PCEM1

2. Biologie
Moléculaire
L'étude des acides nucléiques

CAHIER D'EXERCICES
de BIOCHIMIE
2008-2009

EDITE PAR LE DEPARTEMENT DE BIOLOGIE

ht t p: / / w w w . c h us a.u p mc .f r/di s c /b io _c ell

Cahier d'Exercices en Biochimie / PCEM1 Biologie Moléculaire / 2

CAHIER D'EXERCICES POUR PCEM1

BIOCHIMIE

II. BIOLOGIE MOLECULAIRE:

l'étude des acides nucléiques

SOMMAIRE
Page

1. Structure des acides nucléiques . . . . . . . . . … … … . 3

2. Transcription ....................……........ 3

3. Traduction . . . . . . . . . . . . . . . . . … … . . . . . . . . . . . . . . . . 5

4. Réplication et Réparation ..........…......... 11

5. Altérations du matériel génétique et

Outils de Biologie moléculaire . . . . . . … … … . . . 13

6. QCM ………………………….......………... 15

7. Annales du concours … … … … … … . . . . . . . … … . 21

ANNEXES.
I • Code génétique . . . . . . . . . . . . . . . . … … … . . . . . 26
II • Codes des acides aminés . . . . . . … … … . . . . . 26

Image de couverture :
Photographie en microscopie électronique d'une fourche de réplication déficiente
chez un mutant de levure. Une anomalie lors de la réplication d'ADN serait l'un des
mécanismes contribuant à l'instabilité génomique
(Science-26 juil 2002 www.sciencemag.org)

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1. STRUCTURE DES ACIDES NUCLEIQUES

1.1 Structure de l’ADN

a. Par convention la séquence d’un simple brin d’une molécule d’ADN est écrite dans le
sens 5’ (gauche) - 3’ (droite).
Quels sont les groupements chimiques correspondant à ces extrémités ?
b. Un échantillon d’ADN contient 30,5 moles pour 100 d’adénine. Quels sont les
pourcentages de thymine, guanine et cytosine ? Quelles caractéristiques
structurales permettent de différencier ces bases ?
c. Est-ce que la proposition suivante est vraie : « si la séquence d’un
déoxyribonucléotide est p C p T p G p G p A p C , alors sa séquence
complémentaire est p G p A p C p C p T p G » ?

1.2 Soit le fragment d'ADN suivant:

5'CTTCA3'
3'GAAGT 5'
a. Par l'intermédiaire de quels atomes et de quel type de liaison cette structure est-elle
stabilisée?
b. Comment peut-on dénaturer cette molécule?
c. Quel intérêt présente la possibilité de réassocier des simples brins d'ADN entre eux ?
d. Existe-t-il des circonstances où des brins d’ADN et ARN peuvent s’associer ?

2.TRANSCRIPTION

2.1 Déroulement de la transcription d’un gène.

L’ADN génomique présenté ci-dessous contient la totalité de la séquence d’un gène
codant une protéine. Les segments nucléotidiques soulignés correspondent aux
séquences d’ADN de ce gène retrouvées dans l’ARNm.
1 5’............................... CCTAGAGAAC TGTTCCTGGG GTCTGGGACC TTTGCGAAGG
3’............................... GGATCTCTTG ACAAGGACCC CAGACCCTGG AAACGCTTCC
41 CAAGGAAGGG GTAACAGGAT TTCGGGCAGT TGCCCCTGCA GGGCCAATCT AGGCAAGTCC CCTGCGCCAT
GTTCCTTCCC CATTGTCCTA AAGCCCGTCA ACGGGGACGT CCCGGTTAGA TCCGTTCAGG GGACGCGGTA
111 GTCCCTTCGT CTCCTTCTTC CTATATACAG GCCTCCCTCC ACCTGTCTTC TCAGAGCAGG TATAGGCAAG
CAGGGAAGCA GAGGAAGAAG GATATATGTC CGGAGGGAGG TGGACAGAAG AGTCTCTTCC ATATCCGTTC
181 CAGTGCTGCC GTGCTCACCT GGGCTATGGC TCTTCTTTCA GGTGGGTCTC CGACCCTGAC TTCAACGTGG
GTCACGACGG CACGAGTGGA CCCGATACCG AGAAGAAAGT CCACCCAGAG GCTGGGACTG AAGTTGCACC
251 GGGTGTGGGT GGAGGCTGGC CAGAGGGCCC TGTCCACCCT GGGGGAGGAG AGCCCAGGCC CTGATTACCT
CCCACACCCA CCTCCGACCG GTCTCCCGGG ACAGGTGGGA CCCCCTCCTC TCGGGTCCGG GACTAATGGA
321 AGTCCCTCTC CACAGCGTTT TCGGCCACCC AGGCACGGAA GGGCTTCTGG GACTACTTCA GCCAGACCAG
TCAGGGAGAG GTGTCGCAAA AGCCGGTGGG TCCGTGCCTT CCCGAAGACC CTGATGAAGT CGGTCTGGTC
391 CGGGGACAAA GGCAGGGTTG AGCAGATCCA TCAGCAGAAG ATGGCTCGCG AGCCCGCGTG AGTGCCCAGG
GCCCCTGTTT CCGTCCCAAC TAGTCTAGGT AGTCGTCTTC TACCGAGCGC TCGGGCGCAC TCACGGGTAA
461 GGAAGGGGTG TAGGCGAAGG GAGGAGACAG CTGGGCCATG CCATGATGAC CTGCCTCTGC TGCCTCAACC
CCTTCCCCAC ATCCGCTTCC CTCCTCTGTC GACCCGGTAC GGTACTACTG GACGGAGACG ACGGAGTTGG
531 GAGGATCAGT GCGCGATGAC TTGGGGACAA AGGAGATGAT GGAGGCTAGC AGTCTGACGG CCTGGATATC
CTCCTAGTCA CGCGCTACTG AACCCCTGTT TCCTCTACTA CCTCCGATCG TCAGACTGCC GGACCTATAG
601 TGTCCCCTTC TCCAGGACCC TGAAAGACAG GCTGCAGGCC CGTCTGGATG ACCTGTGGGA AGACATCACT
ACAGGGGAAG AGGTCCTGGG ACTTTCTGTC CGACGTCCGG GCAGACCTAC TGGACACCCT TCTGTAGTGA
671 CACAGCCTTC ATGACCAGGG CCACAGCCAT CTGGGGGACC CCTGAGGATC TACCTGCCCA GGCCCATTCC
GTGTCGGAAG TACTGGTCCC GGTGTCGGTA GACCCCCTGG GGACTCCTAG ATGGACGGGT CCGGGTAAGG

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741 TCTGGGGAGC ATACTGTGTG CTCTCCCCAT CTCCAGCCCC TCCCTCTGGG TTCCCAAGTT GAAGCCTAGA

AGACCCCTCG TATGACACAC GAGAGGGGTA GAGGTCGGGG AGGGAGACCC AAGGGTTCAA CTTCGGATCA
811 CTTCTGGAAT AAATGAAATA GATGTTTATG GCCTGGCGTG AGTATGTTTG ACTCTCATTT GGACCATGTC
GAAGACCTTA TTTACTTTAT CTACAAATAC CGGACCGCAC TCATACAAAC TGAGAGTAAA CCTGGTACAG
881 TGAAAGCAGT GGCCTCACCA CTATCCCCAA AGCACACCCA TCACCCACTC CATTCCCTTG CTGCTCTTTC
ACTTTCGTCA CCGGAGTGGT GATAGGGGTT TCGTGTGGGT AGTGGGTGAG GTAAGGGAAC GACGAGAAAG
951 GGTTAGAGCA CCACGCTCCC TGCTATGTGA CTGAGGTAGC ..............................3’
CCAATCTCGT GGTGCGAGGG ACGATACACT GACTCCATCG ..............................5’

a. Quelle est la définition d’un gène ?

b. Quels sont les composants moléculaires nécessaires à la transcription ?
c. Comment se fait l’initiation de la transcription ?
d. Quelle partie de cette séquence peut participer à la régulation de l’expression d’un
gène par un signal hormonal. ?
e. Parmi les « motifs » de cette séquence marqués en gras ( ggccaatct / tatata / gt /
ag / aataaa / tatgtttg ) :
- Quels sont ceux qui définissent l’orientation de la transcription ?
En quoi définissent-ils le brin sens, le brin matrice ?
- Quels sont ceux qui définissent le début et la fin de la transcription ?
- Quels sont ceux qui interviennent lors de la maturation du transcrit primaire ?
- A quoi correspondent les segments soulignés dans cette séquence ?
Quels « motifs » interviennent dans le processus qui permet de les réunir ?
- Quel processus permet de retarder la dégradation en 3’ de l’ARN ?

2.2 La maturation des transcrits primaires d’ARN chez les Eucaryotes comporte un autre
événement non évoqué dans l’exercice précédent :
a. En quoi consiste-t-il ?
b. Quelle est la particularité de la liaison ainsi établie ?
c. Citez la ou les fonctions associées à cette modification.

2.3 Un épissage alternatif à partir du site donneur de l’intron 2 d’un transcrit primaire
contenant 7 exons (schématisé ci-dessous) peut aboutir à plusieurs ARN messagers.

exon exon GU A AG exon exon exon exon exon

1 2 3 4 5 6 7

. Quelles sont les différents ARNm qui peuvent être produits à partir de ce transcrit ?
. Quelle est leur mode de formation ?
. De façon générale, que permet l’épissage alternatif d’un gène pluri-exoniques ?
Au cours de l’excision-épissage, une liaison phosphodiester se crée dans les introns
libérés.
. Précisez les caractéristiques de cette liaison : nucléotides et fonctions impliqués.

2.4 Compléter les propositions suivantes.

a. La synthèse d’ARN, qui est aussi appelée ____________________, est un processus
hautement sélectif.
b. La transcription commence quand une molécule d’_________________________ se lie à
une séquence ____________________ sur la double hélice d’ADN ;
c. L’___________________________ transcrit les gènes dont les ARN seront traduits en
protéines, l’______________________________ synthétise les grands ARN ribosomiques, et
l’_____________________________ produit une variété d’ARN stables très petits.

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d. L’addition d’un nucléotide G méthylé à l’extrémité 5’ d’un transcrit initial forme la

___________________ , qui semble protéger de la dégradation l’ARN en élongation, et jou e
un rôle important dans l’initiation de la synthèse protéique.
e. L’extrémité 3’ de la plupart des transcrits de la polymérase II est définie par une
modification, au cours de laquelle le transcrit en élongation est clivé à un site spécifique,
et une _________________ est ajoutée à l’extrémité 3’ coupée par une polymérase distincte.
f. Les modifications des extrémités 5’ et 3’ d’une chaîne d’ARN terminent la formation du
_____________________ .
g. Les séquences codantes d’ARN de chaque côté de l’intron sont réunies l’une à l’autre
après que la séquence intronique ait été retirée ; Cette réaction est connue sous le nom
d’_____________________________ .
h. Les séquences consensus aux deux extrémités d’un intron sont appelées
_______________________ et _____________________.

2.5 Compléter les propositions suivantes.

a. Les protéines _______________________ stimulent ou inhibent la transcription de
certains groupes de gènes spécifiques.
b. Le motif de liaison à l’ADN en ________________________ a été retrouvé dans des
protéines de liaison à l’ADN chez les eucaryotes et les procaryotes; il contient dans sa
structure un ou plusieurs ions métalliques.
c. Le motif ______________________________ est ainsi appelé car deux hélices α, provenant
de chaque monomère, se rejoignent pour former une bobine enroulée.
d. Le motif ____________________________ consiste en une courte hélice α reliée par une
boucle à une deuxième hélice α, plus longue.

