Identifikasi Escherichia coli Pada Sampel Urin

1. Hari/Tanggal : 28 Mei-30 Mei 2013

2. Tujuan Praktikum :
Memahami gambaran koloni Enterobacteriaceae pada media MC dan media
selektif lainnya dan memahami cara identifikasi serta isolasi Enterobacteriaceae.
3. Teori Dasar :
Identifikasi dan determinasi suatu biakan murni bakteri yang diperoleh dari hasil
isolasi dapat dilakukan dengan cara pengamatan sifat morfologi koloni, morfologi sel
bakteri, pengujian sifat-sifat fisiologi dan biokimianya. Pertumbuhan bakteri di alam
dipengaruhi oleh beberapa faktor luar seperti susbtrat, pertumbuhan , pH, temperatur, dan
bahan kimia. Bakteri yang nampak dapat memiliki morfologi yang sama, namun
keperluan nutrisi dan persyaratan ekologinya berbeda. ( Irianto ,2007).
Beberapa media dibuat oleh ahli mikrobiologi untuk membedakan
mikroorganisme, kelompok media biakan ini disebut dengan media selektif dan media
diferensial. Media selektif adalah media biakan yang mengandung paling sedikit satu
bahan yang menghambat perkembangbiakan mikroorganisme yang tidak diinginkan dan
membolehkan perkembangbiakan mikroorganisme tertentu yang ingin di isolasi.
Sedangkan media diferensial dibuat agar dapat membedakan kelompok mikroorganisme
tertentu yang tumbuh pada media biakan. Media diferensial ini biasanya mengandung
bahan kimia yang dapat digunakan oleh kelompok mikroorganisme tertentu. Apabila
beberapa mikroorganisme tumbuh pada media diferensial, maka dapat dibedakan
kelompok mikroorganisme berdasarkan perubahan pada media biakan atau penampilan
koloninya ( Lay, 1994 ).
Karakteristik mikroorganisme dapat dilakukan dengan beberapa metode seperti
pengamatan mikroskopik koloni, pewarnaan mikroba untuk mengetahui penampakan
mikroskopik sel maupun membedakan golongan-golongan mikroorganisme, serta
karakteristik dengan serangkaian uji-uji biokimia yang mencerminkan aktivitas
metabolisme enzimatik mikroorganisme. Reaksi-reaksi biokimia bagi mikroorganisme
dapat dikatakan sebagai sidik jari biokimia (biochemical fingerprints), sebagaimana sidik
jari pada manusia yang menjadi pembeda antara satu orang dengan orang lainnya. Satu
spesies mikroba akan memiliki “sidik jari” biokimia atau karakter biokimia identitas
yang berbeda dengan spesies mikroba lainnya.
Berikut beberapa uji biokimia yang digunakan untuk identifikasi bakteri, antara
lain :
a) Mc Conkey Agar
 Kandungan utama di dalam media ini adalah laktosa, garam empedu dan
merah netral. Media McConkey ini dapat menghambat pertumbuhan bakteri Gram
Positif yang disebabkan oleh garam empedu dan kristal violet. Bakteri Gram Negatif
yang tumbuh dibedakan dalam kemampuannya memfermentasikan laktosa. Koloni
dari bakteri yang memfermentasikan laktosa berwarna merah bata dan dapat
dikelilingi oleh endapan garam empedu. Endapan ini disebabkan oleh penguraian
laktosa menjadi asam yang akan bereaksi dengan garam empedu. Bakteri yang tidak
memfermentasikan laktosa biasanya bersifat patogen, dimana golongan bakteri
tersebut tidak memperlihatkan perubahan pada media, ini berarti bahwa warna
koloninya sama dengan warna media ( Lay, 1994 ).
b) Uji gula-gula (Glukosa, Laktosa, Sukrosa dan Manitol)
