Sntesis de Protenas

Vamos a ver donde confluyen distintos tipos de molculas, una gran cantidad de molculas, mucho mayor que las que vimos en procesos como la replicacin del ADN. La fidelidad de este sistema va a permitir que la expresin del mensaje que est contenido en el ADN se haga de buena manera. Vamos a ver una etapa importante en la traduccin de protenas que tiene que ver con la activacin de los amino cidos. Esta etapa es la responsable de dar la fidelidad del proceso de sntesis de protenas. Habamos visto que en la replicacin del ADN tenamos enzimas que tenan la propiedad de corregir errores. Aqu vamos a ver que va a participar una enzima que es la aminoacil ARNt sintetasa y que est involucrada en la activacin del a. cido. Esta enzima va a poder distinguir el ARNt correspondiente al a. cido. Este es un paso esencial ya que es el ARNt el que va a traer los amino cidos y los va a ir adicionando de acuerdo al cdigo que est en el ARNm. De manera tal que cargar el ARNt con su correspondiente amino cido es esencial porque si falla hay una alteracin en la proteina. Ah tienen un cuadro donde podemos comparar las 3 etapas que hemos visto y cuales son los elementos que participan en cada una de ellas. En la replicacin tenemos la ADN polimerasa, en la transcripcin participa la ARN polimerasa y en la traduccin vamos a ver que la verdadera fbrica de la formacin de protenas corresponde a los ribosomas. De todas las molculas que participan, aqu tenemos ms o menos las ms importantes: el ARNm que lleva el mensaje, el ARNt es el intermediario y tenemos los ribosomas que van estructurados por ARNr y protenas ribosomales. Es una fbrica que participa activamente en la traduccin. Tambin hay protenas no ribosomales entre las cuales estn los factores de traduccin. Para que se den cuanta de la magnitud y complejidad de este proceso, les muestro esta diapo donde ustedes ven que en el caso de la E. coli, si ustedes secan la bacteria, osea le sacan el agua, pueden ver que dentro de todos los componentes que participan en la traduccin, el 35% del peso seco de la bacteria corresponde a los elementos que participan en la traduccin. Eso significa 20.000 ribosomas, 200.000 ARNt y 100.000 protenas y cofactores. Aqu est la estructura de esta fbrica que est compuesta por 2 subunidades. Tanto procariontes como eucariontes son muy parecidas, simplemente cambia el tamao: una subunidad ms grande y una ms chica y sirve como estructuras en las cuales se reconoce especficamente al ARNm que luego va a reconocer al ARNt en sus distintas etapas: cuando llega con el amino cido o cuando est en la posicin para formar el enlace peptdico o cuando est listo para salir. Asociado a ello hay una zona por donde va a ir saliendo la cadena polipeptdica hacia el exterior donde despus est en condiciones de adoptar la forma 3D y realizar su funcin. Una de las caractersticas de este proceso es que la traduccin comienza en el extremo 5 del ARNm y luego de reconocida esta zona avanza hacia el extremo 3. Construyendo mensajeros sintticos con distintos tipos de combinaciones, se lleg a la conclusin de que este mensajero era posible de leerlo a travs de tripletes de nucletidos que tenan la informacin para un determinado amino cido. Con estudios de marcaje se pudo determinar que las protenas son sintetizadas desde el amino terminal hacia el carboxilo terminal. Se lleg tambin a la conclusin de que el cdigo es degenerado porque distintos cdigos (tripletes) pueden codificar para un mismo amino cido. Aqu por ejemplo, para tratar de definir en qu sentido se lea un mensajero, se construye un ARNm sinttico que es un poli A con una terminacin de citosina en el extremo 3. De manera tal que si se lee de 53 (ya se saba que se lea en tripletes) se debera repetir los amino cidos correspondientes, osea, en este caso tendramos que teber lisina, lisina, lisina y terminar con asparagina. Si se lee apartir del 3, el primer triplete en vez de ser AAA es CAA que codifica para glutamina, osea, se hace una protena distinta. Para saber en qu sentido de sintetizaba una protena, se van marcando distintos tipos de protenas y despus se aislan los pptidos y ser cortan. Al contar la radioactividad incorporada en los fragmentos, los que tenan el amino cido terminal, el carboxilo terminal, eran los que tenan una mayor incorporacin de radioactividad. Eso indicaba que la sntesis ocurra hacia el carboxilo terminal. Una etapa central de la sntesis de protenas, es formar el enlace peptdico entre 2 amino cidos. Si ustedes tratan de hacer esto en condiciones in-vitro, toman amino cidos y esperan que entre ellos se forme el enlace, eso no ocurre porque est muy desfavorecido termodinmicamente.

