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Volumen 1 N.

2
Julio– Diciembre 2011
ISSN: 2027 - 7415
Pág. 118
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Integración de Repositorios Digitales en salud


1
Edwin Montoya Múnera
Grupo de I+D+i en TIC – GIDITIC. Departamento de Informática y Sistemas.
Universidad EAFIT – Medellín, Colombia, Sur – América
emontoya@eafit.edu.co
2
Bernardo Augusto García Loaiza
Grupo de I+D+i en TIC – GIDITIC. Departamento de Informática y Sistemas.
Universidad EAFIT – Medellín, Colombia, Sur – América
bgarcial@eafit.edu.co

Resumen

Este artículo presenta una caracterización de los repositorios digitales dentro del contexto de las ciencias de
la salud, analizando la forma en como viene siendo almacenada, clasificada, accedida y compartida la
información médica, representada principalmente en ayudas diagnósticas. Se exploran modelos de
interoperabilidad propuestos desde estándares como DICOM, HL7 y CDA para integración entre sistemas de
información médica; modelos de metadatos y protocolos de interoperabilidad (HTTP, Dublin Core, XML, OAI-
PMH) para repositorios digitales institucionales bajo un acercamiento de integración débilmente acoplada.
Un segundo acercamiento de integración fuertemente acoplada, propone una arquitectura de computación
en malla, abordando mecanismos que permitan alcanzar la interoperabilidad ofrecida por un middleware
que sirva de enlace entre los usuarios, las aplicaciones y los recursos a compartir.

Palabras Claves: Interoperabilidad, Repositorios digitales, objetos médicos, metadatos, computación en


malla.

Abstract

This article describes digital repositories and their characterization in the context of health sciences. It
analyzes the way medical information has been stored, classified, accessed and shared, taking into account
that this information is represented mainly by diagnostic aids. The article also explore alternative
interoperability models proposed from the perspective of implementation of standards such as DICOM, HL7
and CDA for integration between medical information systems and models of metadata and interoperability
protocols (HTTP, Dublin Core, XML, OAI-PMH) for institutional digital repositories under a loosely coupled
integration approach. The article proposes a second approach of a tightly coupled integration which

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proposes an architecture based on grid computing, addressing mechanisms to verify the efficiency of
interoperability that can be offered through a middleware that serves as a liaison between users,
applications and resources to share.

Keywords: Interoperability, digital repositories, medical objects meta-data, grid computing

1. Introducción

Debido a los tipos de recursos que manejan, los repositorios de objetos médicos demandan operaciones de
almacenamiento, recuperación, visualización, procesamiento y post-procesamiento de datos y de imágenes
que pertenecen a diferentes modalidades, tales como: rayos X, resonancia magnética, tomografías
computarizadas, ultrasonido, dermatologías, patologías microscópicas, etc.

Todas ellas residen en sistemas como los PACS (Pictures Archives and Communications Systems), sistemas de
almacenamiento de archivos de las instituciones u hospitales, bases de datos relacionales, entre otros; y su
acceso es gestionado por aplicaciones que ofrecen servicios entre los que se encuentran la visualización
misma de dichos estudios, el acceso compartido entre personal médico especializado con objetivos de
generación de diagnósticos de patologías, la enseñanza e investigación.
Para todos estos objetos médicos, además de su diversidad de fuentes, es importante tener en cuenta la
definición de su información asociada con respecto a los pacientes y su cuadro clínico en particular, es decir,
los metadatos.
Una de las ventajas de gestionar objetos médicos digitales almacenados en repositorios institucionales es el
valor agregado que aporta la posibilidad de un trabajo colaborativo, tanto para los procesos de visualización,
análisis, generación de diagnósticos, investigación y experimentación científica, como para la enseñanza
médica de forma remota entre el personal médico especializado, además de la relación con pacientes. Su
naturaleza distribuida permite la coordinación de recursos de forma simultánea desde varias locaciones
geográficas, proceso en el que resulta de gran importancia la interacción entre múltiples sistemas, redes e
instituciones, aunque estas pertenezcan a diferentes dominios organizacionales y tengan diversas relaciones
de confianza entre unas y otras.

Este artículo presenta una propuesta de integración de repositorios digitales en salud (ayudas diagnósticas)
bajo un mecanismo de integración fuertemente acoplada, planteando una arquitectura de computación en
malla en donde, a través de un middleware, se aborde la complejidad que presenta la autonomía de los
diferentes repositorios digitales, la heterogeneidad sintáctica de cara a un modelo de metadatos en
medicina, la heterogeneidad semántica en cuanto a las diferentes terminologías, estándares y alternativas
de codificación clínicas empleadas.

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Para la integración, se hace necesario lograr una abstracción asociada a una variedad de tecnologías
subyacentes de almacenamiento, condiciones de interconexión de red, protocolos de comunicación en
múltiples idiomas y vocabularios controlados por diferentes comunidades en salud, que conllevan una
definición de modelos sintácticos y semánticos de metadatos que representen adecuadamente estos
objetos.

De otro lado, el enfoque de derechos de autor varía considerablemente respecto a los enfoques
tradicionales de repositorios institucionales y la eventual promoción de contenidos en acceso abierto en
repositorios de salud representa otro gran reto.

2. La Información Científica en la Salud


Desde una perspectiva de las ciencias de la salud, la información tiene una caracterización asociada a las
diversas fuentes de donde proviene, lo que deriva en una clasificación para garantizar al máximo posible un
adecuado orden en la generación, interpretación e implementación del conocimiento hacia nuevos retos. En
[1] se da a conocer una categorización que obedece a sus diversas fuentes y a los diversos propósitos con los
cuales es producida:

 La información textual en la salud, que se divide en:

Información centrada en el paciente, cuyo propósito es dar a conocer a los proveedores, administradores e
investigadores en el cuidado de la salud, las enfermedades y el estado del paciente. En ella se incluyen los
registros médicos electrónicos o historias clínicas. Los datos específicos del paciente pueden ser
estructurados (medición de signos vitales, valores de laboratorio) o narrativos (texto libre); muchas historias
clínicas contienen ambos.

Dentro de esta categoría también está la información basada en el conocimiento, que se deriva de la
investigación y experimentación científica. Se cuenta con la investigación clínica, cuya información
proporciona a los médicos, administradores e investigadores el conocimiento consecuencia de
experimentos, encaminados a nuevos descubrimientos y observaciones, que después podrán o no ser
aplicados a pacientes de forma individual.

Es frecuente encontrar esta información en libros, reportes y revistas científicas especializadas, lo que la
constituye como información o literatura primaria basada en el conocimiento. Además, también se cuenta
con los escritos que son producto de las revisiones, síntesis, opiniones y estudio de la literatura primaria. La
información de este tipo es denominada información secundaria basada en el conocimiento, en donde
tienen cabida los libros, monografías y artículos revisados en revistas y otras publicaciones.

También se incluyen las guías de prácticas clínicas, los manuales ‘de bolsillo’ como elemento básico para el
personal especializado y la información certificada en los diferentes sitios en la web. Este es el tipo más
común de literatura utilizada por los médicos.
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 Información médica no textual. Contenidos Multimedia:

Las imágenes siempre han tenido un rol importante en la práctica clínica, la investigación, la educación y en
el cuidado de la salud en general. Además de la producción científica, se cuenta también con fuentes y
ayudas diagnósticas, entre las que se encuentran los estudios médicos basados en estándares como DICOM,
en donde se asocia la información clínica textual a la no textual a través de sus reportes estructurados y su
modelo de metadatos.

Actualmente, con el crecimiento acelerado de las capacidades de Internet y sus altas velocidades en las
conexiones, se permite la entrega de video y audio sobre la red, agregando otros tipos de contenido para su
generación y distribución en medicina. Algunos ejemplos de distribución bajo demanda son los sitios (no son
i
repositorios o bibliotecas de contenidos multimedia) de Medical Gross Anatomy de la Universidad de
ii
Michigan, el de MedLinePlus en donde dan a conocer videos de procedimientos quirúrgicos o los portales
iii iv
Learn Out Loud y Med Portal .

