BAB I

PENDAHULUAN
1.1 Latar Belakang
Bakteri memiki berbagai peran penting dalam suatu ekosistem. Peran ini bisa
diemban dalam kapasitasnya sebagai organisme tunggal (sel atau koloni) maupun
dalam kaitannya sebagai organisme yang memiliki kebutuhan dan kemampuan
untuk berinteraksi dengan organisme lain. Mikroorganisme dapat berkembang biak
dengan alami atau dengan bantuan manusia. Mikroorganisme yang dikembangkan
oleh manusia diantaranya melalui substrat yang disebut media. Untuk melakukan
hal ini, haruslah dimengerti jenis-jenis nutrien yang diisyaratkan oleh bakteri dan
juga macam lingkungan fisik yang menyediakan kondisi optimum bagi
pertumbuhannya (Yulma et al. 2017).

Bakteri tidak memerlukan banyak ruangan untuk perkembangannya, sebab

itu media buatan (agar) dapat dimasukkan ke dalam sebuah tabung percobaan labu
atau cawan Petri. Pada permulaannya tabung atau cawan Petri harus dalam keadaan
steril (bebas dari setiap mikroorganisme hidup) lalu setelah itu dimasukkan
mikrobia yang diinginkan, tabung atau cawan harus dilindungi terhadap
kontaminasi dari luar. Sumber utama pencemaran dari luar adalah udara, yang
banyak mengandung mikroorganisme yang berterbangan. Bentuk cawan petri,
dengan tutup yang saling menyelubungi, dirancang untuk mencegah pencemaran
udara (Daulay et al. 2015).
Isolasi suatu bakteri ialah memisahkan bakteri tersebut dari lingkungannya di
alam dan menumbuhkannya sebagai biakan murni dalam medium buatan. Isolasi
harus diketahui cara-cara menanam dan menumbuhkan bakteri pada medium
biakan serta syarat-syarat lain untuk pertumbuhannya. Memindahkan bakteri dari
medium lama kedalam medium yang baru diperlukan ketelitian dan pengsterilan
alat-alat yang digunakan, supaya dapat dihindari terjadinya kontaminasi. Pada
pemindahan bakteri dicawan petri setelah agar baru, maka cawan petri tersebut
harus dibalik, hal ini berfungsi untuk menghindari adanya tetesan air yang mungkin
melekat pada dinding tutup cawan petri (Pratita dan Putra, 2012).

Isolasi adalah kegiatan untuk memisahkan bakteri yang diinginkan dengan

bakteri pengkontaminan. Tahapan awal untuk isolasi adalah inokulasi. Inokulasi
adalah tahapan penanaman bakteri yang akan dikembangkan kedalam media.
Penanaman ini dapat menggunakan jarum ose. Alat yang digunakan harus steril,
sehingga benar-benar isolat murni yang didapat. Oleh karena itu praktikum ini
ilakukan agar praktikan dapat mengetahui dan mengerti cara mengisolasi
pertumbuhan mikroba dengan cara yang benar dan aseptis (Puspitasari et al. 2012).

Sumber isolat dari bakteri benda yang liat atau padat, misalnya daging
makazat tersebut dihancurkan terlebih dahulu. Tehadap bakteri yang hanya terdapat
dipermukaan maka pengenceran dilakukan terhadap air tempat zat tersebut
dicelupkan/ direndam. Jika bakteri hendak diisolasi dari udara, cukup dengan
membuka cawan petri yang berisi media agar steril beberapa saat. Di dalam
laboratorium mikrobiologi, populasi bakteri ini dapat diisolasi menjadi kultur murni
yang terdiri dari satu jenis yang dapat dipelajari morfologi, sifat dan kemampuan
biokimiawinya (Kusnadi et al. 2005).