Uji ini dilakukan untuk mengindetifikasi bakteri yang mampu
memfermentasikan karbohidrat. Pada uji gula-gula hanya terjadi perubahan warna
pada media glukosa yang berubah menjadi warna kuning, artinya bakteri ini
membentuk asam dari fermentasi glukosa. Pada media glukosa juga terbentuk
gelembung pada tabung durham yang diletakan terbalik didalam tabung media,
artinya hasil fermentasi berbentuk gas (Oktarina, 2010).
c) SIM ( Sulfit Indol Motility )
Media ini biasanya digunakan dalam identifikasi yang cepat, hasil uji indol
yang positif terbentuk lapisan ( cincin ) berwarna merah muda pada permukaan
biakan, artinya bakteri tersebut membentuk indol dari triptopan sebagai sumber
karbon, yang dapat diketahui dengan menambahkan larutan kovacks. Asam amino
triptopan merupakan komponen asam amino yang lazim terdapat pada protein,
sehingga asam amino ini dengan mudah dapat digunakan oleh mikroorganisme
akibat penguraian protein. Hasil positif ditunjukkan terbentuk warna hitam yang
berarti bekteri menghasilkan gas Hidrogen Sulfit (H2S) dan cincin indol berwarna
merah muda setelah penambahan reagen kovacks (Pelczar dan Chan. 2005 ).
d) MR-VP
1. Uji MR ( Methyil Red )
Uji methyl red digunakan untuk menentukan adanya fermentasi asam
campuran. Beberapa bakteri memfermentasikan glukosa dan menghasilkan
berbagai produk yang bersifat asam, sehingga akan menurunkan pH media
pertumbuhan menjadi 5,0 atau lebih rendah. Penambahan indikator methyil red
dapat menunjukkan adanya perubahan pH menjadi asam, dimana pada pH 4,4
berwarna merah dan pH 6,2 ( sedikit mendekati basa ) berwarna kuning,
sehingga jika hasilnya positif yang ditunjukkan dengan terjadinya fermentasi
 asam campuran, maka kaldu biakan akan tetap berwarna merah (asam) sedang
apabila tidak terjadi fermentasi maka biakan akan berubah warna menjadi
kuning (basa ) ( Lay, 1994 ).
2. Uji VP ( Voges Proskauer )
Uji ini digunakan untuk mengidentifikasi mikroorganisme yang
melaksanakan fermentasi 2,3-butanadiol. Penambahan 40% KOH dan 5% α-
napthol dalam etanol dapat menentukan adanya asetoin ( asetil metil karbinol ),
sehingga hasil positif ditunjukkan dengan terbentuknya asetoin yang berwarna
merah muda setelah penambahan KOH ( Lay,1994 ).
e) Simmons Citrate
Uji sitrat digunakan untuk melihat kemampuan mikroorganisme menggunakan
sitrat sebagai satu-satunya sumber karbon dan energi, dimana media simmons sitrat
berupa media padat. Simmons sitrat agar merupakan media sintetik dengan Na sitrat
sebagai satu-satunya sumber karbon, NH4+ sebagai sumber N dan Brom Thymol
biru sebagai indikator pH. Hasil positif ditunjukkan dengan terjadinya perubahan
warna dari hijau menjadi biru yang menunjukkan bahwa mikroorganisme mampu
menggunakan sitrat sebagai satu-satunya sumber karbon ( Lay,1994 ).
f) TSIA ( Triple Sugar Iron Agar )
TSIA terutama digunakan untuk mengidentifikasikan bakteri Gram Negatif,
medianya mengandung 3 macam gula yaitu glukosa, laktosa dan sukrosa.
Mengandung indikator merah fenol dan FeSO4 untuk memperlihatkan pembentukan
H2S yang ditunjukkan dengan adanya endapan berwarna hitam, endapan hitam
terbentuk akibat H2S bereaksi dengan Fe menjadi FeS yang berwarna hitam
( Lay,1994 ).

