Unidad 5

5.1 Definicin de transcripcin del ADN 5.2 Diferencias entre las ARN polimerasas de eucariotas y procariotas.
Omar Alejandro Posos Parra Jorge Leiva Arrieta Pamela Rellstab Snchez Vctor Daniel Ramrez Claudia Del Toro Runzer A01222375 A01016968 A01222342 A01111791 A01222071

CADO

Genes y Protenas
Archibald Garrod
Errores innatos del metabolismo sntomas efectos

de la ausencia de enzimas especficas.

George Bradle y Edward Tatum
1 gen- 1enzima- 1 gen- varios polipptidos

vinculados
Vernon Ingram
1 mutacin en 1 gen puede causar la sustitucin de

un aminocido en la secuencia de 1 polipptido.

Mecanismo para generar cadenas de polipptidos especficas?

Francois Jacob, Jacques Monod, Sydney Brenner y Mathew

Meselson (1961)
RNAm
Intermediario entre gen y polipptido.

Copia complementaria de la cadena codificante, a su vez,

complementaria de la cadena molde. Uso- Permite separar la informacin almacenada de la utilizada e incrementarla actividad de la clula.

Transcripcin
Sntesis de RNA a partir de una

molcula de ADN.
RNA polimerasa Unidad transcripcional: Promotor- Punto de inicioTerminacin Secuencia de ADN transcrita en una cadena de ARN.

Transcripcin primaria- RNA del

promotor a la terminacin (Extremo 5-3). Inestable.

Procariotas: ARNm; ARNr y Arnt. Eucariotas: ARNm; todos los ARN.

Transcripcin
Burbuja transcripcional

Direccin 5 a 3.

El 3OH 5 trifosfato del

nuclesido.
40 nucletidos/seg. a 37 C
Traduccin: 15 aa/seg.

Pierde y . Enlace fosfodister-

Replicacin del ADN 800 pb/ seg.

Polimerasa RNA une al promotor L 10-12pb

Identificacin del molde

ARN polimerasa + ADN Complejo cerrado. Separacin de cadenas Complejo abierto

Iniciacin
Sntesis del primer nucletido que se une en el ARN.
Enzima en el promotor 9 enlaces nucleotdicos. Dificultad: Intentos infructuosos de ensamblar una

transcripcin de ADN hasta que logra unir correctamente 1012 nuclotidos.

Termina cuando la enzima logra extender la cadena y deja

libre el promotor.

Elongacin
Se incrementa la cadena de RNA conforme se mueve la enzima por el ADN.
Nucletidos agregados al extremo 3 del ARN formando un ARN-ADN hbrido en la regin desenrollada. Detrs de sta el ADN vuelve a formar la doble hlice.

Proceso monotnico- 1 pb /nucletido agregado a la cadena de ARN. Modificaciones- Oruga Geomtrica: Proceso discontinuo de la enzima.

Terminacin

Identificacin del punto en el que

ninguna otra base debera ser agregada a la cadena.

Termina la formacin de enlaces fosfodister. Complejo transcripcional se desensambla.

Burbuja transcripcional colapsa conforme el RNA-AND

hbrido se altera.

La doble cadena de AND se vuelve a formar y la enzima y el ARN son liberados.

Polimerasas de ARN
Generalidades:

Se mueve a lo largo de la cadena molde en direccin 35

y ensambla cadena complementaria de ARN que crece en sentido 53 No siempre est en movimiento continuo, sufre pausas o puede retroceder. Forma ARN muy largos, la enzima permanece unida al DNA molde en largos segmentos. Enzima compleja, no requiere primer (cebador), no funciona la correccin de errores.**

 Generalidades: - Cataliza reaccin

No debe de existir reaccin inversa

 Generalidades:
Crea superenrrollamiento (+) de DNA en parte delantera y un

desenrrollamiento (-) detrs. Incorporan de 20 a 50 nucletidos/s en una molcula de ADN. Cubre 35 pb del ADN, la burbuja contiene 15 pb. Debe de tener vinculacin laxa para moverse de un nucletido al siguiente.

