Genetic Material :

Properties and Replication

RESUME

Disusun Untuk Memenuhi Tugas Matakuliah Genetika I

yang dibina oleh Prof. Dr. agr. H. Moh Amin, S.Pd., M.Si.

Oleh :
Kelompok 14 Offering I 2017 :
1. Endah Retno A (170342615502)
2. Fransisca Puspitasari (170342615530)

UNIVERSITAS NEGERI MALANG

FAKULTAS MATEMATIKA DAN PENGETAHUAN ALAM

JURUSAN BIOLOGI

JANUARI 2019
 Mendel merupakan ilmuwan yang pertama kali mempelajari dan menganalisis tentang gen.
Mendel berpendapat bahwa materi genetik harus memenuhi dua persyaratan utama yaitu :
1. Fungsi genotip atau replikasi genetik.
Materi genetik harus mampu menyimpan informasi genetik yang diwariskan kepada
keturunan dari generasi ke generasi dan menstransmisikan informasi ini dari orang tua.
Dalam pewarisannya, materi genetik dapat mengalami perubahan yang disebut mutasi.
2. Fungsi fenotip atau ekspresi gen.
Materi genetik mampu mengendalikan perkembangan fenotip orgsnisme, baik itu
virus, bakteri, tanaman, atau hewan seperti manusia. Materi genetik mampu
menentukan pertumbuhan dan diferensiasi organisme dari zigot hingga menjadi
individu yang matang. Untuk mengontrol proses tersebut, genetik tidak hanya harus
mengekspresikan dirinya secara akurat tetapi juga setiap gen harus bertindak pada
waktu dan tempat yang tepat untuk menjamin bahwa setiap organ terbentuk dari sel-
sel yang tepat misalnya yaitu hati terdiri dari sel-sel hati, sistem sel saraf, dan
sebagainya.
Struktur Kromosom
Struktur kromosom terdiri dari dua jenis molekul organik besar (makromolekul) yang
disebut protein dan asam nukleat yang terdiri dari dua jenis yaitu asam deoxyribonukleat atau biasa
disebut DNA dan asam ribonukleat atau RNA. Pada sebagian besar organisme, informasi genetik
dikodekan dalam struktur DNA. Namun, dalam banyak virus kecil, informasi genetik dikodekan
dalam RNA.
Struktur DNA
DNA merupakan materi genetik yang sebagian besar terletak di kromosom. Terdapat korelasi yang
tepat antara jumlah DNA per sel dan jumlah set kromosom per sel, yaitu sebagian besar sel somatik
dari organisme diploid, misalnya mengandung jumlah DNA sebagai sel haploid atau gamet spesies
yang sama. Kompoisisi molekul DNA di semua sel yang berbeda dari suatu organisme adalah
sama atau bersifat universal pada semua organisme. Informasi genetik semua organisme hidup
disimpan dalam DNA, kecuali pada virus yang informasi genetiknya disimpan di dalam RNA.
Pengambilan asam nukleit yang diisolasi dari inti sel oleh F. Miescher pada tahun 1869
menghasilkan makromolekul yang terdiri dari subunit berulang yang disebut nukleotida. Setiap
nukleotida terdiri dari gugus fosfat, gula lima karbon (atau d-pentosa), dan senyawa nitrogen yang
mengandung nitrogen siklik yang disebut basa. Dalam DNA, gula adalah type 2-deoksiribosa yang
merupakan dasar penamaan asam deoksiribonukleat. Ada empat basa berbeda yang biasa
ditemukan dalam RNA, DNA: adenin, guanin, timin, dan sitosin. DNA memiliki satu tingkat
tambahan organisasi yang sangat penting; biasanya molekul beruntai ganda. Baik DNA dan RNA,
oleh karena itu, mengandung empat sub unit cleotides, dua nukleotida purin, dan dua nukleotida
pirimidin. Adenin dan guanin merupakan basa yang berlipat ganda yang disebut purin, sedangkan
sitosin, timin, dan urasil adalah basa cincin tunggal yang disebut pirimidin.

