Professional Documents
Culture Documents
Plan de lectie
1. Generalitati
2. ADN
2.1 Structura (primara, secundara, configuratia spatiala « tertiara »)
2.2 Replicare (initiere, elongare, terminare)
2.3 Reparare ADN (tipuri de leziuni, metode de reparare)
3. ARN
3.1 Structura (primara, secundara)
3.2 Transcriptia
3.3 Prelucrari postranscriptie
4. Sinteza de proteine
4.1 Cod genetic
4.2 Translatia
5. Tehnici moleculare (secventare, PCR, clonare)->LP
Sfoara!!!
1
1. Generalitati
Informatia genetica este stocata si transmisa prin intermediul acizilor nucleici.
Din punct de vedere chimic acizii nucleici sunt polinucleotide, nucleotidul reprezentand unitatea
repetitiva.
Un nucleotid este o structura complexa alcatuita din trei elemente: o baza azotata, o pentoza si o grupare
fosfat.
a. Bazele azotate care intra in alcatuirea nucleotidelor sunt de doua tipuri : baze purinice si pirimidinice:
bazele purinice sunt adenina (A) si guanina (G) :
b. O pentoza (numita si zahar) este o structura heterociclica formata din 5 atomi de carbon (penta).
Pentozele care in alcatuirea nucleotidelor sunt riboza si un derivat al acesteia deoxiriboza (careia ii
lipseste gruparea OH la C2).
2
O baza azotata atasat la carbonul anomeric (cel care nu apartine ciclului) al unei pentoze (printr-o legatura
N-glicozidica) formeaza un nucleozid. Intr-un nucleozid atomii apartinand bazei azotate sunt numerotati
cu cifre arabe, iar atomii apartinand pentozei cu cifre arabe prim.
Atasarea unei grupari fosfat la gruparea 5’–OH (printr-o leg. esterica) a unui nucleozid duce la formarea
unui nucleotid.
3
Structura generala a unui nucleotid mono/di/tri fosfat poate fi reprezentata:
Denumirea unui nucleotid contine numele nucleozidului (baza azotata si pentoza) si a numarului de
grupari fosfat atasate (MP monofosfat, DP difosfat, TP trifosfat). Daca nucleotidul contine deoxiriboza in
fata acestuia de gaseste prefixul “deoxi” notat cu “d”
Exemplu:
Acizii nucleici sunt deci polinucleotide cu structuri si roluri functionale diferite si pot fi clasificati in:
- ADN sau acizi deoxi ribonucleici care reprezinta forma de depozit a informatiei genetice si
4
- ARN sau acizi ribonucleici care reprezinta forma de transmitere si traducere a informatiei
genetice.
Informatia genetica poate fi utilizata in doua moduri:
- poate fi copiata integral fapt care determina aparitia unei noi molecule de ADN identica cu cea
initiala in procesul numit replicare sau,
- poate fi copiata doar partial ceea ce duce la aparitia unei molecule numite ARN in procesul numit
transcriptie. Transcriptia este urmata de un proces de traducere care determina aparitia unei noi
moleculele de data aceasta a unei proteine. Acest proces se numeste translatie.
“Dogma centrala” a biologiei moleculare considera ca informatia genetica trece de la ADN la ARN si se
materializeaza prin aparitia unei proteine.
2. ADN
2.1 Structura
ADN este o molecula dublu catenara (formata din doua lanturi numite catene) de dimensiuni foarte mari
si care contine intreaga informatie genetica in succesiunea nucleotidelor care il alcatuiesc.
ADN-ul prezinta, asemanator proteinelor, o organizare complexa in care se disting mai multe nivele si
anume: structura primara, secundara si “tertiara”.
A. Structura primara
Este generata de secventa de nucleotide si realizata de legatura fosfodiesterica ce se stabileste intre
gruparea 3’ OH a unui deoxi nucleotid si gruparea 5’ fosfo a deoxi nucleotidului urmator.
Prin secventa se intelege felul si ordine nucleotidelor citite, in mod conventional, in directia 5’->3’.
Nucleotidele ce alcatuiesc structura ADN sunt deoxiribonucleotide alcatuite din:
baze azotate : A, T, G, C
pentoza : deoxiriboza
gruparea fosfat
Ne putem imagina formarea unei legaturi fosfodiesterice prin reactia dintre doua nucleotide la
pozitiile 5’ si 3’:
5
Lantul polinucleotidic rezultat din legarea mai multor nucleotide se caracterizeaza prin:
- legatura 5’-3’ fosfodiesterica care determina aparitia unui lant (schelet) pe care se insera bazele
azotate. Aceasta legatura poate fi hidrolizata de enzime numite endo respectiv exonucleaze.
- are sarcina electrica negativa conferita de ionizarea gruparii fosfat la pH fiziologic
- are polaritate si sens. In acest context notiunea de polaritate (notiune diferita de notiunea de
polaritate ce desemneaza o sarcina electrica) semnifica faptul ca lantul prezinta doua capete unul
delimitat de pozitia 3’ a ribozei la care se gaseste gruparea OH si cel de al doilea de pozitia 5’ la
care se gaseste gruparea fosfat. Lantul prezinta sens adica nucleotidele sunt scrise (si citite) in
mod conventional incepand de la capatul 5’ spre capatul 3’.