De manera tal que la ___ necesita activar a la molcula para que esta reaccin pueda ocurrir. A lo largo de los distintos captulos hemos visto que hay que transportar determinados grupos, por ejemplo, los grupos acilo nunca se transportaban solos, sino que lo haca junto a la CoenzimoA. Entonces tenamos el grupo acetilCoA. Eso es normalmente porque la hidrlisis del grupo transportador provee la energa necesaria para que la reaccin ocurra. Otro ejemplo anlogo sera en la sntesis de glucgeno donde la glucosa necesitaba ser activada por UDP. Ah tambin ponamos un nucletido. Aqu se hace algo anlogo: vamos a activar los amino cidos con un ARNt. Por qu creen que activamos los amino cidos con ARNt y no con un nuclotido como UDP? Necesitamos que ese amino cido activado ahora pueda ser depositado en la fbrica de protenas. Esta fbrica, para poder sintetizar protenas debe leer un mensaje y ese mensaje es un polmero de nucletidos entonces necesitamos una molcula que pueda leer ese mensaje. Lo mejor, es que sea otra cadena de polinucletidos para as poder interaccionar complementariamente con el ARNm. Por eso tiene sentido escoger una molcula que cumpla esas 2 funciones: por un lado logramos activar el amino cido y por otro lado nos permite reconocer el sitio donde tiene que ser depositado el amino cido. Entonces el amino cido es activado por el ARNt y por otro lado esta misma estructura, en otro sitio, va a tener la posibilidad, por complementariedad, de poder leer cada uno de esos tripletes y as poder codificar para un determinado amino cido. Distintos tripletes son capaces de codificar para un mismo amino cido. Los que estn en rojo (en la diapo de cdigo gentico ) con seales de trmino: UAA, UAG y UGA. Vamos a ver que cuando lleguemos a la etapa de trmino de la produccin no existen ARNt que lean eso; el ribosoma y el mensajero quedan como detenidos esperando que llegue un ARNt. Lo que va a llegar ah son protenas que son factores de trmino. Resumiendo, el cdigo est compuesto por tripletes, a cada triplete se le denomina codn y cada uno de ellos codifica para un amino cido. El cdigo gentico es degenerado porque existen varios codones o tripletes para 1 amino cido. No hay superposicin: un nucletido solamente pertenece a un nico triplete. La lectura sin comas se refiere a que tenemos un mensajero que est en condiciones de ser ledo, en el caso de eucariontes ha sido procesado, se han modificado sus extremos. La importancia que tiene este sistema es que el cdigo es bastante universal. Parte de lo que permite que existan varios codones para cada amino cido da cuenta la hiptesis de balanceo en que estos distintos nucletidos puedan interactuar con ms de una base en su correspondiente codn. Vamos a analizar algunas caractersticas del ARNt. Es una cadena de ribo nucletidos que a su vez tiene muchas modificaciones. Tiene bases que son modificadas, bases que son distintas. El apareo de las bases no es el que normalmente conocemos, eso ocurre as porque eso va a permitir mantener el arreglo tridimensional muy particular del ARNt. Vamos a tener un ARNt por cada amino cido entonces van a ver variaciones estructurales en cada uno de ellos. Pero bsicamente todos tienen esta misma estructura. La variacin tiene sentido porque el ARNt es cargado o activado por su correspondiente amino cido manteniendo la fidelidad del proceso. Y esa labor la hace la enzima aminoacil ARNt sintetasa. La enzima por un lado reconoce al ARNt y por otro el amino cido y por eso tambin las variaciones que hay en el ARNt porque la enizma va a ser especfica para un solo ARNt. Ella va a tener un arreglo tridimensional que le va a permitir en algunos casos con molculas en distintos sitios o de repente con mezclas de interaccin en distintos sitios. En esta zona va a estar ubicado el anitcodn que va a ser la parte que interacciona con su correspondiente codn. Si bien estas son las que leen, son importantes las estructuras que estn asociadas a ella para que pueda tener el arreglo tridimensional perfecto para que calce con ese codn y porque tambin hay algunas aminoacil ARNt sintetasas que reconocen el correspondiente ARNt por el arreglo tridimensional que ellos tienen en la zona del anticodn. La otra caracterstica es que tiene un brazo libre con este triplete CCA y este es el sitio donde uno va a adicionar el amino cido. Por lo tanto este intermediario va a traer el amino cido con su extremo 3 activado y con su ____________ (23 45) para poder leer el mensaje del mensajero. Aqu ven ahora la equivalencia de esta caricatura, pero en la realidad. Este es el arreglo estructural que tiene el ARNt (en color se ven las zonas homlogas). Va a tener este extremo libre donde se une al amino cido y de acuerdo a la estructura que adquiera en esta zona le va a permitir poder interactuar con la aminoacil ARNt sintetasa.

Ustedes pueden ver distintos tipos de ARNt para distintos tipos de amino cidos donde cambian levemente pero bsicamente todos tienen la misma estructura. Y resumiendo algunas caractersticas de estas molculas, son pequeas cadenas de ribonucletidos que van entre 73 y 93. Vamos a encontrar en ellas bases no tpicas ( lo tpico es lo que se encuentran en el ADN y en el ARN). Muchas de ellas estn metiladas o bien dimetiladas lo cual produce cambios en la hidrofobicidad. Normalmente esos cambios en la hidrofobicidad van a permitir 2 cosas: por un lado que este ARNt pueda organizarse en su estructura tpica y la otra que pueda interaccionar con una zona que le corresponda de la aminoacil ARNt sintetasa. El extremo 5 est fosforilado y el 3 tiene el triplete CCA que va a transportar el amino cido. Parte de su estructura tiene doble hlice dando una forma de L. El anticodn consiste bsicamente en la secuencia a una pirimidina, pirimidina y una purina modificada. Ahora vamos a ver dentro de las protenas no ribosomales que no forman parte de la estructura del ribosoma a la protena muy importante que es la amioacil ARNt sintetasa. Vamos a tener una enzima por cada uno de los ARNt y de los amino cidos. Una de las etapas ms importante en la que participa esta enzima es en la activacin de los amino cidos. Para activar el amino cido lo vamos a metilar es decir, lo vamos a asociar a un grupo AMP y ese AMP proviene de un ATP liberndose un pirofosfato. La liberacin del pirofosfato permite que con la hidrlisis se libere