Gambar 1. Komponen Struktural Asam Nukleit (Sumber : Snustad dan Simmons, 2012)
Perbedaan DNA dan RNA
Materi genetik DNA dan RNA memiliki beberapa perbedaan meskipun keduanya merupakan
pembawa informasi genetik. Sebagian besar DNA terletak di kromosom sedangkan RNA dan
protein juga berlimpah di sitoplasma. RNA biasanya ada sebagai polimer beruntai tunggal yang
tersusun dari urutan panjang nukleotida. Namun, DNA memiliki satu tingkat tambahan organisasi
yang sangat penting; biasanya molekul beruntai ganda. Kompoisisi molekul DNA di semua sel
yang berbeda dari suatu organisme adalah sama. Sedangkan komposisi RNA dan protein bervariasi
baik secara kualitatif maupun kuantitatif dari satu jenis sel ke yang lain. DNA tersusun dari gula
type 2-deoksiribosa sedangkan RNA tersusun dari gula ribosa. RNA Asam nukleat, pertama
disebut "nuklein" karena mereka juga biasanya mengandung adenin, guanin, dan sitosin, tetapi
memiliki basa yang berbeda, urasil, sebagai pengganti timin.
Transformasi pada Pneumococcus
Bukti langsung pertama yang menunjukkan bahwa materi genetik adalah DNA bukannya
protein atau RNA diterbitkan oleh O.T. Avery, C.M. Macleod, Dan M. Mccarty pada tahun 1944.
Mereka menunjukkan bahwa DNA merupakan komponen sel ysng bertanggung jawab atas
fenomena tranformasi dalam bakteri Diplococcus pneumonie (pneumococcus). Tranformasi
adalah cara rekombinasi yaitu pertukaran atau transfer informasi genetik antar organisme atau dari
satu organisme ke organisme lain yang terjadi pada beberapa, tetapi tidak semua. Transformasi
tidak melibatkan kontak langsung antara sel-sel bakteri atau mediasi oleh vektor seperti virus.
Fenomena transformasi ditemukan oleh frederick griffith pada tahun 1982. Harus
ditekankan bahwa meskipun percobaan griffith menunjukan terjadinya tranformasi pada
pneumococcus. Seperti semua organisme hidup lainnya, pneumococcus menunjukkan variabilitas
genetik yang dapat dikenali dengan adanya berbagai fenotipe. Dua karakteristik fenotip yang
penting dalam demonstrasi tranformasi griffith adalah ada atau tidak adanya kapsul polisakarida
yaitu polimer gula kompleks di sekitarnya dan jenis kapsul, yaitu kompisisi molekul spesifik
polisakarida yang terdapat di dalam kapsul.
Ketika ditanam dimedia yang sesuai seperti agar darah di dalam cawan petri,
pneumococcus dengan bentuk kapsul yang besar, koloni halus dan dengan demikian disebut tipe
S. Pneumococcus yang dienkapsulasi ini cukup patogen bagi sebagian besar mamalia (misalnya,
menyebabkan pneumonia pada manusia). Virus penumococcus tipe S ini bermutasi menjadi
nonvirulen atau non patogenik, bentuk yang tidak memiliki kapsul polisakarida (pada frekuensi
sekitar atau satu sel dalam 10). Pneumococcus yang tidak terbungkus dan tidak berbentuk tersebut
membentuk koloni kecil yang permukaannya kasar ketika tumbuh pada media agar darah dan
dengan demikian disebut tipe R.
Kapsul polisakarida diperlukan untuk virulensi karena melindungi sel bakteri terhadap
fagositosis oleh leukosit. Ketika kapsul hadir, itu mugkin dari beberapa jenis antigenik yang
berbeda (tipe II, III, dll.) tergantung pada komposisis molekul spesifik polisakarida dan tentu saja
