Estructura de las protenas

Estructura de las protenas. Proyecto del Genoma Humano. La estructura de las proteinas rene las propiedades de disposicin en el espacio de las molculas de protena que provienen de su secuencia de aminocidos, las caractersticas fsicas de su entorno y la presencia de compuestos, simples o complejos que las estabilicen y/o conduzcan a un plegamiento especfico, distinto del espontneo. Por ello, deriva de sus componentes, es decir de la propia estructura de los aminocidos, de cmo interaccionan qumicamente stos, de forma jerarquizada y especfica, y evidentemente est en relacin con la funcin a acometer en el destino celular.

[editar] Estructura de los aminocidos

Estructura del aminocido glutamina.

Los aminocidos, monmeros componentes del polmero protena, son molculas quirales constituidas por un tomo de carbono central, el C, que portan en ste un grupo amino y un grupo carboxilo, lo cual les da su nombre, adems de un tomo de hidrgeno y una cadena lateral que les confiere sus caractersticas definitorias, y en funcin de la cual se clasifican.1 Los 20 -L-aminocidos proteinognicos son los listados en la siguiente tabla: Cargado, Cdigo Cdigo Abundancia VdW volumen Polar, Nombre de tres de una relativa MW pK (3) Hidrofbico, letras letra (%) E.C. Neutro Alanina Ala A 13.0 71 67 H Arginina Arg R 5.3 157 12.5 148 C+ Asparagina Asn N 9.9 114 96 P Aspartato Asp D 9.9 114 3.9 91 CCistena Cys C 1.8 103 86 P Glutamato Glu E 10.8 128 4.3 109 CGlutamina Gln Q 10.8 128 114 P Glicina Gly G 7.8 57 48 N Histidina His H 0.7 137 6.0 118 P, C+ Isoleucina Ile I 4.4 113 124 H Leucina Leu L 7.8 113 124 H Lisina Lys K 7.0 129 10.5 135 C+ Metionina Met M 3.8 131 124 H Fenilalanina Phe F 3.3 147 135 H Prolina Pro P 4.6 97 90 H Serina Ser S 6.0 87 73 P Treonina Thr T 4.6 101 93 P Triptfano Trp W 1.0 186 163 P Tirosina Tyr Y 2.2 163 10.1 141 P Valina Val V 6.0 99 105 H

[editar] Termodinmica del plegamiento

En condiciones fisiolgicas, el proceso de plegamiento de una protena globular est claramente favorecido termodinmicamente, esto es, el incremento de energa libre global del proceso debe ser negativo (aunque alguno de sus pasos puede ser positivo). Este cambio se consigue equilibrando una serie de factores termodinmicos como la entropa conformacional, las interacciones carga-carga, los puentes de hidrgeno internos, las interacciones hidrofbicas y las interacciones de van der Waals.2 .3

[editar] Entropa conformacional

Se define entropa conformacional del plegado como la disminucin de la entropa, de la aleatoriedad en definitiva, durante el paso desde una multitud de conformaciones de ovillo aleatorio hasta una nica estructura plegada. La energa libre, representada en la ecuacin G = H - T S, demuestra que el S negativo realiza una contribucin positiva a G. Es decir, el cambio de entropa conformacional se opone al plegado. Por ello, el G global, que debe ser negativo, se debe a que o bien H es negativo y grande o a algn otro aumento de la entropa con el plegado. En la prctica se dan ambas cosas.3 La fuente de H negativo es el cmulo de interacciones favorables energticamente que se dan en el interior del glbulo proteico, interacciones que suelen ser no covalentes.