energa que hace que esta reaccin sea favorable desde el punto de vista energtico. Ese AMP va a quedar asociado al amino cido el cual posteriormente va a ser unido al ARNt. De esa manera logramos activar el amino cido y luego al ARNt es cargado con su correspondiente aminocido participando en la traduccin. Aqu tenemos el proceso que les acabo de describir: tenemos la molcula de ATP con su nucleosido y trifosfato y por otro lado el amino cido con su grupo amino y el grupo carboxilo. La enzima entonces lo que hace toma parte de esta estructura que corresponde al AMP y se lo une mediante enlace ster al grupo carboxilo por lo tanto queda un aminoail adenilato. De esta manera nos queda activo este grupo y se libera el pirofosfato. Luego viene el ARNt que tiene en su extremo 3 la secuencia CCA y aqu tenemos en este nucletido en el extremo 3 el azcar, la ribosa con su extremo 2 y 3 con un grupo OH. Viene ahora la aminoacil ARNt sintetasa (todo est ocurriendo en esa enzima) y ella toma el amino cido (?) y se lo adiciona a uno u otro OH que est presente en la ribosa. En este caso a los del grupo 2 y por lo tanto nos queda el 2 Aminoacil ARNt. Y de esta manera tenemos un ARNt que est activado o cargado con su correspondiente amino cido. Hasta este momento, el anticodn ha servido para que el ARNt sea reconocido por otras sintetasas como su correspondiente ARNt. Ahora, una vez que se est en esta condicin, ahora puede ser transportado y llevado al ribosoma y que pueda incorporarse a la sntesis de la protena cuando el anticodn pueda reconocer su correspondiente codn. La aminoacil ARNt activa tanto al amino cido como al ARNt. Hay distintos tipos de aminoacil ARNt sintetasas, de clase I y clase II. Pueden ver las de clase I cuales son los amino cidos que activa y las de clase II. Adems las de clase I son monmeros y las de clase II son dmeros. Normalmente la de clase I incorpora el amino cido en la posicin 2 de la ribosa del ARNt y las de clase II lo hacen en el OH de posicin 3. Tambin hay diferencias en cuanto al tamao que distingue a un amino cido de otro. Pueden ver el ARNt y su correspondiente aminoacil ARNt sintetasa que est asociado a l. Normalmente algunos de estos ARNt la cola con la secuencia CCA adquiere una determinada orientacin tridimensional que tambin sirve de reconocimiento de la enzima, ella puede reconocer de su correspondiente ARNt cual es la orientacin que tiene el extremo CCA. Pueden ver la estructura de la clase II formando complejos correspondientes de ARN. Normalmente las de tipo I corresponde a amino cidos grandes y son en su mayora hidrofbicos y las de tipo II corresponden a amino cidos pequeos. Si se dan cuenta, ya aqu hay algunos elementos que van permitiendo la fidelidad del mensaje. Primero, est la enzima que permite reconocer su correspondiente ARNt. Por otro lado, para poder ______ (32 50) los amino cidos ya deja, sta por ejemplo, descarta a todo el resto que corresponde a las del tipo II porque son ms pequeos entonces dentro de los grandes y que sean hidrofbicos va a tener que entrar ahora a incorporar otro tipo de ese ____ (?) para no confundirlo, es decir, aquellos amino cidos que tienden a ser parecidos dentro del mismo grupo que selecciona la sintetasa.

De manera tal, la alta fidelidad de la sntesis de la protena va a estar dada por el ARNt que llegue con su adecuado amino cido y para que llegue el ARNt con su amino cido adecuado, la aminoacil ARNt sintetasa selecciona por un lado al amino cido y por el otro al ARNt. Ahora, cmo logra realizar esto? Mediante su disposicin estructural. En su estructura, esta enzima tiene 2 sitios estructurales: en un sitio es donde va a ocurrir la activacin del amino cido, osea, la parte donde toma el AMP del ATP y lo incorpora al amino cido y se forma el aminoacil adenilato y una vez que el amino cido est activado viene otro sitio de reconocimiento que corresponde a un sitio de hidrlisis, es decir, si el amino cido al cual se activ recin es un amino cido equivocado, hay un segundo sitio como de edicin en el cual se le saca su molcula de AMP o de ARNt y se deja inactivo. En el sitio donde va a ocurrir la activacin, es un sitio que tiene una disposicin tridimensional adecuada para que quepa su correspondiente amino cido. Cuando el resto de los amino cidos que se asemejan a l son distintos en tamao la enzima prcticamente no va a tener problema en seleccionarlo. Hay amino cidos que tienen ______ en tamao (3520). Como les deca, para todos aquellos que tengan un tamao mayor que este sitio quedan inmediatamente excluidos porque no pueden entrar al sitio para activarse. Hay otros que pudieran tener el mismo tamao, pero teniendo el mismo tamao muchas veces tienen grupos que son distintos. Supongamos que el amino cido tiene grupos que son hidrofbicos y los otros que tienen un tamao parecido tienen grupos hidroflicos. Esas diferencias de interaccin qumica permite tambin eliminarlo. Si de todas maneras se inserta y es activado despus la enzima lo mete al sitio de hidrlisis. Si cabe en el sitio de hidrlisis, lo hidroliza. Entonces por ejemplo, la aminoacil ARNt sintetasa para la treonina y para su correspondiente ARNt tiene ms problemas que otra aminoacil ARNt sintetasa porque si tiene que activar al ARNt con la treonina, sta se parece bastante a la valina y a la serina. La treonina tiene en la cadena lateral un grupo metilo y ac un grupo OH. La valina se parece a ste porque tiene 2 grupos metilo, de manera tal que esto lo hace muy parecido en cuanto a tamao. En el caso de la serina tambin tiene un grupo OH como la treonina pero carece de un grupo metilo. Como estos son parecidos en tamao, pueden caber en un sitio de activacin. Se ve a la aminoacil ARNt sintetasa capturando al ARNt para la treronina y cuando reconoce ese ARNt, incorpora la treonina, pero pudiera ser que llegase la valina. Pero en ese sitio, la enzima tiene grupos que pueden interaccionar con el grupo OH formando puentes de hidrgeno. Si se mete ah la valina, el grupo es hidrofbico, por lo tanto no puede interactuar ese sitio con el que interacciona con el grupo OH, por lo tanto no entra, no cabe. Sin embargo la serina s, porque tambin tiene un grupo OH por lo tanto va a poder interaccionar con la estructura y formar puentes de hidrgeno para capturar el amino cido. La enzima en esta primera etapa s se puede equivocar y a ste