Estructura de las protenas

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Estructura de las protenas. Proyecto del Genoma Humano. La estructura de las protenas rene las propiedades de disposicin en el espacio de las molculas de protena que provienen de su secuencia de aminocidos, las caractersticas fsicas de su entorno y la presencia de compuestos, simples o complejos que las estabilicen y/o conduzcan a un plegamiento especfico, distinto del espontneo. Por ello, deriva de sus componentes, es decir de la propia estructura de los aminocidos, de cmo interaccionan qumicamente stos, de forma jerarquizada y especfica, y evidentemente est en relacin con la funcin a acometer en el destino celular.

Contenido
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1 Estructura de los aminocidos 2 Termodinmica del plegamiento o 2.1 Entropa conformacional o 2.2 Interacciones carga-carga o 2.3 Enlaces de hidrgeno internos

2.4 Interacciones de van der Waals 2.5 Interacciones hidrofbicas 3 Funcin de los enlaces disulfuro 4 Niveles de estructuracin o 4.1 Estructura primaria o 4.2 Estructura secundaria o 4.3 Estructura terciaria o 4.4 Estructura cuaternaria 5 ngulos de rotacin y representaciones de Ramachandran 6 Dominios, motivos y otros elementos conformacionales 7 Cintica del plegado de las protenas 8 Elementos moduladores o 8.1 Temperatura o 8.2 pH o 8.3 Chaperonas 9 Clasificacin estructural 10 Determinacin de la estructura proteica 11 Investigacin 12 Referencias
o o

13 Vase tambin

[editar] Estructura de los aminocidos

Estructura del aminocido glutamina. Los aminocidos, monmeros componentes del polmero protena, son molculas quirales constituidas por un tomo de carbono central, el C, que portan en ste un grupo amino y un grupo carboxilo, lo cual les da su nombre, adems de un tomo de hidrgeno y una cadena lateral que les confiere sus caractersticas definitorias, y en funcin de la cual se clasifican.1 Los 20 -L-aminocidos proteinognicos son los listados en la siguiente tabla:

Nombre

Cdi go de tres letras

Cdi go de una letra

Abundanc ia relativa (%) E.C.

M W

p K

VdW volumen (3)

Cargado, Polar, Hidrofbic o, Neutro

Alanina

Ala

13.0

71

67

Arginina

Arg

5.3

15 7

12 .5

148

C+

Asparagina

Asn

9.9

11 4

96

Aspartato

Asp

9.9

11 4

3. 9

91

C-

Cistena

Cys

1.8

10 3

86

Glutamato

Glu

10.8

12 8

4. 3

109

C-

Glutamina

Gln

10.8

12 8

114

Glicina

Gly

7.8

57

48

Histidina

His

0.7

13 7

6. 0

118

P, C+

Isoleucina

Ile

4.4

11 3

124

Leucina

Leu

7.8

11 3

124

Lisina

Lys

7.0

12 9

10 .5

135

C+

Metionina

Met

3.8

13 1

124

Fenilalanina Phe

3.3

14 7

135

Prolina

Pro

4.6

97

90

Serina

Ser

6.0

87

73

Treonina

Thr

4.6

10 1

93

Triptfano

Trp

1.0

18 6

163

Tirosina

Tyr

2.2

16 3

10 .1

141

Valina

Val

6.0

99

105

[editar] Termodinmica del plegamiento

En condiciones fisiolgicas, el proceso de plegamiento de una protena globular est claramente favorecido termodinmicamente, esto es, el incremento de energa libre global del proceso debe ser negativo (aunque alguno de sus pasos puede ser positivo). Este cambio se consigue equilibrando una serie de factores termodinmicos como la entropa conformacional, las interacciones carga-carga, los puentes de hidrgeno internos, las interacciones hidrofbicas y las interacciones de van der Waals.2 .3

[editar] Entropa conformacional

Se define entropa conformacional del plegado como la disminucin de la entropa, de la aleatoriedad en definitiva, durante el paso desde una multitud de conformaciones de ovillo aleatorio hasta una nica estructura plegada. La energa libre, representada en la ecuacin G = H - T S, demuestra que el S negativo realiza una contribucin positiva a G. Es decir, el cambio de entropa conformacional se opone al plegado. Por ello, el G global, que debe ser negativo, se debe a que o bien H es negativo y grande o a algn otro aumento de la entropa con el plegado. En la prctica se dan ambas cosas.3 La fuente de H negativo es el cmulo de interacciones favorables energticamente que se dan en el interior del glbulo proteico, interacciones que suelen ser no covalentes.

[editar] Interacciones carga-carga

Artculo principal: Enlace inico

Las interacciones carga-carga se dan entre grupos polares y cargados de las cadenas laterales de los aminocidos componentes del polipptido, puesto que los grupos carboxilo y amino del carbono alfa estn implicados en el enlace peptdico. De este modo, dichos grupos ionizados se atraen y forman un equivalente a sales entre residuos del polipptido: de hecho, se denominan a veces puentes salinos.3 Evidentemente, dichas interacciones desaparecen cuando el pH del medio es tal que se pierde el estado de ionizacin del grupo; de hecho, esta es una de las causas de la desnaturalizacin rpida de las protenas mediante adicin de cidos o bases, y subyuga a las protenas a un entorno de un pH tamponado y moderado, que es el fisiolgico, salvo excepciones, como puede ser el interior lisosomal en el entorno subcelular4

[editar] Enlaces de hidrgeno internos

Artculo principal: Enlace de hidrgeno

Dos molculas relacionndose mediante cuatro puentes de hidrgeno, representados mediante lneas de puntos. Las cadenas laterales de muchos aminocidos se comportan como donadores o como aceptores de enlaces de hidrgeno (es el caso de los grupos hidroxilo de la serina y los grupos amino de la glutamina, por ejemplo). Adems, si los protones amida o los carbonilos del armazn polipeptdico no estn implicados en el enlace peptdico, pueden interaccionar tambin en este tipo de uniones estabilizadoras. Si bien los enlaces de hidrgeno son dbiles en disolucin acuosa.3 su gran nmero puede estabilizar, y lo hace, la estructura terciaria proteica.

