Biología Molecular

Guía 1. Replicación, reparación y recombinación del DNA.

Jonathan Cortés, Monitor.
• Replicación:
Proceso semiconservativo en el que se sintetiza una hebra de DNA (continua o discontinua) tomando
como molde una hebra parental.
• Reparación:
Proceso de corrección del DNA dañado para mantener la integridad del genoma celular.
• Recombinación:
Proceso de reorganización de genes entre pares de cromosomas alterando o no (reparación) la disposición
de genes en el genoma.

Replicación
Definiciones:
• Origen de replicación (ori): sitio específico de unión para proteínas que inician la replicación. En mamíferos
están separados por intervalos de 50 a 300kb. Estos pueden ser múltiples y el genoma humano tiene cerca
de 30.000.
• Horquilla de replicación: regiones de síntesis activa de DNA dispuestas en pares en los orígenes de
replicación (ori).
• Fragmentos de Okazaki: Pequeñas piezas de DNA (1-3 kb) que son unidas por DNA ligasa.
• Telómeros (10kb): Secuencias terminales de los cromosomas compuestas por repeticiones en tándem de
secuencias simples (TTGGGG o AGGGTT) de DNA.
Enzimas:
• Proteína iniciadora: comienza desenrollando el ori y recluta a helicasas y proteínas de unión al DNA
monocatenario.
• Helicasas: Desenrollan el DNA parental.
• Proteínas de unión al DNA de hebra simple (monocatenario): Mantienen hebra molde extendida para ser
copiada. En eucariotas es el factor de replicación A (RFA).
• Topoisomerasa (I y II): Rompe de forma reversible y une hebras del DNA para formar ejes de giro que
evitan que el sobreenrollamiento del DNA sobre sí mismo. La tipo I es monocatenaria y la tipo II
bicatenaria, separa las nuevas moléculas replicadas de DNA.
• Proteína de enganche de carga: Fijan a las proteínas de enganche deslizante al DNA en la zona de unión
del cebador y el molde. En eucariotas factor de replicación C (RFC)
• Proteína de enganche deslizante: Sitúan la DNA pol en el cebador y mantienen su asociación estable con
el molde. En eucariotas el antígeno nuclear de células proliferativas (PCNA).
• Primasa: Síntesis de fragmentos cortos de RNA que sirven como iniciadores para la síntesis de DNA (hebra
conductora y hebra tardía). Forma un complejo con DNA pol α.
• DNA polimerasa (DNApol): copia con precisión la hebra molde para formar una nueva hebra al unir los
dNTP (desoxirribonucleótidos trifosfato). Sólo sintetizan DNA en sentido 5’ – 3’ y necesitan de un cebador
para añadir dNTP e iniciar la síntesis. En procariotas, la DNA pol II y III; en eucariotas la DNA pol nuclear
(α, δ y ε) y DNA pol mitocondrial γ. En eucariotas la DNA pol δ y ε sintetizan de hebra conductora y tardía,
y en procariotas esta función la cumple la DNA pol III; ambas tienen actividad exonucleasa en sentido 3’ –
5’ que es importante en la doble lectura1.
• RNA polimerasa (RNApol): Inicia la síntesis de RNA en ausencia de cebador .
• DNA ligasa: Une fragmentos de DNA. P.e fragmentos de Okazaki.
• Exonucleasa: Elimina los cebadores de RNA. En procariotas la pol I que es bidireccional 5’ – 3’ y 3’ – 5’, y
en eucariotas la RNAasa H que es unidireccional 5’ a 3’.

Topoisomerasa I, Helicasa, Proteína de unión monocateria, Primasa y DNA pol α, cebador, proteína de engancha de carga, Fragmento
de Okazaki, DNA pol δ, DNA pol ε, proteína de enganche deslizante, Hebra conductora, Ligasa, Hebra tardía, RNA pol.

• Telomerasa: Transcriptasa inversa que cataliza la síntesis de telómeros sin hebra molde de DNA
generando múltiples copias de las secuencias repetidas. Mantienen la longitud de telómeros, lo que
 implica tener innumeralbles divisiones celulares; normalmente se inactiva o se sobre expresan en cáncer
“vida eterna”.
• Transcriptasa inversa: DNA pol que sintetiza DNA a partir de un molde RNA. *Ruptura del dogma central*.

Síntesis:
• Doble hélice dispuesta en sentido antiparalelo. Una hebra se sintetiza de forma continua (hebra
conductora) y otra discontinua con fragmentos de Okazaki (hebra tardía).
• Síntesis de DNA de translesión: Replicar a través de un punto de DNA dañado por DNA pol especializadas
que se puede corregir tras ser replicado. En E. coli participan la pol II, IV y V inducidas por extensa radiación
UV. Sustituyen pol normal que está detenida, sintetizan y luego regresan las pol normales. Tienen baja
fidelidad (1*107 o 105) y carece de actividad correctora 3’- 5’.
Fidelidad: En la replicación, la frecuencia de errores es menor a 1 por 1*109 nucleótidos incorporados, que se
regula así: enlaces de hidrógeno favorecen la formación de bases complementarias (1*102), DNA pol selecciona la
base correcta a incorporar en el nuevo DNA (1*102) y hace doble lectura por la actividad exonucleasa de DNA pol
δ y ε en eucariotas y pol III en procariotas, que elimina bases incorrectas (1*105). En la reparación del DNA se
eliminan bases desapareadas dejando menos de 1 error por cada 1*101 bases.