pada akhirnya pada genotip sel. Jenis kapsul yang berbeda dapat diidentifikasi secara imunologis.
Jika sel tipe II disuntikkan ke dalam aliran darah kelinci, sistem kekebalan kelinci akan
menghasilkan antibodi yang merupakan satu set khusus protein besar yang fungsinya untuk
melindungi organisme terhadap zat asing seperti virus makromolekul dan bakteri yang bereaksi
secra khusus dengan sel tipe II. Antibodi tipe II seperti itu akan menggumpalkan pneumococcus
tipe II tetapi tidak untuk pneumococcus tipe III dan sebaliknya.
Penemuan griffith yang tidak terduga adalah bahwa jika ia menyuntikkan penumococcus
tipe IIIS yang terbunuh secara panas (virulen ketika hidup) ditambah penumococcus tipe IIR hidup
(novirulen) ke tikus, banyak tikus yang meninggal karena pneumonia, dan sel-sel tipe IIIS yang
hidup diambil dari bangkai. Ketika tikus disuntikan dengan pneumococcus tipe IIIS yang terbunuh
secra panas saja tidak ada tikus yang mati. Virulensi yang diamati karena itu bukan karena
beberapa sel tipe IIIS yang selamat dari perlakuan panas, penting untuk dicatat bahwa
pneumococcus virulen hidup pulih dari sisa polisakarida tipe III, karena diketahui bahwa sel-sel
tipe R yang tidak ternekapsulasi dapat bermutasi kembali menjadi sel tipe S yang terkapsul yang
virulen. Ketika muatsi seperti ini terjadi dalam sel tipe IIR, sel yang dihasilkan adalah tipe IIS
bukan tipe IIIS. Dengan demikian, tranformasi dari sel-sel tipe IIR nonvirulen menjadi sel-sel tipe
IIIS yang virulen tidak dapat dijelaskan dengan mutasi melainkan beberapa komponen dari sel-sel
tipe IIIS yang mati harus mengubah sel-sel tipe IIR hidup ke tipe IIIS.
Eksperimen selanjutnya menunjukan bahwa fenomena tersebut dijelaskan oleh griffith,
sekrang disebut transformasi, tidak dimediasi dengan cara apapun oleh inang yang hidup.
Fenomena yang sama terjadi pada tabung reaksi ketika sel-sel tipe IIR hidup di tanam di hadapan
sel-sel tipe IIIS mati atau ekstrak dari sel-sel tipe IIIS karena jelas ditunjukkan bahwa fenotipe
baru, tipe IIIS adalah turun temurun, yaitu disebabkan oleh perubahan genotip yang diwariskan
secara permanen.
Pembuktian Prinsip Transformasi adalah DNA
Prinsip transformasi terbukti menjadi DNA pada tahun 1944 ketika Avery, Macleod dan
McCarty menerbitkan hasil dari serangkaian eksperimennya. Mereka menunjukkan bahwa jika
DNA yang dimurnikan secara besar-besaran dari tipe IIIS pneomococcus hadir dengan
pneumococcus tipe IIR, beberapa pneumococcus ditransformasikan menjadi tipe IIIS. Bukti
Avery, MacLeod, dan McCarty bahwa prinsip transformasi adalah DNA dapat ditunjukkan dengan
menggunakan DNA yang sangat murni dari sel Tipe IIIS serta menggunakan sel Tipe IIIS yang
terbunuh dengan panas. Bukti bahwa komponen aktif adalah DNA dan bukan jumlah kecil RNA
atau protein yang terkontaminasi dicapai dengan memperlakukan DNA yang dimurnikan dengan
enzim DNase, RNase, dan trypsin (protease), yang secara khusus menurunkan DNA, RNA, dan
protein. Pengobatan dengan RNase atau protease tidak berpengaruh pada kemampuan persiapan
DNA yang dimurnikan untuk mengubah sel Tipe IIR menjadi Tipe IIIS. Pengobatan DNase
menghancurkan aktivitas transformasi persiapan DNA.