[editar] Interacciones carga-carga

Artculo principal: Enlace inico

Las interacciones carga-carga se dan entre grupos polares y cargados de las cadenas laterales de los aminocidos componentes del polipptido, puesto que los grupos carboxilo y amino del carbono alfa estn implicados en el enlace peptdico. De este modo, dichos grupos ionizados se atraen y forman un equivalente a sales entre residuos del polipptido: de hecho, se denominan a veces puentes salinos.3 Evidentemente, dichas interacciones desaparecen cuando el pH del medio es tal que se pierde el estado de ionizacin del grupo; de hecho, esta es una de las causas de la desnaturalizacin rpida de las protenas mediante adicin de cidos o bases, y subyuga a las protenas a un entorno de un pH tamponado y moderado, que es el fisiolgico, salvo excepciones, como puede ser el interior lisosomal en el entorno subcelular4

[editar] Enlaces de hidrgeno internos

Artculo principal: Enlace de hidrgeno

Dos molculas relacionndose mediante cuatro puentes de hidrgeno, representados mediante lneas de puntos. Las cadenas laterales de muchos aminocidos se comportan como donadores o como aceptores de enlaces de hidrgeno (es el caso de los grupos hidroxilo de la serina y los grupos amino de la glutamina, por ejemplo). Adems, si los protones amida o los carbonilos del armazn polipeptdico no estn implicados en el enlace peptdico, pueden interaccionar tambin en este tipo de uniones estabilizadoras.

Si bien los enlaces de hidrgeno son dbiles en disolucin acuosa.3 su gran nmero puede estabilizar, y lo hace, la estructura terciaria proteica.

[editar] Interacciones de van der Waals

Artculo principal: Fuerzas de Van der Waals

El denso empaquetamiento en el ncleo de las protenas globulares facilita la interaccin dbil entre grupos moleculares sin carga. Dichos enlaces son de baja energa, pero su abundante nmero suple su debilidad. Cada interaccin individual slo contribuye en unos pocos kilojulios a la entalpa de interaccin negativa global. Pero la suma de todas las contribuciones de todas las interacciones s que puede estabilizar a la estructura plegada. De este modo, una contribucin energtica favorable a partir de la suma de las interacciones intramoleculares compensa de modo ms que suficiente la entropa desfavorable del plegado.3

[editar] Interacciones hidrofbicas

Artculo principal: Interaccin hidrofbica

Por definicin, cualquier sustancia hidrofbica en contacto con el agua provoca que sta huya y se agrupe en estructuras denominadas clatratos.4 Esta ordenacin corresponde a una disminucin de la entropa del sistema. En el caso de las protenas, los residuos hidrofbicos de los aminocidos quedan orientados, en su plegamiento, hacia el interior de la molcula, en contacto con sus semejantes y alejados del agua. En consecuencia, la internalizacin de los grupos hidrfobos aumenta la aleatoriedad del sistema 'protena ms agua' y, por consiguiente, produce un aumento de entropa al doblarse. Este aumento de entropa produce una contribucin negativa a la energa libre del plegado y aumenta la estabilidad de la estructura proteica.3

[editar] Funcin de los enlaces disulfuro

Artculo principal: Enlace disulfuro

Molcula de cistina, fruto de la condensacin de dos cistenas mediante un enlace disulfuro. La estabilizacin de la protena recin plegada puede suceder mediante la formacin de puentes disulfuro entre residuos de cistena adyacentes o enfrentados. Dicho procesamiento se produce en muchos casos en el lumen del retculo endoplasmtico mediante la enzima disulfuro isomerasa, presente en todas las clulas eucariotas. Dicha enzima, que cataliza la oxidacin de los grupos sulfhidrilo o grupos tiol (-SH2) de los residuos de cistena, es especialmente abundante en rganos como el hgado o pncreas, donde se producen pequeas cantidades de protenas que contienen este tipo de enlaces.5

[editar] Niveles de estructuracin

Representacin de la estructura proteica a tres niveles: arriba, el primario, compuesto por los aminocidos; en el centro, el secundario, definido por las estructuras en alfa hlice, beta lmina y semejantes; y abajo el terciario, que detalla todos los aspectos volumtricos. La estructura de las protenas puede jerarquizarse en una serie de niveles, interdependientes. Estos niveles corresponden a: 1. Estructura primaria, que corresponde a la secuencia de aminocidos. 2. Estructura secundaria, que provoca la aparicin de motivos estructurales. 3. Estructura terciaria, que define la estructura de las protenas compuestas por un slo polipptido. 4. Estructura cuaternaria, si interviene ms de un polipptido.