6
B Structura secundara
Structura secundara a ADN arata ca acesta este format din doua lanturi polinucleotidice helicoidale
(numite catene) care se rasucesc spre dreapta, in jurul unui ax comun rezultand o structura dublu
helicoidala numita si dublu helix.
Aceasta structura este realizata de doua tipuri de legaturi:
- legaturile de hidrogen ce se stabilesc intre bazele azotate complementare situate pe lanturi
diferite orientate antiparalel (desen )
- legaturile hidrofobe (Van der Waals) ce se stabilesc intre moleculele bazelor azotate ale
aceluiasi lant
7
Exista 3 forme structurale diferite ale ADN [pamela] forma notate cu litere mari: A, B, Z.
Forma B este forma predominanat descrisa de Watson si Crick cu rasucire spre dreapta, 10 baze pe spira
(tur) si pasul de 3.4 nm.
Forma A este o forma mai compacta tot cu rasucire spre dreapta, cu 11 baze pe tur (elice) si pasul de 2.8
nm. Forma Z total diferita de primele doua este un dublu helix cu rasucire spre stanga, cu 12 baze pe tur
(elice) si pasul de 4.56 nm.
Numarul de rasuciri ale unei catene in jurul celeilalte se noteaza cu n = linking number si caracterizeaza
ADN-ul normal (numit si relaxat). Atunci cand numarul de rasuciri se modifica apar suprahelicari
(suprarasuciri sau torsiuni) care pot fi:
- pozitive atunci cand numarul de rasuciri este > decat cel normal. Suprarasucirile pozitive apar
atunci cand rasucirile ce au loc in jurul axului au aceeasi directie (spre dreapta) ca in ADN forma B ceea
ce duce la cresterea nr de rasuciri pe spira
- negative atunci cand numarul de rasuciri este < decat cel normal. Suprarasucirile negative apar
atunci cand rasucirile ce au loc in jurul axului au directie opusa fata de ADN forma B adica spre stanga.
Sinteza ADN se mai numeste si replicare si inseamna copierea integrala a ambelor catene ale ADN-ului.
In urma sintezei o catena parentala este pastrata, conservata, in fiecare nou dublu helix sintetizat, motiv
pentru care se spune ca replicarea este semiconservativa.
Replicarea este un proces amplu desfasurat pe mai multe etape succesive, fiecare etapa necesitand
“reactanti” si sisteme enzimatice specifice:
A. initierea replicarii cu separarea celor doua catene si formarea furcii de replicare
B. elongarea – sinteza propriu-zisa a noilor catene ADN
C. incheiere procesului
Pentru realizarea replicarii este nevoie de o serie de elemente:
1. modelul dupa care se va sintetiza noua catena ADN si care este reprezentat de fiecare din cele
doua catene. Catena copiata se mai numeste matrita
2. “materialele” necesare sunt reprezentate de deoxinucleotidele ce urmeaza a fi aduse, pentru
asamblarea in noul lant, conform informatiei din “matrita”. Ele sunt in forma macroergica de
nucleotid trifostat, sunt notate dNTP si sunt reprezentate de dATP, dGTP, dCTP, dTTP
3. prezenta unei “amorse”, numita si primer, adica prezenta unui capat de care sa se lege primul
nucleotid (asemanatoare capului de fermoar). Primerul este o secventa scurta de ARN ( formata
din ribonucleotide nu deoxiribinucleotide) care are rolul de a furniza o grupare 3’ OH libera la
care sa poata fi atasat primul nucleotid.
4. enzimele specifice care vor sintetiza noua catena. Ele porta numele de ADN polimeraze deoarece
functia principala este aceea de polimerizare adica de atasare succesiva a cate un
deoxiribonucleotid, printr-o legatura fosfodiesterica (vezi desen). Atasarea nucleotidelor nu
necesita energie, acestea fiind activate ADN polimerazele utilizeaza drept “cosubstrat” catena
matrita.
10
Pe langa functia de sinteza aceste enzime prezinta o functie suplimentara exonucleazica. Prin
aceasta functie ele sunt capabile sa hidrolizeze legatura nou formata. In urma actiunii
exonucleazice nucleotidul marginal poate fi indepartat. Aceasta actiune suplimentara serveste
functiei de corectare in cazul adaugarii unui nucleotid gresit “necomplementar” (C atasat gresit
adica CA in loc de TA).
5. Exista mai multe tipuri de ADN polimeraze:
a. La procariote : ADN polimeraza I. II, III
b. La eucariote: functii corespunzatoare ADN polimarazele , , , ,
ADN polimerazele difera intre ele prin: structura, viteza de sinteza si procesivitatea lor. Prin
procesivitatea se intelege numarul de deoxinucleotide adaugate inainte de detasarea polimerazei
de pe matrita. Exp. ADN P I are o viteza mai mica de sinteza decat ADN P III deoarece ea adauga
20 deoxiribonucleotide/sec fata de 1000 deoxiribonucleotide/sec in consecinta are si o
procesivitate mai mica.
