Interacciones ADN-proteína[editar]

Todas las funciones del ADN dependen de sus interacciones con proteínas. Estas
interacciones pueden ser inespecíficas, o bien la proteína puede unirse de forma específica a
una única secuencia de ADN. También pueden unirse enzimas, entre las cuales son
particularmente importantes las polimerasas, que copian las secuencia de bases del ADN
durante la transcripción y la replicación.

Proteínas que unen ADN[editar]

Interacciones inespecíficas[editar]

Interacción de ADN con histonas (en blanco, arriba). Los aminoácidos básicos de estas proteínas
(abajo a la izquierda, en azul) se unen a los grupos ácidos de los fosfatos del ADN (abajo a la
derecha, en rojo).
Las proteínas estructurales que se unen al ADN son ejemplos bien conocidos de interacciones
inespecíficas ADN-proteínas. En los cromosomas, el ADN se encuentra formando complejos
con proteínas estructurales. Estas proteínas organizan el ADN en una estructura compacta
denominada cromatina. En eucariotas esta estructura implica la unión del ADN a un complejo
formado por pequeñas proteínas básicas denominadas histonas, mientras que
en procariotas están involucradas una gran variedad de proteínas.8283 Las histonas forman un
complejo de forma cilíndrica denominado nucleosoma, en torno al cual se enrollan casi dos
vueltas de ADN de doble hélice. Estas interacciones inespecíficas quedan determinadas por la
existencia de residuos básicos en las histonas, que forman enlaces iónicos con el esqueleto
de azúcar-fosfato del ADN y, por tanto, son en gran parte independientes de la secuencia de
bases.84 Estos aminoácidos básicos experimentan modificaciones químicas
de metilación, fosforilación y acetilación,85 que alteran la fuerza de la interacción entre el ADN
y las histonas, haciendo al ADN más o menos accesible a los factores de transcripción y por
tanto modificando la tasa de transcripción.86
Otras proteínas que se unen a ADN de manera inespecífica en la cromatina incluyen
las proteínas del grupo de alta movilidad (HMG, High Mobility Group) que se unen a ADN
plegado o distorsionado.87 Estas proteínas son importantes durante el plegamiento de los
nucleosomas, organizándolos en estructuras más complejas para constituir los cromosomas88
durante el proceso de condensación cromosómica. Se ha propuesto que en este proceso
también intervendrían otras proteínas, formando una especie de "andamio" sobre el cual se
organiza la cromatina; los principales componentes de esta estructura serían la
enzima topoisomerasa II α (topoIIalpha) y la condensina 13S.89 Sin embargo, el papel
estructural de la topoIIalpha en la organización de los cromosomas aún es discutido, ya que
otros grupos argumentan que esta enzima se intercambia rápidamente tanto en los brazos
cromosómicos como en los cinetocorosdurante la mitosis.90
Interacciones específicas[editar]
Un grupo bien definido de proteínas que unen ADN es el conformado por las proteínas que se
unen específicamente a ADN monocatenario o ADN de hebra sencilla (ssDNA). En
humanos, la proteína A de replicación es la mejor conocida de su familia y actúa en procesos
en los que la doble hélice se separa, como la replicación del ADN, la recombinación o
la reparación del ADN.91 Estas proteínas parecen estabilizar el ADN monocatenario,
protegiéndolo para evitar que forme estructuras de tallo-lazo (stem-loop) o que sea degradado
por nucleasas.

El factor de transcripción represor del fago lambda unido a su ADN diana mediante un motivo hélice-
giro-hélice (helix-turn-helix).92

Sin embargo, otras proteínas han evolucionado para unirse específicamente a secuencias
particulares de ADN. La especificidad de la interacción de las proteínas con el ADN procede
de los múltiples contactos con las bases de ADN, lo que les permite "leer" la secuencia del
ADN. La mayoría de esas interacciones con las bases ocurre en la hendidura mayor, donde
las bases son más accesibles.93
Las proteínas específicas estudiadas con mayor detalle son las encargadas de regular la
transcripción, denominadas por ello factores de transcripción. Cada factor de transcripción
se une a una secuencia concreta de ADN y activa o inhibe la transcripción de los genes que
presentan estas secuencias próximas a sus promotores. Los factores de transcripción pueden
efectuar esto de dos formas:

 En primer lugar, pueden unirse a la polimerasa de ARN responsable de la transcripción,

bien directamente o a través de otras proteínas mediadoras. De esta forma. se estabiliza
la unión entre la ARN polimerasa y el promotor, lo que permite el inicio de la
transcripción.94
 En segundo lugar, los factores de transcripción pueden unirse a enzimas que modifican
las histonas del promotor, lo que altera la accesibilidad del molde de ADN a la ARN
polimerasa.95
Como los ADN diana pueden encontrarse por todo el genoma del organismo, los cambios en
la actividad de un tipo de factor de transcripción pueden afectar a miles de genes.96 En
consecuencia, estas proteínas son frecuentemente las dianas de los procesos de transducción
de señales que controlan las respuestas a cambios ambientales o diferenciación y desarrollo
celular.