Mikroba endofit mempunyai kemampuan untuk memproduksi senyawa-

senyawa bioaktif yang serupa dengan senyawa bioaktif yang diproduksi inangnya.
Bakteri endofit merupakan bakteri yang hidup di dalam jaringan tanaman inang
tanpa menyebabkan gejala-gejala penyakit. Bakteri endofit mampu meningkatkan
ketahanan tanaman secara langsung yaitu berfungsi sebagai mengeluarkan senyawa
tertentu pada relung patogen, menginduksi sistem resistensi tanaman, dan
meningkatkan toleransi tanaman terhadap tekanan (Prasetyo et al. 2017).
1.2 Tujuan Praktikum
Mahasiswa dapat mengetahui teknik isolasi bakteri dari sedimen,biota,dan
air laut. Mahasiswa dapat mengetahui dan mengerti cara pengisolasian
pertumbuhan bakteri. Mahasiswa mengetahui kegunaan dari pengisolasian bakteri.
Mahasiswa mengetahui faktor yang mempengaruhi pengisolasian bakteri.
1.3 Manfaat Praktikum
Manfaat dari praktikum mikrobiologi ini adalah mengetahui berbagai
macam cara isolasi mikroorganisme baik pada agar tegak, agar miring, maupun agar
cawan, bisa mempelajari dan mempraktekkan beberapa tahapan dalam mengisolasi
bakteri serta mengetahui kegunaan dari pengisolasian bakteri.
 BAB II
TINJAUAN PUSTAKA
2.1 Bakteri Endofit
Bakteri endofit yang hidup pada jaringan tanaman dapat berfungsi sebagai
pemacu pertumbuhan tanaman, dan meningkatkan resistensi tanaman dari berbagai
macam patogen dengan cara memproduksi zat antibiotik. Endofit juga
memproduksi metabolit sekunder yang sangat penting bagi tumbuhan. Bakteri
Endofit berperan sebagai Agensia Hayati untuk mengendalikan penyakit busuk
lunak yang dimana Bakteri endofit maupun rizobakteri lainnya merupakan bagian
dari mikroflora alamiah dari tanaman yang sehat. Keunggulan bakteri endofit
sebagai agens pengendali hayati, beberapa diantaranya juga mampu meningkatkan
pertumbuhan tanaman (Daulay et al. 2015).

Selain itu, Bakteri Endofit berperan juga sebagai Pelarut Fosfat. Bakteri
pelarut fosfat merupakan bakteri dekomposer yang berperan dalam penyuburan
tanahkarena mampu melakukan mekanisme pelarutan fosfat dengan
mengekskresikan sejumlah asam organik berbobot molekul rendah. Bakteri
memanfaatkan senyawa karbon sederhana yang berasal dari eksudat akar tanaman
dan sisa dari tanaman (Melliawati et al. 2006).

Definisi umum endofit adalah berdasarkan fungsi dari keberadaan organisme

yang hidup dalam jaringan tumbuhan tanpa menimbulkan efek negatif terhadap
inang tumbuhnya. Tanaman berbiji, lumut, pakis merupakan tumbuh tumbuhan
yang menjadi inang bagi mikroorganisme endofit dan banyak terdapat di ekosistem
daerah tropis dan tundra kutub. Organisme endofit merupakan sumber baru dan
potensial untuk penemuan senyawa-senyawa metabolit sekunder baru dan berguna
serta memiliki aktivitas biologis seperti antikanker, immunomodulator, anti-
inflamasi, dan hormon pertumbuhan (Wulandari et al. 2012)
Mikroba endofit mempunyai kemampuan untuk memproduksi senyawa
bioaktif yang serupa dengan senyawa bioaktif yang diproduksi inangnya.
Organisme endofitik memiliki potensi yang besar untuk dieksploitasi dan
menghasilkan senyawa-senyawa alami baru yang bermanfaat di bidang medis,
pertanian, dan industri. Bakteri bacillus merupakan salah satu bakteri endofit yang
berada pada jaringan tanaman, sehingga bakteri ini dapat ditemukan pada semua
vegetasi mangrove. Secara alami bakteri endofit terdapat pada organ tanaman yang
sehat dan sedimen tanah seperti Pseudomonas dan Bacillus (Yulma et al. 2017).
2.2 Isolasi bakteri
Prinsip dari isolasi mikroba adalah memisahkan satu jenis mikroba dengan
mikroba lainnya yang berasal dari campuran bermacam-macam mikroba. Hal ini
dapat dilakukan dengan menumbuhkannya dalam media padat sel-sel mikroba akan
membentuk suatu koloni sel yang tetap pada tempatnya. Isolasi bakteri atau biakan
yang terdiri dari satu jenis bakteri dikenal sebagai biakan murni atau biakan
aksenik. Biakan yang berisi lebih dari satu macam bakteri dikenal sebagai
biakan campuran, jika hanya terdiri dari dua jenis mikroorganisme, yang dengan
sengaja dipelihara satu sama lain dalam asosiasi, dikenal sebagai biakan dua
jenis (Putri et al. 2012).
Tujuan dari pemindahan biakan untuk menguasai teknik pemindahan biakan
bakteri dari satu wadah ke wadah lain, secara aseptik sehingga hanya biakan murni
yang diharapkan yang tumbuh. Hal ini sangat penting dalam tahap awal pekerjaan
isolasi mikroba terutama yang berasal dari stok kultur ( bukan dari substrat).
Kegagalan dalam hal pemindahan biakan dapat menyebabkan kontaminasi dari
pertumbuhan mikroba yang tidak diharapkan (Fitri dan Yekki, 2010).
Ada beberapa teknik isolasi bakteri yakni metode gores atau streak plate,
metode tuang atau pour plate, metode sebar atau spread plate. Metode gores atau
streak plate menggunakan loop ose dan menggoreskannya ke permukaan medium
agar dengan pola tertentu dengan harapan pada ujung goresan, hanya sel-sel bakteri
tunggal yang terlepas dari ose dan menempel ke medium. Sel-sel bakteri tunggal
ini akan membentuk koloni tunggal yang kemudian dapat dipindahkan ke medium
selanjutnya agar didapatkan biakan murni (Puspitasari et al. 2012).

