BIOQUMICA APLICADA

CAPITULO 2

AMINOCIDOS

Aminocido

!structura bsica de un aminocido

Los aminocidos son los monmeros de las protenas. Los aminocidos estn formados por: Un carbono unido a un grupo carboxilo. Un grupo amino Un hidrgeno y Una cadena R de composicin ariable !n los aminocidos naturales" el grupo amino y el grupo carboxil se unen al mismo carbono #ue recibe el nombre de alfa asim$trico. !xisten unos %& aminocidos distintos componiendo las protenas. '$cnicamente hablando" se les denomina alfa(aminocidos" debido a #ue el grupo amino )*+%, se encuentra a un tomo de distancia del grupo carboxilo )-..+,.

/minocidos
'odos Los /minocidos #ue forman parte de las protenas son L(aminocidos La unin #umica entre aminocidos en las protenas se produce mediante un enlace peptdico

0rmula general

-arbono 1" es un carbono #uiral por lo tanto hay enantiomeros )isomeros pticos,.

Alanina

Acido Asprtico

Arginina

Aminocidos estndar.

Hay veinte aminocidos, denominados aminocidos estndar, que prcticamente se encuentran en todas las protenas.

Aminocidos estndar.
Los aminocidos estndar difieren unos de otros en la estructura de las cadenas laterales enlazadas a los tomos de carbono .

TIPOS D P!OT INAS

2roteinas simples. solo estn compuestas de aminocidos -omposicin: -3 4&5" .3%65" *3785" +395" :365. !;plo. <luten. /nalisis de =;eldhal. 2 3 *p)7&&>78, 2roteinas con;ugadas. !;. hemoglobina

-onfiguracin:
+ay dos tipos L y ? La mayoria de los aminoacidos con acti idad biolgica son los del tipo @LA )forman parte de las protenas,. !xisten algunos casos de // del tipo @?A con acti idad biolgica" los cuales se han encontrado en ertebrados superiores" in ertebrados y bacterias.

"ig#ra$ Imgenes espec#lares de la alanina

COMPORTAMIENTO ANFTERO DE LOS AMINOACIDOS El comportamiento anftero se refiere a que, en disolucin acuosa, los aminocidos son capaces de ionizarse, dependiendo del pH: como un cido (cuando el pH es bsico), como una base (cuando el pH es cido) o como un cido y una base a la vez (cuando el pH es neutro). En este ltimo caso adoptan un estado dipolar inico conocido como z itterin. El pH en el cual un aminocido tiende a adoptar una forma dipolar neutra (i!ual nmero de car!as positivas que ne!ativas) se denomina "unto #soel$ctrico. %a solubilidad en a!ua de un aminocido es m&nima en su punto isoel$ctrico.

Clasi%icaci&n de AA
!xisten muchas formas de clasificar los aminocidos.
:egBn las propiedades de su cadena. )caractersticas #umicas, :egBn su obtencin.

:!<C* L/ -/?!*/
*eutros polares" polares o hidrfilos : :erina ):er":," 'reonina )'hr"'," -istena )-ys"-," /sparagina )/sn"*," <lutamina )<ln"D, y 'irosina )'yr"E,. *eutros no polares" apolares o hidrfobos: <licina )<ly"<," /lanina )/la"/," Falina )Fal"F," Leucina )Leu"L," Gsoleucina )Gle"G," Hetionina )Het"H," 2rolina )2ro"2," 0enilalanina )2he"0, y 'riptfano )'rp"I,. -on carga negati a" o cidos: Jcido asprtico )/sp"?, y Jcido glutmico )<lu"!,. -on carga positi a" o bsicos: Lisina )Lys"=," /rginina )/rg"R, e +istidina )+is"+,. /romticos: 0enilalanina )2he"0," 'irosina )'yr"E, y 'riptofano )'rp"I, )ya incluidos en los grupos neutros polares y neutros no polares,.

CLASI"ICACI'N D LOS AMINOCIDOS.

/LG0J'G-.:

*. 2.L/R!: /R.HJ'G-.: 2.L/R!: :G* -/R</ aa 2.L/R!: -.* -/R</ -.* * KJ:G-. -.* <RU2.: J-G?.:

NO POLA! S ALI"TICOS
O (2N C( ( C O( (2N C( C() O C O( (2N C( C( C() O O( C O( O C C() O(

GLICINA Gli
O (2N C( C(2 C( C() C() C O(

ALANINA Ala

VALINA Val

O (2N C( C( C(2 C() C C() (N

LEUCINA Leu

ISOLEUCINA Ile

PROLINA Pro

*. 2.L/R!: /R.HJ'G-.:
O (2N C( C(2 C O( O (2N C( C(2 C O( (2N C( C(2 O C O(

(N

FENILALANINA Phe

O(

TIROSINA Tyr

TRIPTOFANO Trp

2.L/R!: :G* -/R</

O (2N C( C(2 O( C O( (2N C( C( O C O( O( (2N C( C(2 S( O C O(

SERINA Ser
O

C()

TREONINA Tre
O

CISTENA Cys
O

(2N

C( C(2 C(2 S C()

O(

(2N

C( C(2 C(2

O(

(2N

C( C(2 C

O(

METIONINA Me!