Escherichia coli (E. coli) merupakan salah satu spesies bakteri Gram negatif.
Bakteri ini hidup pada saluran pencernaan, atau dikenal dengan bakteri Enterobactericiae
(Lanin, 2006).

Escherichia coli merupakan salah satu spesies genus Escherichia yang bersifat
Gram negatif, fakultatif anaerob, tidak berspora, motil, berbentuk batang pendek
(kokobasil) ukuran 0,4-0,7 g x 1,4 g. Secara normal hidup dalam saluran pencernaan
hewan dan manusia. Escherichia coli tumbuh baik pada temperatur 37°C tetapi juga dapat
tumbuh pada suhu 15°C- 45°C. Koloni berbentuk bulat cembung, permukaan licin
dengan pinggiran rata dan dapat tumbuh subur pada biakan nutrient agar. Escherichia
coli dapat dimusnahkan dengan pendinginan (suhu es) dalam waktu 120 menit. Koloni
yang khas dari Escherichia coli biasanya memudahkan dalam pengenalan dengan
 penampakan karakteristik pada media differensial seperti pada agar Eosin Methylen Blue
(EMB) dan Mac. Conkey (Davis dkk., 1986).

Escherichia coli merupakan bagian dari mikrobiota normal saluran pencernaan.

Escherichia coli dalam usus besar bersifat patogen apabila melebihi dari jumlah
normalnya. Galur-galur tertentu mampu menyebabkan peradangan selaput perut dan usus
(gastroenteritis). Bakteri ini menjadi patogen yang berbahaya bila hidup di luar usus
seperti pada saluran kemih, yang dapat mengakibatkan peradangan selaput lendir
(sistitis) (Pelczar dan Chan, 1988).

4. Alat dan Bahan :

a. Alat :
Cawan petri, inkubator, ose bulat dan ose jarum, pembakar spirtus, rak tabung,
tabung durham, tabung reaksi, tissue.
b. Bahan :
Alkohol 70%, kertas label, KOH 40%, Mac Conkey Agar (MCA), media gula-
gula cair (glukosa, laktosa, maintol, sukrosa), media MR (Methyil Red), media SIM
(Sulfit Indol Motility), media SC (Simmons Citrate), media urease, media VP (Voges
Proskauer), reagen Kovaks, reagen MR,sampel urin, Triple Sugar Iron Agar (TSIA),
α-naftol.
5. Metode Praktikum :
Metode yang digunakan pada praktikum ini adalah metode streak plate, metode
agar miring goresan, metode tusukan agar tegak, dan metode adukan pada medium agar
cair.

6. Hasil Pengamatan :
Hari Pertama : Isolasi pada media MC
Hari Kedua :
Tabel 1. Hasil Isolasi pada Media Selektif

No. Ciri Koloni : Media : MC

1 Bentuk Bulat
2 Ukuran 1-3mm
3 Warna Merah muda
4 Elevasi cembung
5 Pinggiran rata
6 Ciri khas lainnya Permukaan kering

Hari Ketiga :
Tabel 2. Hasil Pengamatan Uji Biokimia
 No. Nama Uji Pengamatan Hasil (+/-)
1 Gula-gula cair :
Glukosa fermentasi : terjadi perubahan warna media dari +
ungu menjadi kuning.
Gas : menghasilkan gelembung.
Laktosa fermentasi : terjadi perubahan warna media dari +
ungu menjadi kuning.
Gas : menghasilkan gelembung.
Manitol fermentasi : terjadi perubahan warna media dari +
ungu menjadi kuning.
Gas : menghasilkan gelembung.
Sukrosa fermentasi : tidak terjadi perubahan. +
Gas : menghasilkan sedikit gelembung.
2 MR terjadi perubahan warna media dari kuning menjadi
+
merah setelah ditambahkan reagen MR.
3 VP Tidak terbentuk cincin merah kecoklatan menjadi
-
ungu setelah ditambahkan α-naftol dan KOH 40%.
4 SIM Tidak terbentuk warna hitam. -
Terbentuk cincin merah setelah ditambahkan +
reagen kovaks.
Adanya pergerakkan bakteri ke permukaan. +
5 TSIA Lereng : berubah dari merah menjadi kuning +
Dasar : berubah dari merah menjadi kuning +
H2S : tidak terbentuk warna hitam -
Gas (+) : terbentuk gas
6 SC Tidak terjadi perubahan -
7 Urease Tidak terjadi perubahan -

7. Pembahasan
Pada pengamatan kali ini digunakan berbagai macam medium yaitu medium
tegak, medium cair, medium agar miring, dan medium cawan petri. Masing-masing
medium yang digunakan memberikan hasil yang berbeda-beda walaupun spesies yang
digunakan sama. Hal tersebut berkaitan dengan ciri khas dan sifat masing-masing bakteri
dan mediumnya, medium yang lembab memiliki bentuk koloni yang berbeda dengan
medium kering (Clifton,1958).
Pada pengamatan koloni bakteri pada medium MC dengan metode streak plate
didapatkan koloni dengan bentuk bulat, ukuran 1-3mm, warna koloni merah muda
dengan elevasi cembung dan pinggiran koloni yang rata serta permukaan koloninya
kering.
Pada pengamatan medium cair gula-gula laktosa, glukosa, manitol, warna akhir
medium adalah kuning dan terbentuk gas sehingga menunjukkan hasil positif, sedangkan
pada medium sukrosa warna akhir pada medium tidak terjadi perubahan warna tetapi
 hasilnya positif karena terbentuk gas dari tabung durham. Adanya perubahan warna pada
medium yang berisi biakan bakteri sampel yang membuktikan bahwa bakteri tersebut
mempunyai enzim untuk mengubah struktur gula menjadi produk fermentasi. Pada
pengamatan medium cair yang berisi E. Coli, koloni bakteri tersebar merata sehingga
medium terlihat keruh. Hal ini membuktikan bahwa bakteri E. Coli merupakan salah satu
bakteri yang bersifat fakultatif anaerob, artinya bakteri ini dapat hidup dalam keadaan
anaerob atau aerob, sehingga koloni bakteri ini dapat hidup pada permukaan medium
yang anerob maupun berada di dalam dan di dasar medium yang bersifat anaerob
(Clifton, 1958).

