. El ADN no flota libremente dentro del núcleo de una célula.
Está asociado con un gran variedad de proteínas y está
revestido en una membrana celular. En las células animales, el ADN también está contenido en una membrana nuclear. Para poder extraer el ADN de una célula, primero deben retirarse las membranas y proteínas asociadas, y después separarse de manera física del ADN. El sodio puede estar dentro de muchos de los pasos para lograr esta meta. Lyse es una palabra que proviene del griego y significa simplemente "dividir" o "a punto de estallar". Es una buena descripción de lo que sucede a las células en un tampón de lisis, una solución que rompe abiertos para extraer su contenido. Los científicos usan tampones de lisis cuando la extracción de ADN o proteínas a partir de células para el análisis, especialmente en el caso de las bacterias. El tipo de tampón de lisis celular varía según el tipo de experimento, aunque las siguientes son algunas opciones comunes. Buffer y Salt : Buffers estabilizar el pH mientras que las células están siendo lisadas. Tris-HCL es una memoria intermedia común para buffering a pH 8; si se desea pH, HEPES es otra sustancia química tampón común en estos experimentos. Sal de cloruro de sodio también se puede incluir para aumentar la fuerza iónica, la concentración total de solutos fuera de las células. Esto último es importante ya que el agua puede difundirse a través de las membranas celulares de las regiones de baja concentración de soluto a regiones de alta concentración de soluto. Detergente :Detergente es el ingrediente clave que disuelve la membrana celular lo que el contenido puede escapar. Los detergentes son moléculas anfipáticas, es decir, moléculas con un extremo que interactúa fácilmente con las moléculas de agua, mientras que la otra hidrofóbica o "temerosos de agua" final no lo hace. Ellos pueden disolver las grasas por micelas forman pequeños grupos, donde las colas hidrofóbicas de las moléculas de detergente apuntan hacia adentro, hacia las moléculas de grasa. Detergentes comunes incluyen dodecil sulfato de sodio o SDS, NP-40 y Triton X a acción de este detergente es formar un complejo con las proteínas y separarlas del ADN. Así nos quedará el ADN libre de las proteínas que tiene asociadas, e inhibe cualquier actividad nucleasa presente en la preparación. Agentes quelantes & Inhibidores :Tampones de lisis típicamente también incluyen agentes quelantes como el ácido etilendiaminotetraacético (EDTA) o ácido etilenglicol tetraacético (EGTA). Estos productos químicos se unen a iones metálicos con una carga de 2 (por ejemplo, magnesio y calcio), haciendo de ese modo que no estén disponibles para otras reacciones. Muchos ADNasas (proteínas que mastican el ADN) y proteasas (proteínas que cortan a otras proteínas) necesitan iones de magnesio para funcionar, por lo que, privándola de este ingrediente clave, EDTA y EGTA ayudan a reducir el nivel de la proteasa o actividad DNasa. Ellos no descartan completamente, sin embargo, y algunas proteasas no dependen de cofactores de magnesio, por lo tampones de lisis a veces también se incluyen químicos llamados inhibidores de la proteasa, que se unen a las proteasas y les impiden funcionar correctamente. Lisis alcalina :Lisis alcalina es una técnica muy común para la purificación de plásmidos de bacterias. Este método implica tres soluciones. El primero contiene glucosa, tampón Tris-HCl, EDTA y ARNasas. La glucosa crea una alta concentración de soluto fuera de las bacterias para que sean un poco floja, lo que hace que sean más fáciles de lisis; el EDTA y función tris-HCL como ya se ha descrito, mientras que la ARNasa será masticar cualquier ARN dentro de la célula para sacarlo del camino. La segunda solución realmente lisa las células. Éste contiene detergente SDS y NaOH, lo que eleva el pH a 12 o por encima de, la desnaturalización de las proteínas dentro de la célula y causando ADN para separar en cadenas sencillas. La tercera solución contiene acetato de potasio para restaurar el pH a un nivel más neutral por lo que las cadenas de ADN de plásmido pueden volver juntos. Mientras tanto, las proteínas desnaturalizadas se agrupan y precipitan, mientras que los iones-dodecil sulfato vienen junto con los iones de potasio para formar un compuesto insoluble, que también precipita de la solución. El Triton X-100 es un tensioactivo grupo no iónico que tiene un hidrófila de óxido de polietileno (en promedio tiene 9,5 unidades de óxido de etileno) y un grupo lipófilo o hidrófobo. El grupo hidrocarburo es de la 4- (1,1,3,3-tetrametil-butil). Es uno de los productos presentes en el rango de "detergente Pluronic " comercializado por BASF , que difieren de Triton X- 100 para la presencia de unidades de óxido de propileno . A temperatura ambiente es muy viscosa y es por lo tanto más fácilmente utilizable después de ser calentada ligeramente. Triton X-100 es una marca comercial registrada de Union Carbide y se adquirió de Rohm & Haas Co
El papel de acetato de sodio
De sodio también puede ser en forma de acetato de sodio. Tal como hidróxido de sodio, acetato de sodio se utiliza para ayudar a separar el ADN plásmido a partir del ADN cromosómico, pero por un mecanismo muy diferente y en una parte diferente del procedimiento para la extracción de ADN. ADN de una sola cadena lineal son insolubles en altas concentraciones de sal. Se precipitan, formando un sólido. La adición de soluciones de acetato de sodio de forma detergentes SDS sólido de restos celulares y el ADN cromosómico lineal desnaturalizado. ADN plásmido circular es insoluble en altas concentraciones de sal. El ADN del plásmido permanece en solución, separando así el ADN plásmido deseado del resto del ADN en la célula. El hidróxido de sodio proporciona la solución básica para desnaturalizar y descomprimir las hebras de ADN, tanto el plásmido y el cromosoma. Una vez que el ADN ya no está en la solución alcalina, sólo el ADN plásmido puede zip de copia de seguridad. Con el fin de separar el descomprimido, ADN desnaturalizado, cromosómico de, ADN plásmido cremallera renaturalizada, acetato de sodio se utiliza para precipitar selectivamente el ADN cromosómico y otros residuos celulares a partir del plásmido de ADN de doble cadena deseada.