Gambar 2. Pembuktian prinsip Transformasi (Sumber : Snustad dan Simmons, 2012)

Eksperimen Hershey-Chase
Pada tahun 1952 oleh A. D. Hershey dan M. Chase menerbitkan bukti langsung tambahan
yang menunjukkan bahwa DNA adalah bahan genetik. Percobaan ini menunjukkan bahwa
informasi genetik dari virus bakteri pertikular (bacteriopage T2) hadir dalam DNA. Virus adalah
organisme hidup terkecil, mereka hidup setidaknya dalam arti bahwa reproduksi mereka
dikendalikan oleh informasi genetik yang disimpan dalam asam nukleat melalui proses yang sama
dalam organisme seluler. Virus merupakan adalah parasit obligat seluler yang hanya dapat
bereproduksi dalam sel inang yang sesuai. reproduksi mereka benar-benar tergantung pada mesin
matabolik seperti ribosom, sistem penghasil energi dari inang. Bacteriophage T2, yang
menginfeksi basil usus umum Escherichia coli, terdiri dari sekitar 50 persen DNA dan sekitar 50
persen protein. Dasar untuk eksperimen Hershey-Chase adalah bahwa DNA mengandung fosfor
tetapi tidak ada sulfur, sedangkan protein mengandung sulfur tetapi tidak ada fosfor. Sel-sel
Escherichia coli terinfeksi dengan fag berlabel 32P (label aktivitas DNA), dan setelah diberi waktu
untuk infeksi, mereka diaduk dalam blender yang menghancurkan mantel fag. Mantel fag dan sel-
sel yang terinfeksi kemudian dipisahkan oleh sentrifugasi. Radioaktivitas diukur dalam pelet sel
(sedimen) dan dalam suspensi mantel fag. Sebagian besar radioaktivitas ditemukan dalam sel.
Ketika percobaan yang sama dilakukan menggunakan fag dengan protein berlabel 35S, hasilnya
sangat berbeda. Sebagian besar radioaktivitas yang ditemukan dalam suspensi mantel fag, sangat
sedikit yang memasuki sel inang. Karena reproduksi fag baik sintesis DNA dan sintesis protein
baru terjadi di dalam sel yang terinfeksi, dan karena hanya fag DNA yang memasuki sel inang
sehingga informasi genetik harus dibawa oleh DNA bukan dibawa oleh protein.

Gambar 3. Eksperimen Hershey-Chase (Sumber : Snustad dan Simmons, 2012)

RNA sebagai Bahan Genetik pada Virus Kecil
Virus menyimpan informasi genetik mereka dalam asam nukleat daripada dalam protein
seperti halnya semua organisme lain, meskipun dalam virus ini asam nukleatnya adalah RNA dan
tidak terdapat DNA. H Fraenkel-Conrat dan B. Singer, yang diterbitkan pada tahun 1957 Fraenkel-
Conrat dan Singer melakukan percobaan dengan Virus Mosaik Tembakau (TMV), virus kecil yang
terdiri dari satu molekul RNA yang dienkapsulasi dalam lapisan protein. Strain TMV yang berbeda
dapat diidentifikasi berdasarkan perbedaan komposisi kimia dari mantel protein mereka. Molekul
RNA dan mantel protein dari dua strain yang berbeda A dan B dari TMV dipisahkan secara
biokimia. RNA dari strain A kemudian dicampur dengan mantel protein dari strain B dalam
kondisi partikel virus infektif yang lengkap dilarutkan. Ketika virus yang dilarutkan diberikan ke
daun tembakau hidup, virus yang muncul secara fenotip dan genotip identik dengan strain A dari
mana RNA diperoleh dan tidak seperti strain B dari mana protein diperoleh. Ketika virus yang
dilarutkan mengandung RNA tipe B dan protein tipe A, keturunannya adalah tipe B.