[editar] Estructura primaria

Artculo principal: Estructura primaria de las protenas

La estructura primaria de las protenas se refiere a la secuencia de aminocidos., es decir, la combinacin lineal de los aminocidos mediante un tipo de enlace covalente, el enlace peptdico. Los aminocidos estn unidos por enlaces peptdicos siendo una de sus caractersticas mas importante la coplanaridad de los radicales constituyentes del enlace. La estructura lineal del pptido definir en gran medida las propiedades de niveles de organizacin superiores de la protena. Este orden es consecuencia de la informacin del material gentico: Cuando se produce la traduccin del RNA se obtiene el orden de aminocidos que van a dar lugar a la protena. Se puede decir, por tanto, que la estructura primaria de las protenas no es ms que el orden de aminocidos que la conforman.

[editar] Estructura secundaria

Artculo principal: Estructura secundaria de las protenas

La estructura secundaria de las protenas es el plegamiento que la cadena polipeptdica adopta gracias a la formacin de puentes de hidrgeno entre los tomos que forman el enlace peptdico, es decir, un tipo de enlace no covalente. Los motivos ms comunes son la hlice alfa y la beta lmina. Hlice alfa Los aminocidos en una hlice estn dispuestos en una estructura helicoidal dextrgira, con unos 3.6 aminocidos por vuelta. Cada aminocido supone un giro de unos 100 en la hlice, y los carbonos de dos aminocidos contiguos estn separados por 1.5. La hlice est estrechamente empaquetada, de forma que no hay casi espacio libre dentro de la hlice. Todas las cadenas laterales de los aminocidos estn dispuestas hacia el exterior de la hlice.6 El grupo amino del aminocido (n) puede establecer un enlace de hidrgeno con el grupo carbonilo del aminocido (n+4). De esta forma, cada aminocido (n) de la hlice forma dos puentes de hidrgeno con su enlace peptdico y el enlace peptdico del aminocido en (n+4) y en (n-4). En total son 7 enlaces de hidrgeno por vuelta. Esto estabiliza enormemente la hlice. Esta dentro de los niveles de organizacin de la protena. Lmina beta La beta lmina se forma por el posicionamiento paralelo de dos cadenas de aminocidos dentro de la misma protena, en el que los grupos amino de una de las cadenas forman enlaces de hidrgeno con los grupos carboxilo de la opuesta. Es una estructura muy estable que puede llegar a resultar de una ruptura de los enlaces de hidrgeno durante la formacin de la hlice alfa. Las cadenas laterales de esta estructura estn posicionados sobre y bajo el plano de las lminas. Dichos sustituyentes no deben ser muy grandes, ni crear un impedimento estrico, ya que se vera afectada la estructura de la lmina.7

[editar] Estructura terciaria

Artculo principal: Estructura terciaria de las protenas

Es el modo en que la cadena polipeptdica se pliega en el espacio, es decir, cmo se enrolla una determinada protena, ya sea globular o fibrosa. Es la disposicin de los dominios en el espacio. La estructura terciaria se realiza de manera que los aminocidos apolares se sitan hacia el interior y los polares hacia el exterior en medios acuosos. Esto provoca una estabilizacin por interacciones hidrofbicas, de fuerzas de van der Waals y de puentes disulfuro1 (covalentes, entre aminocidos de cistena convenientemente orientados) y mediante enlaces inicos.

[editar] Estructura cuaternaria

Artculo principal: Estructura cuaternaria de las protenas

La hemoglobina es una protena tetramrica que suele emplearse como ejemplo de protena con estructura cuaternaria. La estructura cuaternaria deriva de la conjuncin de varias cadenas peptdicas que, asociadas, conforman un ente, un multmero, que posee propiedades distintas a la de sus monmeros componentes. Dichas subunidades se asocian entre s mediante interacciones no covalentes, como pueden ser puentes de hidrgeno, interacciones hidrofbicas o puentes salinos. Para el caso de una protena constituida por dos monmeros, un dmero, ste puede ser un homodmero, si los monmeros constituyentes son iguales, o un heterodmero, si no lo son.