3. T RADUCTION
3.1 Expression du gène de l’apolipoprotéine E
Séquence du gène codant pour l’Apolipoprotéine E humaine(allèle Epsilon 4).
(Genbank : HUMAPOE4)

1 GGAACTTGAT GCTCAGAGAG GACAAGTCAT TTGCCCAAGG TCACACAGCT GGCAACTGGC AGACGAGATT CACGCCCTGG 80

81 CAATTTGACT CCAGAATCCT AACCTTAACC CAGAAGCACG GCTTCAAGCC CTGGAAACCA CAATACCTGT GGCAGCCAGG 160
161 GGGAGGTGCT GGAATCTCAT TTCACATGTG GGGAGGGGGC TCCTGTGCTC AAGGTCACAA CCAAAGAGGA AGCTGTGATT 240
241 AAAACCCAGG TCCCATTTGC AAAGCCTCGA CTTTTAGCAG GTGCATCATA CTGTTCCCAC CCCTCCCATC CCACTTCTGT 320
321 CCAGCCGCCT AGCCCCACTT TCTTTTTTTT CTTTTTTTGA GACAGTCTCC CTCTTGCTGA GGCTGGAGTG CAGTGGCGAG 400
401 ATCTCGGCTC ACTGTAACCT CCGCCTCCCG GGTTCAAGCG ATTCTCCTGC CTCAGCCTCC CAAGTAGCTA GGATTACAGG 480
481 CGCCCGCCAC CACGCCTGGC TAACTTTTGT ATTTTTAGTA GAGATGGGGT TTCACCATGT TGGCCAGGCT GGTCTCAAAC 560
561 TCCTGACCTT AAGTGATTCG CCCACTGTGG CCTCCCAAAG TGCTGGGATT ACAGGCGTGA GCTACCGCCC CCAGCCCCTC 640
641 CCATCCCACT TCTGTCCAGC CCCCTAGCCC TACTTTCTTT CTGGGATCCA GGAGTCCAGA TCCCCAGCCC CCTCTCCAGA 720
721 TTACATTCAT CCAGGCACAG GAAAGGACAG GGTCAGGAAA GGAGGACTCT GGGCGGCAGC CTCCACATTC CCCTTCCACG 800
801 CTTGGCCCCC AGAATGGAGG AGGGTGTCTG TATTACTGGG CGAGGTGTCC TCCCTTCCTG GGGACTGTGG GGGGTGGTCA 880
881 AAAGACCTCT ATGCCCCACC TCCTTCCTCC CTCTGCCCTG CTGTGCCTGG GGCAGGGGGA GAACAGCCCA CCTCGTGACT 960
961 GGGCTGCCCA GCCCGCCCTA TCCCTGGGGG AGGGGGCGGG ACAGGGGGAG CCCTATAATT GGACAAGTCT GGGATCCTTG 1040
1041 AGTCCTACTC AGCCCCAGCG GAGGTGAAGG ACGTCCTTCC CCAGGAGCCG GTGAGAAGCG CAGTCGGGGG CACGGGGATG 1120
1121 AGCTCAGGGG CCTCTAGAAA GAGCTGGGAC CCTGGGAAGC CCTGGCCTCC AGGTAGTCTC AGGAGAGCTA CTCGGGGTCG 1200
1201 GGCTTGGGGA GAGGAGGAGC GGGGGTGAGG CAAGCAGCAG GGGACTGGAC CTGGGAAGGG CTGGGCAGCA GAGACGACCC 1280
1281 GACCCGCTAG AAGGTGGGGT GGGGAGAGCA GCTGGACTGG GATGTAAGCC ATAGCAGGAC TCCACGAGTT GTCACTATCA 1360
1361 TTATCGAGCA CCTACTGGGT GTCCCCAGTG TCCTCAGATC TCCATAACTG GGGAGCCAGG GGCAGCGACA CGGTAGCTAG 1440
1441 CCGTCGATTG GAGAACTTTA AAATGAGGAC TGAATTAGCT CATAAATGGA ACACGGCGCT TAACTGTGAG GTTGGAGCTT 1520
1521 AGAATGTGAA GGGAGAATGA GGAATGCGAG ACTGGGACTG AGATGGAACC GGCGGTGGGG AGGGGGTGGG GGGATGGAAT 1600
1601 TTGAACCCCG GGAGAGGAAG ATGGAATTTT CTATGGAGGC CGACCTGGGG ATGGGGAGAT AAGAGAAGAC CAGGAGGGAG 1680
1681 TTAAATAGGG AATGGGTTGG GGGCGGCTTG GTAAATGTGC TGGGATTAGG CTGTTGCAGA TAATGCAACA AGGCTTGGAA 1760
1761 GGCTAACCTG GGGTGAGGCC GGGTTGGGGG CGCTGGGGGT GGGAGGAGTC CTCACTGGCG GTTGATTGAC AGTTTCTCCT 1840
1841 TCCCCAGACT GGCCAATCAC AGGCAGGAAG ATGAAGGTTC TGTGGGCTGC GTTGCTGGTC ACATTCCTGG CAGGTATGGG 1920
1921 GGCGGGGCTT GCTCGGTTCC CCCCGCTCCT CCCCCTCTCA TCCTCACCTC AACCTCCTGG CCCCATTCAG ACAGACCCTG 2000
2001 GGCCCCCTCT TCTGAGGCTT CTGTGCTGCT TCCTGGCTCT GAACAGCGAT TTGACGCTCT CTGGGCCTCG GTTTCCCCCA 2080
2081 TCCTTGAGAT AGGAGTTAGA AGTTGTTTTG TTGTTGTTGT TTGTTGTTGT TGTTTTGTTT TTTTGAGATG AAGTCTCGCT 2160
2161 CTGTCGCCCA GGCTGGAGTG CAGTGGCGGG ATCTCGGCTC ACTGCAAGCT CCGCCTCCCA GGTCCACGCC ATTCTCCTGC 2240
2241 CTCAGCCTCC CAAGTAGCTG GGACTACAGG CACATGCCAC CACACCCGAC TAACTTTTTT GTATTTTCAG TAGAGACGGG 2320
2321 GTTTCACCAT GTTGGCCAGG CTGGTCTGGA ACTCCTGACC TCAGGTGATC TGCCCGTTTC GATCTCCCAA AGTGCTGGGA 2400
2401 TTACAGGCGT GAGCCACCGC ACCTGGCTGG GAGTTAGAGG TTTCTAATGC ATTGCAGGCA GATAGTGAAT ACCAGACACG 2480
2481 GGGCAGCTGT GATCTTTATT CTCCATCACC CCCACACAGC CCTGCCTGGG GCACACAAGG ACACTCAATA CATGCTTTTC 2560
2561 CGCTGGGCCG GTGGCTCACC CCTGTAATCC CAGCACTTTG GGAGGCCAAG GTGGGAGGAT CACTTGAGCC CAGGAGTTCA 2640
2641 ACACCAGCCT GGGCAACATA GTGAGACCCT GTCTCTACTA AAAATACAAA AATTAGCCAG GCATGGTGCC ACACACCTGT 2720
2721 GCTCTCAGCT ACTCAGGAGG CTGAGGCAGG AGGATCGCTT GAGCCCAGAA GGTCAAGGTT GCAGTGAACC ATGTTCAGGC 2800

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2801 CGCTGCACTC CAGCCTGGGT GACAGAGCAA GACCCTGTTT ATAAATACAT AATGCTTTCC AAGTGATTAA ACCGACTCCC 2880
2881 CCCTCACCCT GCCCACCATG GCTCCAAAGA AGCATTTGTG GAGCACCTTC TGTGTGCCCC TAGGTAGCTA GATGCCTGGA 2960
2961 CGGGGTCAGA AGGACCCTGA CCCGACCTTG AACTTGTTCC ACACAGGATG CCAGGCCAAG GTGGAGCAAG CGGTGGAGAC 3040
3041 AGAGCCGGAG CCCGAGCTGC GCCAGCAGAC CGAGTGGCAG AGCGGCCAGC GCTGGGAACT GGCACTGGGT CGCTTTTGGG 3120
3121 ATTACCTGCG CTGGGTGCAG ACACTGTCTG AGCAGGTGCA GGAGGAGCTG CTCAGCTCCC AGGTCACCCA GGAACTGAGG 3200
3201 TGAGTGTCCC CATCCTGGCC CTTGACCCTC CTGGTGGGCG GCTATACCTC CCCAGGTCCA GGTTTCATTC TGCCCCTGTC 3280
3281 GCTAAGTCTT GGGGGGCCTG GGTCTCTGCT GGTTCTAGCT TCCTCTTCCC ATTTCTGACT CCTGGCTTTA GCTCTCTGGA 3360
3361 ATTCTCTCTC TCAGCTTTGT CTCTCTCTCT TCCCTTCTGA CTCAGTCTCT CACACTCGTC CTGGCTCTGT CTCTGTCCTT 3440
3441 CCCTAGCTCT TTTATATAGA GACAGAGAGA TGGGGTCTCA CTGTGTTGCC CAGGCTGGTC TTGAACTTCT GGGCTCAAGC 3520
3521 GATCCTCCCG CCTCGGCCTC CCAAAGTGCT GGGATTAGAG GCATGAGCAC CTTGCCCGGC CTCCTAGCTC CTTCTTCGTC 3600
3601 TCTGCCTCTG CCCTCTGCAT CTGCTCTCTG CATCTGTCTC TGTCTCCTTC TCTCGGCCTC TGCCCCGTTC CTTCTCTCCC 3680
3681 TCTTGGGTCT CTCTGGCTCA TCCCCATCTC GCCCGCCCCA TCCCAGCCCT TCTCCCCCGC CTCCCCACTG TGCGACACCC 3760
3761 TCCCGCCCTC TCGGCCGCAG GGCGCTGATG GACGAGACCA TGAAGGAGTT GAAGGCCTAC AAATCGGAAC TGGAGGAACA 3840
3841 ACTGACCCCG GTGGCGGAGG AGACGCGGGC ACGGCTGTCC AAGGAGCTGC AGGCGGCGCA GGCCCGGCTG GGCGCGGACA 3920
3921 TGGAGGACGT GCGCGGCCGC CTGGTGCAGT ACCGCGGCGA GGTGCAGGCC ATGCTCGGCC AGAGCACCGA GGAGCTGCGG 4000
4001 GTGCGCCTCG CCTCCCACCT GCGCAAGCTG CGTAAGCGGC TCCTCCGCGA TGCCGATGAC CTGCAGAAGC GCCTGGCAGT 4080
4081 GTACCAGGCC GGGGCCCGCG AGGGCGCCGA GCGCGGCCTC AGCGCCATCC GCGAGCGCCT GGGGCCCCTG GTGGAACAGG 4160
4161 GCCGCGTGCG GGCCGCCACT GTGGGCTCCC TGGCCGGCCA GCCGCTACAG GAGCGGGCCC AGGCCTGGGG CGAGCGGCTG 4240
4241 CGCGCGCGGA TGGAGGAGAT GGGCAGCCGG ACCCGCGACC GCCTGGACGA GGTGAAGGAG CAGGTGGCGG AGGTGCGCGC 4320
4321 CAAGCTGGAG GAGCAGGCCC AGCAGATACG CCTGCAGGCC GAGGCCTTCC AGGCCCGCCT CAAGAGCTGG TTCGAGCCCC 4400
4401 TGGTGGAAGA CATGCAGCGC CAGTGGGCCG GGCTGGTGGA GAAGGTGCAG GCTGCCGTGG GCACCAGCGC CGCCCCTGTG 4480
4481 CCCAGCGACA ATCACTGAAC GCCGAAGCCT GCAGCCATGC GACCCCACGC CACCCCGTGC CTCCTGCCTC CGCGCAGCCT 4560
4561 GCAGCGGGAG ACCCTGTCCC CGCCCCAGCC GTCCTCCTGG GGTGGACCCT AGTTTAATAA AGATTCACCA AGTTTCACGC 4640
4641 ATCTGCTGGC CTCCCCCTGT GATTTCCTCT AAGCCCCAGC CTCAGTTTCT CTTTCTGCCC ACATACTGCC ACACAATTCT 4720
4721 CAGCCCCCTC CTCTCCATCT GTGTCTGTGT GTATCTTTCT CTCTGCCCTT TTTTTTTTTT TAGACGGAGT CTGGCTCTGT 4800
4801 CACCCAGGCT AGAGTGCAGT GGCACGATCT TGGCTCACTG CAACCTCTGC CTCTTGGGTT CAAGCGATTC TGCTGCCTCA 4880
4881 GTAGCTGGGA TTACAGGCTC ACACCACCAC ACCCGGCTAA TTTTTGTATT TTTAGTAGAG ACGAGCTTTC ACCATGTTGG 4960
4961 CCAGGCAGGT CTCAAACTCC TGACCAAGTG ATCCACCCGC CGGCCTCCCA AAGTGCTGAG ATTACAGGCC TGAGCCACCA 5040
5041 TGCCCGGCCT CTGCCCCTCT TTCTTTTTTA GGGGGCAGGG AAAGGTCTCA CCCTGTCACC CGCCATCACA GCTCACTGCA 5120
5121 GCCTCCACCT CCTGGACTCA AGTGATAAGT GATCCTCCCG CCTCAGCCTT TCCAGTAGCT GAGACTACAG GCGCATACCA 5200
5201 CTAGGATTAA TTTGGGGGGG GGTGGTGTGT GTGGAGATGG GGTCTGGCTT TGTTGGCCAG GCTGATGTGG AATTCCTGGG 5280
5281 CTCAAGCGAT ACTCCCACCT TGGCCTCCTG AGTAGCTGAG ACTACTGGCT AGCACCACCA CACCCAGCTT TTTATTATTA 5360
5361 TTTGTAGAGA CAAGGTCTCA ATATGTTGCC CAGGCTAGTC TCAAACCCCT GGCTCAAGAG ATCCTCCGCC ATCGGCCTCC 5440
5441 CAAAGTGCTG GGATTCCAGG CATGGGCTCC GAGCGGCCTG CCCAACTTAA TAATATTGTT CCTAGAGTTG CACTC 5515

