Secuencia y estructura del 16S RNA de dos enterobacterias: E. Coli y T. Thermophilus.
Apréciese la gran conservación estructural.
César López Pastrana
Genética Molecular Curso 2009/2010 *) Escapando del mundo RNA Introducción
Las hipótesis de Oparin sobre la síntesis de
moléculas orgánicas abioticamente fue demostrada con el famoso experimento de Miller y Urey en 1953. Posteriormente se ha comprobado la presencia de moléculas orgánicas en materia espacial, inclusive aminoácidos.
La hipótesis del mundo de RNA como
origen de la “vida” en la Tierra procede de Walter Gilbert, 1986, concebida a raíz de los experimentos de S.Altman y T.Cech sobre la capacidad catalítica del RNA. Conceptos previos acerca de una vida basada en el RNA fueron sugeridos por el microbiólogo Carl R. Woese veinte años antes.
El mundo RNA es una hipótesis sobre el
origen de la vida en la que el RNA sería la molécula portadora de información y de función catalítica, antes de que las primeras células aparecieran. La catálisis se llevaría a cabo sobre superficies sólidas cristalinas (ej.: arcillas). Actualmente no cabe duda de que el RNA es una poderosa molécula catalítica, que, al igual que las proteínas, puede adoptar variedad de Posible esquema de la evolución estructuras secundarias y terciarias. química y molecular. Tomado de Experimentos in vitro han dado lugar a Lehninnger. ribocimas sintéticas con capacidad para catalizar un amplio rango de reacciones el enlace fosfodiester son inestables en (J.R. Lorsch y J.W. Szostak, 1994), lo que condiciones prebióticas. La alternativa índica que la diferencia entre proteínas y serian los PNA (Peptid Nucleic Acid), cuyo ribocimas estriba más en la velocidad de esqueleto seria N-(2-aminoetil)glicina, reacción, que en la variedad de reacciones unido a la base. que pueden catalizar. Por otra parte los mismo experimentos se Sin embargo, aun no se ha encontrado realizaron a temperaturas bajas: un origen moléculas de RNA auto replicante, lo cual de la vida a bajas temperaturas favorece la constituye un argumento contrario al estabilidad molecular, aunque los mundo RNA. La polimerización se pudo resultados para la vida media de la Citosina llevar a cabo sobre superficies como las ya sigan sin ser suficientes (S. Miller et al). Es citadas arcillas o piritas (Fe2S; importancia decir, nos encontramos con que quimiolitotrófica) que servirían de soporte, empíricamente el mundo RNA se encuentra permitiendo la acumulación de con dificultades varias en la estabilidad de macromoléculas. Por otra parte, diversos sus componentes fundamentales. experimentos nos inducen a pensar que hubo un mundo pre-RNA. Por Ante la visión clásica de la evolución de un Cromatografía Liquida de Alta Eficiencia mundo RNA, a un mundo de RNPs, y (HPLC) se ha comprobado la velocidad de finalizando en el actual de proteínas, descomposición (hidrólisis) de las bases Thomas R. Cech propone una alternativa nitrogenadas. La vida media de las bases en la que se da más peso a las RNPs, nitrogenadas, especialmente C, es puesto que la asociación con pequeñas relativamente pequeña para permitir su proteínas del medio podría solventar acumulación, con lo que se concluye que problemas de estabilidad antes quizá G y C son de posterior aparición. De mencionados, así como aumentar la igual modo la ribosa y derivados, así como eficiencia de reacción. Materiales y Métodos donde proteínas son necesarias para la estabilización del centro activo del intrón Análisis de la capacidad catalítica in vitro e (pero no tienen porque ser proteínas largas in vivo de las RNP en ausencia de la parte o complejas). De hecho, algunas de esas proteica. proteínas podrían tener funciones no relacionadas con splicin’. Análisis estructural (difracción de Rayos X) de los componentes de las RNP por Los intrones del grupo II, in vitro y sin separado. proteínas, tienen muy baja eficiencia catalítica. Algunas de las proteínas En base a los puntos anteriores: análisis implicadas son las llamadas Madurasas, comparativo de diversas ribocimas y codificadas por el propio intrón. En otras ribonucleoproteínas (RNP) de idéntica ocasiones el intrón codifica un transcriptasa función en los tres Dominios: Archaea, inversa, que les otorga capacidad de Bacteria y Eukarya. transposición (Retrotransposones). Una teoría podría ser que la transcriptasa inversa y el RNA hubieran evolucionado en Resultados conjunto. Por tanto, no podemos afirmar una mayor antigüedad del ácido nucleico. Las RNP analizadas fueron: RNasa P, En el Spliceosoma, conjunto de RNPs Grupos I y II de intrones, el ribosoma, las implicadas en splicing, las cuales sólo SRPs, y Telomerasa. aparecen en Eukarya, el RNA es una ribocima que adquiere una estructura La RNasa P es una endonucleasa similar a la adquirida por el RNA del intron involucrada en la maduración del extremo de grupo II para la autocatalisis. Esto 5’ del t-RNA. En Bacteria, el RNA de parece indicar que el spliceosoma y los RNasa P, en ausencia de sus proteínas, intrones del grupo II son mecanismos tiene capacidad catalítica endonucleasa análogos de splicing (misma función, sobre el pre-tRNA in vitro. La parte proteica misma estructura), pero podríamos cumple la función de estabilizar el encontrarnos con un fenómeno de plegamiento adecuado del t-RNA, pero no convergencia evolutiva. es imprescindible. Es posible que también cumpla otras funciones, como interactuar Como bien es sabido, el ribosoma es una en la formación de dímeros o colaborar en RNP. El rRNA, altamente conservado la discriminación por parte del RNA del pre- estructuralmente en Archaea, Bacteria y tRNA del t-RNA ya procesado por RNasa