Metode tuang atau pour plate dilakukan dengan dua cara, yaitu dengan
mencampur suspensi bakteri dengan medium agar kemudian menuangkannya pada
petridisk atau dengan menyemprotkan suspensi pada dasar petridisk, kemudian
menuang medium agar keatasnya dan diaduk. Setelah agar mengeras, bakteri akan
berada pada tempatnya masing-masing dan diharapkan bakteri tidak mengelompok
sehingga terbentuk koloni tunggal. Metode sebar atau spread plate dilakukan
dengan menyemprotkan suspensi ke atas medium agar kemudian menyebarkannya
secara merata dengan trigalski diharapkan bakteri terpisah secara individual,
kemudian dapat tumbuh menjadi koloni tunggal (Putri et al. 2012)

Metode slant culture dilakukan dengan ujung kawat yang membawakan

bakteri digesekkan pada permukaan agar-agar miring dalam tabung reaksi. Dapat
dilakukan dengan cara menggoreskan secaa zig-zag pada permukaan agar miring
menggunakan jarum ose yang bagian atasnya dilengkungkan. Cara ini juga
dilakukan pada agar tegak untuk meminimalisir pertumbuhan mikroba dalam
keadaan kekurangan oksigen. Metode Stab culture dilakukan dengan ujung kawat
yang membawakan bakteri ditusukkan pada media padat (agar-agar) dalam tabung
reaksi, berbeda dengan slant culture permukaan agar-agar ini tidak miring. Media
agar setengah padat dalam tabung reaksi, digunakan untuk menguji gerak bakteri
secara makroskopis (Sari et al. 2013).

Bakteri yang hidup di alam terdapat sebagai populasi campuran dari bebagai
jenis bakteri yang berbeda prinsip dari isolasi bakteri dalam memisahkan satu jenis
bakteri dengan bakteri lainnya dari lingkungannya dialam dan ditumbuhkan dalam
medium buatan. Pertumbuhan bakteri dapat dilakukan dalam medium padat, karena
dalam medium padat sel-sel bakteri akan terbentuk suatu koloni sel yang tetap pada
tempatnya (Pratita dan Surya, 2012).

Berbagai macam cara dalam mengisolasi bakteri, yaitu : Isolasi pada agar
cawan, dengan mengencerkan bakteri sehingga diperoleh individu spesies yang
dapat dipisahkan dari organisme lainnya. Setiap koloni yang terpisah yang tampak
pada cawan tersebut setelah inkubasi berasal dari satu sel tunggal. Terdapat
beberapa cara dalam metode isolasi pada agar cawan, yaitu: metode gores kuadran,
dan metode agar cawan tuang. Metode gores kuadran, metode yang dilakukan
dengan baik akan menghasilkan isolasi bakteri, dimana setiap koloni berasal dari
satu sel (Suardana et al. 2007).

Metode isolasi sel tunggal dilakukan untuk mengisolasi sel bakteri berukuran
besar yang tidak dapat diisolasi dengan metode agar cawan/medium cair. Sel
mikroorganisme dilihat dengan menggunakan perbesaran sekitar seratus kali.
Kemudian sel tersebut dipisahkan dengan menggunakan pipet kapiler yang sangat
halus ataupun micromanipulator, yang dilakukan secara aseptis (Pratiwi, 2009).

Proses pemisahan atau pemurnian dari bakteri lain perlu dilakukan karena
semua pekerjaan mikrobiologis, misalnya telaah dan identifikasi bakteri,
memerlukan suatu populasi yang hanya terdiri dari satu macam bakteri saja. Teknik
tersebut dikenal dengan isolasi mikroba, dan proses pengenceran bertujuan untuk
mempermudah dalam perhitungan jumlah koloni mikroba yang tumbuh baik warna
maupun lainnya (Fitri dan Yekki, 2010).

2.3