La séquence ci-jointe est celle du gène de l'apolipoprotéine E humaine, allèle 4. Le

dernier nucléotide de chaque ligne est numéroté sur la droite (n° de position).

3.1.1 Certaines parties de cette séquence ont été soulignées d'un trait simple;
examinez avec soin le début et la fin des séquences qui sont situées entre ces
séquences soulignées : à quoi correspondent les séquences soulignées ?

3.1.2 Quelles sont les fonctions (rôles) des protéines qui se fixent en premier sur
ce gène dans la région allant du nucléotide 975 au nucléotide 1046 ?

3.1.3 Quel est le rôle du triplet de nucléotides en 1871-1873 ?

3.1.4 Quelle est la traduction de la séquence 1847-1913 de ce gène ?

3.1.5 Le nucléotide en position 1913 est un G qui fait partie de la séquence traduite :
quelle est sa position dans le cadre de lecture : N1, N2 ou N3 ?

3.1.6 Le nucléotide en position 3007 est un G qui fait partie de la séquence traduite :
quelle est sa position dans le cadre de lecture : N1, N2 ou N3 ?

3.1.7 Il existe dans le domaine de l'apolipoprotéine E codé par l'exon 4 du gène deux
Arginines qui peuvent être mutées en Cystéines par une simple substitution
d'un nucléotide : quelle est à ces endroits (soulignés deux fois), la séquence du
brin sens du gène muté ?

3.1.8 Quelle sera la longueur après transcription et maturation (comprenant

l'addition de 1000 AMP du côté 3'-OH) de l'ARN messager de l'apolipoprotéine E
?

3.1.9 Quel est le rôle du codon (souligné deux fois) TGA en 4496 ?

3.1.10 Quels sont les numéros des nucléotides de la boîte de polyadénylation ?

3.1.11 La sécrétion de la protéine hors des cellules nécessite l'hydrolyse d'un

peptide de 18 acides aminés du côté N-terminal. Quel est le rôle de ce peptide ?

3.1.12 De combien d'acides aminés se compose l'apolipoprotéine E mature ?

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3.2 Soit le schéma ci-contre représentant un ARNt (avec son anticodon).

a. Quel est le nom de l'acide aminé transporté par cet ARNt ?
b. Quel est le nom du nucléotide situé à l'extrémité 3' de cet ARNt ?
c. Par quel type de liaison l'acide aminé sera-t-il lié à cet ARNt ?

3.3 TRADUCTION
3.3.1 Compléter directement sur le
schéma ci-contre (Figure 1) les
légendes qui doivent indiquer :

- les sous-unités ribosomales et le

principal type d’ARN ribosomal
(ARNr) dont elles sont
constituées
- les sites de fixation peptidique
(site P) et acide aminé (site A) du
ribosome
- les molécules d’ARN messager
(ARNm) et d’ARN de transfert
(ARNt)
- les extrémités N-terminale et C-
terminale de la chaîne
peptidique en cours de synthèse

3.3.2 Ajouter directement sur le schéma

ci-contre (Figure 2)
- le résidu 7-méthylguanosine
triphosphate (Gppp) à
l’emplacement correct.
- la séquence nucléotidique du
premier codon de l’ARN messager.
- la séquence nucléotidique de
l’extrémité 3’ de l’ARN messager.

Déduire des informations dont vous disposez sur la séquence d’ARN messager :
- la séquence des huit premiers acides aminés du peptide.
- la séquence du gène codant ces huit premiers acides aminés.

3.3.3 Au cours de l’élongation du début de la protéine, un ribosome se trouve

successivement dans les deux états ci-dessous :
- A gauche avant la synthèse de la
liaison peptidique, le site P porte
un ARNt lié au peptide Met-Ala-Val.
Le ribosome vient de recruter un
ARNt chargé.
- A droite, après la synthèse de la
liaison peptidique, les 2 ARNt sont
encore fixés aux sites P et A.
Précisez les éléments présents
aux sites P et A à ce stade du
processus.

3.3.4 - Citer quatre étapes nécessaires à l’incorporation du quatrième acide aminé à

partir de cet acide aminé libre.
- Indiquer pour chacune des quatre étapes, si elle est directement couplée à
l’hydrolyse de liaison(s) riche(s) en énergie, en précisant le cas échéant, le nombre de
liaison(s) riche(s) en énergie hydrolysées.

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- Citer le nom de l’enzyme et le numéro des étapes qui permettent d’assurer la

spécificité du quatrième acide aminé incorporé.

3.3.5 - Dans quel(s) compartiment(s) de la cellule a lieu la synthèse de cette chaîne

peptidique ?
- Dans quel(s) compartiment(s) de la cellule a eu lieu la synthèse du ribosome et quel
est son devenir immédiat une fois que la synthèse de la chaîne peptidique sera
achevée ?
- Dans quel(s) compartiment(s) de la cellule a eu lieu la synthèse de l’ARN messager
et quel est son devenir immédiat une fois que la synthèse de la chaîne peptidique sera
achevée ?

3.3.6 Le tableau suivant illustre trois mutations différentes des codons 6 et 7 telles qu’elles
apparaissent dans la séquence nucléotidique de l’ARN messager.

Position du codon 1 2 3 4 5 6 7 8

ARNm Normal --- GCU GUU GCU AAU AUC UUU GGU

ARNm avec Mutation X --- GCU GUU GCU AAU AU U GGU

Suppression de 3 nucléotides

ARNm avec Mutation Y --- GCU GUU GCU AAU AUC UAG GGU
Remplacement de 2 nucléotides

ARNm avec Mutation Z --- GCU GUU GCU AAU AUC UUC GGU
Remplacement d’1 nucléotide

Citer pour chacune des mutation X, Y et Z :

- le type de mutation :
- ses conséquences éventuelles sur le cadre de lecture :
- ses conséquences éventuelles sur le peptide synthétisé :

3.4 Combien de liaisons phosphates riches en énergie sont consommées dans la synthèse
d'une protéine de 75 résidus d’acide aminé ?
Justifiez votre réponse.

3.5.
3.5.1 Soit une séquence de bases présente sur un brin d’ADN (brin 1)
....-G-A-C-T-T-A-C-A-C-G-C-G-A-T-T-T-T-A-T-A-T-A-G-C-....
a. Recopiez cette séquence et écrivez la séquence du brin d’ADN complémentaire
(brin 2)
b. Sachant que l’ARNm issu de la transcription de ce fragment d’ADN code le début
d’une protéine :
- déterminez quel est le brin matrice (justifiez votre réponse) et écrivez la
séquence de l’ARNm.
- orientez toutes les séquences des acides nucléiques ;
- écrivez la séquence du polypeptide traduit à partir de cet ARNm.

c. A la suite d’une mutation, la 10ème base (G) du brin 1 représenté ci-dessus, a ét é

remplacée par une adénine.
Dans un autre mutant, cette même base G a été remplacée par une cytosine.
Chez un troisième mutant, la même base G a été remplacée par une thymine.
Enfin, chez un quatrième mutant, ce même nucléotide G a été perdu.
Ecrivez pour chaque cas les modifications introduites dans les séquences.
Qu’advient-il de la protéine dans chaque cas ?

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3.5.2 Le code génétique est redondant ou dégénéré. Expliquez.

3.5.3 On estime que l’ensemble des molécules d’ADN présentes dans le noyau d’une
cellule humaine (avant la phase de réplication) représente ≅ 6 x 109 paires de
nucléotides. Quelle longueur totale d’ADN cela représente-t-il ? Justifiez vos
calculs en présentant votre raisonnement.
3.5.4 Quels sont les dif férents types d’ARN matures présents dans une cellule
eucaryote ? Précisez en 2 lignes maximum (pour chaque type) leur fonction
respective.

3.6 PROBLEME SUR LA SEQUENCE, LA TRANSCRIPTION ET LA TRADUCTION DU GENE SPO II G.

Cet exercice est organisé autour de l’exploitation d’une séquence nucléotidique. On se
propose d’analyser cette séquence en vue d’étudier successivement :
- le sens de transcription,
- le cadre de lecture
- l’enchaînement des acides aminés
- une propriété biologique de la protéine,
- les nucléotides modifiés chez quelques mutants.

La séquence d’ADN représentée ci-dessous est celle d’un fragment de 120 paires de
bases entièrement contenu dans la partie traduite du gène spo II G de la bactérie
Bacillus subtilis.

5’P
1 11 21 31

GAAAAAACTG AAAT TACGGT T GACGCACCT CTGGTATAAG

41 51 61 71

CTGCTGATGA AACTTGGGCT GAAAAGTGAT GAAGTCTATT

81 91 101 111

ACATAGGCGG GAGTGAAGCC CTGCC GCCTC CAT TATCTAA

3’ OH

3.6.1 Le sens de transcription

a. Sachant que la séquence donnée est celle du brin sens, indiquer par une flèche sur la
séquence ci-dessous le sens de progression de la transcription. Justifier.
G A A A A A A C T G A A A T T A C G G T...............G C C C T G C C G C C T C C A T T A T C T A A
1 11 101 111

3.6.2 Le cadre de lecture

a. Théoriquement l’information génétique portée par l’ARNm peut être traduite de trois
façons dif férentes. Pourquoi ?
b. Donner dans le tableau I ci-dessous les différentes séquences prises par les trois
codons stop au niveau des trois brins d’acide nucléique.
TABLEAU I
5’ P ➜ 3’ OH Séquences des codons non-sens
1er type 2ème type 3ème type
ARNm
brin d’ADN sens
brin d’ADN transcrit

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c. Avec des barres verticales, définir les trois cadres de lecture potentiels de la
séquence étudiée. Dans chaque cas encadrer les codons stop.