lo puede activar incorporndole el AMP y unindolo al ARNt. Pero ah viene la segunda etapa: entonces la ARNt lo activa ac y lo deja unido al _____ (3912) lo mueve a este otro sitio ______ o interaccionaba con el sitio de hidrlisis. Y como este es pequeo, cabe en el sitio de hidrlisis y lo hidroliza. Entonces as evita equivocarse. Otro caso el la aminoacil ARNt sintetasa de la isoleucina que tambin puede confundirse de repente con la valina. Como habamos visto, la valina tiene 2 grupos metilo y en este caso la isoleucina tiene 3 grupos metilo y los 2 amino cidos tienen grupos hidrofbicos. En el otro caso, se confunda con la serina porque tena un grupo hidroflico igual que la treonina, entonces las 2 eran capturadas. En este caso la enzima se puede equivocar con la valina porque semeja un poquito el tamao y tiene tambin una cadena lateral hidrofbica, pero como es ms pequea porque carece un grupo metilo, puede caber en el sitio de hidrlisis; la isoleucina no porque no cabe en el sitio de hidrlisis y ha sido activada. El sitio de hidrlisis es como el equivalente a la ADN polimerasa en cuanto a su actividad correctora de errores. Algunos ARNt reconocen la zona que interacciona con el codn. En otros casos hay zonas de la estructura del ARNt que en este caso interactan de manera muy activa con la aminoacil ARNt sintetasa que reconoce ______ (4205). Se ha visto en estudios, por ejemplo, que el par guanina - uracilo que estn en la posicin 3 y 70 es muy importante para reconocer el ARNt para la alanina. Si este par lo cambian y en vez de que quede guanina uracilo queda citosina guanina, ahora eso corresponde a una estructura que es reconocida por el ARNt para la cistena. Hay otros casos que hay zonas del ARNt que ustedes pueden ir descartando otras zonas, sacar el ARNt y llegan a una estructura mnima como sta, una microhlice. Esta microhlice todava sigue siendo suficiente para ser reconocida como el ARNt para la alanina.

Y si se dan cuenta, aqu _____________(43 07) interaccin para reconocer la alanina. En este mismo _____________ prcticamente se ha sacado toda la estructura del ARNt pero se ha mantenido el par guanina-uracilo y basta para que se reconozca como su correspondiente ARNt. Bueno, en otros casos hay ARNt que son 2 Mdulo Clase de Sntesis de Protenas Algunas caractersticas que conviene destacar son aquellas que revelan que los ribosomas juegan un rol muy activo en el procesos de sntesis de protenas, lo otro es despus analizar con un poquito ms de detalle cuales son las etapas propiamente tales de la sntesis que vamos a ver que corresponden a una etapa de inicio luego a una de elongacin y a una de trmino. Aqu vamos a ver que adems del mensajero correspondiente de los tRNA que est en los a y de la estructura de los ribosomas, adems de ellos son muy importante las protenas, que son distintos tipos de factores protecos que van a participar guiando la etapa de inicio, la de elongacin y participando en la etapa de trmino de la sntesis de la protena, despus al final vamos a ver una lista de algunos antibiticos que van a tener distintos efectos letales sobre los procariontes o algunas clulas eucariontes , algunos alteran algunos elementos que participan en la sntesis de protenas, muchos de ellos los sitios de los ribosomas en que al destruir todo el aparataje de la sntesis de protenas hace que el organismo sea Bueno, ustedes pueden ver si hacen un gel en 2 dimensiones, ustedes pueden darse cuenta q los RNA estan formados por distintos tipos de protenas, en este gel esta la subunidad 30S y en el otro gel la subunidad 50S, q forman parte de esta estructura adems de los nucletidos q forman el RNA ribosomal tambin proteco. Hay estructuras o distintos tipo de RNA, 5S, 16S esa es una visin tridimensional, aqu hay distintas caractersticas de los RNA, respecto a los tipos, cantidad de nucletidos, cuan estables son, en el caso de los RNA ribosomales, son bastante estables y los tRNA tb. Ah ustedes pueden ver un arreglo tridimensional, ahora c/u de estos lo pueden descomponer y lo pueden disociar tanto como los RNA q forman parte de ellos como a su vez los de las protenas. Hay 1 Japons q trabaj mucho en esto, en disociar los componentes protecos y las cadenas de ribonucletidos y posteriormente losgr disear y reconocer la secuencia exacta de ir agregando c/u de estos componentes para lograr restablecer todo del ribosoma para poder determinar propiedades funcionales que en los ribosomas son muy importantes, Ustedes ven aqu el ribosoma de los eucariontes q es un poco mayor, pero algunas de las estructuras de sus correspondientes RNA ribosomales son muy anlogos a las estructuras que tienen los procariontes, el de eucariontes es bastante ms grande, pesa un poco ms del doble, stos RNA son bastante homlogos el de 18S con el de 16S, el 5.8S es nico de eucariontes, esa es una diferencia importante respecto a los de procariontes. Claves que se obtuvieron en distintas experiencias experimentales que revelaron la importancia q tiene los ribosomas en la sntesis de protenas y q no cumplen solo un mero rol estructural, y una es cuando logran disgregar los distintos componentes, si uno interfiere a nivel de 16S y altera algunos enlaces esto provoca la inhibicin de la sntesis de protenas, en los experimentos de reconstruccin de los RNA ribosomales en el caso del 30S, si hay una protena q no agregamos, eso repercute en que hay una disminucin en la sntesis de protenas. El 16S a q subunidad corresponde? Por ejemplo, si tomamos un ribosoma y lo centrifugamos vamos a ver q en un determinado punto no precipita ms y se le pone 80S al coeficiente de sedimentacin esto lo podemos separar y tenemos uno de 40S y de 60S por centrifugacin, si c/u de stos adems lo disociamos entre sus componentes protecos y los ribosomas, t te puedes dar cuenta q aqu los q forman esta estructura q sedimenta en 40S tu lo puedes descomponer en 30 protenas y un RNA q si lo centrifugas tiene un coeficiente de 18S, por lo que esta subunidad esta formada x un solo RNA el ribosomal ms 30 protenas. La unidad de 60S q es la mayor en el caso de los eucaroiontes, tu te das cuanta q est formada x 40 protenas y distintos tipos de RNA, uno ms grande q es de 28S, uno ms pequeo de 5S y uno de 5,8S. En el caso de este q estamos analizando (procarionte) se vio q era un equivalente al de 18S de los eucariontes.