Como ejemplo dentro del contexto de este artículo, se encuentra la Biblioteca Digital de Video Abierta
v
(Open Video Digital Library) que abarca gran cantidad de temáticas, entre ellas las ciencias de la salud.
Entrega al usuario la posibilidad de ver la información asociada del video y la posibilidad de descargarlo en
vi
diversos formatos. También cuenta con el Open Video Digital Library Toolkit (OVDLT) para construir una
biblioteca digital de video personalizada.

3. Los Repositorios Digitales, los objetos médicos

Los objetos médicos digitales constituyen un referente primordial para las labores de diagnóstico y toma de
decisiones. Se resaltan los estudios médicos, ya que el hecho de contar con una representación visual de la
sintomatología de un paciente es de gran utilidad para el diagnóstico de enfermedades, la evaluación de la
eficacia de medicamentos con fines de determinar los tratamientos más adecuados; y por supuesto, para la
investigación y enseñanza médica.

Un repositorio digital es una entidad con capacidades de almacenamiento de datos, que permite establecer
una colección y clasificación de recursos, contenidos, archivos y en general documentos de cualquier índole,
con el objetivo de obtener una administración centralizada de los datos, así como un soporte heterogéneo
de los mismos. Todo repositorio digital es autónomo, es decir, tiene sus propias funcionalidades con base en
políticas propias para el almacenamiento, búsqueda y recuperación de información. Un repositorio digital
institucional almacena la producción propia de una organización. Una de sus finalidades es proveer un

i
Medical Gross Anatomy http://anatomy.med.umich.edu/courseinfo/video_index.html
ii
MedLinePlus. Videos of Surgical Procedures http://www.nlm.nih.gov/medlineplus/surgeryvideos.html
iii
Learn Out Loud http://www.learnoutloud.com/Free-Audio-Video/Education-and-Professional/Medical#1
iv
Medical Portal Education http://www.med.ubc.ca/education/MEdPortal/
v
Open Video Digital Library http://www.open-video.org/
vi
Open Video Digital Library Toolkit http://www.open-video-toolkit.org/
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acceso a sus recursos de forma distribuida, compartiendo información, todo orientado hacia un trabajo
colaborativo entre sus usuarios.

3.1 Algunos Repositorios y bibliotecas digitales en Medicina


vii
National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disseases (NIDDK ), del Departamento de
salud y servicios humanos de los Estados Unidos. Es el encargado de llevar a cabo investigación
clínica sobre muchas de las enfermedades que afectan la salud pública, como la diabetes, las
enfermedades digestivas y renales. Posee un repositorio central para la colección de diversos datos
biológicos y clínicos. Ofrece soporte con muchos recursos a la comunidad científica, entre los que
se encuentran la investigación clínica y un centro de entrenamiento e investigación para
estudiantes y científicos. Además de lo anterior, posee un módulo de educación en salud para que
los pacientes aprendan acerca de las enfermedades y condiciones, además de buenas prácticas
para sobrellevarlas, caracterizando la prevención como aspecto fundamental.


viii
SWISS-MODEL Repository es una base de datos en donde se establecen comparaciones entre
modelos de proteínas estructuradas en 3D. El repositorio es desarrollado por el Biozentrum Basel
en conjunto con el instituto de Bioinformática Suiza, y actualmente contiene modelos
tridimensionales para secuencias, alimentado por la base de conocimientos de UnitPro, repositorio
central de datos sobre proteínas que proporciona recursos de forma libre a la comunidad científica.


ix
e-Medicina fetal – Digital Repository in Fetal Medicine . Pertenece al Centro para la Gestión del
Conocimiento de medicina fetal. Fue creado por la Unidad de Medicina Materno Fetal de la Clínica
Colsanitas y la Fundación Universitaria Sanitas. Es un repositorio digital especializado en medicina
fetal que facilita el acceso a la información científica tomando como referencia casos clínicos,
imágenes diagnósticas, videos diagnósticos y simuladores digitales en áreas como neurología,
cardiología, patología, diagnósticos prenatales y terapias, anomalías del tórax y sistemas del cuerpo
fetal.


x
Instituto de Alta tecnología médica de Antioquia (IATM)- Archivo Docente . Es un repositorio de
estudios e imágenes diagnósticas para fines estrictamente educativos. El sistema permite la
xi
búsqueda de casos representados en estudios, series e imágenes bajo el estándar DICOM ,

vii
National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disseases (NIDDK) http://www2.niddk.nih.gov/
viii
SWISS-Model Repository http://swissmodel.expasy.org/
ix
Digital repository in fetal medicine http://digitalrepository.e-medicinafetal.org/ y http://e-fetalmedicine.com
x
Instituto de Alta Tecnología Médica de Antioquia – Archivo Docente http://docencia.iatm.com.co/mirc/query
xi
DICOM (Digital Imaging and Communications in Medicine) es un estándar creado por la National Electric
Manufacturers Association (NEMA), que especifica cómo debe ser la comunicación entre los diversos
equipos y aplicaciones de imágenes médicas digitales. Siendo más específicos, el estándar consta de 18
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ofreciendo las posibilidades de visualización de los mismos a través de la web; asimismo, incluye
una descripción del caso al cual están asociados los estudios médicos y una búsqueda de las
temáticas específicas en plataformas especializadas de indexación de imágenes radiológicas y bases
de datos científicas en literatura biomédica; también da a conocer los hallazgos determinados en
los estudios, el diagnóstico, discusiones alrededor de esta información y la criticidad de las
patologías asociadas a los estudios.


xii
Fukushima Medical University Repository . Tiene como objetivo difundir los resultados de
investigación de la facultad de medicina de la Universidad de Fukushima.


xiii
Mediscan . Es un repositorio especializado en imágenes médicas, científicas y naturales. Permite la
búsqueda de imágenes en alta resolución y videos, estos últimos pueden solicitarse contactando a
los administradores.


xiv xv
ARRS GoldMiner es la biblioteca digital de la American Rontgen Ray Society , la sociedad de
radiología más antigua en los Estados Unidos. Proporciona acceso a imágenes radiológicas que han
sido publicadas en revistas científicas y bases de datos especializadas. La plataforma ha sido
construida de tal manera que entiende el vocabulario médico, usando técnicas de la U.S. National
xvi
Library of Medicine (NLM ), permitiendo descubrir conceptos médicos en fragmentos de imágenes
de texto libre y utiliza esa información para recuperar de forma rápida imágenes relevantes.
Goldminer incorpora vocabularios estandarizados como el Medical Subject Heading (MeSH, creado
también por la NLM) para la indexación de artículos y catálogo de libros, además de usar el Sistema
de Lenguaje Unificado Médico de Metatesauros (Unified Medical Language System UMLS –
Metathesaurus), también de la NLM.


xvii
YottaLook . Es un motor de búsqueda imágenes radiológicas de diversas fuentes aprobadas y de
recursos web de radiología. Tiene una funcionalidad denominada “análisis de consulta natural”,

apartados o capítulos que hablan acerca del correcto funcionamiento e interconexión de sistemas a través del
protocolo TCP/IP, cuyas funciones son la creación, almacenamiento, visualización, envío, recuperación,
consulta, procesamiento e impresión de imágenes médicas. De forma breve el estándar DICOM establece una
clasificación jerárquica para sus objetos médicos en estudios médicos, que a su vez contienen series y éstos a
su vez imágenes médicas de distintas modalidades. DICOM permite la integración de escáneres, servidores,
estaciones de trabajo, impresoras y dispositivos de interconexión de redes, todos de múltiples fabricantes
dentro de un PACS.
xii
Fukushima Medical University Repository http://ir.fmu.ac.jp/dspace/?locale=en
xiii
Mediscan http://www.mediscan.co.uk
xiv
ARRS GoldMiner http://goldminer.arrs.org
xv
American Roentgen Ray Society http://www.arrs.org/
xvi
U.S. National Library of Medicine (NLM) http://www.nlm.nih.gov/
xvii
YottaLook http://www.yottalook.com/ Medical Imaging Search Engine for Web, Journals, Teaching-Files,
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que consiste en un análisis automatizado de los términos de búsqueda ingresados para entender
mejor qué es lo que se desea encontrar. Posee también una tecnología de ontología semántica, que
consiste en un tesauro de terminologías médicas que identifica sinónimos y las relaciones entre
ellos. La ontología semántica está basada en ontologías médicas existentes para organización de
imágenes, reportes y registros médicos. Posee un algoritmo para la búsqueda de imágenes, que
diferencia los términos médicos de otras palabras o textos asociados con las imágenes médicas y
los usa para crear un ranking de búsqueda de imágenes.


xviii
SpringerImages . Es una amplia colección de imágenes científicas clínicas de alta calidad. Reúne
fotos, gráficos, histogramas, figuras y tablas, todas disponibles para las bibliotecas y los usuarios,
logrando efectuar búsquedas en línea. Permite determinar los resultados a través de la búsqueda
de frases en texto completo que se refieran a las imágenes. Incluye áreas en la biomedicina como
neurociencias, cáncer, farmacología/toxicología, bioquímica general y microbiología, entre otras.