1er CADRE DE LECTURE POTENTIEL

1 11 21 31

GAAAAAACTG AAAT TACGGT T GACGCACCT CTGGTATAAG

41 51 61 71

CTGCTGATGA AACTTGGGCT GAAAAGTGAT GAAGTCTATT

81 91 101 111

ACATAGGCGG GAGTGAAGCC CTGCCGCCTC CAT TATCTAA

2ème CADRE DE LECTURE POTEN TIEL

1 11 21 31

GAAAAAACTG AAAT TACGGT T GACGCACCT CTGGTATAAG

41 51 61 71

CTGCTGATGA AACTTGGGCT GAAAAGTGAT GAAGTCTATT

81 91 101 111

ACATAGGCGG GAGTGAAGCC CTGCCGCCTC CAT TATCTAA

3ème CADRE DE LECTURE POTEN TIEL

1 11 21 31

GAAAAAACTG AAAT TACGGT T GACGCACCT CTGGTATAAG

41 51 61 71

CTGCTGATGA AACTTGGGCT GAAAAGTGAT GAAGTCTATT

81 91 101 111

ACATAGGCGG GAGTGAAGCC CTGCC GCCTC CAT TATCTAA

d. Quel est le cadre de lecture ef fectivement utilisé pour la synthèse de la protéine ?

e. Si au cours d’une expérience préliminaire on établit la séquence d’un seul brin d’un
fragment d’ADN que l’on sait être interne à un gène, il est possible, au moins en théorie
de déterminer le sens de la transcription. Comment ?

3.6.3 L’enchaînement des acides aminés

Identifier sur la séquence ci-dessous l’extrémité qui code pour la région N-terminale du
fragment protéique. Justifier.

1 11 111

GAAAAAACTG AAAT ................................CCTC CATTA TCTAA

3.6.4 Une propriété biologique de la protéine

Le tableau II présente la composition en acides aminés du fragment protéique analysé.

TABLEAU II

Acide aminé Ala Arg Asp Glu Gly His Ile Leu Lys Met Pro Ser Thr Trp Tyr Val

Nombre 1 1 1 2 3 1 1 10 6 1 3 3 1 1 3 1

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La protéine codée par le gène spo II G interagit avec l’ADN. Ce fait est-il compatible avec
la composition en acides aminés du fragment analysé ? Pourquoi ?

3.6.5 Les nucléotides modifiés chez quelques mutants.

Cette protéine peut-être purifiée à partir de la souche sauvage et de 3 mutants affectés
dans le gène spo II G. Elle est soumise à une électrophorèse en conditions non
dénaturantes; dans ces conditions la migration s’effectue selon la charge électrique.
a. Quel nucléotide doit-on trouver en position 71 chez les mutants pour obtenir les
profils d’électrophorèse présentés dans la figure I ?

FIGURE I
Sauvage Mutant 1 Mutant 2 Mutant 3

- +

Nucléotide G
n°71

3.7 SOIT UNE SEQUENCE CODANTE DE 18 NUCLEOTIDES.

ADN ... CAT ATA ...

DOUBLE
-BRIN ... GAA ...

ARNm ... GUC ...

ANTICODON CAG
des ARNt
ACIDE lys trp
AMINE

a. Déterminer le sens de transcription. Justifier.

b. Orienter l’ARNm, les deux brins de la molécule d’ADN et compléter le tableau.
c. Orienter la chaîne polypeptidique en précisant les extrémités NH2 et COOH-
terminales.

4. REPLICATION ET REPARATION

4.1 On incube des extraits solubles de colibacilles contenant de l’ADN avec un mélange de
dATP, dTTP, dGTP et dCTP marqués tous avec du 32 P sur le phosphore α. Après une
période d’incubation, le mélange est traité à l’acide trichloracétique qui précipite l’ADN et
laisse en solution les petites molécules.
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a. Si un des quatre précurseurs manque, on ne trouve pas de radioactivité dans le

précipité. Commenter.
b. Aurait-on trouvé de la radioactivité si c’était le phosphore β ou γ qui avait été marqué ?
c. Dans la chaîne synthétisée de manière continue suivante, où est l’erreur ? Comment
cette erreur sera-t-elle corrigée ?
Matrice
(3’) C - G - T - A - C - A - A - A- C - C - T - G - G - T - T - ...... (5’)
Néosynthètisé
(5’) G - C - A - T - G - T - T- T- G - G - A - A - ...... (3’)
d. Cette chaîne, sous l’influence des UV, peut présenter d’autres altérations.
Lesquelles ? Comment seront-elles réparées ?

4.2 Quel problème se pose lors de la réplication de l’extrémité des chromosomes ?

Quelle activité enzymatique spécifique permet d’y répondre ?

4.3 Compléter les propositions suivantes.

a. L’enzyme responsable de la synthèse d’ADN dans la réplication comme dans la
réparation est l’___________________.
b. Lors de la réplication, la région active du chromosome est une structure en forme d’Y
appelé une ______________________.
c. L’enzyme qui scelle les brèches dans l’hélice lors de la synthèse et de la réparation de
l’ADN s’appelle : l’_____________________ .
d. Lors de la réplication de l’ADN, le brin fils synthétisé en continu s’appelle :___________,
et le brin synthétisé de manière discontinue est appelé_______________ .
e. Si l’ADN polymérase positionne un nucléotide incorrect à l’extrémité 3’, un domaine
catalytique distinct possédant une activité_________________ enlève la base mal appariée.
f. L’initiation de la synthèse d’ADN sur le brin à réplication discontinue requiert de
petites_________________ fabriquées par une enzyme appelée__________________, qui a
pour substrat des _______________________ .
g. La séparation de 2 brins d’ADN au niveau de la fourche de réplication est catalysée par
l’__________________, qui se déplace unidirectionnellemment le long de l’ADN grâce à
l’énergie fournie par l’hydrolyse d’ATP ;
h. Les________________, qui participent au relâchement de l’ADN, se lient à l’ADN simple
brin de sorte que ses bases restent disponibles pour servir de matrice.
k. Les fourches de réplication se forment au niveau de séquences particulières de l’ADN
appelées__________________
l. Les________________peuvent être considérées comme des « nucléases réversibles » qui
créent des cassures transitoires, soit monocaténaires (type I), soit bicaténaires (type II).

4.4 Compléter les propositions suivantes.

a. La plupart des modifications spontanées de l’ADN sont rapidement éliminées par un
processus de correction appelé la _____________________ ; il est exceptionnel que les
mécanismes de maintenance échouent, et permettent une modification de séquence
permanente, qui est appelée une ______________________.
b. Deux modifications spontanées courantes de l’ADN sont : la ____________________ qui
résulte d’une rupture des liaisons N-glycosidiques de l’adénine ou de la guanine au
désoxyribose, et la _____________________ qui transforme la cytosine en uracile.
c. Le processus de réparation des fragments d’ l’ADN implique trois étapes : les enzymes
appelées __________________ reconnaissent et excisent la portion modifiée du brin d’ADN,
les __________________ resynthétisent la région excisée, et l’______________________ comble
l’espace laissé.
d. La simple excision de base implique 3 enzymes : ______________________

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5. ALTERATIONS DU MATERIEL GENETIQUE ET

OUTILS DE BIOLOGIE M OLECULAIRE

5.1 Vous voulez étudier un fragment d'ADN de 536 paires de base correspondant à la
région régulatrice située en amont (5') du gène de votre protéine favorite. Cette séquence
est la suivante :
Brin sens :
5' GATTCAGGAGATTCACAC- - 500 nucléotides- -TCGGTACAGCTATACAGG 3'
Brin antisens:
3' CTAAGTCCTCTAAGTGTG- - 500 nucléotides- -AGCCATGTCGATATGTCC 5'

5.1.1 Parmi les 8 amorces suivantes quelles sont les 2 amorces (à désigner par leurs
lettres) qui permettront l'ampli fication par PCR de ce fragment ?
a) 5' G A T TC AG G AG A T TC AC AC 3'
b) 5' C T A AG TC C TC T A AG TG T G 3'
c) 5' C AC A C T T AG A GG A C T T AG 3'
d) 5' T C G GT A C AGC T A T AC AG G 3'
e) 5' AG C C AT G TC G A T A TG TC C 3'
f) 5' G T G T G A AT C TC C T G A AT C 3'
g) 5' C C T GT A T AG C T GT A C C G A 3'
h) 5' G G AC A T AT C G AC A T GG C T 3'

5.2 Séquençage d'un ADN par la technique de Sanger:

a. Expliquez en quelques lignes le principe de la technique.
b. Soit représenté ci-dessous sur la ligne, un segment d'ADN monobrin. Son séquençage
est effectué par la technique de Sanger, avec une amorce sens. En examinant le schéma
représentant une partie de l'autoradiogramme du gel de migration, écrire :
• la séquence nucléotidique lue directement sur ce schéma du film.
• la séquence réelle du segment d'ADN monobrin correspondant.

A G C T

sens de
migration

5.3 Compléter la séquence palindromique :

A G A T ? ? ? ?
? ? ? ? ? ? ? ?

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5.4 Diagnostic d'une maladie génétique

5.4.1- Au cours de l’exploration
d’une famille atteint e
d’hypercalcémie hypocalciurique
familiale, des mutations
inactivatrices du récepteur
sensible au calcium,
(responsables d’une
augmentation du niveau de
calcémie à partir duquel la
sécrétion de PTH et la
réabsorption du calcium par le
tubule rénal sont inhibées) ont
été mises en évidence par la
technique de séquençage de
Sanger chez un sujet atteint de
la maladie.

a. En comparant les profils de séquence (électroph orégramme) ci-dessus d’un sujet

normal et d’un patient atteint, localisez la mutation ? (Rq : la lettre Y signifie la
présence d’un double pic de C et de T simultanément)
b. De quel type est-elle ?
c. Quelles sont les conséquences sur la séquence en acide aminé de la protéine,
sachant que le codon ACA en 5’ est en phase avec le cadre de lecture.
d. Quel est le mode probable de transmission de cette maladie ? Justifier votre
réponse.

5.4.2 Pour rechercher la mutation chez les apparentés du sujet étudié, une étude par
PCR-RFLP a été pratiquée.
a. Quel est le principe de cette méthode ?
b. Avec la séquence mutée apparaît un site supplémentaire de digestion par l’enzyme
de restriction E.
Fragment d!ADN amplifié de 504 pb:
Séquence normale : "
L’amplification par PCR de BslEI EI
Bsl
313 pb
l’exon concerné du gène du 87 pb 104 pb

récepteur du calcium, conduit à

l’obtention d’un fragment de 504
paires de bases. Ce fragment est
soumis ensuite à une digestion Séquence mutée : "

BslEI E E
par E qui génère différents types 87 pb 133 pb
Bsl I
180 pb
Bsl I
104 pb
de fragments (cf. schéma).

Sur l’arbre généalogique ci-

contre est représenté le résultat
de la migration sur gel d’agarose
de ce produit de PCR, non digéré B C
puis digéré par E, issu de
l’amplification de l’ADN A D
génomique des individus A, B, C
et D.
615 bp
Lesquels de ces sujets 492 bp
présentent la mutation ? 369 bp

246 bp

123 bp

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5.5 Les ARN extraits du cytosol de différents tissus sont analysés par la technique dite du
"Northern" en utilisant comme sonde un oligonucléotide correspondant à une partie du
premier exon du gène de la calcitonine (hormone hypocalcémiante).

Thyroïde Cerveau Foie Rein M uscle Rate

Sens de
migration

a. Interprétez cette image en indiquant les différentes hypothèses possibles.

b. Lorsque la même expérience est réalisée sur des ARN nucléaires de thyroïde ou de
cerveau, on observe surtout des bandes très faibles et diffuses, de plus haut poids
moléculaire qu'en partant d'ARN cytosolique. A quoi correspondent-elles ?