[editar] Interacciones de van der Waals

Artculo principal: Fuerzas de Van der Waals

El denso empaquetamiento en el ncleo de las protenas globulares facilita la interaccin dbil entre grupos moleculares sin carga. Dichos enlaces son de baja energa, pero su abundante nmero suple su debilidad. Cada interaccin individual slo contribuye en unos pocos kilojulios a la entalpa de interaccin negativa global. Pero la suma de todas las contribuciones de todas las interacciones s que puede estabilizar a la estructura plegada. De este modo, una contribucin energtica favorable a partir de la suma de las interacciones intramoleculares compensa de modo ms que suficiente la entropa desfavorable del plegado.3

[editar] Interacciones hidrofbicas

Artculo principal: Interaccin hidrofbica

Por definicin, cualquier sustancia hidrofbica en contacto con el agua provoca que sta huya y se agrupe en estructuras denominadas clatratos.4 Esta ordenacin corresponde a una disminucin de la entropa del sistema. En el caso de las protenas, los residuos hidrofbicos de los aminocidos quedan orientados, en su plegamiento, hacia el interior de la molcula, en contacto con sus semejantes y alejados del agua. En consecuencia, la internalizacin de los grupos hidrfobos aumenta la aleatoriedad del sistema 'protena ms agua' y, por consiguiente, produce un aumento de entropa al doblarse. Este aumento de

entropa produce una contribucin negativa a la energa libre del plegado y aumenta la estabilidad de la estructura proteica.3

[editar] Funcin de los enlaces disulfuro

Artculo principal: Enlace disulfuro

Molcula de cistina, fruto de la condensacin de dos cistenas mediante un enlace disulfuro. La estabilizacin de la protena recin plegada puede suceder mediante la formacin de puentes disulfuro entre residuos de cistena adyacentes o enfrentados. Dicho procesamiento se produce en muchos casos en el lumen del retculo endoplasmtico mediante la enzima disulfuro isomerasa, presente en todas las clulas eucariotas. Dicha enzima, que cataliza la oxidacin de los grupos sulfhidrilo o grupos tiol (-SH2) de los residuos de cistena, es especialmente abundante en rganos como el hgado o pncreas, donde se producen pequeas cantidades de protenas que contienen este tipo de enlaces.5

[editar] Niveles de estructuracin

Representacin de la estructura proteica a tres niveles: arriba, el primario, compuesto por los aminocidos; en el centro, el secundario, definido por las estructuras en alfa hlice, beta lmina y semejantes; y abajo el terciario, que detalla todos los aspectos volumtricos. La estructura de las protenas puede jerarquizarse en una serie de niveles, interdependientes. Estos niveles corresponden a:
1. Estructura primaria, que corresponde a la secuencia de aminocidos. 2. Estructura secundaria, que provoca la aparicin de motivos estructurales. 3. Estructura terciaria, que define la estructura de las protenas compuestas por un

slo polipptido.
4. Estructura cuaternaria, si interviene ms de un polipptido.

[editar] Estructura primaria

Artculo principal: Estructura primaria de las protenas

La estructura primaria de las protenas se refiere a la secuencia de aminocidos., es decir, la combinacin lineal de los aminocidos mediante un tipo de enlace covalente, el enlace peptdico. Los aminocidos estn unidos por enlaces peptdicos siendo una de sus caractersticas mas importante la coplanaridad de los radicales constituyentes del enlace. La estructura lineal del pptido definir en gran medida las propiedades de niveles de organizacin superiores de la protena. Este orden es consecuencia de la informacin del material gentico: Cuando se produce la traduccin del RNA se obtiene el orden de aminocidos que van a dar lugar a la protena. Se puede decir, por tanto, que la estructura primaria de las protenas no es ms que el orden de aminocidos que la conforman.

[editar] Estructura secundaria

Artculo principal: Estructura secundaria de las protenas

La estructura secundaria de las protenas es el plegamiento que la cadena polipeptdica adopta gracias a la formacin de puentes de hidrgeno entre los tomos que forman el enlace peptdico, es decir, un tipo de enlace no covalente. Los motivos ms comunes son la hlice alfa y la beta lmina. Hlice alfa Los aminocidos en una hlice estn dispuestos en una estructura helicoidal dextrgira, con unos 3.6 aminocidos por vuelta. Cada aminocido supone un giro de unos 100 en la hlice, y los carbonos de dos aminocidos contiguos estn separados por 1.5. La hlice est estrechamente empaquetada, de forma que no hay casi espacio libre dentro de la hlice. Todas las cadenas laterales de los aminocidos estn dispuestas hacia el exterior de la hlice.6 El grupo amino del aminocido (n) puede establecer un enlace de hidrgeno con el grupo carbonilo del aminocido (n+4). De esta forma, cada aminocido (n) de la hlice forma dos puentes de hidrgeno con su enlace peptdico y el enlace peptdico del aminocido en (n+4) y en (n-4). En total son 7 enlaces de hidrgeno por vuelta. Esto estabiliza enormemente la hlice. Esta dentro de los niveles de organizacin de la protena. Lmina beta La beta lmina se forma por el posicionamiento paralelo de dos cadenas de aminocidos dentro de la misma protena, en el que los grupos amino de una de las cadenas forman enlaces de hidrgeno con los grupos carboxilo de la opuesta. Es una estructura muy estable que puede llegar a resultar de una ruptura de los enlaces de hidrgeno durante la formacin de la hlice alfa. Las cadenas laterales de esta estructura estn posicionados sobre y bajo el plano de las lminas. Dichos sustituyentes no deben ser muy grandes, ni crear un impedimento estrico, ya que se vera afectada la estructura de la lmina.7

[editar] Estructura terciaria

Artculo principal: Estructura terciaria de las protenas

Es el modo en que la cadena polipeptdica se pliega en el espacio, es decir, cmo se enrolla una determinada protena, ya sea globular o fibrosa. Es la disposicin de los dominios en el espacio. La estructura terciaria se realiza de manera que los aminocidos apolares se sitan hacia el interior y los polares hacia el exterior en medios acuosos. Esto provoca una estabilizacin por interacciones hidrofbicas, de fuerzas de van der Waals y de puentes disulfuro1 (covalentes, entre aminocidos de cistena convenientemente orientados) y mediante enlaces inicos.

