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CAYETANO HEREDIA
Facultad de Ciencias y Filosofía
Departamento Académico de Bioquímica, Biología Molécular y Farmacología
SILABO:
I. DATOS GENERALES
1.1. Nombre de la asignatura Introducción a la Bioinformática
1.2. Código
1.3. Año 2009
1.4. Semestre Académico PRIMER SEMESTRE
1.5. Créditos 4
1.6. Tipo de asignatura PREGRADO
1.7. Prerrequisitos BIOQUÍMICA GENERAL
1.8. Semestre/Año de estudios/Nivel PRIMERO/PRIMERO
1.9. Horario Teoría: Lu 8:00-10:00, Práctica:
Mi 8:00-10:00
N° de horas lectivas (total semestral) Teoría: 68 Práctica:
1.10. Duración de la asignatura Del: 23 de Marzo 2009
Al: 15 de Julio 2009
1.11. Profesor coordinador/ Zimic Peralta, Mirko PhD
responsable
Profesores participantes Zimic Peralta, Mirko PhD
II. SUMILLA
GENERAL
Desarrollar en los estudiantes las capacidades básicas para realizar análisis bioinformáticos
ESPECIFICOS
Al final del curso, los participantes estarán en la capacidad de:
IV. CONTENIDOS
Módulo 1: Bases de datos biológicas
Introducción genera, bases de datos biológicas, PubMed, NCBI(genbank), EMBL,
Swissprot, Protein Data Bank, Drug Data Bank. Software DNAwin,
Swisspdbviewer
V. ESTRATEGIAS DIDÁCTICAS
Al iniciar cada sesión diaria se realizará una introducción a los conceptos a revisar en el día,
relacionándolos con los temas previamente revisados. Al final de cada clase se resumirán los
conceptos más importantes de las sesiones del día, y se indicará hacia donde se orientarán las
siguientes sesiones, y como estos contenidos se relacionan con los conocimientos ya
adquiridos.
A través del curso los participantes desarrollarán de manera grupal un trabajo aplicado de
análisis bioinformático sobre un tema libre. El proyecto será presentado al finalizar el curso a
modo de una publicación científica.
VI. EVALUACIÓN
La evaluación de los estudiantes estará basada en:
Exámenes 1, 2, 3 y 4 (el promedio simple representa el 40% de la nota final). Los
exámenes serán aplicados de 10:00 a 11:30, seguidos de la discusión del mismo.
Prácticas (el promedio simple representa el 30% de la nota final)
Presentaciones/exposiciones (15%)
Proyecto (15%)
VII. BIBLIOGRAFÍA
Bibliografía
Bioinformatics, Sequence and Genome Análisis. David W. Mount.
Bioinformatics for dummies. J.M. Claverie, Cedric Notredame (CN)
(De preferencia con una antigüedad de edición no mayor de 5 años, si no existiere, indicar la
última edición.)
Enlaces internet
1. www.ncbi.nlm.nih
(Citar en el orden siguiente: autor / Institución / Nombre del SITE completo / URL. Verificar
previamente su vigencia en el World Wide Web)
ANEXO 1
DOCENTES PARTICIPANTES
Anexo 2
Programación de actividades
Módulo 1: Bases de datos biológicas
Clase 4 (Mi 1 Abr): Bancos de Datos Biológicos III: Protein Data Bank.:]
Referencia: (Mount cap9) (CN cap 11)
Herramientas: SwissPdbviewer
Actividad: Alineamiento estructural, mutagénesis dirigida
Clase 5 (Lu 6 Abr): Bancos de Datos Biológicos IV: Drug Data Bank.
Referencia: (Mount cap9) (CN cap 11)
Herramientas: SwissPdbviewer, Servidores de protonación, STATA
Actividad: Determinación de la estabilidad de proteínas; determinación de la varianza
posicional
Clase 7 (Lu 13 Abr): Alineamiento simple de secuencias II: Alineamiento global vs.
Local.
Referencia: (Mount cap3) (CN cap 8: 267-278)
Herramientas: Clustal, Macaw, Servidores de alineamiento en línea
Actividad: Identificación de dominios similares, similitud global y polimorfismos de
secuencias
Clase 15 (Mi 13 May): Evolución molecular. Teoría Neutral, Teoría Seleccionista, Teoría
Mutacionalista, Teoría de la Presión Termodinámica.
Referencia: Artículos selectos (Evolución in-vitro)
Herramientas: DNAwin, herramientas online (Swissprot: proteomic tools)
Actividad: Determinación del codon usage
Clase 26 (Lu 22 Jun): Modelamiento por threading. Rosetta. Threading local y global.
Referencia: (Mount cap9)
Herramientas: Fugue, SUSOI, 3Dpssm, Rosetta
Actividad: Predecir estructuras de proteínas a partir de la secuencia de aminoácidos
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Prácticas
Las prácticas se entregarán impresas, en un documento de no más de 4 páginas, a
simple espacio, en typo Times New Roman, 11.
El criterio de evaluación de las prácticas se basará fundamentalmente en la adecuada
interpretación y discusión de los resultados obtenidos, debiendo seguirse el orden
definido para la presentación de un informe científico (título, introducción, objetivos,
métodos, resultados, discusión, bibliografía)
Proyecto.
Fecha de entrega del proyecto: Se entregarán avances de acuerdo al cronograma, y el
proyecto final se entregará durante la última semana de clases.
Se entregará una copia impresa. El proyecto debe mantener el formato estándar de
una publicación científica, debiendo incluir las siguientes secciones:
Título
Resumen
Objetivos
Fundamento Teórico
Materiales y Métodos
Resultados
Discusión
Bibliografía
-Bioinformatics, A Practical Guide to the Análisis of Genes and Proteins. AD. Baxevanis.
-Phylogenetics Charles Semple)
-Phylogenetics Trees made easy: A how to manual for molecular biologists
-Inferring Phylogenetics (Joseph Felsenstein)
-Protein structure prediction (Igor F. Tsigelny)
-Protein Engineering and Design (Paul A. Carey)
-Mechanisms of protein folding (R.H. Pain)
-Molecular Structure Bioinformatics
-Structure determination by X-Ray crystallography (M.F.C. Ladd)
-Biophysics: An introduction (Rodney Coterrill)
-Molecular Biophysics: Structures in motion (Michel Daune)
-Biological Thermodynamics (Donlad Haynie)
-Vaccine Design: The role of cytokine networks (Gregory Gregoriadis)
-Statistical methods for bioinformatics (Warren J. Ewens)
-Microarray: Gene Expression Data Analysis
-Phylogenetic Analysis Using Parsimony and Other Methods. David L. Swofford.
-Physical Approaches to Biological Evolution. Mikhail V. Volkenstein.
-Dynamics of Proteins and Nucleic Acids. J. Andrew McCammon and Stephen C.
Harvey.
-Molecular Structures Bioinformatics
-Beginning Perl for bioinformatics (James Tisdall)
-Genomic Perl (Rex A. Dwyer)