3.2 Modelos de metadatos en repositorios de objetos médicos digitales

Los metadatos constituyen un factor relevante para la búsqueda, organización y recuperación de


información. Para diseñar un modelo de metadatos es necesario analizar qué datos van a ser almacenados,
cómo van a ser gestionados y cuál es la mejor alternativa para describirlos. Esto toma relevancia en los
sistemas y aplicaciones médicas, dado que una de sus características importantes es la recuperación de
información relevante. En el caso de las imágenes médicas, se puede estar hablando de datos relacionados
con el contenido de la imagen o con su semántica.

La implementación de un esquema de metadatos bien definido y basado en estándares permite un


intercambio de datos entre aplicaciones, dando pasos hacia la interoperabilidad. Para ello, existen varias
iniciativas representadas en estándares para interoperabilidad en metadatos, algunas de las cuales son:


xix
Open Archives Initiative (OAI)
Encaminado hacia el desarrollo y difusión de estándares para la interoperabilidad de archivos tanto en
repositorios institucionales como en bibliotecas digitales, con objetivos de distribución de contenido a través
de la web, promoviendo el acceso a recursos digitales. OAI realiza la recolección de registros de metadatos a
xx
través del protocolo OAI-PMH (Open Archives Initiative Protocol for Metadata Harvestin ). Mediante él se
pueden efectuar procesos de recolección en varios repositorios de forma concurrente, para el posterior
proceso de indexación de recursos digitales. OAI - PMH distingue dos tipos de participantes: los proveedores
de datos (data providers) que usan su framework para suministrar metadatos acerca de su contenido; y los

Images, Books and More.


xviii
SpringerImages http://www.springerimages.com
xix
Open Archives Initiative http://www.openarchives.org/
xx
Open Archives Initiative Protocol for Metadata Harvesting http://www.openarchives.org/pmh/
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proveedores de servicios (service providers) que recolectan metadatos y hacen uso de ellos en los servicios
que proporcionan. Está orientado hacia posibilitar la comunicación entre distintas entidades (sistemas de
información documental, bibliotecas digitales y repositorios), facilitando la visibilidad y accesibilidad de sus
contenidos.


xxi
Dublin Core Metadata Initiative (DCMI)

Su misión es proveer estándares para facilitar los resultados de búsquedas, distribución y administración de
la información. Está orientado al descubrimiento de recursos electrónicos. DCMI define cuatro niveles de
interoperabilidad:

La definición de términos compartidos, que tiene que ver con vocabularios compartidos en un lenguaje
natural; la interoperabilidad semántica formal sobre la cual se basan los vocabularios compartidos; la
descripción de conjuntos para la interoperabilidad sintáctica; y la descripción de un conjunto de perfiles para
interoperabilidad.

En [2] se plantea una arquitectura para la administración de datos médicos distribuidos en computación en
malla, llamada Distributed Medical Data Manager (DM2). Esta arquitectura está orientada hacia el uso de un
modelo de metadatos para acceso eficiente, seguro y flexible a los datos que están gestionados por una
infraestructura de computación en malla en medicina.

Se hace énfasis en la importancia de los metadatos, para casos en donde se requieren que sean ricos en
contenido; un ejemplo de ello es la epidemiología, que exige el estudio de amplios conjuntos de datos y de
búsquedas y comparaciones entre muchos casos similares. Hay ocasiones en donde las similitudes entre
contenidos en imágenes no es suficiente por lo que es importante tener en cuenta los metadatos de los
diferentes casos médicos y los resultados de cálculos realizados en las imágenes que poseen criterios
similares.

2
DM está diseñado como un sistema complejo de servicios de computación en malla sobre entornos
heterogéneos y geográficamente distribuidos, teniendo también relaciones de confianza establecidas entre
2
sitios médicos y un punto de acceso para sus servicios. DM usa diferentes mecanismos para la coordinación
de recursos, entre ellos un ‘caché’ para minimizar el retardo en el acceso a las imágenes médicas, y
seguridad para controlar el acceso sobre una secuencia de imágenes. Implementa operaciones sobre las
2
imágenes mediante el uso de la librería IMAGELIB. Un servidor DM accesa los servicios externos en donde
se tienen servicios de almacenamiento de imágenes DICOM y múltiples bases de datos SQL de metadatos.
Dentro del normal funcionamiento del sistema, han efectuado una clasificación de los metadatos en:

xxi
Dublin Core Metadata Initiative http://dublincore.org/ es una iniciativa para el desarrollo de estándares de
metadatos que permitan una interoperabilidad en distintos dominios o modelos de negocio.
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 Metadatos estáticos en donde están los metadatos externos que tienen relación con el paciente
(año, edad, sexo, etc.); con el hospital (departamento de radiología responsable de la adquisición,
radiólogo, etc.); con los registros médicos y la seguridad en el acceso (autorización/tipo, rol, claves
de ‘encriptación’, credenciales de acceso); y los metadatos de frontera, que son los relacionados
con la imagen (dimensión de la imagen y su codificación), el dispositivo de adquisición (dispositivo
de adquisición usado y fecha de adquisición) y la seguridad.

 Metadatos dinámicos, que son generados durante los procesos de cómputo del sistema, y que se
relacionan con el registro de operaciones de entrada, proceso y salida en el sistema (fuentes de
imágenes, algoritmos, parámetros) y la optimización de procesos en la plataforma (índice de
imágenes, ‘caché’ de consultas y de procesamiento).

Dentro de la clasificación mencionada, y también bajo la caracterización de la naturaleza de un sistema en


computación en malla, han considerado relevante enfatizar en metadatos que representen aspectos de
seguridad en su infraestructura, esto a nivel del control de acceso de usuarios, máquinas y dominios
organizacionales, ya que abarca el uso de certificados digitales, su almacenamiento y transferencia para el
establecimiento de permisos de los usuarios, en donde se aborda un control de acceso basado en roles, los
cuales otorgan ciertos privilegios u operaciones en el sistema.
xxii
En [3] se ha desarrollado un modelo de metadatos para ser usado en Epiwork’s EM , la cual es una
plataforma de integración de datos epidemiológicos que incluye entre sus cuatro módulos uno de Datasets
(conjuntos o colecciones de datos), en donde hay un repositorio para que los usuarios envíen datos
epidemiológicos, con una interfaz de búsqueda y navegación. Se ha seguido una metodología para el diseño
del modelo de metadatos que permite una descripción consistente de datasets epidemiológicos. La
xxiii
estandarización a nivel de metadatos y semántica la plantean a nivel de esquemas de codificación y
xxiv
vocabularios controlados , los cuales son esenciales para la normalización del contenido de metadatos y
encontrar la información que se busca.

Para el diseño del modelo de metadatos se ha decidido utilizar como base el estándar Dublin Core. El
repositorio EM contiene recursos relevantes y su descripción asociada para estudios epidemiológicos, por lo
que es necesario incluir elementos específicos de metadatos para una descripción informativa de estos tipos
de recursos.
Uno de los retos a los que se enfrentaron fue a la naturaleza interdisciplinar de los estudios epidemiológicos,
sus recursos relacionados y sus colecciones de datos (datasets) que son muy heterogéneas.

xxii
Epidemic Marketplace repository http://www.epimarketplace.net/
xxiii
Los esquemas de codificación permiten la estandarización de formatos de objetos digitales para definir en
qué formatos deben ser grabados.
xxiv
Un vocabulario controlado es en su forma más simple definir un listado de términos preferidos bajo un
dominio o contexto en particular.
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En [4] se da a conocer un sistema de archivos de código abierto que brinda acceso a imágenes, combinando
las capacidades de transferencia de las mismas bajo el estándar DICOM con la tecnología web de las
bibliotecas digitales tomando como referencia el National Library of Medicine’s Insight Segmentation and
xxv
Registration Toolkit (ITK) .