[editar] Estructura cuaternaria

Artculo principal: Estructura cuaternaria de las protenas

La hemoglobina es una protena tetramrica que suele emplearse como ejemplo de protena con estructura cuaternaria. La estructura cuaternaria deriva de la conjuncin de varias cadenas peptdicas que, asociadas, conforman un ente, un multmero, que posee propiedades distintas a la de sus monmeros componentes. Dichas subunidades se asocian entre s mediante interacciones no covalentes, como pueden ser puentes de hidrgeno, interacciones hidrofbicas o puentes salinos. Para el caso de una protena constituida por dos monmeros, un dmero, ste puede ser un homodmero, si los monmeros constituyentes son iguales, o un heterodmero, si no lo son.

[editar] ngulos de rotacin y representaciones de Ramachandran

ngulos de rotacin en la cadena peptdica. La convencin de la direccin de rotacin positiva se muestra por el sentido de la flecha. En una cadena polipeptdica, se definen dos enlaces del armazn capaces de rotar: uno es el enlace entre el nitrgeno y el C, y el otro el enlace entre el C y el oxgeno del carbonilo. Ambos definen dos ngulos de rotacin:

El ngulo de rotacin , definido por los cuatro tomos sucesivos del esqueleto CONH-C-CO, implicando a dos aminocidos. El ngulo de rotacin , definido por los cuatro tomos sucesivos del esqueleto: NH-C-CO-NH, que implica a dos aminocidos.

La orientacin del eje de giro considerada positiva por convencin se muestra en la imagen; corresponde a la propia de las agujas del reloj.3 Existen dos excepciones en los aminocidos que se representan en estos diagramas: la glicina, carente de un sustituyente, y la prolina, cclica debido a la tenencia de una estructura tipo pirrol, no cumplen los requisitos requeridos para una representacin convencional8

Diagrama de Ramachandran de una protena. Las zonas energticamente favorables son representadas mediante contornos coloreados. Cada aminocido est representado mediante un punto rojo. Se marcan con cruces las glicinas, carentes de cadena lateral.

Se puede describir, por tanto, la conformacin del armazn de cualquier residuo concreto de una protena especificando estos dos ngulos.3 Con estos dos parmetros podemos describir la conformacin de dicho residuo en un mapa mediante un punto, con coordenadas y . Para determinados tipos de estructura secundaria, como la hlice alfa, todos los residuos comparten dichos ngulos, por lo que un punto en el mapa en determinada posicin puede describir una estructura secundaria. Estos mapas, denominados representaciones de Ramachandran, por el bioqumico G. N. Ramachandran9 que los us por ampliamente en [1963], permiten deducir dichas conformaciones.3

[editar] Dominios, motivos y otros elementos conformacionales

Artculo principal: Nivel de dominio de las protenas

Es comn que algunas zonas de la protena tengan entidad estructural independiente, y a menudo funciones bioqumicas especficas, como, por ejemplo, alguna actividad cataltica. Su naturaleza depende de las estructuras anteriormente citadas a todos los niveles. La estructura cuaternaria deriva de la conjuncin de varias cadenas peptdicas que, asociadas, conforman un ente, un multmero, con propiedades distintas.

Dominio de unin a calcio de calmoldulina; las esferas azules representan al metal. Las protenas estn organizadas en muchas unidades. Un dominio estructural es un elemento de la estructura de las protenas que se autoestabiliza y a menudo estabiliza a los motivos conformacionales independientemente del resto de la cadena de protena. Muchos dominios son nicos y proceden de una secuencia nica de un gen o una familia gnica pero en cambio otros aparecen en una variedad de protenas. Los dominios son, a menudo, seleccionados evolutivamente porque poseen una funcin prominente en la biologa de la protena pertenecen; por ejemplo, "el domino de unin a calcio de calmodulina". La ingeniera gentica permite modificar los dominios de una protena a otra para generar protenas quimricas con funciones novedosas. Un motivo en este sentido se refiere a una combinacin especfica de elementos estructurales secundarios (como los hlice-girohlice). Estos elementos son llamados a menudo superestructuras secundarias.

Antgeno T del virus SV-40, protena que consta de tres dominios diferenciados: primero, un anillo formado por seis subunidades de helicasa, en azul; segundo, un dominio de anclaje, en verde; tercero, una protena de unin, en rojo, que, en este caso, interacciona con la protena del retinoblastoma. Suele denominarse motivo conformacional de forma global a un tipo de motivo, como los barriles-beta. La estructura de los motivos a menudo consiste en solo unos pocos elementos, por ejemplo, las hlice-giro-hlice, que slo tienen tres. Se denota que la secuencia espacial es la misma en todas las instancias del motivo. Su orden es bastante irregular dentro del gen subyacente. Los motivos estructurales de la protena a menudo incluyen giros de longitud variable en estructuras indeterminadas, lo que en efecto crea la plasticidad necesaria para unir dos elementos en el espacio que no estn codificados por una secuencia de ADN inmediatamente adyacente en un gen. Se denota tambin que incluso cuando estn codificados los elementos estructurales secundarios de un motivo en el mismo orden en dos genes, la composicin cuantitativa de aminocidos puede variar. Esto no slo es cierto debido a las complicadas relaciones entre la estructura terciaria y primaria, sino por cuestiones relativas al tamao. Si bien en la base de datos de levadura hay descritas unas 6.000 protenas,10 hay muchos menos dominios, motives estructurales y pliegues. Esto es, en parte, consecuencia de la evolucin. Esto significa, por ejemplo, que un dominio de una protena puede ser trasladado de una a otra, dando as una nueva funcin a las protenas. Debido a estos mecanismos, los dominios o motivos estructurales pueden ser comunes a varias familias de protenas.

[editar] Cintica del plegado de las protenas

Aunque el plegamiento de las protenas parta de un estado lineal inicial y uno final bien definidos, el proceso de plegamiento no es algo brusco con un lugar de partida y un fin, sino que est plagado de intermedios temporalmente mensurables y de vital importancia. Incluso, la estructura final dista mucho de ser esttica: algunos autores imaginan a las protenas como entidades dinmicas que continuamente cambian de estructura, de un modo similar al latido cardaco11 Si bien el plegamiento de una protena es un suceso rpido, que se completa en apenas un segundo, topolgicamente es un problema muy complejo. Este hecho dio lugar a la paradoja de Levinthal, propia de Cyrus Levinthal en 1968: un clculo aproximado indica que una cadena polipeptdica de unos 120 residuos posee unas 1050 conformaciones. Aunque la molcula pudiera intentar una nueva conformacin cada 10-13 segundos, se

necesitaran unos 1030 aos para intentar un nmero significativo de ellas.3 No obstante, protenas de estas caractersticas se pliegan in vitro en un minuto. La resolucin de la paradoja pasa por la aceptacin de la existencia de estados de plegamiento intermedios, en los que la protena se encuentra parcialmente desplegada, en una ruta como sigue:3 1. Protena desplegada. 2. Nucleacin del plegado. 3. Estados intermedios. 4. Estado de glbulo fundido. 5. Reordenamientos finales. 6. Protena plegada.