Cuando se altera el de 16S en este caso que es el equivalente a 18S en eucariontes, cuando se recontruye el 30S, pero no se agregan todas las protenas , disminuye la sntesis, despus analizando la secuencia del 16S en procariontes se dan cuanta q este est involucrado en la seleccin del sitio de partida, despus se ve q un sitio prima de RNA interacciona en una zona altamente conservada (quiere decir que tiene + la misma secuencia) del RNA de 23S. En algunos casos lograron recomponer los ribosomas sin las protenas, es decir solo con la estructura de los RNA ribosomales, en esas condiciones todava se poda catalizar la formacin del enlace peptdico, x lo cual algunos dicen q dentro de la estructura de los ribosomas el RNA tiene ms importancia q las protenas o a su vez reafirma el concepto de q los RNA fueron antes que las protenas xq sobre el RNA se tuvo q hacer la primera protena y eso significa que xa la formacin de esta el enlace peptdico se tuvo que realizar en ausencia de stas. Despus se vio q este RNA es esencial para la actividad transferasa (23S) y por otro lado q la mayorora de los antibiticos ejercen su actividad xq alteran la traduccin a nivel de los RNA ribosomales, todo esto indica que los ribosomas tienen un rol muy importante tanto en el proceso de la traduccin junto con los tRNA y los RNA mensajeros, adems de las protenas que forman parte de las distintas etapas de la traduccin. Esta microfotografa revela una de las diferencias importantes q hay entre ribosomas eucariontes y procariontes y es la cadena naciente del mensajero cuando esta siendo transcrito a partir de la cadena de DNA y se une una cadena de poliribosomas?? Y a esta cadena que se van uniendo a medida que se va saliendo el mensajero y lo comienzan a leer , es decir, aqu tenemos la cadena de DNA y aqu ribosomas q estn leyendo un mensajero y si tuviera la posibilidad de teir podramos ver cadenas de protenas que en un lado seran ms largas q en el otro. Estructuralmente a los ribosomas se les han podido reconocer 3 sitios distintos y 2 sitios q catalizan 2 actividades muy importantes, una es reconocer la interaccin entre codn y anticodn donde va a llegar el tRNA y va a poder interactuar con su correspondiente anticodn y la otra actividad muy importante es q una vez q llega el tRNA con su correspondiente a es el poder catalizar la formacin del enlace peptdico q va a permitir ir construyendo la protena, Esos 2 sistemas le van a dar los tRNA??, hay un sitio de salida se denomina E x EXIT del tRNA q va quedando vaco. De nuevo, aqu tenemos la estructura del tRNA del ribosoma, vamos a tener el sitio donde va allegar el tRNA cargado, un sitio donde va a estar la cadena naciente donde se va a formar despus el enlace peptdico, un sitio de salida donde se va a ubicar el tRNA que ha quedado sin su a y posteriormente se libera, un sitio en donde se va a poder leer en el mensajero, la llegada del tRNA para q interacte con su correspondiente codn esas son las zonas importantes que vamos a ir encontrando en el ribosoma para que con la interaccin de todos ellos pueda ocurrir de manera normal la sntesis de protenas, ahora hay un sitio q es como un canal que es por donde va saliendo la protena y de esa manera impide que las cadenas laterales interacten entre s y eventualmente la protena adopte una estructura tridimensional antes de tiempo, eso lo va a ir haciendo a medida q va saliendo. Vamos a ver ahora las distintas etapas de inicio de la sntesis de protenas, despus la de elongacin y la de trmino. Tenemos q recordar algunas cosas importantes, la etapa de inicio en los eucariontes se inicia con el tRNA para metionina, es decir el codn AUG es el codn de inicio y el q reconoce a la metionina, en procariontes se hace de la misma manera, pero es con una formal metionina, ha sido formulada, luego en procariontes existe una secuencia llamada Shine Delgarno q permite interactuar con el mensajero, y al ocurrir esto permite q se reconozca donde est el AUG que se debe leer, ustedes se dan cuenta que esta es la secuencia que est presente en el 16S que reconoce esta secuencia en el mensajero, de esta manera se va a reconocer cual es el AUG a partir del cual va a ser traducida la protena, si ustedes modificaran esto e indujeran mutaciones no se sabra desde donde partir en procariontes. Cuando nosotros determinamos cual es el AUG significa q tenemos q extraer el tRNA q codifica para la formal metionina??y en el otro sitio se vana ir formando los enlaces peptdicos q van a ir creando una cadena. Siempre es a travs del 16S en procariontes.