Se ha combinado entonces las fortalezas de DSpace como plataforma para repositorios digitales con las
fortalezas del estándar para imágenes médicas DICOM, con el fin de facilitar la distribución y utilización de
los datos asociados a las imágenes médicas. Es así como se ha implementado una biblioteca digital DICOM
mediante la creación de filtros en DSpace (DSpace Media Filters) para soportar los formatos de archivos de
las imágenes médicas, además de la implementación de un explorador de archivos DICOM.

Se ha extendido la funcionalidad de DSpace para soportar la anonimización de estudios DICOM, así como la
subida de los mismos, y otros formatos comunes de imágenes soportados por ITK como Analyze y
MetaImage. Una imagen en 3D puede estar conformada por cientos de segmentos almacenados en un
archivo de objetos DICOM separado. Estos filtros que se han definido junto con los métodos de
anonimización, soportan el procesamiento por lotes de múltiples archivos DICOM almacenados en un solo
archivo comprimido.
xxvi
Se ha enlazado DSpace con Dicom Toolkit (DCMTK ) para que los archivos DICOM que han sido subidos a
DSpace estén disponibles a través de operaciones DICOM de consulta y recuperación. Para esto último, se
ha desarrollado una plataforma que opera de forma local (stand-alone) y permite a las aplicaciones leer
archivos DICOM desde un servidor DICOM remoto o desde un medio local de almacenamiento.

4. Estándares de terminología en medicina: un paso más hacia la interoperabilidad

Un elemento importante son los múltiples idiomas, terminología y/o vocabularios clínicos controlados por
xxvii
diferentes comunidades en las ciencias de la salud. Dicha heterogeneidad semántica lleva a definir

xxv
National Library of Medicine’s Insight Segmentation and Registration Toolkit (ITK), es una plataforma
libre que proporciona a los desarrolladores un extensivo conjunto de herramientas para análisis de
imágenes, empleando algoritmos para registro y segmentación de datos multidimensionales.
http://www.itk.org/
xxvi
Dicom Toolkit - DCMTK es una colección de librerías y aplicaciones que implementa gran cantidad del
estandar DICOM. Incluye software para examinar, construir y convertir
archivos de imágenes DICOM, gestionar recursos en forma ‘offline’, enviar y recibir imágenes sobre una
conexión de red, entre otras funciones.
xxvii
Heterogeneidad semántica, asociada a los diferentes dominios significativos de los modelos, que
proporcionan la semántica para cada elemento de los mismos y contienen lenguajes de expresión o
entidades, en el caso de los modelos de metadatos
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modelos sintácticos y semánticos de metadatos, que representen de forma adecuada los objetos médicos
digitales en los repositorios en salud.

Se destaca la existencia de diversas iniciativas y estándares para la interoperabilidad. Estas iniciativas están
concebidas en beneficio de la homogeneidad a nivel de terminología clínica en los diferentes dominios de la
medicina y en sincronía con los diferentes sistemas, servicios y aplicaciones, para ayudar en parte al acceso y
manejo transparente de la información médica. Algunos estándares y normas son:


xxviii
Health Level Seven (HL7) , es el estándar para la interoperabilidad de tecnologías de información y las
comunicaciones en el cuidado de la salud. Proporciona un framework para el intercambio, integración,
distribución y recuperación de información digital en el campo de la salud, como apoyo a la práctica,
administración, entrega y evaluación de servicios. Su objetivo es reducir la ambigüedad y mejorar la
transferencia de conocimiento entre todos los miembros que hacen parte del flujo de trabajo en la
prestación de servicios en el sector de la salud. Abarca dominios como los de los proveedores de
servicios de salud, agencias gubernamentales, la comunidad de fabricantes de dispositivos médicos,
pacientes, personal médico especializado, entre otros. Level Seven hace referencia a los siete niveles del
xxix
modelo OSI (Open Systems Interconnection ), generado por la ISO (Organization for Standarization).


xxx
Unified Medical Language System – UMLS (Sistema Unificado de Lenguaje Médico) . Desarrollado por
la Biblioteca Nacional de Medicina (National Library of Medicine - NLM). Está orientado hacia la
distribución e integración de terminología, de estándares de codificación, clasificación y recursos
xxxi
asociados, para promover la creación de sistemas de información biomédicos y servicios
interoperables, entre ellos, los registros clínicos electrónicos.

Es un conjunto de archivos y software que, junto con estándares y vocabularios biomédicos y de salud,
brindan interoperabilidad entre sistemas informáticos. Se puede utilizar en el desarrollo de
funcionalidades en aplicaciones médicas, como el registro clínico electrónico, entre otras. Otro de sus
grandes alcances es la integración de la información en salud que proporciona, permitiendo vincular lo
que son términos médicos, nombres de medicamentos y códigos de facturación a través de diferentes
sistemas informáticos.

xxviii
Health Level Seven (HL7) http://www.hl7.org/
xxix
OSI. Modelo de interconexión de Sistemas abiertos, creado como marco de referencia para la definición
de arquitecturas de interconexión de sistemas abiertos.
xxx
Unified Medical Language System http://www.nlm.nih.gov/research/umls/
xxxi
Un sistema médico de información está orientado a las funcionalidades de administración y gestión
integral de datos e información concerniente al cuidado de la salud. Algunas de sus funcionalidades abarcan
los siguientes contextos: dominio del paciente, del profesional de la salud, del cuidado de la salud y de la
administración clínica. Los sistemas médicos de información deben utilizar estándares que faciliten el
intercambio electrónico de sus datos, para compartir información sin importar si un usuario pertenece a un
proveedor de servicios de salud o a otro.
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UMLS posee muchos otros recursos, entre ellos: búsqueda y recuperación de información, minería de
datos, reporte de estadísticas e investigación en terminología.


xxxii
RSNA RadLex . Es una fuente unificada de términos de radiología para organizar y recuperar imágenes
en línea, reportes de las mismas y registros médicos. Creada por la Sociedad Radiológica de Norte-
américa (Radiological Society of North America – RSNA). Es libre y disponible para la comunidad y ha
sido desarrollada dentro de una ontología de radiología específica y estructurada. En la práctica clínica
de radiología, RadLex permite llevar un orden de las imágenes en los exámenes, utilizando la
información de los reportes radiológicos, además de que hace posible que esta sea usada de forma
eficaz con propósitos de investigación y enseñanza.


xxxiii
Medical Subject Headings (MeSH) . Creado por la NLM. Es un tesauro que consiste en un conjunto de
términos descriptores de nombres organizados de forma alfabética y en estructura jerárquica que
permiten efectuar búsquedas en diferentes niveles de especificidad. Posee cerca de 26.142 términos
descriptores y 177.000 términos de entrada. Es utilizado para indexar artículos de las principales
revistas biomédicas alrededor del mundo, y la base de datos de productos de la NLM en donde están las
funcionalidades de catálogo de libros, documentos y recursos audiovisuales. Cada referencia
bibliográfica se asocia con un conjunto de términos MeSH que describen el contenido del artículo.
Asimismo, las consultas usan un vocabulario MeSH para encontrar artículos de un tema deseado.


xxxiv
RxNorm es una nomenclatura estandarizada de medicamentos clínicos en donde se les proporcionan
nombres normalizados y se vincula su nombre a muchos de los vocabularios de medicamentos
utilizados en la administración farmacéutica y en la interacción de software de medicamentos,
permitiendo comunicación entre sistemas que no usan el mismo software y vocabulario. RxNorm
responde a la necesidad de una nomenclatura estandarizada para el fluido intercambio de información,
ya que actualmente los sistemas de información de medicamentos comercialmente disponibles, siguen
convenciones de nombres diferentes.


xxxv
SNOMED Clinical Terms . Es el sistema de nomenclatura en medicina, disponible en cualquier
lenguaje, siendo un vocabulario clínico muy comprensivo. Es orientado a conceptos y tiene una
estructura muy avanzada que reúne los más aceptados criterios para una terminología bien constituida.
Ha sido diseñada como una norma en Estados Unidos para el intercambio de información electrónica en
salud en especificaciones de interoperabilidad.

xxxii
RSNA Informatics RadLex. http://www.rsna.org/Informatics/radlex.cfm
xxxiii
Medical Subject Headings MeSH http://www.nlm.nih.gov/pubs/factsheets/mesh.html
xxxiv
RxNorm http://www.nlm.nih.gov/research/umls/rxnorm/index.html
xxxv
SNOMED CT http://www.nlm.nih.gov/research/umls/Snomed/snomed_main.html
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En [5] se ha desarrollado un sistema para la recuperación por contenido en un banco de imágenes


xxxvi
médicas . La aplicación ofrece acceso a una colección de imágenes de histología, para el estudio de la
morfología de los tejidos de los órganos. Se brindan herramientas de búsqueda, tanto por palabras claves
como por el contenido visual de las imágenes, logrando localizar las imágenes similares acorde a criterios
como los colores, los bordes o las texturas, además de métodos para el procesamiento de imágenes y
algoritmos de búsqueda basados en el contenido de las imágenes.

