Final

Expresión genetica

El dogma central: expresa el flujo de la información genetica desde el

ADN a traves del ARN y finalmentre a las proteinas. Otros terminos:
transcriptoma, proteoma, metaboloma.

Replicación: es la síntesis de una nueva molécula de ADN, nesecita un

ADN patron desnaturalizado. Es semiconservativo pk tenemos un
DNA molde, el cual es copiado y facilita toda la información para la
replicación. Y se nesecita un punto de origen.

Enzimas polimerasas, encargadas de la replicación del DNA. Y hace

polimeroes de nucleotidos. Y es dependiente del RNA, para comenzar
la replicación nesecita un RNA primer o cervador  es una peq cadena
de nucleotidos de ARN en el punto de inicio, y se sintetiza de 5’3’ ,
apartir del RNA primer , comienza la dna polimerasa a enlongar la
cadena. La síntesis del ADN es paralela y complementaria.

Las DNA polimerasas todas tienen actividad 3’ exonucleasa, tiene la

capacidad de sacar un error en la terminación 3’ de la molécula de
DNA. Y al final tenemos un DNA de alta fidelidad, sin errores.

Síntesis de RNA. Tambien nesecita un DNA molde, se utiliza al RNA

polimerasa, no es dependiente de RNA primer, y usa como primer al
mismo DNA molde. Los errores no se puede remover, pk las RNA
polimerasas no tiene actividad exnucleasa, y tenemos un RNA de baja
fidelidad.
 DNA polimerasa RNA polimerasa
Sint. AC nucleicos 5’ DNA RNA
3’
Requiere primer (3’ DNA DNA
5’)
Subtratos requeridos d-ATP, d-GTP, d-CTP, ATP, GTP, CTP, UTP
d-TTP
Primer RNA (DNa) No
Accion de Si no
exnoculeasas
 Para la replicación de DNA en procariotas, se nesecita un punto de
origen que es reconocido por la proteina dna A, es la encargada de
reconocer, y decir aquí se comiensa la replicación del DNA, y luego se
nesecita que se desnaturalize el DNA y la helicasa se encarga de
romper para que la DNA polimerasa pueda copiarlo. Nesecita energia
metabolica por parte de la helicasa, por lo tanto es dependiente de
ATP. Y se mantiene separadas por la SSB (single stranded DNA binding
protein) y evita que el DNA se renaturalize y dan estabilidad, evitan la
accion de la nucleasas. El primer llega entonces, y se sintetisa por el
primer y se pone antiparalelo y complemntario al DNA molde. La
polimerasa 3, y corrige pk tiene actividad exnoculeasa y apartir de la
terminacion 3’ comienza la síntesis del RNA en direccion 5’3’. Y viene
la accion del DNA polimerasa 1, y sirve para sacar el primer y es la
unica que tiene actividad 5’ exonucleasa y favorece que ese primer sea
sacado por ella desde la terminacion 5’ y ella misma se encarga de
sintetizar el DNA y ella rellena el espacio vacio. Y sacamos el DNA
primer y queda un espacio nuevo y se llena por la DNA ligasa, y por
ultimo la DNA topoisomerasa 2 disminuye el superenrrolamiento del
DNA para favorecer le replicación, son blancos de fármacos si se inhibe
la accion de esta enzima, esta bloqueando la replicación del DNA.

La direccion se va alejando de la bifurcación y se sintetiza de direcicon

5’3’. Apartir de la bifuracion.

Diferencia replicación de DNa en Eu y Pro.