Eukarya, es la maquinaria catalítica en si P. Por el contrario, in vivo, la parte proteica misma. Las proteínas del ribosoma, como es indispensable. en las otras RNPs citadas, aumentan la En Archaea y Eukarya encontramos más eficiencia de reacción. Algunas de esas subunidades proteicas, necesarias para la proteínas ribosómicas están también muy catálisis no solamente in vivo, sino también conservadas, y podrían haberse in vitro. Pero como el RNA está encontrado en un ribosoma primitivo. Las estructuralmente muy conservado en los proteínas no conservadas estabilizan la tres dominios, nos indica que éste debe ser estructura secundaria del rRNA. Con más antiguo que sus proteínas. péptidos cortos, de pocos aminoácidos, el En las mitocondrias humanas RNasa P es rRNA se puede beneficiar de un aumento completamente proteica. ¿Sugiere esto que significativo de eficacia en la traducción. las proteínas serian más ancestrales? Las subunidades proteicas de la RNasa P Las SRP son RNPs que reconocen el mitocondrial no están relacionadas con péptido señal de la proteína aún siendo ninguna de las subunidades proteicas de sintetizada. Se unen al ribosoma y al ninguna RNasa P conocida. Esto nos indica péptido señal y trasladan la traducción al que la RNasa P mitocondrial humana no retículo endoplásmico. Al contrario que en nos estaría aportando información los casos hasta ahora vistos, en las SRP la relevante a nivel evolutivo. función de catálisis es llevada a cabo por la parte proteica. El RNA tiene una función Los intrones del grupo I también son estructural, mediando la unión al ribosoma. capaces de llevar a cabo su función catalítica (splicing) in vitro en ausencia de Por último, la cada vez más estudiada proteínas. Pero no ocurre igual in vivo, Telomerasa por su relación con los procesos de cáncer, es también una RNP. verlos en diferentes especies y, Es el caso más sorprendente de todos: no especialmente, diferentes Dominios. La es ni una ribocima con proteínas investigación evolutiva siempre es una accesorias que le otorguen estabilidad y/u ardua tarea en la que se encuentran otras funciones, ni tampoco es una enzima problemas varios como la transferencia proteica en la que el RNA tenga una horizontal de genes o la convergencia. función estabilizadora o similar (no es una transcriptasa en reverso que utiliza su RNA Además hay que prestar atención a RNAs endógeno como molde). La Telomerasa es no traducibles con funciones que van una RNP senso estricto, puesto que la desde actuar como factor de trascripción al colaboración RNA-proteína es la que asociarse con proteínas o actuar como otorga la capacidad catalítica. El RNA iRNA. Es decir, de la investigación en además capta otras proteínas accesorias. evolución molecular se pueden obtener datos con aplicación a otras ramas de la biología como la biomedicina: Conclusiones “Nada tiene sentido en biología si no es a la luz de la evolución” – Theodosius Ya se comentó en la introducción que los Dobzhansky, 1973. aminoácidos no son moléculas especialmente exóticas, sino que ya estaban presentes en la Tierra primitiva Referencias (como mezcla de enantiomeros). Por tanto, aunque hubiéramos tenido un RNA que por Alberts, Johnson, Lewis, Raff, Roberts, si solo hubiese tenido capacidad catalítica Walter. Molecular Biology of the Cell. th (Figura 1 del paper, arriba a la izquierda), Garland Sciences, 4 Ed., 2002. Chapter 6: éste se “contaminaría” con péptidos del How Cells read the Genome: From DNA to medio. Pero la asociación con esas Protein. 365-372 . proteínas supondría una ventaja evolutiva, un aumento en su eficacia biológica Nelson D.L., Cox M.M. Lehninger Principios inclusiva: permitiría un rango estructural y de Bioquimica. Omega, 4ª Ed., 2006. Cap.: catalítico más amplio (Figura 1 abajo a la 1 Fundamentos de Bioquímica, izquierda). Incluso podríamos encontrar Fundamentos evolutivos. 31-34. síntesis específica de péptidos no codificados o en un escalón superior de Madigan M.T., Martinko J.M., Parker J. complejidad, traducción de RNAs (Figura 1, Brock Biología de los Microorganismos. centro) mediante un ribosoma primitivo Pearson-Prentice Hall, 10ª Ed., 2003. Cap.: RNA con proteínas del medio como 11: Evolución microbiana y Sistemática. estabilizadores y efectores. En este caso 322-326. ya tenemos RNPs. Una vez llegado a este punto las RNPs podrían continuar Levy, M.; Miller, S. L. (1998). “The stability añadiendo RNA y proteínas, aumentando la of the RNA bases: Implications for the complejidad y su eficacia (Figura 1, arriba a origin of life”. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 95, la derecha). El hecho de que las proteínas 7933-7938. estén formadas por 20 aminoácidos frente a las 4 bases del RNA, con dominios Larralde R., Robertson M.P., Miller, S.L. polares y apolares, y radicales ácidos y (1995). “Rates of decomposition of ribose básicos con diferentes pKa fueron and other sugars: Implications for chemical determinantes para que finalmente las evolution”. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 92, proteínas fueran las elegidas para llevar a 8158-8160. cabo la catálisis biológica. Pero como ya hemos visto la transición Nelson K.E., Levy M., Miller, S.L. (2000). RNPs proteínas no ha finalizado por “Peptide nucleic acids rather than RNA may completo. Nos encontramos con casos en have been the first genetic molecule”. Proc. los que el RNA cumple su función con Natl. Acad. Sci. USA 97, 3868-3871. mayor eficacia que las proteínas.
El proceso de investigación llevado a cabo
debe continuar: hay que seguir comparando funcionalidad de RNPs con sus componentes por separado y además