[editar] Elementos moduladores

[editar] Temperatura
El papel de la temperatura es crucial puesto que su entidad fsico-qumica, la energa cintica contenida en los tomos, dota de reactividad a los aminocidos y, por ello, a las protenas. No obstante, existe un lmite, a unos 50 C, sobrepasado el cual las protenas pierden su conformacin, esto es, se desnaturalizan. La desnaturalizacin, producida por la temperatura y otros agentes desnaturalizantes, ocurre a varios niveles:

En la desnaturalizacin de la estructura cuaternaria, las subunidades de protenas se separan o su posicin espacial se corrompe. La desnaturalizacin de la estructura terciaria implica la interrupcin de: o Enlaces covalentes entre las cadenas laterales de los aminocidos (como los puentes disulfuro entre las cistenas). o Enlaces no covalentes dipolo-dipolo entre cadenas laterales polares de aminocidos. o Enlaces dipolo inducidos por fuerzas de Van Der Waals entre cadenas laterales no polares de aminocidos. En la desnaturalizacin de la estructura secundaria las protenas pierden todos los patrones de repeticin regulares como las alfa hlices y adoptan formas aleatorias. La estructura primaria, la secuencia de aminocidos ligados por enlaces peptdicos, no es interrumpida por las desnaturalizacin.

[editar] pH
El pH afecta al estado inico de los aminocidos, zwitteriones en definitiva, que no tienen implicado su grupo amino ni carboxilo en el enlace peptdico y, especialmente, a aqullos polares, con algn grupo cargado en su cadena lateral. El estado de ionizacin de ste afecta a la reactividad y posibilidad, por tanto, de producir un enlace qumico.1

[editar] Chaperonas
Artculo principal: Chaperona

La chaperonina GroEL-GroES de Escherichia coli, con una disposicin en cilindro hueco capaz de reconocer, albergar y plegar a determinados polipptidos. Las protenas tipo chaperona son un conjunto de protenas presentes en todas las clulas cuya funcin es la de ayudar al plegamiento de otras protenas, tras su sntesis o durante su ciclo de actividad (por ejemplo, en defensa de estrs trmico).4 Estas chaperonas no forman parte de la estructura primaria de la protena funcional, sino que slo se unen a ella para ayudar en su plegamiento, ensamblaje y transporte celular a otra parte de la clula donde la protena realiza su funcin. Los cambios de conformacin tridimensional de las protenas pueden estar afectados por un conjunto de varias chaperonas que trabajan coordinadas, dependiendo de su propia estructura y de la disponibilidad de las chaperonas.12 Existen sustancias qumicas no proteicas que pueden estabilizar a las protenas mediante el establecimiento de enlaces de puente de hidrgeno, en sustitucin a los del agua. Por

ejemplo, es el caso de la trehalosa, un azcar que se emplea en biotecnologa para favorecer la viabilidad de las soluciones ricas en protena aun en condiciones de estrs ambiental13 Las chaperonas, localizadas en todos los compartimentos celulares, se agrupan en dos familias generales.4 Chaperonas moleculares Que se unen y estabilizan a protenas desplegadas o parcialmente plegadas, evitando as que se agrupen y que sean degradadas. Integran la familia de las Hsp70 en el citosol y la matriz de la mitocondria, BiP en el retculo endoplasmtico y DnaK en las bacterias. Chaperoninas Que facilitan directamente el plegado de las protenas. Incluyen a: TriC, en eucariotas; y GroEL, en bacterias y cloroplastos,

[editar] Clasificacin estructural

Muchos mtodos han sido desarrollados para la clasificacin estructural de las protenas; la recopilacin de datos es almacenada en el Banco de Datos de Protenas. Muchas bases de datos existentes clasifican las protenas usando diferentes mtodos. El SCOP, CATH y FSSP son los ms usados. Los mtodos usados podran clasificarse en: puramente manuales, manuales y automticos y puramente automticos. El mayor problema de estos mtodos es la integracin de los datos. La clasificacin es constante entre SCOP, CATH Y FSSP para la mayora de las protenas que han sido clasificadas, pero hay todava algunas diferencias e inconsistencias.

[editar] Determinacin de la estructura proteica

Alrededor del 90% de las estructuras de las protenas disponibles en el Banco de Datos de Protenas han sido determinadas por cristalografa de rayos X. Este mtodo permite medir la densidad de distribucin de los electrones de la protena en las 3 dimensiones (en el estado de cristalizacin), lo que permite obtener las coordenadas 3D de todos los tomos para determinar su posicin con certeza. Aproximadamente el 9% de las estructuras de protenas conocidas han sido obtenidas por tcnicas de resonancia magntica nuclear, que tambin pueden ser usadas para identificar estructuras secundarias.

El efecto del dicroismo circular en la transmisin de ondas polarizadas se emplea en la determinacin de la estructura de las protenas. Ntese que los aspectos de las estructuras secundarias pueden ser detectados mediante medios bioqumicos como el dicrosmo circular14 El microscopio crioelectrnico que se ha convertido recientemente en un medio para determinar las estructuras proteicas con una resolucin baja (menos de 5 0,5 nm) y se prev que ser una herramienta importante para los trabajos de alta resolucin en la dcada prxima. Esta tcnica es an un recurso importante para cientficos que estn trabajando en complejos muy grandes de protenas, como la cubierta y cpside de los virus y las protenas amiloideas.15 16 Aproximacin a la estructura proteica a distintas resoluciones Resolucin Interpretacin >4.0 Coordenadas individuales sin significado Plegamiento posiblemente correcto, pero comnmente con errores. Algunas 3.0 - 4.0 cadenas laterales poseen mal los rotmeros. 2.5 - 3.0 Plegamiento bien dilucidado salvo en algunos pliegues superficiales, mal modelados. Algunas cadenas laterales largas (Lys, Glu, Gln) y otras cortas (Ser, Val, Thr) mal orientadas. 2.0 - 2.5 El nmero de cadenas laterales con un rotmero incorrecto es mucho menor. Los errores, pequeos, son detectados normalmente. Los pliegues superficiales estn bastante bien definidos. Los ligandos y el agua son visibles. 1.5 - 2.0 Pocos residuos poseen mal rotmero. Los errores pequeos son detectados. Los pliegues incorrectos son muy raros, incluso en superficie. 0.5 - 1.5 En general, todo est correctamente resuelto. Las libreras de rotmeros y os estudios geomtricos se hacen a este nivel de precisin.

