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ADN polimerasa

Las ADN polimerasas intervienen en la replicación del ADN para dar a


cada célula hija una copia del ADN original en el proceso de la mitosis.
Llevan a cabo la síntesis de la nueva cadena de ADN emparejando los
desoxirribonucleótidos trifosfato (dNTP) con los desoxirribonucleótidos
complementarios correspondientes del ADN molde. Los dNTP que se
usan en la replicación del ADN contienen tres fosfatos unidos al grupo
hidroxilo 5' de la desoxirribosa y dependiendo de la base nitrogenada
serán dATP, dTTP, dCTP o dGTP. La reacción fundamental es una
transferencia de un grupo fosfato en la que el grupo 3'-OH actúa como
nucleófilo en el extremo 3' de la cadena que está en crecimiento. El
ataque nucleofílico se produce sobre el fosfato α (el más próximo a la
desoxirribosa) del desoxirribonucleósido 5' trifosfato que entra,
liberándose pirofosfato inorgánico y alargándose el ADN (al formarse un
nuevo enlace fosfodiéster). A diferencia de la mayoría de procesos
biológicos que ocurren en la célula en los que sólo se separa un grupo
fosfato (Pi), durante la replicación se separan los dos últimos grupos
fosfato, en forma de grupo pirofosfato (PPi)...
Este proceso se puede resumir en una ecuación química:
(DNA)n + dNTP ↔ (DNA)n+1 + PPi
A pesar de que la ADN polimerasa sólo tiene un sitio activo para
emparejar los cuatro dNTPs diferentes, la unión correcta de los pares de
bases A:T, C:G es posible basándose en la geometría de éstos: si la
unión es incorrecta se produce un desplazamiento del fosfato α haciendo
más difícil su unión al extremo 3'-OH y ralentizando así el ritmo de
catálisis, lo que da lugar a que la ADN polimerasa añada
preferentemente las bases correctas.
Las ADN polimerasas pueden añadir hasta 1000 nucleótidos por
segundo. Esto es debido a su naturaleza procesiva, es decir, el número
de nucleótidos que son capaces de añadir cada vez que se asocian al
molde de ADN que van a copiar. Dado que la adición de los nucleótidos
es un proceso que dura unos milisegundos, la velocidad de catálisis va a
depender del tiempo que la ADN polimerasa permanece unida al ADN,
esto es, de su procesividad.
Función correctora exonucleasa 3' → 5' de las ADN polimerasas.
El crecimiento de la cadena se produce en dirección 5' → 3', ya que se
requiere de un grupo 3'-OH libre para el inicio de la síntesis puesto que
éste es el que realiza el ataque nucleofílico sobre el fosfato α del dNTP,
de forma que las ADN polimerasas requieren de un iniciador 3'-OH (que
puede ser de ADN o ARN) llamado cebador que es sintetizado por la
ARN primasa. El extremo 3' del cebador se denomina extremo cebador.
Las ADN polimerasas también realizan otras funciones durante el
proceso de replicación. Además de participar en la elongación,
desempeñan una función correctora y reparadora gracias a su actividad
exonucleasa 3', que les confiere la capacidad de degradar el ADN
partiendo de un extremo de éste. Es importante que existan estos
mecanismos de corrección ya que de lo contrario los errores producidos
durante la copia del ADN darían lugar

ADN polimerasas de E. coli


Las principales ADN polimerasas en E. coli son las ADN Pol I, ADN Pol
II, ADN Pol III, y cada una de ellas está especializada en una o más de
estas funciones según cuál sea su papel en la replicación. Así, la ADN
Pol I que es poco procesiva (añade entre 20 y 100 nucleótidos por
acontecimiento de unión) es la encargada de la eliminación de los
cebadores y el "relleno" del espacio que dejan con ADN (actividad
exonucleasa 5' → 3' y actividad polimerasa 5' → 3'). La ADN Pol II está
encargada de la reparación de ADN (actividades polimerasa 5' → 3' y
exonucleasa 3' → 5'), la ADN Pol III que es muy procesiva es la principal
encargada de la elongación del ADN (actividad polimerasa 5' → 3')
durante la cual también realiza tareas de corrección (actividad
exonucleasa 3' → 5'). Las ADN Pol IV y V, identificadas en 1999, están
involucradas en una forma poco común de reparación del ADN.

A diferencia de lo que ocurre con la ADN Pol I, que sólo debe añadir
unos 5-10 nucleótidos una vez eliminado el cebador, es importante que la
ADN Pol III sí sea muy procesiva, y por esa razón suele formar parte de
un complejo denominado holoenzima ADN Pol III que le da una mayor
procesividad. Este complejo consta de diversas subunidades
polipeptídicas encargadas cada una de una función, y que constituyen en
su conjunto un dímero asimétrico: una mitad se encarga de la síntesis de
la hebra adelantada y la otra mitad de la hebra rezagada. El corazón
catalítico lo componen las subunidades α que corresponden a dos copias
de la ADN Pol III, la subunidad ε con actividad correctora exonucleasa 3'
→ 5' y la subunidad θ cuya función podría ser la de ensamblar las otras
dos; las subunidades τ mantienen la estructura dimérica; el complejo γ lo
conforman las subunidades γ y δ cuya su función es la de aumentar la
procesividad de la ADN Pol III; la subunidad β sujeta la ADN Pol III al
ADN.

ADN polimerasas eucarióticas


Hay 13 tipos aunque las más importantes son dos:
▪ ADN polimerasa α (alfa): Se encuentra en el núcleo celular, se inhibe
por alidilcolina y en humanos presenta 4 subunidades, aunque las
más importantes son dos:
▪ Subunidad mayor (130 kDa): tiene actividad polimerasa
▪ Subunidad menor (48 kDa): tiene un centro activo de primasa
para sintetizar el cebador necesario para la replicación pero
carece de actividad exo 3'→5' por lo que no corrige errores.
▪ ADN polimerasa σ (sigma): Se localiza en el núcleo celular y se inhibe
mediante alidilcolina. Tiene una o dos subunidades dependiendo el
organismo. Tiene una alta capacidad de polimerización y actividad
correctora de errores (exo 3'→5'). Carece de actividad primasa.
La primasa (que es parte de la molécula de ADN polimerasa α) sintetiza
ARN cebadores y además comienza la elongación con DNA de las dos
cadenas. Después se produce un cambio de polimerasa y entra la ADN
polimerasa σ, que continúa la síntesis.

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