Polimerasas de ARN no reconocen promotores, necesitan protenas adicionales: Factores transcripcionales (suministran sitio de enlace y determinan cul de las 2 cadenas se transcribe)

Polimerasa de ARN procariota

Solo hay 1 tipo de polimerasa de ARN compuesto de 5 subunidades que forman un ncleo enzimtico y se encarga de toda la sntesis de ARNm y produccin de ARNt y ARNr
500 kD Estructura 2 DNA unido a canal en contacto con subunidades Alrededor de 7000 molculas de polimerasas de ARN (en clula de E. coli) De 2000 a 5000 enzimas sintetizan ARN en un momento dado Enzima completa -Holoenzima = 465 kD, 5 subunidades (con cofactor ) ACTIVA - Apoenzima = 4 subunidades ( el cofactor disociado) INACTIVA

Subunidades polimerasa de RNA

= ensamblaje y regulacin de expresin

Subunidad
Ncleo de enzima purificado + molcula de DNA bacteriano + NPPP Se sintetiza ARN (atraccin electroesttica entre protena y cido nucleico) PERO no es igual al hallado en clulas porque la enzima se une de manera aleatoria. Sitio de unin dbil + factor

sigma (polipptido)

Transcripcin inicia en sitios especficos (promotores)

Desestabiliza capacidad de adherencia a sitio de unin dbil (disminuye 104 veces) vida media del complejo < 1s. Reconoce sitios de unin especficos (constante de asociacin aumenta 1000 veces) vida media del complejo varias horas. Se disocia del resto de subunidades durante el proceso dejando el ncleo central de la enzima al descubierto.

Ciclo ARN polimerasa

ARN alcanza de 8 a 9 bases de longitud

Polimerasa de ARN supervisa apareamiento de bases de los ribonucletidos de sustratos con el ADN y cataliza enlaces fosfodister entre todas las subunidades.

Polimerasas de ARN en eucariotas

Robert Roeder, 1969 University Polimerasas de ARN en

of Washigton 3tipos de polimerasas de ARN diferentes en eucariotas.

Protenas grandes >5000 Kd. 12 subunidades o ms.

mitocondrias y cloroplastos son ms pequeas.

Gran variedad de factores de

Algunas subunidades comunes

transcripcin - unin de polimerasa al ADN molde, inicio de transcripcin, elongacin y sntesis.

a los 3 tipos de polimerasas de ARN.

Polimerasas de RNA nucleares de eucariotas

13 subunidades. 600 kD. Se localiza en el nuclolo. 12 subunidades. Se localiza en el nucleoplasma

14-17 subunidades. 700kD. Se localiza en el nucleoplasma (actividad enzimtica menor).

I II III

Polimerasa ARN II
Subunidades ms grandes. Para que comience su funcin Tiene dominio carboxilo necesita promotor mnimo y terminal (CTD) mltiples otras secuencias reguladoras. repeticiones de heptmeros. Trabaja en conjunto con complejo mediador, protenas de regulacin de transcripcin y con enzimas modificadoras de nucleosoma (por empaquetamineto).

Complejo de pre-iniciacin

Protenas de regulacin de transcripcin

Unen polimerasa con sitios promotores y confieren estabilidad (activadores).

ARN polimerasa procariota T. aquaticus

ARN P I Promotores mnimos ARN P II

ARN polimerasa eucariota levadura

Maquinaria de transcripcin del ARNm

Propiedades de los hnRNA (ARN nucleares heterogneos)

Pesos moleculares altos Se encuentran slo en el ncleo Representan un grupo RNA diverso y con distintas

secuencias nucletidas

Los ARNhn son los precursores del ARNmcitoplsmicos (das o semanas)

Vida muycorta (horas)comparado con ARNr y ARNt

 [3H]uridina y [32P] fosfatoaglomeradas en molculas de ARN.

Transcripcin del ARNm

Sintetizadospor la polimerasa ARN II (enzimacompuesta de

12 subunidades)
GTF (factorestranscripcionalesgenerales) tambin forma

parte del proceso. Conformadopor TBP de TFIID, TFIIA y TFIIB.

Sitio de inicio de transcripcin en el ADN llamadocaja TATA.
Caja TATA es el punto/sitiodonde se ensambla el complejo de

preinicioquecontiene el GTF y la polimerasa ARN II.

Proceso de ensamblaje de la caja TATA

1. TBP (protena de unin a la caja TATA) reconoce la

caja TATA y promueve la unin de la polimerasa de ARN II. La TBP esunasubunidad del complejoproteco TFIID (Factor de transcripcinparapolimerasa II, fraccin D)
2. TBP se inserta en el surcomenorde la doblehlice

y la dobla 80.
Los tres GTF proveen la base para la unin de la

polimerasa de ARN y la protena TFIIF.