Ahora ustedes se pueden dar cuenta q existen distintos tipos de procariontes y ah se ve una zona que es ms rica en purina y que se aparean con la secuencia complementaria en el RNA ribosomal de 16S, esto permoite identificar al AUG o tb en procariontes se localiza al TUG??como partida para partir la sntesis de las protenas. Ahora en eucariontes esto es distinto, ahora nos vamos a detener en detalle, es + lo mismo q ocurre en procariontes, aqu tenemos un resumen, aqu tenemos el mensajero y para que ste pueda leerse lo que va a ocurrir ahora es que van a participar varios factores de inicio desde el 1 al 5, vamos a necesitar energa q va a ser aportada por la hidrlisis de GTP y por lo tanto es muy importante la participacin de GTP, vamos a necesitar el tRNA de inicio y la subunidad de 40S, luego necesitamos que ese mensajero quede asociado a la subunidad pequea del ribosoma para que posteriormente se localice adecuadamente el tRNA de inicio con el codn de inicio, una vez q ocurre esto con el conjunto de los distintos factores de inicio se forma toda la estructura del ribosoma y en esas condiciones comienza la etapa de elongacin con la participacin de factores de elongacin y se empieza a alargar la cadena polipeptdica hasta q vamos a llegar a 1 codn de trmino y la traduccin de la protena va a llegar hasta ah. Aqu tienen ustedes los distintos factores de inicio q forman parte de la etapa de inicio, van a haber 2 q les voy a pedir q recuerden con detalle q son el 2 y el 4, el factor de inicio 4 normalmente se denomina 4F est compuesto x 3 distintas subunidades la E, A y G, con la ayuda de todos estos factores se va a dar por completada la etapa de inicio. Para q se inicie la sntesis de la protena tenemos q tener disociados los ribosomas, estos tienen una alta afinidad para asociarse por lo tanto debemos promover una disociacin entre ellos, para eso participan 2 factores de inicio el 1 y el 3, stos ayudan a mantener disociada la subunidad mayor de la menor y de esa manera estos factores capturan a uno de los componentes de la sntesis de protenas a las subunidad de 40S, otro de los componentes de la sntesis de protena va a corresponder al tRNA de inicio, para eso va a participar otro factor de inicio que va a corresponder al factor de inicio 2 y ste debe estar asociado a GTP, ste captura al tRNA de inicio q codifica para metionina y se forma este complejo tRNA de metionina con el factor de inicio 2 con el GTP, ahora stos van a unirse a la subundad pequea del ribosoma que poda estar disociada de la unidad mayor xq se haban unido a el el factor de inicio 1 y el 3, y de esta manera se forma este complejo de preinicio que esta dado por la subunidad pequea por el tRNA de metionina y por los factores de inicio 1,3 y 2, ste ltimo est asociado a GTP xq posteriormente la hidrlisis de ste va a aportar la energa necesaria para que se forme y se complete la primera etapa de inicio de la traduccin de protenas. Primero el factor de inicio 1 y 3 son los q se unen al 40S para evitar q se asocie a la subunidad mayor, ahora el factor de inicio 2 trae al tRNA de inicio para pegarlo ah, a la subunidad pequea. Entonces, tenemos la subunidad pequea, el tRNA de inicio, lo q necesitamos ir agregando para tener toda la maquinaria para la sntesis de protenas es tener el mensajero q necesitamos leer y despus vamos a necesitar la otra subunidad grande para q se forme todo el ribosoma y ah vamos a tener al mensajero, al tRNA de inicio y solo nos va a faltar traer los otros tRNA q corresponden a los codones q siguen al marco de lectura del mensajero correspondiente. Resumiendo, en esta etapa tenemos q el GTP se une al factor de inicio 2, en estas condiciones el factor 2 puede capturar al tRNA de inicio y ahora ste se une a la subunidad 40S q est asociada a los factores 1 y 3. Ahora tenemos la otra etapa q es la de traer a este complejo de inicio al mensajero, para traer a este ltimo va a ser importante la participacin de factor de inicio 4, este es una protena q est compuesta por 3 subunidades, q son 4E, 4A y 4G, normalmente lo que ocurre es que la 4E y la 4A estn unidas a la 4G, en algunos textos a todo este complejo se le denomina factor de inicio 4R, es una protena con 3 monmeros, lo q va a ocurrir es q el mensajero en los eucariontes tiene una modificacin en el extremo 5 y despus una modificacin del factor . Metil guanosina, para proteger el extremo 5, en el extremo 3 tiene un poli A.

Ahora adems de protegerlo de acciones exonucleasas, este K nos da una seal de reconocimiento del mensajero para adherirlo a la subunidad pequea de 40S, entonces ahora el factor de inicio 4 se va a pegar ac, el reconocimiento de esta subunidad est dado fundamentalmente por la subunidad E del factor de inicio 4 y la subunidad A va a permitir si aqu esta el CAP normalmente el primer AUG es el que se va a corresponder con el codn de inicio, entonces para poder llegar aqu y ubicarlo en esta zona del ribosoma pequeo lo va a hacer la subunidad A q tiene una actividad helicasa, que le va a permitir ir recorriendo el mensajero, entonces tiene varias subunidades y de stas la E es la q se une a CAP, la 4A es la q le permite tener actividad helicasa y utilizando ATP va a poder recorrer ese mensajero y ah va a quedar el mensajero en la subunidad 40S, la 4G es una subunidad de soporte (anclaje) a la cual se une y mantiene el complejo del trmero y tb interacta con las protenas y el RNA del ribosoma y poder ubicarlo donde corresponde. Entonces al principio tenamos disociada la subunidad pequea y para eso contribuan el factor 1 y 3, cuando est disociado se le agrega el tRNA de inicio q llega facilitado x el factor 2 q tiene el GTP, x otro lado vemos q tenemos el mensajero y este es capturado x el factor de inicio 4 y este se une a la zona CAP y esta zona es reconocida fundamentalmente x la subunidad E y la A de el factor 4 es la q va a permitir recorrer el mensajero, para ubicar el tRNA de inicio con el correspondiente AUG, aqu hay un factor de inicio 4d y ste es una protena q activa a la helicasa, es decir, activa al 4A para q el mensajero se pueda ubicar en el lugar correspondiente, si ustedes se dan cuenta nosotros tenemos q mover o este ribosoma tiene q recorrer esta zona xa poder acoplar el tRNA al AUG, esto se ha logrado con el conjunto de los factores de inicio 1,3,2 y 4, ahora lo q vamos a necesitar es q alguien traiga a la subunidad ms grande y el q la trae es otro factor de inicio, en este caso va a actuar el factor de inicio 5 q va a traer a la subunidad mayor del ribosoma para permitir q se forme el complejo 80S q va a ser cuando est armada toda la fbrica y ya sabemos desde q punto tenemos q empezar a traducir la protena, todo eso se logra con la energa aportada x la hidrlisis del GTP. Como les haba dicho el factor 4 haba logrado ubicar la subunidad E, ac en la zona q corresponda al RNA y despus la subunidad A q tiene actividad helicasa con