La enzima de restricción EcoRV (verde) formando un complejo con su ADN diana.97

Enzimas que modifican el ADN[editar]

Nucleasas y ligasas[editar]
Las nucleasas son enzimas que cortan las hebras de ADN mediante la catálisisde
la hidrólisis de los enlaces fosfodiéster. Las nucleasas que hidrolizan nucleótidos a partir de
los extremos de las hebras de ADN se denominan exonucleasas, mientras que
las endonucleasas cortan en el interior de las hebras. Las nucleasas que se utilizan con mayor
frecuencia en biología molecular son las enzimas de restricción, endonucleasas que cortan el
ADN por determinadas secuencias específicas. Por ejemplo, la enzima EcoRV, que se
muestra a la izquierda, reconoce la secuencia de 6 bases 5′-GAT|ATC-3′, y hace un corte en
ambas hebras en la línea vertical indicada, generando dos moléculas de ADN con los
extremos romos. Otras enzimas de restricción generan sin embargo extremos cohesivos, ya
que cortan de forma diferente las dos hebras de ADN. En la naturaleza, estas enzimas
protegen a las bacterias contra las infecciones de fagos, al digerir el ADN de dicho fago
cuando entra a través de la pared bacteriana, actuando como un mecanismo de defensa.98
En biotecnología, estas nucleasas específicas de la secuencias de ADN se utilizan
en ingeniería genética para clonar fragmentos de ADN y en la técnica de huella genética.
Las enzimas denominadas ADN ligasas pueden reunir hebras de ADN cortadas o rotas.99 Las
ligasas son particularmente importantes en la replicación de la hebra que sufre replicación
discontinua en el ADN, ya que unen los fragmentos cortos de ADN generados en la horquilla
de replicación para formar una copia completa del molde de ADN. También se utilizan en
la reparación del ADN y en procesos de recombinación genética.99
Topoisomerasas y helicasas[editar]
Las topoisomerasas son enzimas que poseen a la vez actividad nucleasa y ligasa. Estas
proteínas varían la cantidad de ADN superenrollado. Algunas de estas enzimas funcionan
cortando la hélice de ADN y permitiendo que una sección rote, de manera que reducen el
grado de superenrollamiento. Una vez hecho esto, la enzima vuelve a unir los fragmentos de
ADN.59 Otros tipos de enzimas son capaces de cortar una hélice de ADN y luego pasar la
segunda hebra de ADN a través de la rotura, antes de reunir las hélices.100 Las
topoisomerasas son necesarias para muchos procesos en los que interviene el ADN, como
la replicación del ADN y la transcripción.60
Las helicasas son unas proteínas que pertenecen al grupo de los motores moleculares.
Utilizan energía química almacenada en los nucleósidos trifosfatos, fundamentalmente ATP,
para romper puentes de hidrógeno entre bases y separar la doble hélice de ADN en hebras
simples.101 Estas enzimas son esenciales para la mayoría de los procesos en los que las
enzimas necesitan acceder a las bases del ADN.
Polimerasas[editar]
Las polimerasas son enzimas que sintetizan cadenas de nucleótidos a partir de nucleósidos
trifosfatos. La secuencia de sus productos son copias de cadenas de polinucleótidos
existentes, que se denominan moldes. Estas enzimas funcionan añadiendo nucleótidos al
grupo hidroxilo en 3' del nucleótido previo en una hebra de ADN. En consecuencia, todas las
polimerasas funcionan en dirección 5′ --> 3′.102 En los sitios activos de estas enzimas, el
nucleósido trifosfato que se incorpora aparea su base con la correspondiente en el molde: esto
permite que la polimerasa sintentice de forma precisa la hebra complementaria al molde.
Las polimerasas se clasifican de acuerdo al tipo de molde que utilizan:

 En la replicación del ADN, una ADN polimerasa dependiente de ADN realiza una copia
de ADN a partir de una secuencia de ADN. La precisión es vital en este proceso, por lo
que muchas de estas polimerasas tienen una actividad de verificación de la lectura
(proofreading). Mediante esta actividad, la polimerasa reconoce errores ocasionales en la
reacción de síntesis, debido a la falta de apareamiento entre el nucleótido erróneo y el
molde, lo que genera un desacoplamiento (mismatch). Si se detecta un desacoplamiento,
se activa una actividad exonucleasa en dirección 3′ --> 5′ y la base incorrecta se
elimina.103 En la mayoría de los organismos las ADN polimerasas funcionan en un gran
complejo denominado replisoma, que contiene múltiples unidades accesorias,
como helicasas.104

 Las ADN polimerasas dependientes de ARN son una clase especializada de

polimerasas que copian la secuencia de una hebra de ARN en ADN. Incluyen
la transcriptasa inversa, que es una enzima viral implicada en la infección de células
por retrovirus, y la telomerasa, que es necesaria para la replicación de los telómeros.10543
La telomerasa es una polimerasa inusual, porque contiene su propio molde de ARN como
parte de su estructura.44

 La transcripción se lleva a cabo por una ARN polimerasa dependiente de ADN que
copia la secuencia de una de las hebras de ADN en ARN. Para empezar a transcribir un
gen, la ARN polimerasa se une a una secuencia del ADN denominada promotor, y separa
las hebras del ADN. Entonces copia la secuencia del gen en un transcrito de ARN
mensajero hasta que alcanza una región de ADN denominada terminador, donde se
detiene y se separa del ADN. Como ocurre con las ADN polimerasas dependientes de
ADN en humanos, la ARN polimerasa II (la enzima que transcribe la mayoría de los genes
del genoma humano) funciona como un gran complejo multiproteico que contiene
múltiples subunidades reguladoras y accesorias.106