 3.Protenas TFIIE y TFIIH se unen al complejo y activa la

polimerasapara la transcripcin.
Cuantomspremanezca la TFIID unido a la cadena,

msmolculas de polimerasa de ARN puedenunirse e iniciarnuevosprocesos de transcripcin sin retraso.

 La regincarboxilo terminal (CTD) de la ARNPII consiste de 7

aminocidos (Tir1-Ser2,Pro3,Tre4,Ser5,Pro6,Ser7) repetidos.

4. La Ser2 y Ser5 se fosforizan y de

estamanerafuncionacomoactivadorquedesactivalasprotenas de transcripcin.

Proceso de Transcripcin

Propiedades estructurales del ARNm

Secuenciascontinuas de nucletidosquecodifican un

polipptidoespecfico.
Se encuentran en el citoplasma Se vinculan con los ribosomascuando se traducen

Poseenunaporcin no codificante en ambos

extremosterminales (5 3) sin embargo, ejercenfuncionesreguladorasimportantes.

El extremo 3 poseeunasecuencia de 50 a 250 residuos de

adenosinanqueforman la cola poli(A).

El extremo 5 tieneunacapa 5 de guanosinametilada cap.

Maduracin del ARNm

Porqu el ARNhnes precursor del ARNm? 1. El ADN contienetresbloques x, y z

separadosporsecuenciasinterpuestas I1e I3(Estasestanausentes en el ARNm)

2. Las secuenciasinterpuestas son intrones; genes de

procesamiento de corte y empalme.

3. Los intrones se remueven en unatranscripcinprimaria y se

crea el ARNmmadura. De ahsumenortamao.

Sntesis y procesamiento de RNA mensajero

Procesamiento de mRNA en eucariotas

Polimerasa RNA II genera una transcripcin primaria

complementaria del DNA de toda la unidad de transcripciones.

Las transcripciones de RNA se vinculan con

diferentes distintas.

protenas

numerosas

partculas

Partculas, protenas y ribonucleoproteinas, incluye

agentes encargados de convertir la transcripcin primaria en un mRNA maduro

 Este proceso requiere:

Agregar la estructura cap (casquete) en los extremos

5 y una cola poli(A) en los extremos 3 de la transcripcin. Eliminacin de secuencias de intrones

El RNP est listo para salir del ncleo.

Extremos 5 y colas de poli(A)

Todos los extremos 5 poseen un trifosfato. Una vez

que el 5 terminal de un precursor de RNA mensajero se sintetiza, diferentes enzimas actan en este extremo de la molcula.

Procesamiento del RNA: remocin de intrones de un pre-mRNA

Splicing del RNA: proceso por el cual las secuencias

de intrnicasdeb.en ser eliminadas.

Para procesar un RNA se deben realizar cortes en la

cadena en los extremos 5 y 3 (sitios de splicing) de cada intrn.

De qu manera se reconoce las uniones exn-intrn?

El anlisis de cientos de uniones entre los exones e

intrones revela la presencia de los sitios de splicing de una secuencia nucleotdica.

 La adicin de seales que permiten a la maquinaria

de splicingdistinguir entre intrones y exones se debe las aumentadores del splicingexnicoo ESE, situadas dentro de los exones.

Experimentos que cambiaron el pensamiento de los bilogos.

1982 Evidencia de que las

molculas de RNA eran capaces de catalizar reacciones qumicas.

Tetrahymena sintetizaba un

rRNA precursor autoprocesarse.

Thomas Cech (1947)

capaz

de

Existencia

de los enzimticos, ribozimas.

RNA

Intrones del grupo II: autoprocesamiento

Se pliegan en una estructura en una estructura

compleja
Sufren un autoprocesamiento al pasar por un

estado intermedio, conocido como lazo.

 pre-mRNA no son capaces de procesarse por s

mismos y requieren un grupo de snRNA y sus protenas vinculadas. Cada larga molcula de hnRNA se transcribe y relaciona con un gran nmero de protenas para formar hnRNP.
Espliceosoma posee diferentes protenas y un

nmero de distintas partculas snRNP. Se encargan de eliminar intrones.

Implicaciones evolutivas de la rotura de genes y el splicing del RNA

ARN NO CODIFICADORES PEQUEOS Y VIAS DE SILENCIAMIENTO DE ARN

Idea?
Regulacin de la expresin gentica

intervienen directamente molculas de ARN.

Experimentos
1990, las Petunias tienen los

ptalos purpuras, gracias a la presencia de un gen que codifica el pigmento purpura.