Pada medium MR setelah ditambahkan reagen MR warna akhir medium menjadi

merah. Hal ini menunjukan adanya fermentasi asam campuran. Pada medium VP setelah
ditambahkan α-naftol dan KOH 40% tidak terbentuk cincin merah kecoklatan menjadi
ungu, hal ini menunjukan bahwa bakteri ini tidak dapat memfermentasikan 2,3-
butanadiol.

Pada pengamatan uji SIM bakteri ini tidak menghasilkan gas Hidrogen Sulfit
(H2S) karena tidak terbentuk warna hitam. Hasil uji indol positif karena terbentuk lapisan
(cincin) berwarna merah pada permukaan, artinya bakteri ini membentuk indol dari
tryptopan sebagai sumber carbon, yang dapat diketahui setelah menambahkan reagen
kovaks. Hasil uji mortility positif terjadi pergerakan bakteri ke permukaan karena pada
bekas tusukan tidak terdapat adanya bakteri.

Selanjutnya pada pengamatan medium agar miring, pada uji TSIA didapatkan
hasil lereng kuning, dasar kuning, H2S negatif dan menghasilkan gas. Hal ini
menunjukan bahwa bakteri tersebut mampu memfermentasikan 3 macam gula yaitu
laktosa, glukosa dan sukrosa sehingga PH nya menjadi asam dan menghasilkan warna
kuning. Pada uji SC tidak terlihat adanya perubahan warna medium dari hijau menjadi
biru yang menandakan bahwa bakteri tersebut tidak menggunakan sitrat sebagai satu-
satunya sumber karbon dan energi. Pada uji Urease menunjukan hasil negatif karena
tidak terjadi perubahan warna dari orange menjadi merah.

8. Kesimpulan
Berdasarkan hasil pengamatan yang telah dilakukan pada sampel urin no. 9
didapatkan bakteri E. coli karena hasil pada MC koloni berwarana merah muda dengan
bentuk bulat, ukuran 1-3mm, pinggiran rata, elevasi cembung dan permukaan koloni
 kering. Pada uji gula-gula (+), uji MRVP ( + - ), uji SC (-), uji TSIA (asam/asam,H 2S
(-),gas (+)), uji SIM (- + +), dan uji urease (-).

9. Daftar Pustaka
Clifton, C.E., 1958. Introduction To The Bacteria. McGraw-Hill Book Company,Inc.

Davis, B.D., R. Dulbeco, H.N Eisen and Ginsberg (1986). Microbiokogy. Ed. 4, Lipocott
Company, Philadelphia.

Irianto, K, 2007, Mikrobiologi. Jilid 1. Bandung: CV. Yrama Widya.

Lanin, I ( 2006) Escherichia coli. http: wekipedia.org/2008/02/03.
Lay, Bibiana W. 1994. Analisis Mikroba di Laboratorium.Jakarta: PT. Raja Grafindo
Persada.

Oktarina, T. 2010. Pengujian Metabolisme Mikroba. http://www.try4know.co.cc/ 8 April

2011.

Pelczar, M. J. dan Chan, E. C. S. 1988. Dasar-dasar Mikrobiologi. UI Press. Jakarta.

Pelczar, M. J. dan Chan, E. C. S., 2005, “Dasar-dasar Mikrobiologi 1”, Alih bahasa:
Hadioetomo, R. S., Imas, T., Tjitrosomo, S.S. dan Angka, S. L., UI Press, Jakarta.

10. Lampiran :

Gambar 1. (Kiri) Koloni Bakteri pada media MC. (Tengah) Uji Urease. (Kanan) uji SIM.
Sumber : Dokumentasi Pribadi

(a) (b) (c) (d)

Gambar 2. Hasil Uji Gula-Gula. (a) Glukosa. (b) Laktosa. (c) Manitol. (d)
Sukrosa.
 Sumber : Dokumentasi Pribadi

(a) (b) (c) (d)

Gambar 3. (a) Uji MR, (b) Uji VP, (c) Uji SC, (d) Uji TSIA

Sumber : Dokumentasi Pribadi