En [6] la Facultad de Medicina Austral de Chile (UACh) ha efectuado la producción de múltiples objetos de
xxxvii
aprendizaje en contenidos anatómico-clínicos y organismos patógenos utilizando una metodología de
construcción colaborativa, para asegurar la calidad y reutilización de los recursos desde una perspectiva
pedagógica. Estos objetos de aprendizaje han sido catalogados e indexados en un repositorio de contenidos
xxxviii
educativos para medicina, para lo cual utilizan una plataforma de repositorios de objetos de aprendizaje
xxxix
denominada Medical Learning Object Repository (MELOR) basada en Dspace y soportada bajo el
estándar de metadatos Dublin Core. MELOR permite que los profesionales e investigadores en el área de la
salud puedan subir recursos tales como artículos, videos, fotos, entre otros. Básicamente, describen los
pasos para la construcción de sus objetos de aprendizaje y la forma de alojarlos en MELOR.

5. Metadatos en Computación en Malla

En [7] se referencia la administración de metadatos (Metadata Management) dentro del contexto del
servicio de administración de datos (Data Management) en una infraestructura de computación en malla. La
razón principal para describir los datos es la enorme cantidad de ellos que pueden residir en una
infraestructura de computación en malla, y es por eso que técnicas tradicionales como las consultas SQL y
xl
nombrar los archivos directamente no son suficientes. Además, el grado de heterogeneidad de un DataGrid
es tal que difieren en términos de formatos de almacenamiento, en su representación y en los mecanismos
en como son controlados, por lo que el descubrimiento se hace más difícil cuando se presentan diversos
datos que no pueden ser accedidos de manera uniforme.

xxxvi
Sistema para la recuperación por contenido en un banco de imágenes médicas
http://www.bioingenium.unal.edu.co/pagpro.php?idp=bimed&lang=es&linea=3
xxxvii
Objetos de aprendizaje son entidades o recursos digitales desarrollados para la generación de
conocimiento, habilidades y actitudes en función de algunas necesidades específicas de un individuo o
grupo de trabajo. Pueden ser reutilizados en educación y/o entrenamiento. Usualmente son incorporados
dentro de una plataforma, repositorios o sistemas de gestión de aprendizaje.
xxxviii
Repositorios de objetos de aprendizaje son sistemas que permiten almacenar, referenciar, intercambiar y
etiquetar los objetos que contienen para hacerlos accesibles
xxxix
Medical Learning Object http://gilt.isep.ipp.pt:8080/melor/
xl
DataGrid es un término que plantea la utilización de una infraestructura de computación en malla, para el
análisis, procesamiento y/o cálculo intensivo de datos (a menudo científicos); enormes bases de datos
compartidas a través de dominios organizacionales, en donde se trabajan con desde cientos de Terabytes a
Petabytes.
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En la computación en malla se ha efectuado una clasificación de metadatos:

 Metadatos físicos, en donde se tienen en cuenta las características físicas de almacenamiento y


propiedades acerca de los datos y objetos, como su tamaño, localización, tiempo de creación,
propietario-creador, fecha de creación y su formato o tipo de archivo.

También se ha hecho énfasis en los tipos de datos naturales o nativos en donde cada sistema tiene
su propia definición de tipos de datos; por ejemplo, los sistemas relacionales de bases de datos
MySQL y Oracle nombran de manera distinta un mismo tipo de dato (char y varchar para referirse a
atributos que están formados por cadenas de caracteres).

 Metadatos de réplica. Registran la información de los datos u objetos que están almacenados en
diferentes sistemas de archivos o bases de datos. Para ello se registra un enlace lógico entre el dato
u objeto y su réplica.

 Metadatos de dominio. Describen el tipo de dato usado por los atributos explícitamente en el
dominio en el que se generan los datos. Debido a la gran cantidad de campos o temáticas, los
términos y conceptos usados para este tipo de metadatos aún están en desarrollo. Un ejemplo
(aunque no en el campo de la medicina) son las palabras té, café y bebidas. Puede haber gran
variedad de tés y muchas formas de preparar café, abordados por las clases té y café, pero
‘bebidas’ es una superclase que aborda a estas dos. Estos metadatos de dominio son muy
importantes en la heterogeneidad semántica que se ha mencionado con anterioridad.

 Metadatos de usuario. El usuario es quien crea, utiliza o modifica los datos y los metadatos. Se
encuentra información personal, como su nombre, dirección, correo electrónico, entre otros
atributos. El uso de metadatos facilita la gestión de los privilegios de un usuario, dado que puede
estar dentro de determinado grupo o tener roles específicos, lo que le dará derecho a acceder a
recursos y control sobre cierta parte de ellos.

 Metadatos de aplicaciones. Las aplicaciones generan datos, y a su vez estos son elementos de
entrada y salida para otras aplicaciones. Los metadatos de aplicación pueden representar
contenidos de datos, el ambiente bajo el cual fueron producidos los datos o alguna información
particular acerca de operaciones específicas.

 Metadatos de recursos. Los recursos son importantes en la administración de datos, y son utilizados
para crearlos, almacenarlos y transferirlos. Sus metadatos describen información tal como dirección
de acceso, localización física, tipo de recurso e incluso si están bajo a algún tipo de política o
mecanismo, como una lista de control de acceso.

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En la computación en malla, los metadatos pueden ser almacenados en una base de datos y accesados a
través de sentencias SQL o en un archivo XML. La primera opción es la más viable, dada la escalabilidad. Por
su flexibilidad, XML puede describir una estructura de datos independiente de la plataforma. En la
recuperación de información o de objetos, los metadatos desempeñan un papel muy importante dado que
en las consultas se pueden especificar características acerca de los objetos o colecciones de datos deseadas.
Esta consulta es enviada a un catálogo de metadatos que hará una correlación de la consulta a los datos y a
los atributos asociados.

6. La integración como problemática

Haciendo énfasis en la información médica que es producida, intercambiada, interpretada y procesada a


diario en las diferentes instituciones, es de primordial importancia que la coordinación de estas operaciones
sea consistente y coherente sin importar la heterogeneidad de las entidades que están involucradas en las
mismas; es aquí en donde toman un rol relevante los estándares y protocolos en la unificación de diferentes
servicios.

Otro aspecto a tener en cuenta es el soporte de múltiples modalidades en un repositorio; allí cada una de
ellas posee su propio modelo de información asociado y orientado hacia una estructura de datos en
particular, pues los objetos médicos pueden manejar la información de forma distinta, teniendo para ello
diferentes medios de almacenamiento subyacentes y requerimientos particulares a nivel de su despliegue.

También de cara a la interoperabilidad, los repositorios de objetos médicos deben poder ser trasladados de
un ambiente de operación a otro, con el objetivo de obtener una independencia en la relación entre el
sistema operativo y el entorno de desarrollo que los soporta. Además de ello, su utilización debe ser lo más
sencilla y amigable posible.

Diferentes propuestas y trabajos han planteado estrategias para la coexistencia de múltiples modalidades y
su interacción con otros repositorios médicos. Las experiencias son muchas, pero en gran medida están
orientadas hacia el campo de las imágenes médicas.