Gambar 4. Materi genetik TMV (Sumber : Snustad dan Simmons, 2012)

DNA Double helix (heliks ganda) menurut Watson dan Crick

Struktur DNA pertama kali disimpulkan oleh J. Watson dan F.H.C Crick pada tahun 1953. Struktur
DNA heliks ganda (double helix) berdasarkan dua bukti yakni :
1. Komposisi DNA dari berbagai organisme dianalisis oleh E. Chargaff, yakni konsentrasi
timin selalu sama dengan konsentrasi adenin dan konsentrasi sitosin selalu sama dengan
konsentrasi guanin. Hal ini menyatakan bahwa timin dan adenin, serta sitosin dan guanin
ada di dalam DNA dengan beberapa keterkaitan tetap (sama). Dengan ini konsentrasi total
pirimidin (timin + sitosin) selalu sama dengan konsentrasi total purin (adenin + guanin;
lihat gambar 5.1). Namun ternyata, rasio (timin + adenin) / (sitosin + guanin) ditemukan
sangat bervariasi di dalam DNA spesies yang berbeda (Tabel 9.1).
2. Saat sinar X difokuskan melalui makromolekul terisolasi atau kristal molekul murni, pada
pola-pola tertentu ternyata sinar X dapat dibelokkan oleh atom-atom molekul, yang disebut
pola difraksi, pola ini menyediakan informasi tentang pengorganisasian komponen-
komponen molekul. Pola difraksi sinar-X ini dapat direkam pada film sensitif sinar-X ,
contohnya seperti halnya memotret pola cahaya dengan kamera dan film sensitif cahaya.
Watson dan Crick memiliki data kristalografi sinar-X yang tersedia pada struktur DNA
dari studi M.H.F Wilkins, R. Franklin. Data ini menunjukkan bahwa DNA adalah struktur
yang sangat tersusun, beruntai ganda dengan substruktur berulang yang ditempatkan setiap
3,4 Angstrom [1 Angstrom (Å) = 10−8 cm] pada sepanjang sumbu molekul.
Gambar 5. Komposisi dasar DNA dari berbagai organisme (Sumber : Snustad dan Simmons, 2012)

Atas dasar data kimia E. Chargaff, data difraksi sinar-X Wilkins dan Franklin, dan
kesimpulan yang diambil, Watson dan Crick mengusulkan bahwa DNA ada sebagai heliks ganda
dimana dua rantai polinukleotida saling melingkar satu sama lain dalam bentuk spiral (Gambar
7&8). Setiap rantai polinukleotida terdiri dari urutan nukleotida yang dihubungkan oleh ikatan
fosfodiester, dan bergabung dengan gugus deoksiribosa yang berdekatan (Tabel 9.2 dan Gambar
9). Dua untaian polinukleotida ini disatukan dalam konfigurasi heliksnya dengan ikatan hidrogen
(Tabel 9.2) antara basa dalam untaian yang berlawanan, pasangan-pasangan basa yang dihasilkan
ini ditumpuk di antara dua rantai yang tegak lurus dengan sumbu molekul seperti tangga spiral
(Gambar 7&8). Pasangan yang spesifik/khusus adalah; adenin selalu dipasangkan dengan timin,
dan guanin selalu dipasangkan dengan sitosin (Gambar. 9). Dengan demikian, semua pasangan
basa terdiri dari satu purin dan satu pirimidin. Sedangkan dalam konfigurasi struktural yang paling
umum, adenin dan timin membentuk dua ikatan hidrogen, dan guanin dan sitosin membentuk tiga
ikatan hidrogen (Gambar 9).
Gambar 6. Ikatan Kimia Penting dalam Struktur DNA (Sumber : Snustad dan Simmons, 2012)

Setelah urutan basa dalam satu untai DNA heliks ganda diketahui, urutan basa pada untai
lainnya juga diketahui pada pasangan basa tertentu. Dua helai double heliks DNA dengan
demikian dikatakan saling melengkapi (tidak identik) hal ini saling melengkapi dari dua untaian,
yang membuat DNA cocok untuk menyimpan dan mengirimkan informasi.