5.6 Soit un gène codant une protéine humaine synthétisée exclusivement par le foie.

5.6.1 On souhaite amplifier par PCR un exon de ce gène.

Peut-on utiliser indifféremment l’ADN extrait de cellules sanguines, de la peau, du
foie ou d’autres tissus pour cette étude ?

5.6.2 Qu’appelle-t-on ADNc ?

Peut-on utiliser les ADNc obtenus à partir de cellules sanguines ou de cellules
hépatiques pour réaliser la même PCR? Justifiez votre réponse.

5.6.3 Mêmes questions pour l’amplification d’une séquence appartenant au promoteur de

ce gène.

6. QCM

1. Structure des acides nucléiques  a.  d.

 b.  e.
 c
1 Parmi les caractères suivants indiquer
le(s)quel(s) s’applique(nt) à un nucléotide compris 3 Le nucléotide composé représenté ci-dessous
dans la structure d’un acide ribonucléique: NH2

 a. Il contient toujours des atomes de carbone,

N
d’hydrogène, d’oxygène, de phosphore et d’azote O O O
N

 b. Il contient trois fonctions acides dont deux -

N
O P O P O P O CH2
estérifiées O
N

 c. Il contient une liaison N-osidique O- O- O-

 d. Il contient une base azotée, purine ou pyrimidine

 e. Il contient un ose à six carbones (hexose) OH OH

2 Parmi les structures suivantes, quelles sont

celles qui existent dans un ADN normal :
 a. est l’adénosine triphosphate
 b. contient du désoxyribose
 c. possède 2 liaisons riches en énergie
 d. possède 2 liaisons « phosphoester »
 e. sert de précurseur à la synthèse d’ARN

3 Dans la structure du fragment d'ADN représenté

par la séquence A C T C , quelles sont les
liaisons, fonctions, molécules simples ou
groupes d'atomes présentes :
 a. Quatre liaisons N-osidiques
 b. Quatre ß-D-riboses
 c. Un noyau purine
 d. Trois fonctions amine primaire libres
 e. Deux cytidines

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5. La base azotée représentée ci-dessous
 a. est une base purique
 b. est la thymine
 c. s’apparie à une base pyrimidique dans la
double hélice d’ADN
 d. forme 3 liaisons « hydrogène » avec la base
complémentaire à laquelle elle s’apparie dans la
double hélice d’ADN
 e. peut être méthylée dans l’ADN génomique
6 Dans l'ADN, indiquez le ou les couple(s) de
trinucléotide(s) complémentaire(s) en tenant
compte des conventions d'écriture des
séquences (c'est-à-dire de 5' vers 3')
 a. AAC et GTT
 b. AAC et TTG
 c. CAT et GTA
 d. CAT et ATG
 e. CTA et GAT
7 Dans l'ADN, quelles sont les propositions justes
 a. Les bases G et C sont appariées par deux
liaisons hydrogènes.
 b. Les bases pyrimidiques sont appariées entre
elles.
 c. Le désoxyribose correspond à une molécule de
ribose dans laquelle le OH en position 3' est
remplacé par un H.
 d. Dans une molécule d'ADN, le caractère
polyanionique est dû à l’ionisation du résidu
phosphate.
 e. Les deux chaînes d'une molécule d'ADN sont
anti-parallèles.
8. La figure suivante représente un fragment d’acide
nucléique de quatre nucléotides (nt).
Parmi les séquences suivantes lesquelles représentent
une molécule qui s'hybrident parfaitement avec le
fragment de 4 nt ci-dessus représenté :
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 a. AGTCTCAGC
 b. TCAGACTAG
 c. AGTCAGACT
 d. GACTGAGTC
 e. ACTCAGACT
9. Au cours de l'électrophorèse des acides
désoxyribonucléiques (ADN) le champ électrique
fait migrer les fragments d’ADN pour les séparer
en bandes rendues visibles lorsqu'on illumine le
gel d'agarose avec une lumière ultra-violette.
Quelles sont les propositions vraies
correspondant à cette technique :
 a un ADN de 150 paires de bases (pb) riche en A=T
migre à la même vitesse qu'un ADN de 150 pb riche
en G≡C
 b tous les acides nucléiques migrent vers l'anode
 c un colorant bleu anionique de 1300 daltons de
masse moléculaire migre plus vite que tous les
fragments d'acides nucléiques
 d les fragments de ADN sont séparés en fonction de
leurs différentes charges électriques
 e les ADN sont rendus fluorescents par un réactif qui
s'intercale entre les bases hybridées de la double
hélice
2. Transcription
1. Au cours de la transcription, quelles sont les
espèces chimiques qui ont un rôle à jouer :
 a. RNA polymérase II
 b. ribonucléotides
 c. désoxy- thymidine triphosphate (dTTP)
 d. protéine liant la boîte TATA (TBP)
 e. guanosine triphosphate
2. La transcription d'un gène codant une protéine
 a. a lieu sur les ribosomes.
 b. met en jeu l'ARN polymérase II.
 c. utilise des désoxyribonucléotides
triphosphates.
 d. a lieu sur les deux brins.
 e. fait intervenir la fixation de facteurs
transcriptionnels sur le promoteur.
3. Le facteur TFIID
 a. est un facteur de transcription.
 b. est nécessaire à l’activité de transcription de
l’ARN polymérase II.
 c. se lie à une séquence d’ADN dans le promoteur
des gènes.
 d. se lie à une séquence d’ADN qui peut être
localisée à plusieurs milliers de paires de
nucléotides du site d’initiation de la transcription.
 e. est un élément cis-régulateur.
4 Parmi les propositions suivantes sur la
transcription certaines sont exactes,
lesquelles?
 a. la transcription ne concerne que la production
des ARN messagers
 b. la transcription des ARN de transfert est
réalisée par l'ARN polymérase III
 c. la transcription utilise toujours les 2 brins du
gène comme matrice, ce qui permet la production
de 2 molécules d'ARN messager différentes
 d. la transcription nécessite l'ouverture de
l'hélice d'ADN
 e. seuls les exons sont transcrits
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5 La transcription
 a. l’ARN polymérase II synthétise les ARN
précurseurs des ARN messagers
 b. l’initiation de la transcription par l’ARN
polymérase II nécessite l’assemblage d’un
complexe de facteurs généraux de transcription sur
le site promoteur du gène
 c. l’initiation de la transcription par l’ARN
polymérase II n’est pas influencée par l’état de
condensation de la chromatine
 d. les séquences d’ADN régulatrices peuvent être
séparées du promoteur par plusieurs milliers de
paires de nucléotides
 e. les facteurs de transcription peuvent se lier aux
séquences d’ADN régulatrices par l’intermédiaire
de liaisons hydrogène
6. Lors de la transcription :
 a. Le brin sens est le brin sur lequel la boîte
TATA est du côté 3 ‘ de la boîte CAAT
 b. L’ARN polymérase I synthétise les ARN
ribosomiques 28S, 18S et 5,8S
 c. L’ARN polymérase II synthétise les ARN
messagers
 d. Les séquences cis-régulatrices sont reconnues
par des facteurs protéiques transrégulateurs
ayant des effets sur la vitesse de transcription
 e. L’excision-épissage est une étape de la
maturation des transcrits primaires où les exons
sont coupés de la structure primaire et les introns
liés les uns à la suite des autres
7 Parmi les propositions suivantes concernant la
séquence de tous les ARN messagers, lesquelles
sont exactes
 a. elle débute par un codon AUG
 b. elle se termine par un signal de
polyadénylation
 c. elle est formée exclusivement d'une séquence
codant une protéine
 d. elle possède à son extrémité 5' une coiffe
formée d'un nucléotide à méthylguanosine
 e. elle contient toujours un codon stop
8. Les ARN messagers (ARNm)
 a. sont toujours synthétisés dans le sens 5’ → 3’
 b. sont toujours traduits dans le sens 5’ → 3’
 c. comportent toujours tous les exons du gène
 d. ont toujours une coiffe 7-méthylguanosine
triphosphate en 5’
 e. ont toujours au moins un codon AUG
9. L’ARN messager chez les eucaryotes
 a.possède une séquence complémentaire du brin
codant de l’ADN génomique
 b. ne comporte pas les introns
 c. peut comporter une partie seulement des exons
 d. est toujours entièrement traduit
 e. possède une longue répétition polyadénylique
10. Parmi les propositions concernant les ARN
messagers des eucaryotes
 a. Leur biosynthèse est sous le contrôle de
facteurs TFII
 b. Ils sont codés par des gènes dont le promoteur
est situé à l'intérieur de la région transcrite.
 c. L'excision des introns se fait dans le
cytoplasme après fixation du pré-ARNm sur le
ribosome.
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Biologie Moléculaire / 17
 d. Au cours de l'excision-épissage se crée une
liaison 2'-5' phosphodiester.
 e. La séquence poly A n'est pas traduite .
11. Quelles sont parmi les propriétés suivantes
celles qui sont en accord avec la définition des
exons et des introns chez les Eucaryotes :
 a. l’exon est une séquence de nucléotides
 b. l’intron est délimité en 5’ par un site donneur
5’TG et en 3’ par un site receveur AG.
 c. la queue poly A ne fait partie d’aucun exon
 d. les introns sont transformés en lassos, puis
détruits par la ribonucléase
 e. un exon est toujours situé entre deux introns
3. Traduction
1. La lysyl-tRNA synthétase reconnaît spécifi-
quement quel(s) ligand(s) parmi les suivants :
 a. ARNt dont la boucle centrale porte l’anticodon
UUU
 b. AMP
++
 c. ion Mg
 d. Lysine
 e. ARNt dont la boucle centrale porte l’anticodon
AAA
2. Quelle(s) liaisons est (sont) hydrolysée(s) ou
rompue(s) au cours de l’élongation d’une
protéine, à chaque acide aminé incorporé :
 a. Liaison ester à l’extrémité 3’-OH de l’ARNt du
site peptidique
 b. Liaison anhydride d’acides entre les phosphates
du GTP lié au ribosome et au facteur eEF2 lors de
la translocation du messager
 c. Liaisons hydrogène entre l’anticodon de l’ARNt
devenu libre du site peptidique et le codon de
l’acide aminé incorporé à l’étape précédente
 d. Liaison anhydride d’acides entre les phosphates
du GTP fixé sur le facteur eEF1
 e. Liaison amide entre l’extrémité COOH-terminale
du peptide en cours de synthèse et la fonction
amine de l’acide aminé incorporé
3. Le méthionyl-ARNt
 a. est nécessaire à l’initiation de la traduction
 b. comprend l’ARNt dont l’anticodon est 5’ CAU 3’
 c. est synthétisé par une réaction enzymatique
couplée à l’hydrolyse de 4 liaisons riches en
énergie
 d. est synthétisée par une aminoacyl-ARNt
synthétase spécifique de la méthionine
 e. comporte une liaison ester riche en énergie
nécessaire à la formation d’une liaison peptidique
entre la méthionine et un autre acide aminé
4. Les ARN de transfert (ARNt)
 a. représentent le type d’ARN le plus abondant de
la cellule
 b. sont au nombre de 20
 c. chacun d’entre eux se lie à un seul acide aminé
 d. chacun d’entre eux se lie à un seul codon
 e. se lient aux acides aminés par l’intermédiaire
d’une liaison riche en énergie
Cahier d'Exercices en Biochimie / PCEM1 Biologie Moléculaire / 18