Reparación
Daño: Todo daño bloquea la replicación o transcripción. Luz UV causa mayoría de cánceres de piel humanos.
Tipos. Sistemas de reparación que actúan antes de la replicación para garantizar una hebra molde no dañada.

• Escisión (más importante). Reconocimiento y eliminación de DNA dañado.

- Bases únicas.
DNA glicosilasa: elimina uracilo, hipoxantina (adenina desaminada), purinas alquiladas y bases
dañadas por oxidación o radiación ionizante. Así, se incorpora por radiación o desaminación de
citosina un uracilo en el DNA (dUTP) en lugar de timina lo que produce una mutación. En la reparación
se crea un sitio AP (apirimidínico o apurínico) por actividad de la AP endonucelasa (rompe cerca de
sitio AP), que es eliminado por una desoxirribosa y rellenado por DNA pol y ligasa.
- Nucleótidos:
Eliminación de oligonucleóticos (varias bases que contienen la lesión, incluidos grupos grandes
añadidos al DNA por carcinógenos).
*Humanos: actúa el complejo XPA a XPG. Primero, XPC o XPE reconoce la lesión, se une XPA, RFA y
factor de transcripción multisubunidad TFIIH (helicasas XPB y XPD que desenrollan hasta 25 pb).
Luego, llegan las endonucleasas XPG y XPF1/ERCC1 que cortan en 3’ y 5’, respectivamente, que
eliminan hasta 30 bases. Finalmente, el hueco es rellenado por DNA pol δ y ligasa. Los defectos de la
reparación del DNA generan extrema sensibilidad de las personas a rayos UV, lo que aumenta la
susceptibilidad a múltiples cánceres de piel p.e Xeroderma pigmetosum (XP) y tricotiodistrofia.
*E. coli: actúa el complejo UvrABC (escinucleasa). Primero, UvrA reconoce el daño, recluta a UvrB y
UvrC que rompen en 3’ y 5’; y el hueco (12 a 13 bases) es rellenado por DNA pol I.
 * En levaduras actúan los genes sensibles a la radiación (RAD).

- Acoplada a la transcripción
Reparación preferente de lesiones en genes que se expresan activamente, así se evita que se detenga
la transcripción. Primero, en humanos se reconoce la RNA pol detenida por CSA y CSB, y en E. Coli por
el factor de acoplamiento de la reparación a la transcripción. Luego, se recluta a los complejos de
escisión de nucleótidos. La deficiencia de CS produce el Síndrome de Cockayne.
- Desapareamiento:
Reconoce bases no complementarias remantes luego de la eliminación por doble lectura en la hebra
complementaria. Primero, en E. coli MutS reconoce la nueva hebra por no estar metilada en la
secuencia GATC; luego, la endonucelasa MutH rompe y finalmente, MutL-MutS actúan como
exonucleasas y helicasa. En humanos se reconoce por roturas en una sola hebra de DNA replicado por
homólogos de MutS y MutL. Alteraciones en este sistema de reparación produce mutaciones
asociadas a cáncer colorectal hereditario no poliposo (HNPCC).
• Inversión directa del DNA dañado (más eficiente).
- Fotorreacctivación: Reparación de dímeros de pirimidina (luz UV) al utilizar la luz visible para romper
el anillo ciclobutano. No está en humanos.
- O6-metilguanina metiltransferasa: Agentes alquilantes forman residuos de guanina metilada (O6-
metilguanina) que cambia a GT en lugar de GC, la enzima transfiere el grupo metilo al sitio activo de
un residuo de cisteína. Este mecanismo de reparación está presente en eucariotas y procariotas

Recombinación
• Reparación de roturas de doble hebra que no altera la disposición de genes en el genoma a través de la
replicación de una hebra molde lesionada por radiación ionizante o compuestos químicos.
- Reparación recombinatoria: Une los extremos rotos de una sola molécula de DNA con pérdida de
bases cerca de la región lesionada.
- Reparación homóloga: Copia secuencia del cromosoma ileso cuando las cromátides hermanas están
unidas y reordena la información de dos cromosomas parentales. Primero, nucleasas quitan DNA en
dirección 5’ – 3’, dejando extremos colgantes que van a invadir el cromosoma parental. Luego, se
llenan los espacios faltantes por síntesis reparadora como una “molécula recombinante”. Este
proceso en eucariotas es iniciado por Rad51 y en E. coli por RecA. El reclutamiento de Rad51 por el
oncogén BRCA2 se asocia a cáncer de mama hereditario.
 • Reorganización: altera la disposición del DNA genómico.
Elementos transponibles que aportan diversidad genética descritos por primera vez por Barbara
McClintock como elementos genéticos móviles que alteran la expresión de genes adyacentes:
Referencias:
1. Henninger, E. E. & Pursell, Z. F. DNA polymerase ε and its roles in genome stability. IUBMB Life 66, 339–351 (2014).
2. Cooper y Hausman, 2005, "La Célula" (7ª ed.), Editorial Marbán, Madrid.