[editar] Investigacin
1.1.4.1. CLASIFICACIN DE LAS PROTENAS La clasificacin de las protenas se realiza desde varios puntos de vista, as:

1. SEGN SU COMPOSICIN:

Protenas simples u Holoprotenas: Las cuales estn formadas exclusivamente o predominantemente por aminocidos. Protenas conjugadas: Poseen un componente de proporcin significativa no aminoacdico que recibe el nombre de grupo prosttico. Segn la naturaleza de este grupo consideramos: o Glicoprotenas: Se caracterizan por poseer en su estructura azcares. Se pueden citar como ejemplo: las inmunoglobulinas, algunas protenas de membrana, el colgeno y otras protenas de tejidos conectivos (glucosaminoglicanos). o Lipoprotenas: Protenas conjugadas con lpidos que se encuentran en las membranas celulares. o Nucleoprotenas: Se presentan unidas a un cido nucleico, como en los cromosomas, ribosomas y en los virus. o Metaloprotenas: Contienen en su molcula uno o ms iones metlicos que no constituyen un grupo hem. Por ejemplo algunas enzimas. o Hemoprotenas o Cromoprotenas: Protenas que tienen en su estructura un grupo hem (Figura 1). Ejemplo: Hemoglobina, Mioglobina y ciertas enzimas como los citocromos.

Figura 1. Estructura bsica de las hemoprotenas o cromoprotenas. 2. DE ACUERDO CON SU MORFOLOGIA Y SOLUBILIDAD:

Protenas fibrosas: Son insolubles en agua, presentan formas moleculares alargadas, con un nmero variado de cadenas polipeptdicas que constituyen fibras resistentes, con cierto grado de elasticidad, fragilidad o ductilidad. Funcionan como protenas

estructurales o de soporte. Las ms comunes son: Elastina, Colgeno, Queratina, Fibrina, etc. Protenas Globulares: Tienden a ser ms solubles en agua, debido a que su superficie es polar. Sin embargo, pueden presentar mayor solubilidad en otros solventes como soluciones salinas, cidos o bases diluidas o alcohol. Su estructura es compacta con formas casi esfricas. La mayora de las protenas conocidas son globulares, dentro de las que se consideran todas las enzimas, las protenas del plasma y las presentes en las membranas celulares. A su vez las protenas globulares se pueden clasificar de acuerdo con su solubilidad: o Albminas: Protenas fcilmente solubles en agua, que coagulan con el calor y precipitan con las soluciones salinas saturadas. Por ejemplo la Lactoalbmina, albmina del suero, la ovoalbmina (presente en la clara del huevo). o Globulinas: Escasamente solubles en agua pura, pero solubles en soluciones salinas diluidas como cloruro de sodio, entre ellas se encuentran las seroglobulinas (sangre), ovoglobulina, inmunoglobulinas, etc. o Glutelinas: Solubles en cidos y bases diluidos, insolubles en solventes neutros. Ejemplo: La Glutenina del trigo. o Prolaminas: Solubles en alcohol del 70 al 80%, insolubles en agua, alcohol absoluto y otros solventes neutros, como la Zena del maz y la Gliadina del trigo.

3. DE ACUERDO CON SU FUNCIN BIOLGICA:

Protenas estructurales: Forman parte de clulas y tejidos a los que confieren apoyo estructural. Dentro de estas podemos citar, el colgeno y la elastina presentes en el tejido conectivo de los vertebrados. La queratinas de la piel, pelo y uas y la espectirna presente en la membrana de los eritrocitos. Protenas de transporte: Como su nombre lo indica, transportan sustancias como el oxgeno en el caso de la hemoglobina y la mioglobina, cidos grasos en el caso de la albmina de la sangre, o las que realizan un transporte transmembrana en ambos sentidos. Protenas de defensa: Protegen al organismo contra posibles ataques de agentes extraos, entre las que se consideran los anticuerpos (inmunoglobulinas) de la fraccin gamma globulnica de la sangre, las protenas denominadas interferones cuya funcin es inhibir la proliferacin de virus en clulas infectadas e inducir resistencia a la infeccin viral en otras clulas, el fibringeno de la sangre importante en el proceso de coagulacin. Protenas hormonales: Se sintetizan en un tipo particular de clulas pero su accin la ejercen en otro tipo. Ejemplo, la insulina. Protenas como factores de crecimiento: Su funcin consiste en estimular la velocidad de crecimiento y la divisin celular. Como ejemplo se puede citar la hormona de crecimiento y el factor de crecimiento derivado de plaquetas. Protenas catalticas o enzimas: Permiten aumentar la velocidad de las reacciones metablicas. Dentro de las clulas son variadas y se encuentran en cantidad considerable para satisfacer adecuadamente sus necesidades. Entre otras se consideran las enzimas proteolticas cuya funcin es la degradacin de otras protenas, lipasas, amilasas, fosfatasas, etc. Protenas contrctiles: Son protenas capaces de modificar su forma, dando la posibilidad a las clulas o tejidos que estn constituyendo de desplazarse, contraerse, relajerse razn por la cual se encuentran implicadas en los diferentes mecanismos de motilidad. Las protenas ms conocidas de este grupo son la actina y la miosina. Protenas receptoras: Protenas encargadas de combinarse con una sustancia especfica. Si se encuentran en la membrana plasmtica, son las encargadas de captar las seales externas o simplemente de inspeccionar el medio. Si encuentran en las membranas de los organelos, permiten su interaccin. Sin embargo, no son protenas exclusivas de membrana ya que algunas se encuentran en el citoplasma. El ejemplo ms tpico de stas son los receptores de las hormonas esteroides. Casi todos los neurotransmisores,

la mayora de las hormonas y muchos medicamentos funcionan gracias a la presencia de estas protenas. Protenas de transferencia de electrones: Son protenas integrales de membrana, comunes en las mitocondrias y cloroplastos cuya funcin se basa en el transporte de electrones desde un donador inicial hasta un aceptor final con liberacin y aprovechamiento de energa. Como ejemplo se citan a los Citocromos que hacen parte de la cadena respiratoria.

