Tujuan rekayasa microbiome adalah memanipulasi komunitas microbime yang akan

mengoptimalkan fungsi tanaman. Dalam produksi tanaman, fungsi microbiome adalah

mengurangi resistensi terhadap penyakit, meningkatkan penyerapan nutrisi, meningkatkan
toleransi terhadap cekaman abiotic, dan meningkatkan hasil panen. Berbagai metode rekayasa
microbiome telah dilakukan, salah satunya dengan memanfaatkan interaksi microbiome pada
tanaman yang telah berevolusi secara alami. Data terhadap interaksi microbiome sangat
bervariasi baik antar spesies maupun kultivar, maupun interaksi antar individu microbioma
dengan lingkungan.
Setiap tanaman yang dikolonisasi oleh mikrorganisme dalam hal ini bakteri, jamur, arkhae
biasa disebut dengan microbime tanaman/fitomicrobiome. Mikroorganisme merupakan
komponen kunci tanaman yang tidak dapat dipisahkah dari inang mereka sehingga disebut
metaorganisme/holobion. Biomassa dan komposisi microbiome sangat dipengarahui oleh
interaksi antara tanaman dan lingkungan (Ryan et al., 2009). Kepadatan, keragaman, dan
aktivitas microbiome pada daerah endosphere dan phyllosphere lebih rendah dibanding
rhizosfer. Interaksi tanaman-microbiome bersifat kompleks, bergantung pada jenis/kultivar
tanaman, jenis tanah, dan kondisi lingkungan yang merupakan faktor biotik atau abiotik.
Tanah yang berbeda memiliki arti lingkungan yang berbeda (nutrisi, logam beracun, serangan
patogen dll) sehingga memicu respon fisiologis ketergantungan tanaman. Mikroorganisme
rhizosfer mampu mempengaruhi eksudat akar tanaman, sebagai contoh, ketika Pseudomonas
antimicrobioal-resisten mampu memblok produksi senyawa antimicrobial yang dikeluarkan
oleh tanaman. Hal ini menjadi menarik untuk melakukan rekayasa microbiome rhizosfer
sehingga dapat mengoptimalkan potensi microbiome yang menguntungkan.