Physalis peruviana comnmente conocida como la grosella espinosa de Cabo o bayas doradas

es una fruta tropical andina de la familia Solanaceae originaria de pases sudamericanos como
Colombia, Ecuador y Per. Physalis peruviana crece silvestre en varias partes de los Andes,
tpicamente a 2.200 metros sobre el nivel del mar. La grosella espinosa del cabo era conocida
por los incas, pero sus orgenes no son claros, despus de Cristbal Coln la grosella espinosa
del Cabo fue introducida en frica y la India [1]. En Colombia, en las ltimas tres dcadas, P.
peruviana pas de ser una especie descuidada a ser la fruta extica ms prometedora y exitosa
para los mercados nacionales e internacionales; Por lo tanto, desde 1991, el mercado de la
grosella espinosa del cabo ha estado creciendo anualmente y en 2007 las exportaciones
trajeron USD 34 millones en el pas. Los principales consumidores de la grosella espinosa de
Colombia son Europa con 97%, junto con Asia y los Estados Unidos con el 3% restante [2]. El
inters comercial en esta fruta ha crecido debido a sus propiedades nutricionales relacionadas
con alto contenido de vitaminas, minerales y antioxidantes, as como sus propiedades anti-
inflamatorias, anti-cncer y otras propiedades medicinales [3,4,5,6,7,8] . A pesar del inters
creciente en la grosella espinosa del cabo, poco se sabe sobre su diversidad gentica y
estructura de la poblacin. Las colecciones mantenidas en los bancos de germoplasma se han
evaluado parcialmente para los rasgos morfolgicos y agronmicos [9, 10, 11].

Aunque se ha informado que la grosella espinosa del cabo es una especie diploide con 2n = 48
[12]; Puede haber diferentes nmeros de cromosomas entre los genotipos ya que 2n = 24 ha
sido reportado para ecotipos silvestres, 2n = 32 para el ecotipo cultivado en Colombia y 2n =
48 para el ecotipo cultivado en Kenia [13]. La diversidad gentica de la grosella del cabo en el
nivel molecular ha sido poco estudiada, hasta donde sabemos que slo hay un reporte que
aplica marcadores dominantes RAMs (Random Amplified Microsatellites) en 43 individuos de
cinco regiones geogrficas en Colombia sugiriendo alta heterogeocidad y diversidad gentica. .
Adems, en nuestra experiencia, el uso de marcadores de microsatlites heterlogos
previamente desarrollados para varias otras especies de Solanceas no han tenido xito en la
identificacin de marcadores polimrficos en la grosella espinosa de Cabo.

Sin embargo, no se han desarrollado marcadores SSR especficos para P. peruviana. El anlisis
gentico con microsatlites es simple y robusto, aunque su identificacin y desarrollo
presentan importantes desafos en las especies emergentes [16, 20]. De acuerdo con el origen
de las secuencias utilizadas para la identificacin inicial de repeticiones simples, SSRs se
dividen en dos categoras:

Genmica SSRs que se derivan de secuencias genmicas aleatorias y EST-SSRs derivados de

secuencias de etiquetas expresadas o de secuencias de codificacin. Genmica SSRs no se
espera que no tienen ni la funcin genic ni estrecha vinculacin a las regiones
transcripcionales, mientras que EST-SSRs y la codificacin SSRs estn estrechamente
vinculados con genes funcionales que pueden influir en algunos importantes caracteres
agronmicos.

La identificacin de novo de repeticiones de secuencia simple ha implicado generalmente

secuenciacin a gran escala genmico, enriquecido en SSR genmica o EST bibliotecas, que son
costosos, laboriosos y que consume mucho tiempo. La prxima generacin de tecnologas de
secuenciacin han permitido la rpida identificacin de SSR loci derivados de tecnologas
ecolgicamente racionales que pueden ser identificados en cualquier especie emergente [17,
19, 21].
El objetivo del presente estudio fue identificar los loci polimrficos de SSR utilizando las
secuencias de transcriptoma de hojas ensambladas de un ecotipo colombiano comercial de P.
peruviana desarrollado en nuestro laboratorio
(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/67621) . Se realizaron bsquedas de repeticin
imperfectas y perfectas en regiones no codificantes o no traducidas (UTR). A partir de estos
loci, los cebadores se disearon para la amplificacin de UTR SSR loci. La eficacia de estos
cebadores se ensay mediante PCR en siete accesiones de P. peruviana, entre ellas, los
ecotipos Colombia, Kenia y Ecuador, as como una especie estrechamente relacionada Physalis
floridana. Los marcadores moleculares desarrollados aqu son herramientas valiosas para
evaluar la diversidad funcional, ayuda en la conservacin de especies y programas de
fitomejoramiento.

Identificacin de loci SSR y desarrollo de marcadores

Se utiliz una coleccin de secuencias de transcritos foliares de Physalis peruviana como

fuente para el desarrollo de SSR (base de datos TSA), nmeros de acceso GenBank JO124085-
JO157957). Las transcripciones se compararon por similitud de secuencia con la base de datos
de secuencias de protenas no redundantes de NCBI utilizando BLASTX. SSR loci fueron
buscados tanto en codificacin y no codificantes secuencias. Candidato SSR loci fueron
identificados utilizando Phobos [22], tanto en codificacin y no codificacin secuencias
utilizando perfectas e imperfectas repetir bsquedas con una longitud mnima de 18 pb para
dinucleotides, 24 pb para tri y tetranucleotides, 30 pb para pentanucleotides y 36 pb para
hexanucleotide Repite

Gene ontologa anlisis de SSR loci

Un ontologa de genes (GO) anlisis se realiz utilizando blast2go [24] con las secuencias de
transcripcin ensamblado que contiene los 30 polimrficos SSRs aqu descritos. Estas
secuencias se compararon con la base de datos UniProtKB / Swiss-Prot con un valor de corte e
de 161025.

Diseo de cebador microsatlite y anlisis PCR

Los loci SSR seleccionados para el diseo de primers se localizaron en UTRs y se identific con
una bsqueda de repeticin imperfecta para aumentar las probabilidades de encontrar
polimorfismos dentro de los individuos analizados. Utilizando esta estrategia, se disearon un
total de 162 pares de cebadores. Se obtuvo una amplificacin PCR satisfactoria para 138 (83%)
de los 162 cebadores diseados a partir de loci de microsatlites utilizando siete genotipos P.
peruviana y uno de P. floridana (Tabla 1). Polimorfismos entre los ocho genotipos se
observaron para 30 (22%) loci, mientras que los restantes 108 loci fueron monomrficos
(Figura 1, Cuadros 3 y 4].