En [8] se habla acerca de un entorno para compartir, procesar y organizar los datos de imágenes médicas de
acuerdo a un framework en el que los reportes estructurados son relevantes.

Es muy importante señalar que han utilizado un middleware llamado TRENCADIS (Toward a Grid
Environment for Processing and Sharing DICOM objects - Hacia un entorno Grid para el procesamiento y la
distribución de objetos DICOM) que permite la administración de reportes estructurados DICOM, compartir
imágenes médicas, además de ofrecer al usuario la gestión de múltiples dominios administrativos,
‘encriptación’ y ‘desencriptación’ de datos y la indexación semántica de imágenes. Los datos son
estructurados en cuatro niveles: datos globalmente disponibles, almacenamiento virtual de estudios

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compartidos a través de un dominio vertical, subconjuntos de datasets(conjuntos de datos) para proyectos o


experimentos de almacenamiento virtual y búsquedas sobre esos datasets que están virtualizados.

Es de destacar la idea de que existan una o varias comunidades que se constituyan en Organizaciones
xli
Virtuales (Virtual Organization - VO) en donde los usuarios negocien recursos, establezcan, administren y
exploten relaciones de confianza; una VO abarca esos recursos heterogéneos. Para que exista una VO, debe
haber un middeware Grid (computación en malla) que brinde una abstracción de todos esos elementos,
permita su acceso al mismo tiempo a los servicios y facilite el uso de los mismos.

En [9] se señala que la interoperabilidad de metadatos es un prerrequisito para el acceso uniforme a objetos
multimedia en diversos sistemas de información autónomos y heterogéneos. Los autores abordan el tema
de la heterogeneidad semántica y estructural que existe entre metadatos que son almacenados o provienen
de diversos repositorios.

Han dado a conocer la heterogeneidad estructural que ocurre entre las incompatibilidades de distintos
modelos al momento de definir elementos como su denominación, identificación y restricciones, teniendo
en cuenta incompatibilidades como las de infraestructura en telecomunicaciones, plataformas de hardware,
software, entre otras.

Por otra parte, está la heterogeneidad semántica que es asociada a los diferentes dominios significativos de
los modelos de metadatos, los cuales contienen lenguajes de expresión o entidades que aportan la
semántica para cada elemento dentro del modelo. Es decir, la semántica de los elementos en un modelo
está fuertemente ligada a su dominio o contexto en el que estén orientados tanto sus objetos como los
metadatos.

En [10] se ha propuesto un middleware inteligente que plantea una arquitectura del conocimiento basada
en dos capas, cuyo objetivo es integrar aplicaciones del cuidado de la salud heterogéneas de forma
dinámica. La primera capa tiene que ver con la integración de fuentes de datos basada en ontologías y en un
API (Application Program Interface) de metadatos, por medio de la cual las aplicaciones entienden y
trabajan fuentes de datos heterogéneas de forma dinámica y transparente. Una vez se tienen los recursos
unificados, la segunda capa hace énfasis en la configuración de aplicaciones basadas en estándares de
integración de flujos de trabajo, facilitando la comunicación e interoperabilidad entre aplicaciones clínicas y

xli
Organización Virtual (Virtual Organizations - VO): Desde la perspectiva de la anatomía de Grid
computing, es una colección dinámica de múltiples organizaciones compartiendo recursos de forma
coordinada, tales como hardware, sistemas operativos, ancho de banda y aplicaciones. En cuanto tal,, una VO
es una colección de recursos heterogéneos en donde el objetivo es proveer a los participantes de un entorno
colaborativo altamente controlado desde el punto de vista federativo, siendo necesario definir proveedores de
recursos y consumidores de los mismos, teniendo especial cuidado de qué se está compartiendo, a quién se le
permite compartir y bajo qué condiciones.
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del cuidado de la salud. Se han utilizado estándares como DICOM y HL7 y mecanismos como warehousing,
federación de bases de datos y middleware’s, todo con el objetivo de proporcionar una vista física o virtual
de la integración de los datos. Se ha realizado un análisis en donde han detectado algunos desafíos a nivel
de integración de aplicaciones en el cuidado de la salud, señalando que inicialmente las API usadas por
aplicaciones del cuidado de la salud, son la principal barrera para un avance entre la comunicación y la
interoperabilidad entre diferentes aplicaciones. Las diversas representaciones de información y significados
en diferentes aplicaciones y en sus diferentes sintaxis en fuentes de datos heterogéneas, han provisto una
falta de coordinación semántica en la interoperabilidad.

En [11] se resalta la importancia de mantener la integridad y la calidad de los datos e imágenes en 2D, 3D y
4D de diversas modalidades como tomografías computarizadas, rayos x, ultrasonidos, imágenes de
dermatología, de patologías e histologías. Esta integridad es importante dado que todas ellas requieren de
efectivas técnicas de procesamiento y organización, teniendo en cuenta que algunas son complejas por
naturaleza, y en muchos casos, los radiólogos y médicos deben examinarlas de forma convencional
basándose en su experiencia y conocimiento; es por ello que se considera necesario integrar en un ambiente
xlii xliii
computacional las técnicas de recuperación y registro de imágenes . Las operaciones de registro y
recuperación de imágenes basadas en contenido (Content-based image retrieval - CBIR) pueden ser
integradas y complementarias entre sí, pues comparten ciertos pasos para el procesamiento de imágenes.

Otra propuesta de integración se da a conocer en [12] con la experiencia adquirida en el proyecto del Banco
Biológico Nacional de Corea (National Biobank of Korea - NBK), que permite consolidar varios recursos
biomédicos de origen humano recolectados de forma individual por hospitales y posteriormente los integran
con la información clínica de los donantes. Dichos recursos biológicos se encuentran clasificados dentro de
cuatro enfermedades: enfermedades de los órganos digestivos, enfermedades pulmonares, cáncer y otras
enfermedades.
Un primer paso fue el desarrollo de un Sistema de Información Clínico (Clinical Information System - CIIS)
para el NBK, que extrae automáticamente datos clínicos desde los sistemas de información en otros
hospitales. El CIIS del NBK mantiene la independencia de los hospitales individuales, empleando un enfoque
de dos capas, una de las cuales se encarga de todos los aspectos específicos de un hospital. La
interoperabilidad es alcanzada gracias a la adopción del estándar HL7 v2.x, destacando el intercambio de

xlii
La Recuperación de imágenes consiste en encontrar imágenes similares (pueden no ser exactas) a partir de
un archivo de imagen, basando la búsqueda en su contenido visual o textual. Para ello se toman como
referencia algunos atributos claves asociados con las imágenes o propiedades inherentemente contenidas en
ella.
xliii
Registro de imágenes, es el establecimiento de correspondencias o coincidencias entre imágenes o entre
una imagen y el espacio físico. Esto implica encontrar la transformación que tienen imágenes diferentes de la
misma parte del cuerpo en estricta congruencia espacial y temporal. Es usada para combinar información
entre múltiples modalidades de imágenes y monitorear cambios en la evolución de los pacientes; también es
una técnica que sirve de guía en las cirugías y para comparar anatomías de forma individual.
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mensajes entre el NBK y los demás hospitales. El NBK consolida varios tipos de recursos biomédicos e
información clínica de sus donantes, datos que han sido recolectados por proveedores de salud individuales
dispersos a lo largo de Corea, dentro de repositorios manejados por Bancos Biológicos Regionales (Regional
Biobanks – RBs), que se encuentran establecidos y distribuidos dentro de seis hospitales de tercer nivel,
encargándose de las regiones específicas que tienen a cargo acorde a su localización.

Los bancos biológicos regionales operan en un entorno computacional completamente diferente, así como
también manejan una tecnología y sistemas de información de codificación clínica distintos, por lo cual se
requirió el uso de tecnologías estándares para maximizar la interoperabilidad del sistema.

Un gran reto era respetar la autonomía, independencia y manejo de recursos de los sistemas de información
de los hospitales, es decir, de los bancos biológicos regionales. Las interacciones entre ellos y el NBK podrían
agregar cargas adicionales a los sobrecargados sistemas regionales de información.

Tiempo después, se efectuó la integración del NBK con otro banco biológico nacional también localizado en
Corea, denominado National Human Pathogen Bank of Korea – NHPBK [13]. Allí se enfocaba solamente en
patologías, como virus y bacterias.