5. Quel est (ou quels sont) le(s) triplet(s)  d. Le codon de l’ARN m AUG est
nucléotidique(s) du (ou des) anti-codon(s) du complémentaire de l’anticodon CAU de l’ARNt
(ou des) ARNt Glu s'appariant avec les codons  e. Le bilan énergétique de la traduction est fonction
de l'acide glutamique GAA et GAG? du nombre d’acides aminés incorporés dans la
 a. CUU protéine.
 b. CUC
 c. UUC
 d. TTC
 e. CTC 4. Réplication et réparation
6. Indiquez la ou les propositions exactes 1. La synthèse du brin retardé par l'ADN polymérase
 a. La fixation du complexe acide aminé ARNt se distingue de celle du brin rapide parce que:
sur l'ARN messager se fait par l'acide aminé.  a. elle consomme moins de désoxyribo-
 b. Il existe trois triplets différents codant la fin de nucléosides triphosphates
la synthèse d'une chaîne peptidique.  b. elle fait intervenir beaucoup plus souvent les
 c. Le codon initiateur de la traduction code enzymes ADN-primase et ADN-ligase
toujours pour la méthionine.  c. elle engendre la production des fragments
 d. Chez les eucaryotes, la transcription et la d'Okazaki
traduction ont lieu dans le même compartiment  d. elle fait appel à des amorces plus nombreuses
cellulaire.  e elle se fait à contre-sens du déplacement de
 e. La transcription d'un gène se fait dans le sens l'enzyme sur l'ADN
5' -------> 3'.
2. Au cours de la réplication de l’ADN,
7. Parmi les codons suivants quels sont les 2 qui l’incorporation d’un désoxyribonucléotide
correspondent au codon d'initiation de la  a. est catalysée par une ADN polymérase
traduction d'une part et à l'un des codons de  b. consomme l’énergie fournie par l’hydrolyse de
terminaison de chaîne protéique d'autre part? deux liaisons riches en énergie
 a. AUC  c. peut avoir lieu à l’extrémité 3’-OH ou 5’-OH d’un
 b. AUG brin amorce d’ADN
 c. UAG  d. peut avoir lieu à l’extrémité 3’-OH ou 5’-OH d’un
 d. GAU brin amorce d’ARN synthétisé par une primase
 e. UAC  e. peut avoir lieu à l’extrémité 3’-OH d’un brin
amorce d’ARN synthétisé par une télomérase
8 La séquence nucléotidique de l'anticodon d'un
ARNt est 5' -CCU - 3' quelle est dans la
3. Les ARN polymérases et les ADN polymérases ont
séquence suivante d'un ARN messager le triplet
en commun les caractéristiques suivantes
nucléotidique qui pourra s'apparier à
 a. catalysent l’addition d’unités nucléotidiques dans
l'anticodon ?
le sens 5’ → 3’
 b. catalysent la formation de liaisons
« phosphodiester »
 c. nécessitent une chaîne polynucléotidique
matrice
 d. nécessitent une chaîne polynucléotidique
amorce
 a.  b.  c.  d.  e.  e. possèdent une activité exonucléasique 3’ → 5’

9. Synthèse protéique : 4. Les principes et mécanismes généraux de la

 a. La synthèse protéique débute par l'acide aminé
N terminal et se termine par l'acide aminé C
terminal
 b. Les acides aminés sont activés par une liaison
ester aux molécules d'ARN t
 c.La terminaison d'une synthèse protéique requiert
la liaison d'un t RNA terminateurs à un codon stop
du mRNA
 d. On trouve de la thymine dans la majorité des
tRNA
 e. La mobilisation du peptidyl-tRNA du site A au
site P sur le ribosome est rendue possible par
l'hydrolyse de L'ATP
10. Quelle(s) est (sont) la (ou les) affirmation(s)
vraie(s) concernant la traduction :
 a. L’ARN messager mature est toujours traduit
dans sa totalité
 b. AUG est un codon de terminaison de la
traduction
 c. Le code génétique est fondé sur des mots de 3
lettres les codons
réplication
 a. Il est nécessaire d'ouvrir la molécule d'ADN
en un point précis pour procéder
enzymatiquement à sa réplication in vivo.
 b La synthèse d'un brin nouveau d'ADN
nécessite toujours la fabrication préalable d'une
amorce d'ARN.
 c. Il existe au niveau d'une fourche de
réplication, deux molécules d'ADN polymérases à
fonctionnement simultané mais différent, l'une
allongeant un brin d'ADN dans le sens 5' --->3' et
l'autre allongeant l'autre brin dans le sens 3'--->5'.
 d. Le brin dit "précoce" est celui à synthèse
discontinue et le brin dit "tardif" est celui à
synthèse continue.
 e. Dans une boucle de réplication, les deux
fourches progressent en direction opposée, à la
même vitesse.

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5. Quelle est l'activité enzymatique, retrouvée chez
la plupart des ADN polymérases, qui leur
permet d'assurer une très grande fidélité de la
réplication?
 a. Activité d'exonucléase 3' ----> 5'
 b. Activité d'exonucléase 5' ----> 3'
 c. Activité de polymérase
 d. Activité d'endonucléase
 e. Activité de synthèse d'amorce
6. La réplication de l'ADN des eucaryotes
 a. utilise des désoxyribonucléotides
triphosphates.
 b. fait intervenir de l'ARN.
 c. débute en un seul site.
 d. met en jeu des ADN polymérases
bidirectionnelles.
 e. est semi-conservative.
7. Au cours de la réplication
 a. la croissance de la chaîne se fait toujours
dans le sens 5' ----->3'
 b. les deux brins de l'ADN se séparent grâce à
des protéines.
 c. les précurseurs sont les
désoxyribonucléotides pour un brin et les
ribonucléotides pour l'autre.
 d. il y a un épissage de l' ADN néoformé.
 e.la synthèse est continue pour un brin d'ADN et
discontinue pour l'autre.
8. On rencontre des acides nucléiques hybrides
(brins de ribonucléotides et de désoxyribo-
nucléotides liés de façon antiparallèle et
complémentaire) dans la (les) circonstance(s)
suivante(s) :
 a. entre l'amorce et le brin avancé de ADN au
cours de la réplication
 b. au cours des réactions catalysées par la
télomérase
 c. entre un élément cis-régulateur et un facteur
trans-régulateur
 d. entre l'amorce et le brin retardé de ADN au
cours de la réplication
 e. dans le site catalytique d'une RNA polymérase
9. Quelle(s) est (sont) la (ou les) affirmation(s)
vraie(s) concernant la réplication:
 a Les 2 brins de l’ADN parental servent chacun de
modèle pour la synthèse d’un nouveau brin au
cours de la réplication
 b. L’hélicase sert à stabiliser les brins séparés
 c. Les ADN Polymérases ont une activité
exonucléasique
 d. Le Mg++ est facultatif pour l’activité des ADN
polymérases
 e. L’ADN Polymérase α est associée à la primase
et L’ADN Polymérase δ est la principale enzyme de
réplication en synthétisant sur le brin direct aussi
bien que sur le brin retardé
10. La réparation de l’ADN peut se faire après
suppression des structures anormales par les
mécanismes suivants :
 a. excision des deux brins mésappariés sur plus de
10 nucléotides
 b. excision d'une base par l’ADN-glycosylase
 c. excision d'un seul brin d’ADN sur plusieurs
dizaines de nucléotides
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Biologie Moléculaire / 19
 d. échange d'un brin d’ADN avec le gène homologue
de l'autre chromosome
 e. hydrolyse du désoxyribonucléotide 3'-OH terminal
par l’ADN-polymérase
5. Altération du matériel génétique et outils
de biologie moléculaire
1. Les enzymes de restriction
 a. interviennent dans la réplication.
 b. ont une fonction chez les bactéries d'où on les
extrait.
 c. reconnaissent le plus souvent des
palindromes.
 d. coupent l'ADN simple brin.
 e. peuvent couper un ADN circulaire.
2. Parmi les propositions concernant la PCR
 a. permet l'amplification de fragments d'ADN de
séquence complètement inconnue
 b. nécessite des amorces ARN.
 c. deux amorces différentes sont nécessaires
 d. fait intervenir une ADN-ligase
 e. l'élongation par la Taq-polymérase se fait à
72°C
3. La transcriptase inverse
 a. est une ADN polymérase ARN dépendante .
 b. est une enzyme qui permet l'entrée d'un
rétrovirus dans la cellule hôte.
 c. est utilisée pour la synthèse in vitro d'ADNc.
 d. a été isolée à partir d'un virus à ARN.
 e. est une enzyme qui permet la synthèse
d'ADN à partir d'ARN.
4. L’ADN complémentaire
 a. l’ADN complémentaire est synthétisé par
transcriptase inverse à partir d’ARN messager
 b. les banques d’ADN complémentaire sont
identiques quel que soit le tissu humain (foie,
poumon, cœur, rein…) à partir duquel elles sont
préparées
 c. les banques d’ADN complémentaire préparées
à partir de différents tissus humains (foie, poumon,
cœur, rein…) ont en commun les séquences
correspondant aux gènes domestiques
 d. la séquence en acides aminés d’une protéine
peut être déterminée à partir d’une séquence
d’ADN complémentaire
 e. la séquence d’un intron peut être déterminée à
partir d’une séquence ADN complémentaire
5. Un ADNc est:
 a. une séquence fabriquée in vitro pour des
besoins expérimentaux.
 b. une séquence ne contenant aucune
information autre que celle qui est présente dans
un ARN messager mature
 c. une séquence contenant l'ensemble des
exons et des introns.
 d. une séquence dont on peut déduire une
séquence polypeptidique.
 e. une séquence naturellement présente dans le
génome humain.
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6. Parmi les enzymes suivantes, laquelle ou

lesquelles sont utilisées dans la technique de 12. La délétion d’un codon entier dans l’ADN
RT-PCR génomique
 a. ligase  a. est une mutation ponctuelle
 b. ADN polymérase thermostable  b. peut entraîner une modification de la séquence
 c. transcriptase inverse peptidique
 d. ARN polymérase  c. peut modifier le cadre de lecture
 e. hélicase  d. peut affecter l’excision-épissage d’un intron
 e. peut introduire un codon stop
7. Classer dans l’ordre les étapes de la méthode du
« Southern blot » 13. Dans la séquence suivante du gène d’une
1 - Electrophorèse protéine
2 - Hybridation
CAGGCCGAGGCCAAAGTAAATCTCA
3 - Transfert sur membrane
4 - Digestion de l’ADN par une enzyme de restriction correspondant à l’extrémité 3’ de l’exon 3, qui se
5 – Autoradiographie traduit par Gln Ala Glu Ala Lys, indiquer quelle
 a. 4 – 3 – 1 – 2 – 5 transition G→A (nucléotides soulignés) est
 b. 1 – 4 – 3 – 5 – 2 susceptible d’entraîner un empêchement de
 c. 4 – 1 – 3 – 2 – 5 l’excision épissage de l’intron 3 de cette
 d. 2 – 5 – 3 – 4 – 1 protéine :
 e. 1 – 4 – 5 – 3 – 2  a. CAAGCCGAGGCCAAAGTAAATCTCA
 b. CAGGCCGAGGCCAAAATAAATCTCA
8. Parmi les propositions concernant la technique
 c. CAGACCGAGGCCAAAGTAAATCTCA
de Southern,
 a. fait obligatoirement intervenir une ADN  d. CAGGCCGAGACCAAAGTAAATCTCA
polymérase  e. CAGGCCGAAGCCAAAGTAAATCTCA
 b. permet l'analyse des ARN messagers
exprimés dans un tissu ou une cellule 14. Toutes les lésions moléculaires suivantes
 c. on peut utiliser comme sonde un peuvent se traduire par un caractère ou une
oligonucléotide de synthèse maladie chez l’enfant qui les reçoit dans son
 d. On peut utiliser comme sonde un fragment patrimoine génétique, sauf une, indiquer
d'ADNc. laquelle :
 e. permet de détecter des mutations  a. transition G→A dans un codon de terminaison
 b. insertion d’un C dans le codon CCC d’une
9. La télomérase proline
 a. synthétise une séquence répétée d’ADN  c. délétion de la boîte TATA
 b. utilise une matrice d’ADN  d. transversion dans le codon d’un acide
 c. utilise comme amorce l’extrémité 3’-OH d’un brin aspartique
d’ADN  e. délétion du site receveur du dernier intron
 d. utilise une matrice d’ARN
 e. utilise comme amorce l’extrémité 3’-OH d’un brin
d’ARN