[editar] ngulos de rotacin y representaciones de Ramachandran

ngulos de rotacin en la cadena peptdica. La convencin de la direccin de rotacin positiva se muestra por el sentido de la flecha. En una cadena polipeptdica, se definen dos enlaces del armazn capaces de rotar: uno es el enlace entre el nitrgeno y el C, y el otro el enlace entre el C y el oxgeno del carbonilo. Ambos definen dos ngulos de rotacin:

El ngulo de rotacin , definido por los cuatro tomos sucesivos del esqueleto CO-NH-C-CO, implicando a dos aminocidos. El ngulo de rotacin , definido por los cuatro tomos sucesivos del esqueleto: NH-C-CO-NH, que implica a dos aminocidos.

La orientacin del eje de giro considerada positiva por convencin se muestra en la imagen; corresponde a la propia de las agujas del reloj.3 Existen dos excepciones en los aminocidos que se representan en estos diagramas: la glicina, carente de un sustituyente, y la prolina, cclica debido a la tenencia de una estructura tipo pirrol, no cumplen los requisitos requeridos para una representacin convencional8

Diagrama de Ramachandran de una protena. Las zonas energticamente favorables son representadas mediante contornos coloreados. Cada aminocido est representado mediante un punto rojo. Se marcan con cruces las glicinas, carentes de cadena lateral. Se puede describir, por tanto, la conformacin del armazn de cualquier residuo concreto de una protena especificando estos dos ngulos.3 Con estos dos parmetros podemos describir la conformacin de dicho residuo en un mapa mediante un punto,

con coordenadas y . Para determinados tipos de estructura secundaria, como la hlice alfa, todos los residuos comparten dichos ngulos, por lo que un punto en el mapa en determinada posicin puede describir una estructura secundaria. Estos mapas, denominados representaciones de Ramachandran, por el bioqumico G. N. Ramachandran9 que los us por ampliamente en [1963], permiten deducir dichas conformaciones.3

[editar] Dominios, motivos y otros elementos conformacionales

Artculo principal: Nivel de dominio de las protenas

Es comn que algunas zonas de la protena tengan entidad estructural independiente, y a menudo funciones bioqumicas especficas, como, por ejemplo, alguna actividad cataltica. Su naturaleza depende de las estructuras anteriormente citadas a todos los niveles. La estructura cuaternaria deriva de la conjuncin de varias cadenas peptdicas que, asociadas, conforman un ente, un multmero, con propiedades distintas.

Dominio de unin a calcio de calmoldulina; las esferas azules representan al metal. Las protenas estn organizadas en muchas unidades. Un dominio estructural es un elemento de la estructura de las protenas que se autoestabiliza y a menudo estabiliza a los motivos conformacionales independientemente del resto de la cadena de protena. Muchos dominios son nicos y proceden de una secuencia nica de un gen o una familia gnica pero en cambio otros aparecen en una variedad de protenas. Los dominios son, a menudo, seleccionados evolutivamente porque poseen una funcin prominente en la biologa de la protena pertenecen; por ejemplo, "el domino de unin a calcio de calmodulina". La ingeniera gentica permite modificar los dominios de una protena a otra para generar protenas quimricas con funciones novedosas. Un motivo en este sentido se refiere a una combinacin especfica de elementos estructurales secundarios (como los hlice-giro-hlice). Estos elementos son llamados a menudo superestructuras secundarias.

Suele denominarse motivo conformacional de forma global a un tipo de motivo, como los barriles-beta. La estructura de los motivos a menudo consiste en solo unos pocos elementos, por ejemplo, las hlice-giro-hlice, que slo tienen tres. Se denota que la

secuencia espacial es la misma en todas las instancias del motivo. Su orden es bastante irregular dentro del gen subyacente. Los motivos estructurales de la protena a menudo incluyen giros de longitud variable en estructuras indeterminadas, lo que en efecto crea la plasticidad necesaria para unir dos elementos en el espacio que no estn codificados por una secuencia de ADN inmediatamente adyacente en un gen. Se denota tambin que incluso cuando estn codificados los elementos estructurales secundarios de un motivo en el mismo orden en dos genes, la composicin cuantitativa de aminocidos puede variar. Esto no slo es cierto debido a las complicadas relaciones entre la estructura terciaria y primaria, sino por cuestiones relativas al tamao. Si bien en la base de datos de levadura hay descritas unas 6.000 protenas,10 hay muchos menos dominios, motives estructurales y pliegues. Esto es, en parte, consecuencia de la evolucin. Esto significa, por ejemplo, que un dominio de una protena puede ser trasladado de una a otra, dando as una nueva funcin a las protenas. Debido a estos mecanismos, los dominios o motivos estructurales pueden ser comunes a varias familias de protenas.