Entre los dos bancos biológicos, no sólo comparten una arquitectura en común sino que también gestionan
la integración de diversos recursos biomédicos, pues cada uno de los dos bancos cuenta con la participación
y el incremento dinámico de otros bancos de la misma naturaleza.

Es entonces como se adoptó el estándar Koreano de Terminología en Medicina (Korea Standard Terminology
of Medicine KOSTOM) [14], desarrollado por el National Health Information Standard Committee of Korea,
que fue esencial para la transmisión de datos entre instituciones del cuidado de la salud o laboratorios
clínicos. La estandarización de los términos usados en laboratorios clínicos es de vital importancia en la
interoperabilidad.

El estándar se ha centrado inicialmente en homogeneizar algunos conceptos y terminologías usados en


centros de salud, sus oficinas sucursales y demás unidades médicas de emergencias. El intercambio de
mensajes está basado en la codificación que provee el message framework (framework de mensajes) HL7
v2.x y el intercambio de información clínica para la conformación de una arquitectura de documentos
xliv
clínicos (Clinical Document Architecture - CDA ) basado en HL7 v3, en donde a través de XML (lenguaje

xliv
Clinical Document Architecture – CDA es parte del estándar HL7 en su versión 3 y proporciona una
estandarización de información dentro de documentos clínicos para intercambio entre sistemas. Plantea
documentos de información clínica definidos y completos, en donde la idea es estandarizar su contenido
para que pueda ser leído por cualquier aplicación, sistema o personal especializado, proporcionando un
nivel de codificación que permita un vocabulario preciso y estructurado para el establecimiento de la
información clínica. http://www.hl7.org/implement/standards/cda.cfm
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marcado extensible) se establecieron un conjunto de reglas para la estructuración semántica de


documentos clínicos.

Lo anterior, soportado en el modelo de referencia de información HL7 (Reference Information Model - RIM)
[15], el cual está basado en UML (Unified Modeling Language – Lenguaje de Modelado Unificado), que
proporciona un conjunto de clases con definición de atributos y operaciones para tipos particulares de
objetos.

Gracias al modelo de objetos que proporciona RIM, es posible la representación de información y datos
específicos en el dominio del cuidado de la salud. Estas clases poseen conexiones, que dentro del contexto
del RIM, son entendidas como conexiones léxicas y semánticas entre la información de los documentos
clínicos y los campos definidos en los mensajes HL7.

Básicamente, para la interoperabilidad fue necesario establecer una terminología en donde a cada elemento
dentro del contexto médico se le asignaba una codificación. En el intercambio de mensajes se hace énfasis
en su división en segmentos, que a su vez contienen campos de datos representados como cadenas de
caracteres. Asimismo, se determinaron convenciones para delimitar el mensaje, dando origen a formatos de
mensajes tanto de solicitud como de respuesta.

a. Propuestas de Integración

La implementación de redes de repositorios de objetos médicos puede plantear dos acercamientos


diferentes:

i. Mecanismo de integración débilmente acoplada

Este acercamiento es representado por un protocolo común de acceso a datos bajo el cual se aborda el
problema de la interoperabilidad; un modelo de datos común (recursos) y un modelo común de metadatos.

En él se asume un escenario en donde existen repositorios geográficamente distribuidos con sus respectivos
objetos de información expuestos (estudios e imágenes médicas) y el deseo de integración de los mismos
por parte de un sistema o entidad que ofrezca dichos objetos a la comunidad, de manera unificada, desde
una sola interfaz de usuario o portal al cual se pueda acceder desde cualquier lugar. Es decir, se ofrecen
servicios a los usuarios a través de modelos de metadatos y protocolos de interoperabilidad agregados en
un punto central.

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Una alternativa para una integración débilmente acoplada es OAI (Open Archives Initiative), en donde a
xlv
través de OAI-PMH se efectúan los procesos de recolección de metadatos e indexación de recursos
digitales.

Figura 1. Mecanismo de integración débilmente acoplada

El sistema o entidad central (proveedor de servicios dentro del contexto OAI) es el encargado de las
operaciones de recolección, es decir, cumple la tarea de recolectar e indexar la información médica,
conectándose periódicamente a cada uno de los repositorios que integrará. De esta manera, la entidad
central ofrece un conjunto de servicios de búsqueda y recuperación de información de manera unificada.
Los usuarios efectúan las búsquedas en la entidad central que hace recolección de metadatos, pero la
recuperación de los objetos se efectúa de manera distribuida.

xlv
Indexación es el proceso por el cual se asignan metadatos (conformados por términos y atributos) a
documentos y objetos digitales, para hacer más eficiente su recuperación. Esto permite establecer de una
manera más rápida cuáles son los objetos digitales que corresponden a una búsqueda que haya sido
ingresada, pues estarán provistos con el contenido descrito por esos términos y atributos específicos.
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Detallando un poco más el proceso, la integración débilmente acoplada tiene varios momentos:

 Proceso de recolección de metadatos, para el cual es necesario que la entidad o sistema recolector
conozca el URL OAI de todos los repositorios que desee recolectar.
 Proceso de indexación de metadatos. Una vez que la recolección ha tenido lugar, se realiza la
indexación de metadatos, permitiendo la descripción de recursos y habilitando a los motores de
búsqueda OAI crear índices a dichos recursos y compartirlos.
 Proceso de búsqueda y recuperación de contenido, que representa las funcionalidades básicas de un
repositorio digital, permitiendo la interacción de estos con la comunidad.

De tal forma, la entidad central a través del proceso de recolección coloca a disposición de los usuarios
los recursos (a través de los metadatos) y ya en el proceso de indexación, si el usuario requiere acceder
a un recurso, su petición es transportada hasta el repositorio en donde está alojado.

ii. Mecanismo de integración fuertemente acoplada

Se plantea una arquitectura de integración basada en la computación en malla, en donde se aborden


mecanismos que permitan verificar el grado de eficiencia de la interoperabilidad que puede ofrecer a través
de un middleware útil como enlace entre los usuarios, las aplicaciones y los recursos.

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Existe una gran abstracción realizada por un middleware de computación en Malla, gracias al cual el acceso
a objetos médicos geográficamente dispersos es realizado de forma transparente para los usuarios a través
de una aplicación Web llamada Grid Portal.

Para el establecimiento de esta arquitectura es necesario seleccionar una plataforma de computación en


malla, así como una herramienta de repositorios para la gestión de objetos médicos digitales, además de
definir un modelo común de metadatos y tomar como referencia algún estándar de normalización de
terminología médica, con el fin de establecer pasos hacia una homogeneidad sintáctica y semántica de cara
a la interoperabilidad.

Nuevamente, en [5] se resaltan algunos estándares que aportan elementos y pautas para el desarrollo de
aplicaciones en computación en malla, como:


xlvi
Servicios web basados en lenguajes XML y protocolos basados en comunicaciones de mensajes,
xlvii
como Simple Object Access Protocol (SOAP), que a menudo está en sincronía con el Web Services
xlviii
Descriptor Language (WSDL); teniendo para todos ellos como base, el protocolo http.


xlix
Open Grid Services Architecture Data Access Interface (OGSA-DAI), que además de ser un
middleware que provee acceso e integración de datos procedentes de distintas fuentes a través de
una infraestructura de computación en malla, se apoya en servicios web para estandarizar
funcionalidades como la administración de recursos, de seguridad, de procesos y tareas, además de
un framework para el procesamiento de consultas distribuidas, en donde se abstrae la complejidad
de diferentes fuentes de datos y se efectúan transacciones entre ellas y los usuarios.
l
La mayoría de estos servicios, frameworks y middleware’s están construidos sobre la base de Globus Toolkit ,
que es considerado el estándar de facto para computación en malla que posee una gran cantidad de
servicios tanto a nivel de infraestructura como de desarrollo de aplicaciones con posibilidad de

xlvi
Los servicios web constituyen una forma de publicar servicios para que estos sean consumidos por
aplicaciones del lado del cliente; brindan un conjunto de tecnologías para que las aplicaciones sean
capaces de interoperar en la web e intercambien datos. Más información en http://www.w3.org/TR/ws-
arch/#introduction
xlvii
Simple Object Access Protocol (SOAP) proporciona la definición de documentos basados en XML, que
pueden ser usados para el intercambio estructurado de información entre entidades pares en un entorno
distribuido y descentralizado. Es un protocolo que permite a las aplicaciones intercambiar información
sobre http. Véase: http://www.w3.org/TR/2007/REC-soap12-part0-20070427/#intro
xlviii
Web Services Descriptor Language(WSDL) es el lenguaje que describe los servicios web a partir de los
mensajes que se intercambian entre un proveedor de datos (servicio) y una entidad solicitante (cliente).
Los servicios web pueden ser mapeados a cualquier lenguaje de programación, plataforma, modelo de
objetos o sistema de mensajería. http://www.w3.org/TR/ws-arch/#WSDL
xlix
Open Grid Services Architecture Data Access Interface http://www.ogsadai.org.uk/
l
Globus Toolkit http://www.globus.org/toolkit/
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implementarse sobre un sistema de computación en malla enfocándose en sus frentes de trabajo: capacidad
de almacenamiento, de cómputo y de servicios.