el grupo de ATP permiti q este se moviera y pudiera ubicarse el tRNA de inicio en el codn de inicio, una vez q se establece esto salen como va a venir el factor de inicio 5 con la subunidad mayor para formar el complejo del ribosoma se necesita sacar el factor de inicio 1 y 3 q mantienen disociadas a las 2 subunidades, salen esos, se hidroliza el GTP y el factor de inicio 5 trae a la subunidad mayor y ah se forma el complejo de inicio y ahora estamos en condiciones de alongar la cadena peptdico. Hay 2 puntos de regulacin q son importantes en la etapa de inicio de la sntesis de protenas que es los factores de inicio 2 y 4, para q ocurra la primera etapa de inicio, es indispensable q el factor 2 aporte energaen forma de GTP, una vez q participa en esa etapa y sale, sale como GDP, por lo tanto para poder estar en condiciones de volver a iniciar la otra sntesis de protenas, vamos a tener q volver a capturar otra subunidad pequea y capturar nuevamente el tRNA de inicio, para poder hacer eso el factor de inicio 2 tiene q estar asociado a GTP, y por lo tanto como estaba como GDP tenemos q intercambiarlo x GTP y esto lo hace otra protena q se denomina GEF o como la subunidad 2B de este factor 2, esta protena simplemente intercambia GDP x GTP, de esta manera cada vez q vea un factor de inicio 2 con GDP lo intercambia x GTP y queda nuevamente activado el factor de inicio 2 y esta en condiciones de ir nuevamente a capturar otro tRNA de inicio, si x algn motivo uno modificara esta actividad o la muta y sta no puede intercambiar GTP, nos quedara permanentemente inactivo el factor de inicio 2 y por lo tanto ese individuo no podra hacer sntesis de protenas. El factor de inicio 4 est formado x este complejo, es un trmero, la subunidad G es la q agarra a la E y a la A, la E es la q permite reconocer la estructura CAP del mensajero para ubicarla en la subunidad pequea del ribosoma y la subunidad A es la q va a permitir ubicar ese mensajero en el AUG de partida, ahora, para poder hacer q esta estructura se una ac tenemos q hay una protena q se une al 4E q seala cuando es BP (x binding protein), es una protena q se une a la E, si esa protena 4E, esta solita se puede asociar a la protena G y tb a la subunidad A y formar el trmero activo.

Si la 4E est unida a la protena BP, sta no puede formar el trmero por lo tanto estara inactivo, para poder formar este complejo hay q separarla de esa protena de unin, de su binding protein y sta se saca fosforilndola, por lo tanto cuando uno activa la traduccin de protenas se tiene q fosforilar esa binding protein para q libere al 4E, cuando ocurre esto sta se puede unir y formar este complejo, ahora si adems esta 4 E es fosforilada con esa modificacin covalente tiene la disposicin tridimensional q favorece la afinidad x la zona CAP, por lo tanto a nivel del factor 2 necesitamos q ste est asociado a GTP, si est asociado a GDP tenemos q intercambiarlo x GTP, a nivel del factor 4 la subunidad E debe estar sola formando el trmero para poder reconocer CAP y posteriormente ubicar el AUG. Para q se separen el F4 de la 4BP, esta ltima debe ser fosforilada, pero tb puede fosforilar a las 2. De manera tal q muchas hormonas o factores de crecimiento q estimulan la proliferacin, si se va a estimular la clula se va a dividir y para esto debe multiplicarse su material proteco, x lo tanto deben estimular la sntesis de protenas y de esa manera se puede usar el factor de crecimiento derivado de las plaquetas, etc y todo esto induce la activacin de kinasas q fosforilan a la protena de unin de 4E, al fosforilar a la binding protein pueden liberar a la 4E y eso permite formar el complejo activo del factor de inicio 4. Entonces para acoplar la subunidad pequea y los factores de inicio?? Ocurrieron factores de inicio el 1 y el 3, luego el factor 2, el mensajero q es trado por el factor 4 finalmente es trada la subunidad mayor x el factor 5, ahora lo q se necesita es traer los respectivos tRNA cargados con el a correspondiente de acuerdo al codn q lee el mensajero. En esta etapa de elongacin van a participar pocas protenas q son factores de regulacin y stas ahora lo q van a hacer es capaturar a los tRNA cargados con los a y traerlos al ribosoma, van a favorecer el anclaje de ese tRNA al ribosoma y van a favorecer q ocurra la reaccin q cataliza el enlace peptdico, eso tb va a ser con la colaboracin de GTP, esto factores de elongacin tb usan GTP, una vez q se forma el enlace peptdico necesitamos q el ribosoma se mueva para volver a dejar el sitio donde llegan los tRNA cargados, eso tb sucede con la hidrlisis del GTP (esa traslocacin). Aqu vemos q juegan un rol importante 2 factores de elongacin el 1 y el 2, en el caso del 1 ocurre algo muy anlogo a lo q ocurre con el factor de inicio 2, si ustedes se dan cuenta ste permite q se una el aminoacil q esta cargado con 1 a y ste tiene asociado GTP la catlisis de enlace peptdico va a ser catalizado x la hidrlisis del GTP, para q esto pueda ocurrir nuevamente el factor de inicio 1 despus de q ocurra esa etapa va a quedar unido a GDP y necesitamos cambiar este GDP x GTP y ah tenemos la otra subunidad del factor de elongacin 1 q es la q es para q vuelva a restablecer el GTP . Despus se necesita mover al ribosoma para q siga avanzando x la cadena del mensajero y esa traslocacin tb va a ser dependiente del GTP, todo lo q corresponde a la sntesis de la protena misma es catalizada x la energa q aporta la hidrlisis del GTP. Por un lado si ustedes se dan cuenta en esta etapa una va vez q ubicamos el codn de inicio (tRNA de inicio) estamos listos para traer los tRNA cargados con a, aqu en la etapa de elongacin el factor de inicio 1 trae al tRNA cargado con su correspondiente a, ste se ubica en este sitio y aqu se cataliza la formacin del enlace peptdico, para poder tener los respectivos tRNA con sus correspondientes a cargados en una etapa anterior, en otro lado esta la aminoacil tRNA sintetasa qdice tengo este tRNA vaco q es para alanina agarro la alanina y lo pego y los voy tirando para all, despus viene otra aminoacil tRNA sintetasa q es de c. Glutmico y agarra el tRNA del glutmico y el a de este y los uno y despus lo tira, entonces todos estos tRNA cargados estn ahora disponibles para q venga 1 factor de elongacin un asociado a GTP para q los tome y los lleve hacia los ribosomas, cul va a ser el q se una aqu? El q tenga complementariedad de bases con el codn q est en el mensajero. La hidrlisis del GTP q estaba asociado al factor de inicio 1 aporta la energa para catalizar la formacin del enlace peptdico y una vez q se produce este enlace entre la cadena antigua y el nuevo a q entr, ahora tenemos q correr esto para ac y de esa manera vamos a dejar libre al sitio A, este movimiento ocurri mediante la hidrlisis asociada al factor de elongacin 2 q esta asociado a GTP, y ahora su misin es volver a recibir otro tRNA q va a venir asociado al factor de elongacin 1.