[editar] Cintica del plegado de las protenas

Aunque el plegamiento de las protenas parta de un estado lineal inicial y uno final bien definidos, el proceso de plegamiento no es algo brusco con un lugar de partida y un fin, sino que est plagado de intermedios temporalmente mensurables y de vital importancia. Incluso, la estructura final dista mucho de ser esttica: algunos autores imaginan a las protenas como entidades dinmicas que continuamente cambian de estructura, de un modo similar al latido cardaco11 Si bien el plegamiento de una protena es un suceso rpido, que se completa en apenas un segundo, topolgicamente es un problema muy complejo. Este hecho dio lugar a la paradoja de Levinthal, propia de Cyrus Levinthal en 1968: un clculo aproximado indica que una cadena polipeptdica de unos 120 residuos posee unas 1050 conformaciones. Aunque la molcula pudiera intentar una nueva conformacin cada 1013 segundos, se necesitaran unos 1030 aos para intentar un nmero significativo de ellas.3 No obstante, protenas de estas caractersticas se pliegan in vitro en un minuto. La resolucin de la paradoja pasa por la aceptacin de la existencia de estados de plegamiento intermedios, en los que la protena se encuentra parcialmente desplegada, en una ruta como sigue:3 1. 2. 3. 4. 5. 6. Protena desplegada. Nucleacin del plegado. Estados intermedios. Estado de glbulo fundido. Reordenamientos finales. Protena plegada.

[editar] Elementos moduladores

[editar] Temperatura

El papel de la temperatura es crucial puesto que su entidad fsico-qumica, la energa cintica contenida en los tomos, dota de reactividad a los aminocidos y, por ello, a las protenas. No obstante, existe un lmite, a unos 50 C, sobrepasado el cual las protenas pierden su conformacin, esto es, se desnaturalizan. La desnaturalizacin, producida por la temperatura y otros agentes desnaturalizantes, ocurre a varios niveles:

En la desnaturalizacin de la estructura cuaternaria, las subunidades de protenas se separan o su posicin espacial se corrompe. La desnaturalizacin de la estructura terciaria implica la interrupcin de: o Enlaces covalentes entre las cadenas laterales de los aminocidos (como los puentes disulfuro entre las cistenas). o Enlaces no covalentes dipolo-dipolo entre cadenas laterales polares de aminocidos. o Enlaces dipolo inducidos por fuerzas de Van Der Waals entre cadenas laterales no polares de aminocidos. En la desnaturalizacin de la estructura secundaria las protenas pierden todos los patrones de repeticin regulares como las alfa hlices y adoptan formas aleatorias. La estructura primaria, la secuencia de aminocidos ligados por enlaces peptdicos, no es interrumpida por las desnaturalizacin.

[editar] pH
El pH afecta al estado inico de los aminocidos, zwitteriones en definitiva, que no tienen implicado su grupo amino ni carboxilo en el enlace peptdico y, especialmente, a aqullos polares, con algn grupo cargado en su cadena lateral. El estado de ionizacin de ste afecta a la reactividad y posibilidad, por tanto, de producir un enlace qumico.1