Pasos Pro Eu
Reconocimiento origen Proteina dna A ---no se sabe
Reenrrollamiento Helicasa (atp) =
Estabilización de las SSB =
cadenas desenrolladas
Sint. RNA primer Primasa =
Sint. DNA,
cadena continua Polimerasa 3 , Polimerasa delta
fragmentos okazaki polimerasa 3 polimerasa alfa
Eliminación de RNA DNA polimerasa 1 No se sabe
primer (5’3’) exnoculeasa
Sustitución de RNA por DNA polimerasa 1 No se sabe
DNA
Union de cadena DNA ligasa DNA ligasa
discontinua
Disminución del DNA topoisomerasa 2 DNA topoisomerasa 2
superenrrollamiento
Síntesis de telomeros No Telomerasas
 DNA polimerasa ALFA, inicia la síntesis de amabas cadenas,
conductora y retardasa (fragemnto de ozakaki) influye mas en la
retardada.
DNA polimerasa DELTA síntesis cadena continua o conductora
DNA polimerasa gamma, sint. DNA mitcondirla
DNA polimerasa BETA , reparacion.

** buscar esencial biochemestry – DNA replication**

enlaces fosfodiester: sale el pirofostafoto y se forma el enlace

fosfodiester.

Fragmentos de ozakaki van en contra de la bifurcación.

Las mutaciones: um cambio de codones , de bases, y cambieo que la

proteina va a reflejar. La luz UV ca a producir un cambio muy
frecuento en el de DNA , k se llaman dimeros de timina, nustro
organismo es capaz de corregirlo. Se corrigen por una endonucleasa
que hidroliza el nucleotido mal apareado y una exnocleasa remuece la
base erronea y la entrada de la base correcta por la polimerasa DNA 3
o 1 y el cierre del hueco es por la DNA ligasa.

Transcripcion
RNA mensajero, unico capaz de ser traducible. El uncio que puede
entrar al ribosoma es el RNAm,

La RNA polimerasa, ella misma va a desnatirualizar el DNA y solo

copia una cadena, y se ultiza como molde.
 El RNA es antiparalelo y complentario a su DNA molde. La zona
promotora que es donde se va a comensar, y una de terminacion, y el
medio teenos la unidad de transcipcion que es donde se encuentran los
genes que vamos a trancribir. La region promotora es no codificable no
hay info gentica en ella y dice de aquí p alante esta la info que se va
sintetizar. La RNA polimerasa (lee 3’5’) se une a la region promotora
para comensar su síntesis. La region cuesta arriba, es a la izq del
promotor, y ela cuesta de abajo la region de la derecha del promotor.
La base +1 es donde exactamente se comiensa la transcripcion del
RNA. A izq son -, y a derecha +. El DNA anti molde y codificador, es el
k no se utiliza para la síntesis del RNAm. Grupo Amino (3’) COOH (5’).
DNA codificacor (+) arriba, DNA molde (-) abajo. RNa (+) va a ser
identico al DNA codificacor. RNa polimerasas : en procariota una sola
(alfa 2 beta beta’) requiere un factor sigma para hincar en el promotor.
En eucoariota: RNA P 1 (sintetisa RNAr, excepto 5S), 2 (RNAm y
fragmentos del hnRNA t snRNA), 3 (RNAt y 5S r-RNA). Requiere
factores de transcripcion (TFIID) el D es el de mayor afinidad y
favorece la union a la zona promotora. La RNA polimerasa requiere el
factor rho en procariotas, en eucariotas no.

A -10 esta la pribnon, la TATA box. Son quienes le dan la habilidad al

promotor para que la RNA polimerasa se una al factor sigma y entre a
la region promotora. DNA espaciador, regiones no codificantes, en 5’
UTR y en 3’ UTR. Se transcriben pero no se traducen. Las UTR 5’ dan
las secuencia de bases de Shine-Dalgarmo, es importante porque ahí
es donde se va unir el ribosoma para la sisntesis de las proteinas. Y la
UTR 3’, se forma la invaginacion por el exceso de G-T. Y ahí se
encuentran palindromos. Tenemos multiples genes bajo el control del
mismo promotor.

