez de la hlice. (Ussery, 2002). En funcin de lo anterior la primera enzima que se explica es la
topoisomerasa. Estas enzimas modifican la topologa del ADN cortando y pegando hebras, bien para
enredarlo aun ms con el fin de conseguir un mayor empaquetado, bien para desenrollarlo para que
se lleven a cabo otras funciones del ADN. Este grupo de enzimas se divide en dos tipos, las
topoisomerasas de tipo I, y las de tipo II, dependiendo de la cantidad de hebras que cortan en cada
ronda de accin. (Belchi-Daz, 2015)

Dados estos conceptos, es entonces en la seccin tercera donde aparece la demostracin de la frmula
de White, que establece una relacin entre el nmero de enlace, una cantidad topolgica; y el nmero
de enrollamiento y de retorcimiento, que son cantidades geomtricas mediante la forma: Lk(C; CV
) = Tw(C; V ) + W r(C) que explica con ms detalle la propuesta por Mirkin, 2002
A la geometra diferencial y mediante una integral. Para ello se parametriza por la longitud de arco
una de las hebras que componen la doble hlice, denotada por C, mediante la curva cerrada .
Considerando entonces V como el campo de vectores perpendicular a la curva , la otra hebra de la
doble hlice se denota por CV:= C + V , y se parametriza por la longitud de arco mediante la curva
Bogot D.C 9 mayo de 2017 Topologa ADN

cerrada . En este contexto, se considera entonces el Triedro de Frenet, y se definen los conceptos
anteriores como sigue:

Dados estos conceptos aparece la demostracin de la frmula de White, que establece una relacin
entre el nmero de enlace, una cantidad topolgica; y el nmero de enrollamiento y de retorcimiento,
que son cantidades geomtricas. Dicha relacin es la siguiente: Lk (C; CV ) = Tw(C; V ) + W r(C)
(Belchi-Daz, 2015)

A-DNA
La informacin de la cadena de manera resumida en la tabla 1 .

ADN-A
Sentido de giro de la hlice Dextrgiro
Forma y tamao Ms ancha y corta
Surco mayor Estrecho, profundo
Surco menor Amplio, no profundo
Dimetro de la hlice 2,55 nm
Unidad estructural Par de bases
Pares de bases/vuelta 11
Distancia entre pares de bases 0,23 nm
Paso de hlice o vuelta completa 2,53 nm
Rotacin por residuo 32,7
Inclinacin de los pares de bases 19
Balanceo 5,9
Alabeo 15,4
Plegamiento del azcar E C3'-endo
Conformacin enlace N-glucosdico Anti
Bogot D.C 9 mayo de 2017 Topologa ADN

Conformacin enlace C4'-C5' + Sinclinal

Tabla 1. Informacin ADN-A

= +( )

= . + (. )
= . (. )
Enrrollada:
=

Desenrrollada:
Fig1. Representacin fsica de cadena de ADN-A

= +( + )

= . + (. + )
= . + (. )
= .
B-DNA
La informacin de la cadena de manera resumida en la tabla 2 .

ADN- B

Sentido de giro de la hlice Dextrgiro

Forma y tamao Intermedia
Surco mayor Amplio, profundidad media
Surco menor Estrecho, profundidad media

Dimetro de la hlice 2,37 nm

Unidad estructural Par de bases

Pares de bases/vuelta 10,4
Distancia entre pares de bases 0,34 nm
Paso de hlice o vuelta completa 3,54 nm

Rotacin por residuo 34,6

Inclinacin de los pares de bases 1,2

Balanceo -1
Bogot D.C 9 mayo de 2017 Topologa ADN

Alabeo 11,7
Plegamiento del azcar E C2'-endo
Conformacin enlace N-glucosdico Anti

Conformacin enlace C4'-C5' + Sinclinal

Tabla 2. Informacin Cadena de ADN-B

Fig 2. Representacin grfica de ADN-B, realizada con Software de representacin biolgica

ChemBioDraw Ultra 12

19 19 19 19
= +( 1) = +( + 2)
10.4 10.4 10.4 10.4
= 1.8 + (1.8 1) = 1.8 + (1.8 + 2)
= 1.8 (0.8) = 1.8 + (3.8)
= 1 = 5.6
Enrrollada Desenrollada
Bogot D.C 9 mayo de 2017 Topologa ADN

Z-DNA
La informacin de la cadena de manera resumida en la tabla 3 .

ADN-Z
Sentido de giro de la hlice Levgiro
Forma y tamao Ms estrecha y larga
Surco mayor Sin profundidad
Surco menor Estrecho, profundo
Dimetro de la hlice 1,84 nm
Unidad estructural Dos pares de bases
Pares de bases/vuelta 12
Distancia entre pares de bases 0,53 nm (GC) / 0,41 nm (CG)
Paso de hlice o vuelta completa 4,56 nm
Rotacin por residuo 30
Inclinacin de los pares de bases 9
Balanceo 3,4
Alabeo 4,4
Plegamiento del azcar E C2'-endo (pirimidinas) / E C3'-endo (purinas)
Conformacin enlace N-
Anti (pirimidinas) / Syn (purinas)
glucosdico
+ Sinclinal (pirimidinas) / Antiperiplanar
Conformacin enlace C4'-C5'
(purinas)

Tabla 3. Informacin de la cadena.

Bogot D.C 9 mayo de 2017 Topologa ADN

Figura 3. Representacin Molecular cadena de AND-Z, realizada mediante Software de

representacin qumica Chem3D pro 12

19 19 19 19
= +( 1) = +( + 2)
12 12 12 12
= 1.5 + (1.5 1) = 1.5 + (1.5 + 2)
= 1.5 (0.5) = 1.5 + (3.5)
= 1 = 5
Enrollada Desenrollada
Bogot D.C 9 mayo de 2017 Topologa ADN

ANEXOS:

Fig5. Representacin qumica con errores estequeomtricos de la cadena de ADN- Z,

software, ChemDraw Ultra 12
Bogot D.C 9 mayo de 2017 Topologa ADN

Figura 5. Referencia cartesiana del

plano usado para la representacin de
la cadena de ADN-Z , Software Chem3D Pro
Bogot D.C 9 mayo de 2017 Topologa ADN

Figura 6. Interfaz de Software, Chem3D pro

Bogot D.C 9 mayo de 2017 Topologa ADN

Figura 7. Interfaz de Software, ChemBioDraw Ultra 12