[editar] Chaperonas
Artculo principal: Chaperona

Las protenas tipo chaperona son un conjunto de protenas presentes en todas las clulas cuya funcin es la de ayudar al plegamiento de otras protenas, tras su sntesis o durante su ciclo de actividad (por ejemplo, en defensa de estrs trmico).4 Estas chaperonas no forman parte de la estructura primaria de la protena funcional, sino que slo se unen a ella para ayudar en su plegamiento, ensamblaje y transporte celular a otra parte de la clula donde la protena realiza su funcin. Los cambios de conformacin tridimensional de las protenas pueden estar afectados por un conjunto de varias chaperonas que trabajan coordinadas, dependiendo de su propia estructura y de la disponibilidad de las chaperonas.12 Existen sustancias qumicas no proteicas que pueden estabilizar a las protenas mediante el establecimiento de enlaces de puente de hidrgeno, en sustitucin a los del agua. Por ejemplo, es el caso de la trehalosa, un azcar que se emplea en biotecnologa para

favorecer la viabilidad de las soluciones ricas en protena incluso en condiciones de estrs ambiental13 Las chaperonas, localizadas en todos los compartimentos celulares, se agrupan en dos familias generales.4 Chaperonas moleculares Que se unen y estabilizan a protenas desplegadas o parcialmente plegadas, evitando as que se agrupen y que sean degradadas. Integran la familia de las Hsp70 en el citosol y la matriz de la mitocondria, BiP en el retculo endoplasmtico y DnaK en las bacterias. Chaperoninas Que facilitan directamente el plegado de las protenas. Incluyen a: TriC, en eucariotas; y GroEL, en bacterias y cloroplastos,

[editar] Clasificacin estructural

Muchos mtodos han sido desarrollados para la clasificacin estructural de las protenas; la recopilacin de datos es almacenada en el Banco de Datos de Protenas. Muchas bases de datos existentes clasifican las protenas usando diferentes mtodos. El SCOP, CATH y FSSP son los ms usados. Los mtodos usados podran clasificarse en: puramente manuales, manuales y automticos y puramente automticos. El mayor problema de estos mtodos es la integracin de los datos. La clasificacin es constante entre SCOP, CATH Y FSSP para la mayora de las protenas que han sido clasificadas, pero hay todava algunas diferencias e inconsistencias.

[editar] Determinacin de la estructura proteica

Alrededor del 90% de las estructuras de las protenas disponibles en el Banco de Datos de Protenas han sido determinadas por cristalografa de rayos X. Este mtodo permite medir la densidad de distribucin de los electrones de la protena en las 3 dimensiones (en el estado de cristalizacin), lo que permite obtener las coordenadas 3D de todos los tomos para determinar su posicin con certeza. Aproximadamente el 9% de las estructuras de protenas conocidas han sido obtenidas por tcnicas de resonancia magntica nuclear, que tambin pueden ser usadas para identificar estructuras secundarias.

El efecto del dicroismo circular en la transmisin de ondas polarizadas se emplea en la determinacin de la estructura de las protenas. Ntese que los aspectos de las estructuras secundarias pueden ser detectados mediante medios bioqumicos como el dicrosmo circular14 El microscopio crioelectrnico que se ha convertido recientemente en un medio para determinar las estructuras proteicas con una resolucin baja (menos de 5 0,5 nm) y se prev que ser una herramienta importante para los trabajos de alta resolucin en la dcada prxima. Esta tcnica es an un recurso importante para cientficos que estn trabajando en complejos muy grandes de protenas, como la cubierta y cpside de los virus y las protenas amiloideas.15 16 Aproximacin a la estructura proteica a distintas resoluciones Resolucin Interpretacin >4.0 3.0 - 4.0 2.5 - 3.0 Coordenadas individuales sin significado Plegamiento posiblemente correcto, pero comnmente con errores. Algunas cadenas laterales poseen mal los rotmeros. Plegamiento bien dilucidado salvo en algunos pliegues superficiales, mal modelados. Algunas cadenas laterales largas (Lys, Glu, Gln) y otras cortas (Ser, Val, Thr) mal orientadas. El nmero de cadenas laterales con un rotmero incorrecto es mucho menor. Los errores, pequeos, son detectados normalmente. Los pliegues superficiales estn bastante bien definidos. Los ligandos y el agua son visibles. Pocos residuos poseen mal rotmero. Los errores pequeos son detectados. Los pliegues incorrectos son muy raros, incluso en superficie. En general, todo est correctamente resuelto. Las libreras de rotmeros y os estudios geomtricos se hacen a este nivel de precisin.

2.0 - 2.5

1.5 - 2.0 0.5 - 1.5