Gambar 7. Struktur double helix DNA (Sumber : Snustad dan Simmons, 2012)
Pasangan basa DNA ditumpuk 3,4 Å terpisah dengan 10 pasangan basa per putaran (360
°) dari heliks ganda, rantai gula-fosfat dari dua untai komplementer bersifat antiparalel yakni,
mereka memiliki polaritas kimia yang berlawanan. Ketika salah satu bergerak tanpa arah, di
sepanjang heliks ganda DNA, ikatan fosfodiester dalam satu untai berubah dari 3 'karbon satu
nukleotida ke karbon 5' dari nukleotida yang berdekatan, sedangkan yang di untai komplementer
bergerak dari karbon 5 'menjadi karbon 3', dan menyebabkan polaritas berlawanan dari untaian
komplementer ini, hal ini sangat penting dalam mempertimbangkan mekanisme replikasi DNA.

Gambar 8. Pengisian ruang DNA dobel helix (Sumber : Snustad dan Simmons, 2012).
Penyebab derajat yang stabilitasnya tinggi dari DNA double heliks sebagian disebabkan
oleh banyaknya ikatan hidrogen antara pasangan basa, masing-masing ikatan hidrogen dengan
sendirinya lemah, jauh lebih lemah dari ikatan kovalen, dan sebagian lagi dari ikatan hidrofobik
antara pasangan basa yang ditumpuk. Sisi-sisi plannar dari pasangan basa, relatif nonpolar,
karenanya cenderung tidak larut dalam air atau hidrofobik. Karena inti hidrofobik dari pasangan
basa yang ditumpuk ini, memberikan stabilitas yang cukup besar bagi molekul DNA yang ada
dalam air pada protoplasma sel hidup.

Fleksibilitas Konformasi Molekul DNA

Sebagian besar molekul DNA ada dalam larutan air yang bersifat encer pada protoplasma
sel hidup, dalam bentuk heliks ganda, yang baru saja dijelaskan oleh Watson-Crick. Sebagian besar
molekul DNA ini berbentuk B, bentuk-B ini adalah konformasi yang diambil dari DNA dalam
kondisi fisiologis dalam larutan encer yang mengandung garam konsentrasi rendah. Namun, DNA
bukanlah molekul statis dan invarian. Sebaliknya, molekul-molekul DNA mengeluarkan cukup
banyak fleksibilitas konformasi.
 Struktur molekul DNA dapat berubah sesuai dengan fungsi lingkungannya. Konformasi
yang tepat dari molekul DNA atau segmen tertentu dari molekul DNA ini akan tergantung pada
sifat molekul yang berinteraksi dengannya. Faktanya, DNA bentuk-B intraseluler memiliki rata-
rata 10,4 pasangan nukleotida per putaran, daripada 10. Dalam konsentrasi garam yang tinggi atau
dalam keadaan dehidrasi, DNA dalam bentuk-A, yang memiliki 11 pasangan nukleotida per
putaran. Hal ini sangatlah tidak mungkin, karena molekul DNA ini pernah ada dalam bentuk-A in
vivo. Struktur ini dinamakan heterodupleks DNA-RNA, yaitu heliks ganda yang mengandung
basis untai DNA yang dipasangkan dengan untai RNA komplementer atau dupleks RNA-RNA in
vivo. Tetapi baru-baru ini, sekuens DNA tertentu telah terbukti ada, dalam bentuk heliks kidal unik
yang disebut Z-DNA (Z untuk jalur zig-zag pada struktur gula-fosfat). Heliks dari DNA bentuk A
dan B rusak dengan cara yang lazim. Selain itu, segmen spesifik dari molekul DNA dapat
mengalami pergeseran konformasi dari bentuk-B ke bentuk-Z dan sebaliknya. Faktanya, protein
pengatur tertentu hanya dapat berikatan dengan bentuk-Z (atau bentuk-B) dari urutan DNA, dan
menyebabkannya bergeser ke bentuk-B (atau bentuk-Z). Dalam hal ini bahwa struktur DNA tidak
invarian dan variasi struktural dalam molekul DNA dapat memainkan peran biologis yang penting.

Gambar 9. Struktur pasangan basa DNA (Sumber : Snustad dan Simmons, 2012).