Grasa
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Estructura qumica de la timiristina, un triglicrido. En bioqumica, grasa es un trmino genrico para designar varias clases de lpidos, aunque generalmente se refiere a los acilglicridos, steres en los que uno, dos o tres cidos grasos se unen a una molcula de glicerina, formando monoglicridos, diglicridos y triglicridos respectivamente. Las grasas estn presentes en muchos organismos, y tienen funciones tanto estructurales como metablicas. El tipo ms comn de grasa es aqul en que tres cidos grasos estn unidos a la molcula de glicerina, recibiendo el nombre de triglicridos o triacilglicridos. Los triglicridos slidos a temperatura ambiente son denominados grasas, mientras que los que son lquidos son conocidos como aceites. Mediante un proceso tecnolgico denominado hidrogenacin cataltica, los aceites se tratan para obtener mantecas o grasas hidrogenadas. Aunque actualmente se han reducido los efectos indeseables de este proceso, dicho proceso tecnolgico an tiene como inconveniente la formacin de cidos grasos cuyas insaturaciones (dobles enlaces) son de configuracin trans. Todas las grasas son insolubles en agua teniendo una densidad significativamente inferior (flotan en el agua). Qumicamente, las grasas son generalmente tristeres del glicerol y cidos grasos. Las grasas pueden ser slidas o lquidas a temperatura ambiente, dependiendo de su estructura y

composicin. Aunque las palabras "aceites", "grasas" y "lpidos" son todas usadas para referirse a las grasas, la palabra "aceites" es usualmente usada para referirse a lpidos que son lquidos a temperatura ambiente, mientras que la palabra "grasas" es usada para referirse a los lpidos slidos a temperatura ambiente. La palabra "lpidos" es usada para referirse a ambos tipos, lquidos y slidos. La palabra "aceites" es usada para cualquier sustancia que no se mezcla con el agua y es grasosa, tales como el petrleo y el aceite de cocina, sin importar su estructura qumica. Las grasas forman una categora de lpidos, que se distingue de otros lpidos por su estructura qumica y propiedades fsicas. Esta categora de molculas es importante para muchas formas de vida, cumpliendo funciones tanto estructurales como metablicas. Estos constituyen una parte muy importante de la dieta de la mayora de los hetertrofos (incluyendo los humanos). Ejemplos de grasas comestibles son la manteca, la margarina, la mantequilla y la crema. Las grasas o lpidos son degradadas en el organismo por las enzimas llamadas lipasas.

Contenido
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1 Tipos de grasas 2 Funciones de las grasas 3 Referencias 4 Enlaces externos

[editar] Tipos de grasas

En funcin del tipo de cidos grasos que formen predominantemente las grasas, y en particular por el grado de insaturacin (nmero de enlaces dobles o triples) de los cidos grasos, podemos distinguir:

Grasas saturadas: formadas mayoritariamente por cidos grasos saturados. Aparecen por ejemplo en el tocino, en el sebo, en las mantecas de cacao o de cacahuete, etc. Este tipo de grasas es slida a temperatura ambiente. Las grasas formadas por cidos grasos de cadena larga (ms de 8 tomos de carbono), como los cidos lurico, mirstico y palmtico, se consideran que elevan los niveles plasmticos de colesterol asociado a las lipoprotenas LDL. Sin embargo, las grasas saturadas basadas en el esterico tienen un efecto neutro. Ejemplos: sebos y mantecas. Grasas insaturadas: formadas principalmente por cidos grasos insaturados como el oleico o el palmitoleico. Son lquidas a temperatura ambiente y comnmente se les conoce como aceites. Pueden ser por ejemplo el aceite de oliva, de girasol, de maz. Son las ms beneficiosas para el cuerpo humano por sus efectos sobre los

lpidos plasmticos1 ,2 y algunas contienen cidos grasos que son nutrientes esenciales, ya que el organismo no puede fabricarlos y el nico modo de conseguirlos es mediante ingestin directa. Ejemplos de grasas insaturadas son los aceites comestibles. Las grasas insaturadas pueden subdividirse en: o Grasas monoinsaturadas. Son las que reducen los niveles plasmticos de colesterol asociado a las lipoprotenas LDL3 (las que tienen efectos aterognicos, por lo que popularmente se denominan "colesterol malo"). Se encuentran en el aceite de oliva, el aguacate, y algunos frutos secos. Elevan los niveles de lipoprotenas HDL (llamadas comnmente colesterol "bueno"). o Grasas poliinsaturadas (formadas por cidos grasos de las series omega-3, omega-6). Los efectos de estas grasas sobre los niveles de colesterol plasmtico dependen de la serie a la que pertenezcan los cidos grasos constituyentes. As, por ejemplo, las grasas ricas en cidos grasos de la serie omega-6 reducen los niveles de las lipoprotenas LDL y HDL, incluso ms que las grasas ricas en cidos grasos monoinsaturados.4 Por el contrario, las grasas ricas en cidos grasos de la serie omega-3 (cido docosahexaenoico y cido eicosapentaenoico) tienen un efecto ms reducido, si bien disminuyen los niveles de triacilglicridos plasmticos.5 Se encuentran en la mayora de los pescados azules (bonito, atn, salmn, etc.), semillas oleaginosas y algunos frutos secos (nuez, almendra, avellana, etc.). Grasas trans: Se obtienen a partir de la hidrogenacin de los aceites vegetales, por lo cual pasan de ser insaturadas a saturadas, y a poseer la forma espacial de trans, por eso se llaman cidos grasos trans. Son mucho ms perjudiciales que las saturadas presentes en la naturaleza (con forma cis), ya que son altamente aterognicas y pueden contribuir a elevar los niveles de lipoprotenas LDL y los triglicridos, haciendo descender peligrosamente los niveles de lipoprotenas HDL. Ejemplos de alimentos que contienen estos cidos grasos son: la manteca vegetal, margarina y cualquier alimento elaborado con estos ingredientes.