Existe un sinnúmero de infraestructuras de computación en malla alrededor del mundo, desplegadas dentro
de ambientes controlados o en el marco de grandes proyectos; estas infraestructuras representan iniciativas
de la comunidad científica para el desarrollo y despliegue de servicios a través de federaciones basadas en
estándares comunes, procedimientos y políticas, con el fin de generar confianza para su utilización, sea a
nivel regional, continental o mundial.

li
Ejemplos como el de Enabling Grids for E-science (EGEE), de la Comisión Europea; el International Grid
lii
Trust Federation (IGTF), que se basa en políticas de gestión de la autorización en el Grid; la European Grid
liii
Infraestructure , que está basada en el concepto de un sistema escalable y federado; el E-science grid
liv lv
facility for Europe and Latin America (EELA), que posee cerca de 41 centros de recursos; TeraGrid , que
lvi
agrupa los más grandes centros de cómputo sobre Internet 2 en Estados Unidos; Open Science Grid (OSG),
lvii
que posee una infraestructura compartida para recursos de cálculo y almacenamiento; y CLGRID , como
iniciativa chilena para el desarrollo de la ciencia entre universidades; todos los anteriormente mencionados
son algunas de las iniciativas más representativas.

En el contexto colombiano se destaca la iniciativa de Grid Colombia [16], donde se habla de la importancia
de la computación en malla para el desarrollo de la e-Ciencia, generando compromiso entre universidades
lviii
para la conformación de un Grid nacional a través de la red de alta velocidad RENATA . Se pretende
implementar un sistema de computación en malla, que esté disponible para que los investigadores se
enfoquen en el dominio del problema que deseen resolver y no se preocupen por la infraestructura.

Conclusiones

 Se detalla el gran desafío de la interoperabilidad entre múltiples sistemas, cada uno


autónomo y con sus particulares características. La uniformidad de un modelo de metadatos
enfrenta algunos retos, entre los cuales está la clara definición de los tipos d e objetos
médicos que se han de almacenar, la diversidad de modalidades que caracteriza a los estudios

li
Enabling Grids for E-science (EGEE) http://public.eu-egee.org/
lii
International Grid Trust Federation se compone de tres miembros como lo son el APGridPMA
EUGridPMA y The Americas Grid PMA http://www.igtf.net
liii
European Grid Infraestructure http://www.egi.eu
liv
E-science grid facility for Europe and Latin America (EELA) http://www.eu-eela.eu/
lv
TeraGrid https://www.teragrid.org/
lvi
Open Science Grid http://www.opensciencegrid.org/
lvii
CLGRID http://www.clgrid.cl/index.php/Portada
lviii
Red Nacional de Tecnología Avanzada (RENATA) http://www.renata.edu.co
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de imágenes médicas, los dispositivos de adquisición de las mismas y la riqueza de contenido


en la definición de metadatos en las imágenes cuya recuperación relevante está basada en el
contenido, siendo necesario efectuar comparaciones y , por tanto la utilización de recursos
computacionales.

 Es de suma importancia comprender y abordar un middleware de computación en malla,


tanto desde una perspectiva del desarrollo y ejecución de aplicaciones, como desde el
dominio de la infraestructura. Diferenciar la infraestructura de computación en malla con
todas sus bondades y/o implicaciones (organizaciones virtuales, tolerancia a fallos,
autenticación y autorización, como esquemas de seguridad, asignación de procesos a recursos
para procesamiento en paralelo, administración de datos, de recursos, de usuarios , etc.) y la
construcción de las aplicaciones que se desplegarán en ella, es un punto de partida para
comprender el grado de heterogeneidad que implican los sistemas distribuidos. Lo anterior
categoriza dos aspectos fundamentales de la anatomía de un sistema de computación en
malla, como lo son el construir la plataforma desde el punto de vista de la infraestructura y el
desarrollar las aplicaciones para que aprovechen las bondades de esa infraestructura en
beneficio de su modelo de negocio. Aquí es donde desempeñan un papel importante los
middleware’s de computación en malla y su CORRECTA selección.

 Las personas pueden describir de muchas formas diversas piezas de datos. Los datos de
diferentes campos científicos poseen anotaciones realizadas, las cuales deben organizarse
(modelo de metadatos) con el fin de establecer una adecuada asociación de ellos a los
contenidos o recursos a los que pertenecen, optimizando la consulta de los datos.

 Existe una diversidad de terminologías clínicas, dados los diferentes dominios y comunidades
existentes en el campo médico; dicha heterogeneidad conlleva a la necesidad de definir
modelos sintácticos y semánticos de metadatos, que representen de forma adecuada los
objetos médicos digitales en los repositorios en salud.

 Otro factor es el desconocimiento de estándares en el país para la unificación de estos


criterios, gracias a la falta de difusión de iniciativas nacionales que propongan una definición
sintáctica y semántica de metadatos y vocabularios tendientes hacia la homogeneidad de la
información en la salud.

 Se ha determinado que gran parte del éxito en la integración de servicios es mirar hacia la
implementación de estándares en la unificación de servicios, los cuales inicialmente deben
estar claramente definidos. Estándares desde una perspectiva débilmente acoplad a como
OAI, Dublin Core, entre otros, o como DICOM, HL7, servicios web o estándares dentro del
contexto de tecnologías emergentes, como la computación en malla.
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Universidad de Antioquia – Medellín. e-Colabora Revista de ciencia, educación, innovación y cultura


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SOBRE LOS AUTORES

Edwin Nelson Montoya Múnera Bernardo Augusto García Loaiza


Ingeniero de Sistemas de la Universidad EAFIT y Ingeniero de Sistemas de la Universidad Distrital
Doctor Ingeniero en Telecomunicaciones de la Francisco José de Caldas y estudiante de la
Universidad Politécnica de Valencia (España), Maestría en Ingeniería Informática de la
Profesor Titular de la Universidad EAFIT, actualmente Universidad EAFIT. Entre sus intereses académicos
se desempeña como Jefe de Ingeniería de Sistemas e se encuentran la computación móvil, en malla y en
Investigador. Entre sus principales líneas de la nube (desarrollo y despliegue de aplicaciones), la
investigación se encuentran las bibliotecas digitales, seguridad informática, el software libre, la tele-
computación móvil, sistemas distribuidos y sistemas medicina, la web 2.0, los servicios y aplicaciones en
multimedia. Sus más recientes proyectos son: internet. Los proyectos más recientes en los que ha
Biblioteca Digital Colombiana Fase 2, Aplicaciones y participado se encuentran: “CellPhone as a
Servicios para Televisión Interactiva, Sistemas de Co- Platform for Healthcare. Request for Proposals
Creación. En el área de Bibliotecas y Repositorios 2007 Microsoft Contest Mobile Health.”,
Digitales, participa como Coordinador del proyecto y “mantisGrid: A Grid Platform for DICOM Medical
de la red Biblioteca Digital Colombiana, en el Images Management in Colombia and Latin
proyecto CoLaBoRa (comunidad de Bibliotecas America” y “e-Maternity Ecosystem Project. DIS e-
Digitales de CLARA) y en el proyecto BID de Red health Team. Microsoft Imagine Cup Contest
Federada Latinoamericana de Repositorios Polonia 2010. Colombia National finalist”
Científicos.

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