Etapele procesului de sinteza a ADN-ului vor fi prezente pentru celule procariote deoarece pentru acest
tip de celule sinteza ADN a fost complet elucidata. La eucariote sinteza este mai complexa dar implica
aceleasi mecanisme
A. Initierea. Este un proces ce are loc in doua etape: a) desfacerea dublului helix si b) construirea
primerului.
a) Desfacerea dublului helix
11
Desfacerea dublului helix este realizata prin ruperea legaturilor de H, dintre bazele complementare, cu
consum de ATP, in prezenta unei enzime numite helicaze, in anumite regiuni numite ori (origin of
replication). La procariote exista o singura regiune ori, la eucariote insa replicarea incepe simultan in mai
multe puncte ori ale helixului.
Regiunile in forma de “V” formata prin desfacerea dublului helix poarta denumirea de furci de replicare.
Aceasta avanseaza in directii opuse, motiv pentru care se spune ca replicarea este bidirectionala. In
spatele furcii de replicare are loc sinteza ADN.
Pentru a impiedica reunirea catenelor in spatele furcii de replicare pe fiecare catena se ataseaza o serie de
proteine numite “single strand DNA binding proteins” (SSB) care au in plus si rolul de a proteja catena
expusa de actiunea endonucleazelor.
b) Construirea primerului [Pamela]
ADN polimeraza nu poate initia sinteza lantului complementar pe o catena matrita ci are nevoie de un
primer. Prin primer se intelege o regiune dublu catenara scurta (aproximativ de 10 nucleotide) situata la
inceputul catenei matrita care sa furnizeze gruparea OH libera la capatul 3’. Acest hidroxil functioneaza
ca acceptor al primului nucleotid adus si “lipit” de ADN polimeraza. Primerul este sintetizat de o ARN
polimeraza (primaza) (la eucariote primaza este Pol ) complementar si antiparalel cu catena matrita
rezultand un hibrid in care la A de pe matrita corespunde U pe primer.
Pe masura ce cele doua catene sunt separate in vederea copierii apar supraspiralari in directia de inaintare,
aceasta fiind blocata la un moment dat.
12
Exista enzime specifice care desfac aceste supraspiralari (rezultate prin “inghesuirea” numarului de spire)
si indeparteaza tensiunea creata de acest fenomen, numite topoizomeraze. Acestea au actiune dubla:
- endonucleazica adica rup legatura fosfodiesterica de pe una sau pe ambele catene pentru a
permite derasucirea acestora
- ligazica de resigilare adica refac legaturile rupte dupa indepartarea supraspiralarii
Sunt cunoscute doua topoizomeraze;
- Topoizomera I – care rupe o singura catena permitand trecerea celeilalte prin bresa facuta, nu
necesita ATP pentru actiunea lor si la eucarite indeparteaza atat suprahelicarile + cat si pe cele
-.
- Topoizomeraza II – care rupe ambele catene permitand rotirea capetelor libere si derasucirea
acestora, ca ulterior acestea sa fie resigilate cu consum de ATP(la eucariote).
B. Elongarea
Prin elongare se intelege adaugarea de deoxiribonucleotide, cate una pe rand, la capatul 3’OH a catenei
nou sintetizate, actiune realizata de enzime numite ADN polimeraze. Secventa de deoxiribonucleotide
adaugate este dictata de secventa din matrita si complementara cu aceasta.
Actiunea ADN ligazei este aceea de a sigila micile golurile lasate de fragmentele Okazaki prin legarea
capatului 3’OH a unui fragment cu capatul 5”-P al fragmentului vecin, legare ce necesita consum de
energie furnizata prin hidroliza ATP la AMP si PPa.
C. Terminarea replicarii
Are loc atunci cand doua bifurcatii de replicare se intilnesc venind din directii opuse.
Dimerii de timina se pot forma in celulele umane ca urmare a expunerii la raze UV. Exista unele boli
genetice in care celula nu poate repara leziunea ADN cauzata de dimerii de timina, rezultand o acumulare
a acestora si in final aparitia cancerului de piele xeroderma pigmentosa
15
Leziune generata de dezaminarea oxidativa a unor baze este reparata prin procesul “baze excizion repair”
(BER). Initial este rupta legatura N-glicozidica dintre baza azotata si riboza de catre o enzima numita N-
glicozilaza si eliminata baza alterata (U). In urma eliminarii ramane pe scheletul fosfo-ribozidic un loc
fara baza azotata denumit apiridinic. In acest loc actioneaza o endonuleaza apiridinic care indeparteaza
fragmentul fosfo-ribozidic. Golul ramas este sigilat prin actiunea a doua enzime o ADN polimeraza
neprocesiva urmata de ADN ligaza.
Leziunea ganarata de dimerii de timina este reparata prin procesul “nucleotid excizion repair” (NER).
Initial este rupta legatura fosfodiesterica de catre o endonucleaza enzima, dupa care este indepartat un mic
fragment care contin leziunea. Golul ramas este sigilat prin actiunea a doua enzime o ADN polimeraza
neprocesiva urmata de ADN ligaza.
Exemplu:
16
17