Se busco el cambio del pigmento,

con otra copia extra de un gen.

Se encontr posteriormente que

los ARNm (responsables de la coloracin del pigmento) se haba degradado.

Experimento

1998. Andrew Fire y Craig Mello realizaron un experimento con el nematodo C. elegans.
Se inyectaron tres diferentes tipos de preparados de ARN: 1) ARN (continuo), 2) ARN (discontinuo) y 3) ARN doble cadena.

Los resultados dieron que el 3er preparado haba detenido la produccin de la protena codificada.
Interferencia de ARN (ARNi) + (ARNds) ARN de doble cadena

Provocaban la destruccin selectiva de ARNm con la misma secuencia de (ARNds).

Entonces qu son los ARNis

Ejemplo, se desea obtener la detencin de la enzima fosforilasa de glucgeno dentro de la clula de un nematodo, de modo que sea posible determinar el efecto de esta deficiencia enzimtica en el fenotipo del gusano (Karp). Qu hacemos? Colocndole al gusano en una solucin de ARNds que tenga la misma secuencia que el ARNm blanco. Silenciamiento de ARN.

Entonces qu pasa con los virus?

Se piensa que el ARNi evolucion como un tipo de

sistema inmunitario gentico para proteger al organismo de la presencia de material gentico extrao o no deseado. Por lo tanto, el cuerpo identificara los ARNds como una molcula indeseable para as no duplicarla y no generar problemas (en la mayora de los casos).

Cmo es posible que los ARNdss bloqueen la formacin de una protena particular?
Los ARN de doble cadena que inician la respuesta se cortan primero en pequeos fragmentos (21 a 23 nucletidos) de doble cadena, llamados ARN pequeos de interferencia (sARNi), por la accin de una ribonucleasaespecfica, denominada Dicer. Las enzimas de la clase a la cual pertenece Dicer generan ARN bicatenarios que tienen extremos 3 salientes como se muestra en la figura 11-38a. Cada sARNise desenrolla en sus cadenas separadas. Una de stas (la cadena pasajera) es destruida y la otra se incorpora en un complejo protenico conocido como complejo silenciador inducido por ARN, o RISC (complejo silenciado de ARNinducido). El RISC constituye la maquinaria para que el diminuto sARNimonocatenario se una a un ARNmque tiene una secuencia complementaria. Una vez que se unen, el ARNmes escindido en un sitio especfico por una ribonucleasa, conocida como rebanadora, que es uno de los componentes del RISC. As, el sARNiacta como una gua que dirige el complejo hacia un ARN blanco complementario, el cual entonces es destruido por una protena afn.

y los mamferos?
Se ha encontrado en los ltimos aos que la

presencia de ARNdss ha provocado ms que detener la traduccin de una protena especfica, se inicia casi siempre una reaccin global que inhibe una protena.
Nuevos descubrimientos sobre las funciones de

ciertos genes recin descubiertos.

MicroARNs (regulacin gentica).

Los mARNis son partes de ARNs que solo se

expresan en ciertos periodos durante el desarrollo del ser e en algunos tejidos de una planta o animal y se piensa que tiene una funcin reguladora.
Su tamao se encuentra entre los 20-23 nucletidos

de longitud.
Se podra decir que son primos los ARNis y

mARNiS

Funciones
Un mARNis tpico es parcialmente complementario a

una porcin del ARNm blanco y acta como un inhibidor traduccional, sin embargo, hay algunos que dirigen la escisin del ARN unido en vez de inhibir su traduccin.
Participan en muchos procesos como la formacin de

patrones en el sistema nervioso, el control de poliferacin y la muerte celular, la diferencia de diversos tipos celulares y el desarrollo de hojas y flores en plantas.
Presencia en fases tempranas del desarrollo de

embriones en mamferos.

Proceso y Funcin

Diferencia entre ellos

ARNis son un producto bicatenario de un virus o

elemento transponible (o de un ARNds proporcionado por un agente exterior).

mARNis es codificado por un segmento ordinario

del genoma y se dirige a un ARNm especifico como parte del programa celular normal.

Referencias
Karp,Gerald. (2008). BiologaCelular y Molecular -

Conceptos y Experimentos. (5th ed.) Mxico: McGraw-Hill.

Watson, James. (2008). Biologa molecular del gen.

Madrid: Mdica Panamericana.

Lewin, Benjamin. (2008). Genes IX. Mxico:

MacGraw Hill.