RNA-P. Reconoce y se une a la region promotora. La secuencia del

prmotor es el sitio de inicio y ademas orienta la enzima en el DNA
molde.
La transcipcion inicia en el parde bases +1
La polimerasa core continua su movimiento en 5’3’ sobre el DNA
molde, sintetizando el mRNA de 5’3’
RNA-P llega a la señal de terminacion (dependiente o independiente
del factor rho.
Ribosomas se unen a la secuencia Shine-delgarno en la region 5’ no
traducible (UTR= unstraslated region)
Ribosomas hacen la transduccion de 5’3’.

En eucariotas:
 Las direcciones diferentes, la caja TATA en -25 y CAAT en -70. Se
empieza en +1, RNA polimerasa se une al promotor, no se usa el
factor sigma, pero tenemos factores de trasncripscion, el factor de
transcripcion 2-D se une al rpmotros le va a aumentar la afinidad de la
polimerasa , y el 2-H que va a producir una fosforilazion activando la
enzima.
Hexones- regines codificantes, intrones son los no codificantes. Se
saca el intron, y se llama proceseso post-traduccion,
1- en porcion 5’ UTR se va agregar una caperusa de metilguanosina
(es importante para el reconociemtno de los ribosomas). Se va a unir
a ese mRNA por un enlace trifosfato. Primer proceso.

La cadena de poliadenina, sin ella no tiene la capacidad de llegar al

citoplasma, sirve para el paso atraves de los poros nucleares, y
protege sobre las endonucleasas.
Los intrones se sacan por un complejo proteico llamados
esplisosomas. Y van a cortar el intron. Y el RNAm queda listo para la
traducción.

RNA polimerasa II sepera las cadenas de DNA para comensar la

transcripcion.

Maduracion *** buscar

Traduccion

ultima etapa de la expresión genetica. Ahora se va a convertir en

proteinas.

Codigo genetico: relacion de los codones con los aminoácidos,

diccionario codificado que especifica un significado para la secuencia
de bases en el DNA.
Codones: formados po tripletas, unidad componente del codigo
genetico en el RNAm, 64 codones y 3 k son de terminacion. Es un
codigo degenerado. Hay aminoácidos k no son degenerado, k son:
metionina (AUG) triptofano (UGG). Son especificos pk es especifico
para un aminoácido especifico. No solapante y sin puntuación: un
codon especifico de uniciacion (AUG) codones de terminacion (UAA,
UAG, UGA) son continuos. Universal con pocas excepciones
(mitcondrias) en todos los seres vivos, el codigo es el mismo.
El RNAt, lee el mensaje genetico que esta en los codones usando el
anticodon, hay 61 RNAt, la mayoria de las celulas poseen alrededor de
RNAt, em pro alrededor de 30. En 3’ es donde se va a unir el
aminoácido, y siempre va a ser desde 5’3’ y se va a leer CCA, y si es
de 3’5’ ACC. Funciona complementario y antiparalelo al RNAm.

Síntesis de proteinas: se nesecitan aminoácidos, si falta un

aminoácido en ese punto se paro la síntesis. Se nesecitan RNA t k es
una molécula adaptadora porque tiene el anticodon. Esta cargado o
activado cuando tiene el aminoácido en su terminación, esta activado
cuando se une al RNA t, se nesecita un complejo enzimatico que se
llama, Aminoacil-RNAt sintetasa (sirve para activar y tiene k habar una
para casa RNAt)) y las peptidil transferasas, y ribosomas, factores
proteicos y energia (ATP y GTP).

Step 1 ATP + aminoácido  aminoacil – AMP + PP

Step 2 aminoacil – AMP + RNAt  aminoacil – RNAt + AMP
= aminoácido + ATP + RNAt  aminoacil – RNAt + AMP + PP

* cuando se le une el ATP tiene suficiente energia para unirse al RNAt,

el paso 2 tenemnos amonacil activado y RNAt cargado.

