Azul de Coomassie

El nombre completo es azul brillante de Coomassie R-250. Se trata de un compuesto coloreado

que se une a todo tipo de proteínas. Es poco soluble en agua, por lo que habitualmente se disuelve
en una mezcla de agua, metanol o isopropanol y ácido acético.

Tras realizar la electroforesis, el gel se "tiñe" sumergiéndolo durante unos 30 minutos en la

disolución de Coomassie para que éste penetre y se fije a las proteínas. Dado que todo el gel se
impregna del colorante, es preciso después realizar una destinción, lavando varias veces con
disolvente libre del colorante.

Azul de bromofenol

Se trata de un compuesto coloreado y con carga, utilizado para comprobar el progreso de la

electroforesis. Más detalles.

En la electroforesis, por su menor tamaño, se mueve más rápido que las proteínas o que la
mayoría de moléculas de DNA (siempre que éstas sean superiores a 300 pb), es decir, marca el
"frente de avance". Puesto que su color azul-violeta es bien visible, permite detener la
electroforesis con la confianza de que las moléculas de proteína o DNA no se hayan salido del gel.

Xileno-cianol y verde cianol

Se trata de compuestos coloreados y con carga, utilizados para comprobar el progreso de la

electroforesis.En la electroforesis el xileno-cianol se mueve aproximadamente como las moléculas
de DNA de 3500 a 5000 pb (depende del tampón y el % de agarosa en el gel).

Ambos tienen un color azul turquesa que permite detener la electroforesis con la confianza de que
las moléculas grandes de DNA no se hayan salido del gel.

Bromuro de etidio

Se trata de un compuesto intercalante, es decir, que tiene afinidad para unirse al DNA, pues se
introduce entre sus bases apiladas. Esto se debe a su geometría plana y su estructura aromática,
que interacciona favorablemente con el interior hidrófobo de la doble hélice. En menor medida,
interacciona también con DNA monocatenario.

Su utilidad deriva asimismo de su fluorescencia, exaltada al encontrarse en un entorno hidrófobo,

es decir, al estar unido al DNA. Se excita con luz ultravioleta de onda corta, 254 nm, y emite su
fluorescencia como luz visible, de color rosado-anaranjado.

En la electroforesis, se utiliza para "teñir" el DNA, para revelar su posición en el gel. Se puede
bañar el gel tras la electroforesis en una disolución de bromuro de etidio, o bien incorporar éste a
la disolución de agarosa con la que se prepara el gel.
GelRed™DNA

Es la marca comercial de un compuesto adecuado para revelar el DNA en geles. Su estructura es

un secreto comercial bajo patente, pero es algo similar al compuesto mostrado a la derecha.

Dos núcleos aromáticos: le confieren capacidad intercalante, es decir, que tiene afinidad para
unirse al DNA, pues se introduce entre sus bases apiladas. Esto se debe a su geometría plana y su
estructura aromática, que interacciona favorablemente con el interior hidrófobo de la doble
hélice.Una cadena alifática larga que hace de conector entre ambos núcleos intercalantes.

Por otra pare, su ligera carga positiva también facilita su unión al DNA (recuérdese que éste es una
molécula polianiónica).Su utilidad deriva asimismo de su fluorescencia:

En forma libre, los dos núcleos aromáticos interaccionan entre sí y por ello la molécula apenas es
fluorescente.

Al unirse al DNA los dos núcleos se separan y, al encontrarse en un entorno hidrófobo, emiten una
fluorescencia intensa. Se excitan con luz ultravioleta de onda corta, 254 nm, y emiten luz visible,
de color rojo (de ahí el nombre del reactivo).

transición al unirse al DNA

En la electroforesis, se utiliza para "teñir" el DNA, para revelar su posición en el gel. Se puede
bañar el gel tras la electroforesis en una disolución de GelRed™, o bien incorporar éste a la
disolución de agarosa con la que se prepara el gel.