[editar] Funciones de las grasas

Produccin de energa: la metabolizacin de 1 g de cualquier grasa produce, por trmino medio, unas 9 kilocaloras de energa. Forman el panculo adiposo que protege a los mamferos contra el fro. Sujetan y protegen rganos como el corazn y los riones. En algunos animales, ayuda a hacerlos flotar en el agua.

Replicacin de ADN
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Replicacin de ADN. La doble hlice es desenrollada y cada hebra hace de plantilla para la sntesis de la nueva cadena. La ADN polimerasa aade los nucletidos complementarios a los de la cadena original. El proceso de replicacin de ADN es el mecanismo que permite al ADN duplicarse (es decir, sintetizar una copia idntica). De esta manera de una molcula de ADN nica, se obtienen dos o ms "clones" de la primera. Esta duplicacin del material gentico se produce de acuerdo con un mecanismo semiconservador, lo que indica que las dos cadenas complementarias del ADN original, al separarse, sirven de molde cada una para la sntesis de una nueva cadena complementaria de la cadena molde, de forma que cada nueva doble hlice contiene una de las cadenas del ADN original. Gracias a la complementariedad entre las bases que forman la secuencia de cada una de las cadenas, el ADN tiene la importante propiedad de reproducirse idnticamente, lo que permite que la informacin gentica se transmita de una clula madre a las clulas hijas y es la base de la herencia del material gentico. La molcula de ADN se abre como una cremallera por ruptura de los puentes de hidrgeno entre las bases complementarias liberndose dos hebras y la ADN polimerasa sintetiza la mitad complementaria aadiendo nucletidos que se encuentran dispersos en el ncleo. De esta forma, cada nueva molcula es idntica a la molcula de ADN inicial. La replicacin empieza en puntos determinados: los orgenes de replicacin. Las protenas iniciadoras reconocen secuencias de nucletidos especficas en esos puntos y facilitan la fijacin de otras protenas que permitirn la separacin de las dos hebras de ADN formndose una horquilla de replicacin. Un gran nmero de enzimas y protenas intervienen en el mecanismo molecular de la replicacin,

formando el llamado complejo de replicacin o replisoma. Estas protenas y enzimas son homlogas en eucariotas y arqueas, pero difieren en bacterias. La transcripcin del ADN es el primer proceso de la expresin gnica, mediante el cul se transfiere la informacin contenida en la secuencia del ADN hacia la secuencia de protena utilizando diversos ARN como intermediarios. Durante la transcripcin gentica, las secuencias de ADN son copiadas a ARN mediante una enzima llamada ARN polimerasa que sintetiza un ARN mensajero que mantiene la informacin de la secuencia del ADN. De esta manera, la transcripcin del ADN tambin podra llamarse sntesis del ARN mensajero.

Transcripcin y traduccin
Artculos principales: Transcripcin (gentica) y Traduccin (gentica)

En un gen, la secuencia de nucletidos a lo largo de una hebra de ADN se transcribe a un ARN mensajero (ARNm) y esta secuencia a su vez se traduce a una protena que un organismo es capaz de sintetizar o "expresar" en uno o varios momentos de su vida, usando la informacin de dicha secuencia. La relacin entre la secuencia de nucletidos y la secuencia de aminocidos de la protena viene determinada por el cdigo gentico, que se utiliza durante el proceso de traduccin o sntesis de protenas. La unidad codificadora del cdigo gentico es un grupo de tres nucletidos (triplete), representado por las tres letras iniciales de las bases nitrogenadas (por ej., ACT, CAG, TTT). Los tripletes del ADN se transcriben en sus bases complementarias en el ARN mensajero, y en este caso los tripletes se denominan codones (para el ejemplo anterior, UGA, GUC, AAA). En el ribosoma cada codn del ARN mensajero interacciona con una molcula de ARN de transferencia (ARNt o tRNA) que contenga el triplete complementario, denominado anticodn. Cada ARNt porta el aminocido correspondiente al codn de acuerdo con el cdigo gentico, de modo que el ribosoma va uniendo los aminocidos para formar una nueva protena de acuerdo con las "instrucciones" de la secuencia del ARNm. Existen 64 codones posibles, por lo cual corresponde ms de uno para cada aminocido (por esta duplicidad de codones se dice que el cdigo gentico es un cdigo degenerado: no es unvoco); algunos codones indican la terminacin de la sntesis, el fin de la secuencia codificante; estos codones de terminacin o codones de parada son UAA, UGA y UAG (en ingls, nonsense codons o stop codons).33

[editar] Replicacin del ADN

Esquema representativo de la replicacin del ADN.

Artculo principal: Replicacin de ADN

La replicacin del ADN es el proceso por el cual se obtienen copias o rplicas idnticas de una molcula de ADN. La replicacin es fundamental para la transferencia de la informacin gentica de una generacin a la siguiente y, por ende, es la base de la herencia. El mecanismo consiste esencialmente en la separacin de las dos hebras de la doble hlice, las cuales sirven de molde para la posterior sntesis de cadenas complementarias a cada una de ellas. El resultado final son dos molculas idnticas a la original. Este tipo de replicacin se denomina semiconservativa debido a que cada una de las dos molculas resultantes de la duplicacin presenta una cadena procedente de la molcula "madre" y otra recin sintetizada.

olesterol
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5(6)-Colesten-3-ol

Estructura 3D del colesterol; en rojo, el grupo hidroxilo polar

Sntesis del colesterol El colesterol es un esterol (lpido) que se encuentra en los tejidos corporales y en el plasma sanguneo de los vertebrados. Se presenta en altas concentraciones en el hgado, mdula espinal, pncreas y cerebro. El nombre de colesterol procede del griego kole (bilis) y stereos (slido), por haberse identificado por primera vez en los clculos de la vescula biliar por Michel Eugne Chevreul quien le dio el nombre de colesterina, trmino que solamente se conserv en el alemn (Cholesterin). Abundan en las grasas de origen animal.

Qu es el colesterol?
Las grasas (o lpidos) son los compuestos con los que el cuerpo humano almacena energa para las pocas de caresta. Evolutivamente, el cuerpo humano es almacenador de energa, es decir, est diseado para acumular parte de la energa que absorbe por los alimentos para pocas de ayuno. La forma ms eficaz de almacenar esta energa es en forma de grasas, que son muy ligeras (sabemos que el aceite flota en el agua), por lo que en poco peso de grasa se puede acumular mucha energa. Los lpidos se clasifican en dos grupos principales: simples y complejos. Los lpidos simples ms importantes son el colesterol y los cidos grasos. Lpidos complejos son los fosfolpidos y los triglicridos.