Iniciciacion, se forma un cmplejo enzimatico de traducción, consta de

RNAm, RNAt cargado, las subunidades del ribosoma. Y se va unir por
medio de la subunidad pequeña, formal metionina siempre en
procariota en el comienso. Y la uniciacion consume una molécula de
GTP, sitio P comiensa la traducción y después la enlogacion en el sitio
A y en enlogancion GTP y se usan factores de enolgacion k son EF, en
en EU se tiene eEF1 (eu). En la enolgacion se forman enlaces
peptidicos atraves de la peptidil transferasa, y depues va la
translocacion dejando el sitio A listo para k venga otro RNA cargado
con su aminoácido activado. En el proceso se usan 4 enlaces de alta
energia, dos del ATP del inicio y dos de GTP, GTP para RNAt se une al
sitio A y GTP para la translocacion. Terminacion: llega al sitoo A un
codon de terminacion y se termina la síntesis de proteina, se da de
5’ 3’. Ribosoma se atacha al 5’, pk tenemos el grupo amino.

Fármacos: estreptomicina se une a la subunidad 30s en pro

inhibiendo o evitando la síntesis de proteinas.
- tetraciclina  sub unidad peq, evita que entre el siguiente RNAt
entre al sitio A
el clorafenicol inhibie la peptidil transferasa en bacteria.
 * se consumen 4 enlaces de energia, 2atp 2 gtp *
El primer RNAm siempre se va unir al sitio P con la metionina y ahí
empieza el proceso de enlongacion. Primero paso, union del RNAt con
el anticodon, 2do formación del enlace peptídico y la energia proviene
del ATP el ribosma sigue caminando. Sitio E* sitio de salida y va el
RNAt y sale. eEF2 en eu va a ser inhibido por seudomonas y por
Toxida de la difteria *. Terminacion cuando el sitio A llega el codon de
terminacion. **folleto copias***

cuadro del libro, antibiotioas inhibidores de la síntesis de proteinas. **

** animación http// highend.mcgrwa-

hill.com/olc/dl/120077/micro06.svf
- protein síntesis-

Modificacion post- traducción: al salir el polipéptido del ribosoma,

comienza a plegarse, la mayoria de estas moléculas experimentas un
cojunto de reacciones de modificaciones que las separa para su funcion
Procesamiento eliminación de formilnectionina y peptido señal
Conjugacion: la mayoria de las proteinas conjugadas son lipoproteínas
Metilacion: enzimas metil transferasa ultiman S-adenosil metionina
para metila, siempre etsa presente en la metilacion, meitonina, ( SAN)
Fosforilacion: la fosforilacion de proteinas es muy importante en pro.

Mutaciones:
Cualquier ambio permanente en la secuencia de bases del individuo.
Puntuales(cambios de una unica base) -transicionales se sustituye
una purina por purina o pirimidina por pirimidina
- transversion purina por pirimidina o inverso.

Anomalias cromosomas grandes: estas mutaciones pueden ser

producidas por diversas factores.

Silente: cuando se cambia una base, pero no hace efecto porque el

codon k se cambia es el ultimo y da el mismo aminoácido por la ley de
bamboleo.
Sin sentido: se cámbia el aminacido completamente, solo se cambia
ese aminoácido no mas. Nos puede modificar la accion de la proteinas,
pero no la hace totalmente inactiva
Sentido erroneo: se forma un codon de terminacion, se forma un TGA,
k el anticodn es UGA la cual es stop y podria ser el muy dañina pk es
una proteina poco funcional y pequeña. No hace su funcion.
Delecion de par de bases: se quita una base, y el espacio se llena lo
cual cambia todo el sentido de la proteinas, y todos los aminoácidos
cuesta abajo van a ser diferentes.

En meiosis se da el crossover y pueden sucerder anomalias.