Ahora, siguiendo esta lectura vamos a llegar a un momento en q el codn q sigue es un codn de trmino y para este no hay ningn tRNA por lo tanto lo q se une ac es una protena q se denomina factor de trmino o RF x releaising factor, como se une ah la enzima q hace la catlisis no forma un enlace peptdico, sino q une este a una molcula de agua, crea un enlace con la molcula de agua y con eso se suelta la molcula de protena q estaba naciendo, como se suelta la protena aparecen el factor 1 y el 3 para disociar todo este ribosoma, tener la subunidad pequea y volver a iniciar todo el proceso. Resumiendo la elongacin requiere de protenas q son factores de elongacin, cada tRNA activado con sucorrespondiente a, o sea un aminoacil tRNA es conducido al ribosoma x un factor de elongacin 1, el 1 q est unido a GTP, el GTP va a aportar la energa necesaria para esta etapa, la regeneracin del GTP asociado al factor 1 se lo otorga la subunidad del factor 1, el pptido q estaba en el sitio P se va a mover al sitio A catalizado x la peptidil transferasa proceso conocido como transpeptidacin, es decir, cuando se forma el enlace peptdico y posteriormente el movimiento de la cadena polipeptdica de la cadena q esta naciendo q est en el sitio A para volver a quedar en el sitio P se conoce como traslocacin en esta etapa colabora el factor de elongacin 2 q vena con GTP con su correspondiente hidrlisis, de esa manera vuelve a quedar abierto el sitio A, disponible para q venga otro tRNA cargado con su correspondiente a q pueda ser reconocido x el codn correspondiente del mensajero. Tenemos 3 codones a los cuales se pueden unir estas protenas de trmino, nuevamente la unin de estos factores de trmino va asociada a GTP, o sea si no hay GTP no hay posibilidad de sintetizar protenas y para poder tener GTP necesitamos tener ribosa y sta la tenemos del ciclo de las pentosas, o sea sale de la glucosa por lo tanto es importante tener glucosa, xq si no tenemos esto no hay sntesis de protenas , la peptidil transferasa es la q forma el enlace peptdico, se activa y ahora transfiere el polipptido al agua y con eso lo libera desde el ribosoma ,el tRNA al q estaba asociada la cadena polipptidica como sali despus de unirse al agua queda solo y por lo tanto en ese estado descargado sale del sitio P GTP se hidroliza usando la energa necesaria, se libera el RNA del ribosoma y aparecen los factores 1 y 3 para disociar el ribosoma en las subunidades 40S y 60S y de esa manera despus queda el 40S asociado al factor 1 y al 3, al cual ahora se le van a acoplar el factor 2 q est unido a GTP y q ya agarr al tRNA de inicio y se empieza a formar otra vez el complejo de inicio con la colaboracin del factor de inicio 4 del RNA, despus va a venir la subunidad mayor con el factor de inicio 5 y as se van sintetizando las protenas. Aqu ustedes ven una tabla con tpicos antibiticos q actan a nivel de la sntesis de protenas, algunos de ellos son especficos para procariontes, otros tb actan en eucariontes, el cloranfenicol liquida a las bacterias xq inhibe la peptidil transferasa, o sea impide q se forme en enlace peptdico, la estreptomicina inhibe la iniciacin, la tetraciclina inhibe la unin del aminoacil tRNA a la subunidad pequea del ribosoma, la puromicina se parece a un aminoacil tRNA con lo cual interfiere la transferencia del pptido, con lo cual se termina antes, si uds ven aqu tienen la estructura de la puromicina y aqu tienen la estructura del tRNA para la tirosina, y se parecen bastante, entonces en vez del tRNA se mete el antibitico y hasta ah no ms lleg la sntesis de la protena. En el caso de la toxina histrica q en el tiempo atrs caus tantas muertes si uds se dan cuenta, esta toxina cataliza una modificacin covalente del factor de elongacin 2 lo ADP-ribosila y al hacer esto lo inactiva e impide q este factor de elongacin se una a GTP y pueda ir a colaborar con la elongacin y hasta ah qued la sntesis de protenas. La puromicina se parece mucho al tRNA con la tirosina. Quines estn asociados a GTP? El factor de inicio 2, el factor de elongacin 1 y el 2 y tb el para unirse al RF Dnde solo se ocupa ATP en la sntesis de protenas? Cuando la actividad helicasa del factor de inicio 4 requiere mover el mensajero para ubicar el sitio de inicio, esa es la nica etapa q usa ATP, en todas las otras necesitamos GTP. En la etapa de activacin se requiere ATP para activar a los a.