10. Les didésoxyribonucléosides triphosphates

 a. possèdent trois liaisons riches en énergie
 b. ne possèdent pas de groupement OH en 3’
 c. peuvent être incorporés par l’ADN polymérase
à l’extrémité 3’-OH d’un brin d’ADN
 d. empêchent l’extension du brin d’ADN dans
lequel ils sont incorporés
 e. peuvent être utilisés dans les techniques de
séquençage de l’ADN

11. Parmi les propositions suivantes concernant le

séquençage de l'ADN par la méthode de Sanger,
lesquelles sont exactes?
 a. les réactions parallèles de séquençage ne
diffèrent entre elles que par la nature du
didéoxynucléotide
 b. l'ADN à séquencer doit être sous forme
double brin
 c. les réactions de séquence sont des réactions
de polycondensation de l'ADN
 d. chacune des 4 réactions parallèles de
séquence se fait en présence d'un seul
nucléotide
 e. la région séquencée est déterminée par la
matrice d'ADN et non l'amorce

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Cahier d'Exercices en Biochimie / PCEM1 Biologie Moléculaire / 21

ANNALES : EXERCICES et QCM

Exercice 2005
9 questions à choix multiples (Cocher les cases vraies pour chaque QCM)

Soit l’ADN complémentaire double brin (ADNc) qui a été synthétisé à partir de l’ARN messager de l’apolipoprotéine A-II
(apoA-II). La séquence du brin sens de cet ADNc est :

1 AGGCACAGAC ACCAAGGACA GAGACGCTGG CTAGGCCGCC

41 CTCCCCACTG TTACCAACAT GAAGCTGCTC GCAGCAACTG
81 TGCTACTCCT CACCATCTGC AGCCTTGAAG GAGCTTTGGT
121 TCGGAGACAG GCAAAGGAGC CATGTGTGGA GAGCCTGGTT
161 TCTCAGTACT TCCAGACCGT GACTGACTAT GGCAAGGACC
201 TGATGGAGAA GGTCAAGAGC CCAGAGCTTC AGGCCGAGGC
241 CAAGTCTTAC TTTGAAAAGT CAAAGGAGCA GCTGACACCC
281 CTGATCAAGA AGGCTGGAAC GGAACTGGTT AACTTCTTGA
321 GCTATTTCGT GGAACTTGGA ACACAGCCTG CCACCCAGTG
361 AAGTGTCCAG ACCATTGTCT TCCAACCCCA GCTGGCCTCT
401 AGAACACCCA CTGGCCAGTC CTAGAGCTCC TGTCCCTACC
441 CACTCTTTGC TACAATAAAT GCTGAATGAA TCC

Pour faciliter les comptes, la séquence a été divisée en groupes de 10 lettres et le numéro du premier
nucléotide de chaque ligne a été mentionné.

1. Parmi les constituants suivants, quels sont  b. a la même longueur que la séquence du gène
ceux qui ont été utilisés pour la synthèse de cet de l’apoA-II située entre les sites d’initiation et de
ADNc : terminaison de la transcription
 a. une ARN polymérase  c. a la même longueur que le transcrit primaire de
 b. une transcriptase réverse l’apoA-II
 c. une ADN ligase  d. a la même longueur que la séquence codante
 d. les ribonucléosides triphosphates : ATP, du gène de l’apoA-II
UTP, GTP, CTP  e. a la même longueur que l’ARNm de l’apoA-II
 e. les désoxyribonucléosides triphosphates : (hors mis la coiffe et la queue polyA)
dATP,
5. Vous souhaitez à partir de cet ADNc, synthétiser
2. Cet ADNc: par réaction de polymérisation en chaîne (PCR),
 a. comporte la séquence du promoteur du gène le fragment situé entre les deux séquences en
de l’apoA-II caractères gras. Parmi les constituants suivants,
 b. reproduit la séquence de l’ARNm de l’apoA-II quels sont ceux que vous utiliserez pour cette
(hors mis la coiffe et la queue polyA) synthèse :
 c. reproduit la séquence de tous les exons du  a. l’oligonucléotide : 5’-
gène de l’apoA-II ATGAAGCTGCTCGCAGC-3’
 d. reproduit en partie la séquence du brin sens  b. l’oligonucléotide : 5’-
du gène de l’apoA-II CAGCCTGCCACCCAGTGA-3’
 e. reproduit en partie la séquence du brin anti-  c. l’oligonucléotide : 5’-
sens du gène de l’apoA-II TCACTGGGTGGCAGGCTG-3’
 d. les didésoxyribonucléosides triphosphates :
ddATP, ddTTP, ddGTP, ddCTP
 e. une ADN polymérase

3. Les deux séquences de 3 nucléotides en 6. La température de fusion du produit de PCR

caractères gras comprennent :
 a. un site d’initiation de la transcription du gène
de l’apoA-II
 b. un signal de fin de traduction de la protéine
apoA-II
 c. un site d’épissage du transcrit primaire de
l’apoA-II
 d. un signal de polyadénylation du transcrit
primaire de l’apoA-II
 e. un élément cis-régulateur d’expression du
gène de l’apoA-II
4. Sachant que le gène de l’apoA-II comporte 4
er
exons et que le 1 exon n’est pas traduit, cet
ADNc :
 a. a la même longueur que le gène de l’apoA-II
ainsi obtenu :
 a. est identique à celle d’un fragment de même
taille, constitué uniquement de désoxythymidylate
(polydT)
 b. est supérieure à celle d’un fragment de même
taille, constitué uniquement de désoxythymidylate
(polydT)
 c. est supérieure à celle d’un fragment de même
taille, constitué uniquement de désoxyadénylate
(polydA)
 d. est supérieure à celle d’un fragment de même
taille, constitué uniquement de désoxyguanylate
(polydG)
 e. est supérieure à celle d’un fragment de même
taille, constitué uniquement de désoxycytidylate
(polydC)

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7. Le produit de PCR ainsi obtenu, est soumis à
une digestion par l’enzyme de restriction
HypCH4 V pour laquelle il n’existe qu’un site de
restriction dans l’ADNc de l’apoA-II (situé aux
nucléotides 98-101), puis à une électrophorèse
en gel d’agarose.
Sachant que l’enzyme HypCH4 V hydrolyse
l’ADN de la façon suivante :
5’…TG ↕ CA…3’
3’…AC ↕ GT…5’
vous observerez à l’électrophorèse :
 a. deux fragments de 41 pb et 262 pb
 b. deux fragments de 99 pb et 342 pb
 c. quatre fragments de 41 pb, 99 pb, 262 pb et
342 pb.
 d. trois fragments de 99 pb, 342 pb et 473 pb.
 e. trois fragments de 41 pb, 303 pb et 473 pb.
8. Une délétion des deux nucléotides numérotés
100-101 dans la séquence d’ADNc sera
accompagnée :
 a. d’un décalage du cadre de lecture
 b. de la synthèse d’une protéine tronquée (plus
courte que la protéine normale)
 c. d’un défaut d’épissage du transcrit primaire
ème
 d. d’un changement du 14 acide aminé de
er
l’apoA-II (le 1 étant la méthionine)
 e. de la disparition du site de restriction de
l’enzyme de restriction HypCH4 V dans l’ADNc
9. La séquence d’ADNc d’un sujet homozygote
pour la délétion des nucléotides numérotés
100-101 est soumise comme dans la question 4
à une amplification du fragment situé entre les
deux séquences en caractères gras, puis à une
digestion par l’enzyme de restriction HypCH4 V.
Vous observerez à l’électrophorèse en gel
d’agarose :
 a. trois fragments de 41 pb, 262 pb et 303 pb
 b. un fragment de 301 pb
 c. un fragment de 473 pb
 d. deux fragments de 41 pb et 262 pb
 e. deux fragments de 99 pb et 342 pb
QCM 2007
1. Ci-contre un fragment d’acide nucléique :
 a. Cette séquence s’écrit ATGC
 b. Sa séquence complémentaire s’écrit TACG
 c. Elle est composée de ribonucléotides
 d. Elle contient des liaisons anhydrides
 e.Sous forme double brin, sa température de
fusion est supérieure à celle d’une séquence
AAAA
2. Le promoteur :
 a. Fait partie du gène
 b. Détermine le sens de la transcription
 c. Sa séquence est numérotée en se référant
au brin sens du gène
 d.Il est situé en 3’ de la séquence codante
 e.Le facteur TFIID se fixe sur les deux brins de
l’ADN constituant la boîte TATA
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Biologie Moléculaire / 22
3. La queue polyA :
 a. Est ajoutée immédiatement après le dernier
nucléotide incorporé lors de la transcription
 b. Est ajoutée immédiatement après la boîte de
polyadénylation AAUAAA
 c. Est ajoutée à une extrémité 3’ OH libérée par
clivage enzymatique
 d. Est synthétisée en l’absence d’une matrice
 e.Est synthétisée dans le cytoplasme
4. Le cadre de lecture :
 a. Concerne uniquement la séquence codante du
gène
 b. Est déterminé par le codon initiateur AUG
 c. Peut être modifié par une substitution
synonyme
 d. Peut être modifié par une délétion
 e. Peut être modifié par une insertion
5. Les ARNt :
 a. Représentent la quantité la plus abondante
d’ARN de la cellule
 b. Sont les ARN de plus grande taille de la cellule
 c. Sont synthétisés par l’ARN polymérase II
 d. Lient les acides aminés par l’intermédiaire de
leur extrémité 5’
 e.Lient les acides aminés par l’intermédiaire
d’une liaison ester
6. Le bilan énergétique total de l’incorporation de
chaque acide aminé lors de la traduction :
 a. Est de 3 liaisons riches en énergie
 b. Prend en compte l’énergie nécessaire à la
synthèse de l’aminoacyl-ARNt
 c. Est supérieur au bilan énergétique de
l’incorporation de chaque nucléotide lors de la
transcription
 d. Prend en compte l’hydrolyse de molécules
d’ATP
 e. Prend en compte l’hydrolyse de molécules de
GTP
7. L’ADN complémentaire (ADNc) contient les
séquences suivantes :
 a. Le promoteur
 b. Les exons
 c. Les introns
 d. La région 5’ non codante de l’ARNm
 e. La région 3’ non codante de l’ARNm
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8. L’épissage : 9. L’ADN polymérase δ :

 a. Peut être modifié par certaines mutations
 b.Tous les gènes ne sont pas soumis à un
épissage alternatif
 c. L’épissage alternatif aboutit à la synthèse de
plusieurs types de transcrits primaires à partir
du même gène
 d.L’épissage alternatif aboutit à la synthèse de
plusieurs types d’ARNm à partir du même gène
 e.L’épissage alternatif aboutit à la synthèse de
plusieurs types de protéines à partir du même
gène
 a. Synthétise l’ADN dans le sens 3’ -> 5’
 b. Possède une activité exonucléasique 3’ -> 5’
 c. Débute l’incorporation de nucléotides à
l’extrémité 3’ OH d’un désoxyribonucléotide
 d. Utilise une matrice d’ADN
 e. Synthétise les fragments d’Okasaki
10. L’activité réverse transcriptase intervient dans
les mécanismes moléculaires suivants :
 a. La synthèse de séquences transposées
 b. La réplication des rétrovirus
 c.La synthèse des télomères
 d. La synthèse d’ADNc
 e.La synthèse des ARN