Errores en el moviemiento de exones. Cuando se corta es posible que

se lleve info codificable y va a repercutir en la proteinas.
Mutaciones en los “splice sites”
- remover nucleotidos del exon adyacente
-no remover nucleotidos de intrones adyacentes
-removiendo un exon completamente de la unidad

Operon:****

DNA recombinante: permite que un fragmento de DNA de cualquier

procedencia pueda reaccionar con un vecto y replicarse en X
organismo.

Recombinancion: se observa durante la meisosis , intercambio

genetico.
-apareamiento de las dos cadenas homologas de DNA.
-rotura de dos de las cadenas de DNA, una de cada molécula. De cada
una se rompe una cadena.
-entrecruzamineto de los dos segmentos de cadenas melladas.
-la DNA ligasa sella los exremos cortados
-migracion de rama por intercambio de aparamiento de bases conduce
a la transferecia de un segmento de DNa de un homologo a otro.
-la DNA polimeresa rellena los huecos y la DNA ligasa sella la cadena
cortada.
 Endonuclesas de restricción; cortan segmentos especificos, cortan
palindromos, se extraen de bacterias donde su funcion es protegerlas
de infecciones por diferentes organismos, como DNA virus, todo DNA
metilado lo protege, cualquier DNA no metilado lo va a digerir.
Reconoce palindromos. Y lo corta justamente entre la adenina y la
guanina. G-A. Y se llaman extremos cohesivos o pegajoso, pueden
reaccionar con otra DNA con la misma situación.
Y los transportan un vector, y tienen capacidad de transportar genes ,
tienen la capidad de autoreplicarse o replicarlo. Son un vehiculo que
transporta el gen o genes de interes al hospedero que normalmente es
una bacteria o una celula eucariota viva. Una vez dentro la celula el
vector se multiplica produciendo varias copias identicas del gen que
transporta.

Los plasmidos: una molécula de RNa bacteriano, tienen la capidad de

replicarse autónomamente, transportan los genes de interes para el
investigador. PBR322, plasmido de e.coli se tienen varios genes; un
gen que codifica una proteina que van a serla resistente a tetracilina y
otros resistene a ampicilina. Los palindromos lo transportar la ECOR1
reconoce palindromos en bacterias, plasmidos, en el DNA .plasmidos
se modifican por medio de la recombinacion. (enzima de restricción)
EcoR1 rompe el palindromo, cuando se rompe la region que es
resistene a la tetracilina, solo que el resitente para la ampicilina y para
la tetracilina no. Se tienen muchos productor porque hay muchos
palindoromos. Cuando tenemos varios productos se llaman bibliotequa
genomita.

-- highered.mcgraw-hill.com/olc/dl/120078/micro10.swf
steps in cloning a gene.

Etapas de la secuenciacion; construccion de una biblio-genomica

- el DNa se corta en miles de fragmentos grandes mediante
endonucleasa de resteccion
- la mezcla de fragemtnos de somete a electroforesis en gelo se
centrifuga
- los fragmentos se insertan

Reaccion en cadena de la polimnerasa PCR, toma la molécula de DNA

y la unifica para su mejor estudio, su objetivo es obtener un gran
umero de copias de fragmento de DNA. Amplificar un fragmento de
DNA, luego es mas facil. Rplicacion en cadena de polimerasa. Se
toman doble cadena de DNA , se nesecitan solucion buffer,
- un fragmento de DNA doble helice dividido en 5 regiones, I a V
 -se amplifica la III
- dos oligonucleotidos cebadores sinteticos y complementarios a las
regiones II y IV
- Una DNA polimerasa termoestable (thermus aquaticos )
-los 4 d-NTP y (d-ATP)
-solucion tampon

- polymerase Chain reaction- video.

Clonacion.

reparacion de dimeros de timina. La endonuclesas corrige eso. La

enzima de reconocer los errores, la uracil glucosidasa, recnoce el sitio
y corta el uracilo y lo saca. En el sitio AP. Y viene una AP
endonuclesasa, cotra el error y viene la polimerasa y luego una ligasa.
Reparacion por esecion.