El colesterol es una grasa presente en todas las clulas del organismo. La mayora de los tejidos pueden producir colesterol, pero se sintetiza principalmente en el hgado y en el intestino delgado. El colesterol de la dieta es una fuente sustancial de colesterol total; puede contribuir hasta en un 20% a 40% del colesterol total del organismo. El intestino delgado es el sitio de captacin de colesterol de la dieta. La sntesis endgena representa el 60% a 80% restante del colesterol. Adems de su funcin de reserva, el colesterol desempea otras funciones, como formar parte de las membranas de nuestras clulas, y ser el precursor de numerosas hormonas (las llamadas hormonas esteroideas: progesterona, testosterona, estradiol y cortisol). As pues, y en contra de lo que pueda pensarse, el colesterol no es intrnsecamente daino, lo que es perjudicial es un exceso o una mala calidad de colesterol. Volver al inicio

Colesterol bueno y colesterol malo

El inconveniente que tiene la grasa es que no se disuelve en agua, y por tanto, no puede transportarse como tal en el torrente sanguneo. Para poder transportar las partculas de grasa, el cuerpo fabrica unas partculas ms complejas llamadas lipoprotenas, que estn formadas por una parte de protena y una parte lipdica compuesta por distintos tipos de grasas.

Figura 1. Representacin esquemtica de una lipoprotena. Consultar la pgina de "Glosario" para las definiciones de cada uno de los componentes. Existen varios tipos de lipoprotenas en funcin del contenido de protenas y del tipo de grasas que las componen. Los dos tipos de lipoprotenas que contienen colesterol son:

LDL: compuestas principalmente por colesterol y una protena llamada apoB. Es la forma en que el cuerpo recoge el colesterol del hgado (donde lo sintetiza) y lo distribuye a los tejidos. El 70% del colesterol que circula por la sangre lo hace en forma de LDL-colesterol. ste es el colesterol malo, el responsable de la aterosclerosis, o acumulacin de colesterol en la pared de las arterias. HDL: compuestas principalmente por colesterol y una protena llamada apoA. Estas partculas contienen el denominado colesterol bueno, porque transportan el exceso de colesterol desde los tejidos hasta el hgado. Volver al inicio

Hipercolesterolemia
Hablamos de hipercolesterolemia cuando los niveles de C-LDL en sangre estn elevados por encima del valor normal. Los valores de colesterol recomendados segn la Gua Europea de Prevencin Cardiovascular en la prctica clinica. Adaptacin espaola del CEIPC (Comit Espaol Interdisciplinario de Prevencin Cardiovascular), son: Para personas que no han sufrido ninguna enfermedad cardiovascular: Colesterol total por debajo de 200 mg/dL Colesterol LDL por debajo de 130 mg/dL

Para los pacientes que ya han sufrido alguna enfermedad cardiovascular y pacientes con diabetes, los objetivos del tratamiento son ms bajos: Colesterol total por debajo de 175 mg/dL y si es posible <155mg/dL Colesterol LDL por debajo de 100 mg/dL y si es posible <80mg/dL

Existe una relacin gradual y continua entre los niveles de colesterol en la sangre y mortalidad cardiovascular. Volver al inicio

Hipercolesterolemia familiar
La hipercolesterolemia familiar (HF), es una enfermedad gentica que puede deberse a mutaciones en distintos genes. La ms conocida y ms frecuente es aquella en la que el receptor de LDL en las paredes de las clulas est daado, por lo que el colesterol no puede penetrar en las clulas a travs de este receptor. El colesterol permanece en el torrente sanguneo sin ser utilizado, por lo que se deposita en las paredes arteriales. Por tanto, estos pacientes presentarn unas cifras de colesterol muy elevadas.

En Espaa se estima que puede afectar a unas 400.000-80.000 personas. Para ms informacin sobre hipercolesterolemia familiar, consulte la pgina web de la Fundacin de Hipercolesterolemia Familiar: www.colesterolfamiliar.com Volver al inicio

Aterosclerosis
La aterosclerosis es un fenmeno muy complejo, que comienza en las primeras etapas del desarrollo y se prolonga durante aos. Consiste en el depsito de clulas cargadas de partculas de LDL colesterol en las paredes de las arterias. Esta pared responde a la agresin induciendo una respuesta protectora, que finalmente conduce a la formacin de una placa (denominada placa de ateroma o aterosclertica). Con el paso del tiempo, la placa aumenta de tamao, hasta que estrecha la luz de la arteria, y por tanto dificulta la circulacin de la sangre. Por otra parte, la placa tambin se puede romper, originando un trombo que puede obstruir completamente la arteria. El final del proceso es que el corazn se ve privado de oxgeno y nutrientes (este fenmeno se denomina isquemia), por lo que se produce una angina o un infarto de miocardio.

Figura 2. Representacin esquemtica del proceso de aterosclerosis. Para ms informacin sobre isquemia, consultar el apartado de cardiopata isqumica en esta misma pgina web. Volver al inicio

Prevencin de aterosclerosis
Como hemos visto, la aterosclerosis est directamente relacionada con el nmero de partculas de LDL colesterol presentes en nuestra sangre, por lo que la prevencin de la

aterosclerosis pasa por disminuir el nivel de LDL colesterol, y aumentar el HDL colesterol, que es el que retira el colesterol circulante y lo devuelve al hgado.

La forma de conseguir ambos objetivos es adoptar unos hbitos de vida saludables. Una alimentacin adecuada (evitamos intencionadamente hablar de dieta) reducen el colesterol-LDL y los triglicridos. El ejercicio fsico habitual y constante contribuye a la prdida de peso, a la reduccin de LDL colesterol y al aumento de HDL colesterol. Para ms informacin sobre alimentacin consultar la pirmide de los alimentos en el apartado de Salud Vascular en esta misma pgina web. Cuando la adopcin de estos hbitos de vida saludable no es suficiente, se recurre a los frmacos hipolipemiantes. Hay distintos frmacos que se utilizan para reducir la grasa circulante. Aparte de sus diferentes mecanismos de accin, difieren sobre todo en sus efectos sobre los diferentes lpidos. Consulte con su mdico si descubre que tiene el colesterol elevado.