EXERCICE 2007

Soit le gène d’une protéine appelée seipine, schématisé ci-dessous

Codon ATG Codon TGA

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11
1. Ce gène contient :
 a. 11 exons traduits
 b.11 introns
 c. Une région 5’ non codante constituée de l’exon 1 et d’une partie de l’exon 2
 d. Une région 3’ non codante constituée d’une partie de l’exon 11
 e. Un site d’initiation de la transcription qu’il est possible de repérer sur le schéma

Ci-dessous est représentée la séquence située entre les 2 flèches verticales (en pointillé sur le schéma du gène
de la seipine) incluant l’exon 6 (souligné ci-dessous) - Le premier nucléotide de chaque ligne est numéroté sur la
gauche

16981 TAGGAGATAG CCCCTCCCAT TAGCCCAGGA TTCTACCTGA GAAGCCTCCA GGCTCAGGAG

17041 ACATCACAAC TGAGAGACTG GAAGTGGGGC TCAGATGAGG CGGGTAAGAG TGCTAGCGGC

exon 6
17101 AGGACCCTGG CCTGACGCCA CCCTCACCCC ACCCCCTCAC AG TAC GTG CCG ACC ACT GGA

17200
17161 GCG ATC ATT GAG ATC CAC AGC AAG CGC ATC CAG CTG TAT GGA GCC TAC CTC CGC ATC CAC

17240
17221 GCG CAC TTC ACT GGG CTC AG GTGAGGGGCC AACTGGAGTG AACCTTGGGC AACTCTTCAC

17281 GGGGGCTAAC CTTCCACCAA GAGGGTCCCA AGCAGAGGTA ATGGGTTTAC AGAGCAGAGC

17341 TGACTTGGGT TTCACATAGG CCAGAGGGTC TCAAAGCTGC CACATATTGG CCTATCAGCT

2. Une PCR est réalisée pour amplifier une partie de cette
séquence. Les séquences représentées en caractère
gras (ci-dessus) ont été sélectionnées pour la synthèse
des amorces.
 a. La séquence de la première amorce est
CAGGCTCAGGAGACATCACA
 b.La séquence de la première amorce est
GTCCGAGTCCTCTGTAGTGT
 c.La séquence de la seconde amorce est
GAAACCCAAGTCAGCTCTGC
 d. La séquence de la seconde amorce est
CGTCTCGACTAACCCAAAGC
 e.La taille du fragment amplifié sera de 325 pb
3. Parmi les mutations suivantes, laquelle ou
lesquelles entraîne(nt) une modification de la
séquence peptidique :
 a.Substitution du nucléotide 17158 G -> T
 b. Substitution du nucléotide 17169 T -> C
 c. Substitution du nucléotide 17203 G -> C
 d. Délétion du nucléotide 17204 C
 e. Substitution du nucléotide 17241 G -> A

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4. Parmi ces mêmes mutations, laquelle ou lesquelles

entraîne(nt) une modification de la taille du fragment
amplifié :
 a. Substitution du nucléotide 17158 G -> T
 b. Substitution du nucléotide 17169 T -> C
 c. Substitution du nucléotide 17203 G -> C
 d. Délétion du nucléotide 17204 C
 e. Substitution du nucléotide 17241 G -> A

5. La séquence ATGGAG des nucléotides 17198-17203

constitue un site de clivage de l’enzyme de restriction
BpmI.
Une mutation 17202 A -> G peut être détectée :
 a. Par analyse de la carte de restriction du
fragment amplifié
 b. Par analyse de la carte de restriction d’un
fragment amplifié de l’ADNc contenant l’exon 6
 c. Par hybridation du fragment amplifié avec une
sonde spécifique d’allèle 3. Indiquer parmi les propositions suivantes la ou
 d. Par séquençage du fragment amplifié les enzyme(s) nécessaire(s) à la synthèse des
 e. Par séquençage du peptide codé par l’exon 6 télomères :
 a. Télomérase
 b. ADN polymérase δ
QCM 2008
 c. ADN polymérase β
 d. Primase
1. Ci-dessous un fragment d’ADN. Indiquer parmi les  e. ADN ligase
propositions suivantes celle(s) qui est (sont) exacte(s) :
 a. Son orientation est 3' => 5 ' de Haut en Bas 4. Indiquer parmi les propositions suivantes la ou
 b. Sa séquence s'écrit GCAC les enzyme(s) qui sont capables d'hydrolyser
 c. Il est complémentaire d'une séquence GCGU une liaison phospho-ester d'acide nucléique:
 d. Sa synthèse a nécessité l'hydrolyse de 16  a. L'enzyme de restriction Xba I
liaisons riches en énergie  b. L'ADN polymérase δ
 e. Il peut servir d'amorce pour une ADN  c. Les ribonucléases
polymérase  d. L'ARN polymérase II
 e. La topoisomérase I

5. Indiquer parmi les propositions suivantes celle(s)

qui est (sont) exacte(s).
Le facteur TFIID :
 a. Est un facteur de transcription
 b. Se fixe sur le promoteur des gènes
 c. Est une protéine de liaison de l'ADN
 d. Interagit avec la boîte CAAT
 e. Est associé à l'ARN polymérase II jusqu'à la
fin de la transcription

6. Indiquer parmi les propositions suivantes celle(s)

qui est (sont) exacte(s).
Les ARNm matures:
 a. Ont une extrémité 5' phosphate libre
 b. Ont une extrémité 3' OH libre
 c. Sont synthétisés dans le sens 5' => 3' au
cours de la transcription
 d. Sont lus dans le sens 5' => 3' ou cours de la
2. Soit un fragment d’ADN dans la colonne suivante. traduction
Indiquer parmi les propositions suivantes la ou les  e. Peuvent être séparés en fonction de leur
enzyme(s) nécessaire(s) à sa réparation : taille par électrophorèse
 a. Ribonucléase
 b. ADN polymérase δ 7. Indiquer parmi les propositions suivantes celle(s)
qui est (sont) exacte(s).
 c. ADN polymérase β
Au cours de l'excision des introns, l' adénylate (A)
 d. Primase
du branchement forme une liaison ester:
 e. ADN ligase
 a. Catalysée par des ribonucléoprotéines
 b. Avec le dernier nucléotide de l'intron
 c. Avec le dernier nucléotide de l'exon
 d. Par l'intermédiaire de son groupement 3'OH
 e. Alternativement avec plusieurs nucléotides
en cas d'épissage alternatif

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8. Indiquer parmi les propositions suivantes celle(s) qui
est (sont) exacte(s).
L'ARN7S :
 a. Est un ARNm
 b. Fait partie de la particule SRP qui reconnaît le
signal peptide au cours de la synthèse protéique
 c. Est synthétisé par l'ARN polymérase II
 d. A une homologie de séquence avec la séquence
Alu
 e. Est codé par un pseudogène
9. Indiquer parmi les propositions suivantes celle(s) qui
est (sont) exacte(s).
L'ARN du virus VIH :
 a. Est non codant
 b. Code pour une transcriptase réverse
 c. Est rétro-transcrit en ADN au cours de la
réplication virale
 d. Peut donner lieu à une transposition d'ADN dans
l'ADN génomique de la cellule infectée
 e. Peut être détecté par rétro-transcription suivie
d’une polymerase chain reaction (RT-PCR)
10. Indiquer parmi les propositions suivantes celle(s)
qui est (sont) exacte(s).
La molécule Trp-tRNA :
 a. Comporte une liaison riche en énergie
 b. Comporte l'anticodon 5' ACC 3'
 c. Se lie au facteur eIF2-GTP
 d. Est synthétisé par la sérine tRNA synthétase
 e. Passe du site P au site A lors de la translocation
du ribosome
Le gène codant pour la protéine appelée MDR3
comporte 31 exons.
Ce gène est exprimé dans le foie exclusivement.
L'ADN complémentaire (ADNc) de l'ARNm de MDR3
commence et se termine respectivement par les
séquences ci-dessous, dans lesquelles le codon
initiateur et le codon de fin de traduction sont indiqués
en caractères gras.
Le codon initiateur est situé dans l'exon 5; l'exon 5
commence au nucléotide 61.
Le codon de fin de traduction est situé dans l'exon 31.
1 CAAAGTCCAG GCCCCTCTGC TGCAGCGCCC
31 GCGCGTCCAG AGGCCCTGCC AGACACGCGC
61 GAGGTTCGAG GCTGAGATGG ATCTTGAGGC
91 GGCAAAGAAC GGAACAGCCT GGCGCCCCAC
------------------------------------
3901 GACACAGAAC TTATGAACTT TTGCTACAGT
3931 ATATTTTAAA AATAAATTCA AATTATTCTA
3961 CCATTTT
11. Parmi les affirmations suivantes concernant le gène
de MDR3, indiquer la (les)quelle(s) sont exactes :
 a. Il possède 31 introns
 b. Il possède 30 exons traduits
 c. Il possède une séquence traduite de 3967
nucléotides
 d. Il code pour une protéine ayant moins de 1300
acides aminés
 e. Il code pour une protéine dont la séquence se
termine par une histidine
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12. Si elles étaient détectées dans l'ADNc, indiquer
la(les)quelle(s) des mutations suivantes
entraîneraient un décalage du cadre de lecture :
 a. Délétion de l'exon 1
 b. Substitution 82 T => C
 c. 81 insertion G
 d. 3911 délétion T
 e. 3911 délétion TTA
13. Si elles étaient détectées dans l'ADNc, indiquer
(la)lesquelle(s) des mutations suivantes
entraîneraient une modification de la séquence
protéique
 a. Substitution 82 T => C
 b. 81 insertion G
 c. 3911 délétion T
 d. 3911 délétion TTA
 e. 3921 délétion TTG
14. Un oligonucléotide simple brin est constitué des
nucléotides 61 à 76 de la séquence d'ADNc.
Indiquer parmi les propositions suivantes celle(s)
qui est (sont) exacte(s) :
 a. Il peut servir de sonde spécifique d'allèle
pour détecter la délétion 3911 T
 b. Il peut servir de sonde pour détecter l'ARNm
de MDR3
 c. Il peut servir de sonde pour détecter le gène
MDR3 dans l'ADN génomique
 d. Il peut servir d'amorce pour le séquençage
des 60 premiers nucléotides de l'ADNc
 e. Il peut servir d'amorce pour le séquençage
de la séquence traduite de l'ADNc
15. Un oligonucléotide double brin est constitué
des nucléotides 61 à 80 de la séquence d'ADNc.
Indiquer parmi les propositions suivantes
celle(s) qui est (sont) exacte(s) :
 a. Peut être synthétisé par PCR
 b. A une température de fusion supérieure à
40°C
 c. S'hybridera avec l'intron 4 du gène de
MDR3
 d. S'hybridera avec le promoteur du gène de
MDR3
 e. S'hybridera avec les ARNm extraits de
cellules sanguines
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ANNEXE I .

CODE GENETIQUE

1er 2ème 3ème

Nucléotide Nucléotide Nucléotide
U C A G
Phe Ser Tyr Cys U
U “ “ “ “ C
Leu “ Stop Stop A
“ “ Stop Trp G
“ Pro His Arg U
C “ “ “ “ C
“ “ Gln “ A
“ “ “ “ G
Ileu Thr Asn Ser U
A “ “ “ “ C
“ “ Lys Arg A
Met “ “ “ G
Val Ala Asp Gly U
G “ “ “ “ C
“ “ Glu “ A
“ “ “ “ G

ANNEXE II.
- Codes des acides aminés

A : ala F : phe K : lys P : pro T : thr

C : cys G : gly L : leu Q : gln V : val

D : asp H : his M : met R : arg W : trp
E : glu I : ile N : asn S : ser Y : tyr

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