Professional Documents
Culture Documents
AA15/16
Testi consigliati:
- J.D.Watson et al.“Biologia Molecolare del gene”VII edZanichelli
- F.Amaldi et al. ”Biologia Molecolare” II ed Casa Editrice Ambrosiana
- T.A. Brown “Genomi 3” ed Edises
Cronologia dei risultati di biochimica, genetica e biologia
molecolare sino agli anni '50
Tabella 1.1 Cronologia dei risultati della Genetica, della Biochimica e della Biologia Molecolare sino alla
fine degli anni cinquanta.
Amaldi, Benedetti, Pesole, Plevani Biologia molecolare - 2a edizione 2014 © CEA - Casa Editrice Ambrosiana
978-88-08-18567-9
Tabella 1.1 Cronologia dei risultati della Genetica, della Biochimica e della Biologia Molecolare sino alla
fine degli anni cinquanta.
Tabella 1.1 Cronologia dei risultati della Genetica, della Biochimica e della Biologia Molecolare sino alla
fine degli anni cinquanta.
Tabella 1.1 Cronologia dei risultati della Genetica, della Biochimica e della Biologia Molecolare sino alla
fine degli anni cinquanta.
Amaldi, Benedetti, Pesole, Plevani Biologia molecolare - 2a edizione 2014 © CEA - Casa Editrice Ambrosiana
978-88-08-18567-9
BIOLOGIA “MOLECOLARE”
BIOINFORMATICA
GENETICA MOLECOLARE
BIOCHIMICA
FUNZIONEdel GENE
BIOLOGIA CELLULARE
FISIOLOGIA
BIOCHIMICA STRUTTURALE
Argomenti di biologia molecolare
Metodologie di Biologia Molecolare
Acidi nucleici:
DNA (acido desossiribonucleico)
RNA (acido ribonucleico)
Struttura primaria degli acidi nucleici
polinucleotidi
(polimeri lineari costituiti da unità ripetitive: i nucleotidi)
Componenti dei nucleotidi
- Base azotata
(purinica o
pirimidinaca)
-Gruppo
fosfato
-Pentoso
(Ribosio/
Deossiribosio)
Struttura dei nucleotidi:pentoso
RNA
DNA
Basi Azotate Puriniche
1’
1’
Nucleoside e Nucleotide
Figura 2.4 Nomenclatura dei gruppi fosfato in un nucleoside trifosfato.
Amaldi, Benedetti, Pesole, Plevani Biologia molecolare - 2a edizione 2014 © CEA - Casa Editrice Ambrosiana
978-88-08-18567-9
Legame fosfodiesterico tra i nucleotidi
Il gruppo funzionale PO4
conferisce agli ac. nucleici le
proprietà di un acido
Per convenzione le
sequenze degli acidi
nucleici si indicano in
direzione 5' – 3'
5'ATG3'
5'UGC3'
Struttura secondaria degli acidi nucleici:
5'ACTG3'
3'TGAC5'
.
L'orientamento
antiparallelo
delle due
semieliche è una
conseguenza
stereochimica
del modo in cui
sono appaiante
le basi.
Stabilità termodinamica della molecola di DNA
Amaldi, Benedetti, Pesole, Plevani Biologia molecolare - 2a edizione 2014 © CEA - Casa Editrice Ambrosiana
978-88-08-18567-9
Conformazioni del DNA
Forma B: in soluzione con alto grado di umidità (95%)bassa salinità. Più simile alla struttura
fisiologica
Forma A. in soluzione a basso grado di umidità (75%) alta salinità. Complessi DNA.Proteina.
RNAds
Forma Z: sequenza con purine-pirimidine alternate.Alto MgCl2alta umidità bassa salinità
Parametri strutturali della doppia elica del DNA
• Conformazione ad elica sinistrorsa che
DNA Z • si instaura in sequenze con alternanza
purina/pirimidina (CGn) in cui le basi
assumono conformazioni alternate syn/anti.
Figura 2.21 Le due posizioni syn e anti della deossiguanosina nelle forme A e Z del DNA.
Amaldi, Benedetti, Pesole, Plevani Biologia molecolare - 2a edizione 2014 © CEA - Casa Editrice Ambrosiana
978-88-08-18567-9
Watson et al., BIOLOGIA MOLECOLARE DEL GENE, Zanichelli editore S.p.A. Copyright © 2005
Figura 2.22 Nella stessa molecola di DNA possono coesistere tratti di DNA B e di DNA Z.
Amaldi, Benedetti, Pesole, Plevani Biologia molecolare - 2a edizione 2014 © CEA - Casa Editrice Ambrosiana
978-88-08-18567-9
DNA a tripla elica
Amaldi, Benedetti, Pesole, Plevani Biologia molecolare - 2a edizione 2014 © CEA - Casa Editrice Ambrosiana
978-88-08-18567-9
appaiamenti di Hoogsteen
sequenza palindromica
Amaldi, Benedetti, Pesole, Plevani Biologia molecolare - 2a edizione 2014 © CEA - Casa Editrice Ambrosiana
978-88-08-18567-9
Struttura Cruciforme
Un tratto di DNAds che contiene una sequenza ripetuta e invertita
può assumere una struttura cruciforme con appaiamenti
intramolecolari
Figura 2.26 Struttura cruciforme. Amaldi, Benedetti, Pesole, Plevani Biologia molecolare - 2a edizione 2014 © CEA - Casa Editrice Ambrosiana
978-88-08-18567-9
Pesole, Plevani Biologia molecolare - 2a edizione 2014 © CEA - Casa Editrice Ambrosiana
978-88-08-18567-9
Struttura a forcina (hairpin)
Amaldi, Benedetti, Pesole, Plevani Biologia molecolare - 2a edizione 2014 © CEA - Casa Editrice Ambrosiana
978-88-08-18567-9
Tratto di RNA (o DNAss) che contiene una sequenza ripetuta invertita può
assumere una struttura a forcina costituita da
uno stelo a doppia elica e una ansa a singolo filamento
DNA intrinsecamente curvo
Es: AT-AT
repeats ogni
10bp (1 giro
d'elica)
Amaldi, Benedetti, Pesole, Plevani Biologia molecolare - 2a edizione 2014 © CEA - Casa Editrice Ambrosiana
978-88-08-18567-9
La denaturazione del DNA
Le due semieliche del DNA possono
denaturarsi ....in vivo
duplicazione
Le due semieliche del DNA possono denaturarsi
e riassociarsi.....in vivo
trascrizione
Le due catene del DNA possono denaturarsi e
rinaturarsi.....in vitro
Diminuisce
In presenza di reagenti che possono formare legami H con i
nucleotidi (urea, formammide)
In presenza di reagenti che aumentano la solubilità delle basi
(metanolo) o distruggono il rivestimento di H2O indebolendo le
interazioni idrofobiche
: Denaturazione del DNA
In condizioni fisiologiche gli ioni Na+ formano nuvole
cariche intorno ai fosfati neutralizzandoli
IBRIDAZIONE
Due campioni di DNA da confrontare sono
denaturati completamente mediante
riscaldamento