C N(2

GLUTAMINA Gl

N(2

ASPARRAGINA As

-on carga
%$SICOS &O CARGADOS '(
O (2N C( C(2 C(2 C(2 C(2 N(2 C O( (2N C( C(2 C(2 C(2 N( C N(2 N( N N( O C O( (2N C( C(2 O C O(

$CIDOS &O CARGADOS )(

O (2N C( C(2 C O( O C O( (2N C( C(2 C(2 C O( O O C O(

#ISTIDINA #ys

ACIDO GLUT$MICO Glu

LISINA Lis

$CIDO ASP$RTICO Asp

ARGININA Ar"

Seg*n s# o+tenci&n
/ los aminocidos #ue necesitan ser ingeridos por el cuerpo para obtenerlos se les llama esenciales. 2ara humanos" los aminocidos esenciales son: 7. Falina )Fal, %. Leucina )Leu, 6. 'reonina )'hr, L. Lisina )Lys, 4. 'riptfano )'rp, 8. +istidina )+is, 9. 0enilalanina )2he, M. Gsoleucina )Gle, N. Hetionina )Het, 7&./rginina )/rg, )Re#uerida en niOos y tal eP ancianos,

Aminocidos no proteicos
:on deri ados de otros aminocidos" es decir" se incorporan a la protena como uno de los aminocidos proteicos y" despu$s de haber sido formada la protena" se modifican #umicamenteQ por e;emplo" la hidroxiprolina.

Propiedades
Jcido(bsicas. -ual#uier aminocido puede comportarse como cido y como base") sustancias anfteras, -uando una mol$cula presenta carga neta cero est en su punto isoel$ctrico. :e comportan como sustancias tampn. Rpticas. 'odos los aminocidos excepto la glicina" tienen el carbono alfa asim$trico lo #ue les confiere acti idad ptica. Dumicas. Las #ue afectan al grupo carboxilo )descarboxilacin,. Las #ue afectan al grupo amino )desaminacin,. Las #ue afectan al grupo R.

P!OPI DAD S IONICAS

!n medio acido" los aminocidos estn totalmente protonados y tienen carga positi a )forma catinica,. :olucin casi neutra" los aminocidos existen como iones dipolares. estos iones tambi$n se conocen como ,-itteriones. 2ara p+ altos" los aminocidos se cargan negati amente )forma aninica, por#ue los iones hidrxido sacan los +S de las mol$culas.

-ur as de titulacin
2ara un aminocido mono amnico y mono carboxilo

PI . /p01 2 2342

C#r5a de 5aloraci&n de la glicina

El pH controla la carga de la glicina cati!nica por deba"o de pH # $.%& ani!nica por encima de pH # '.( y z)itteri!nica entre pH # $.% y '.(. El pH isoel*ctrico es (.+. El punto isoel*ctrico es el pH al que el aminocido se encuentra en equilibrio entre las dos formas, como el z)itteri!n dipolar con una carga neta de cero.

!;emplo" la alina:
a p+ 7: carboxilo como (-..+ y amino como (*+6S. !l aminocido tiene carga positi a neta. / p+ 9" el carboxilo se disocia )(-..(, y el amino sigue protonado )(*+6S,Q )PTitterion,. / p+ 76" el carboxilo sigue disociado )(-..(, y el amino pierde el protn ) (*+%,Q el aminocido #ueda con una carga negati a.

p=a
!s una forma simplificada de obser ar la constante de e#uilibrio = La ecuacin de +enderson(+asselbach rige la disociacin de cual#uier cido o base d$bil a un p+ determinado. La ecuacin implica el uso de las concentraciones de e#uilibrio del cido y su base con;ugada. 2ara el clculo del p+ en soluciones buffer.

?onde"

+/

+ S/
S

=a 3 U +SVU/(V U+/V

p+ 3 (log U +SV

2unto isoelectrico
p+ en el cual un aminocido tiende a adoptar una forma dipolar neutra. La sol#+ilidad en ag#a de #n aminocido es m6nima en su punto isoel$ctrico.

2R.2G!?/?!: DUWHG-/:
"ormaci&n de enlaces P PT7DICOS$

%9

P!OPI DAD S 8UIMICAS a, Reacciones del grupo amino. b, Reacciones del grupo carboxilo. c, Reacciones del grupo R

a3 !eacciones del gr#po amino

La ninhidrina reacciona con el grupo amino" lo oxida y libera amonio el cual se condensa con la ninhidrina reducida" y con otra mol$cula de ninhidrina libre" para producir un producto pBrpura.

Reaccin de la ninhidrina
!s una de la reacciones ms importantes" la cual se ha utiliPado durante muchos aOos para detectar y cuantificar a.a. en cantidades del orden del microgramo. La ninhidrina descarboxila por oxidacin los (a.a. a -.% y un aldehdo" formndose un comple;o de color aPul( p*rp#ra )l : 49& nm,. Los a.a. como la" prolina e hidroxiprolina" producen un color amarillo con ninhidrina.

Otras reacciones
2rolina e hidroxiprolina" producen color amarillo con ninhidrina. R!/--G.* -.* ?G*G'R.0LU.R.K!*-!*.. Principal aplicaci&n: determinacin del residuo *(terminal de cadenas peptidicas. !l comple;o formado es el dinitrofenil )?*2, de color amarillo. R!/--G.* -.* 0!*GLG:.'G.-G/*/'.. Reaccin de !dman. -on cloruro de dansilo. Aplicaci&n principal: determinar la secuencia de cadenas peptdicas desde el extremo *(terminal.

+3 !eacciones del gr#po COO9

-on bromohidruro de litio. R!/--G.*!: ?!L <RU2. R. Reacciones especficas: Reaccin de Hillon.)mercurio en acido ntrico fumante, 'irosina( rosado Reaccin de :ulli an.)cianuro sdico al 45,. -isteina( ro;o Reaccin de 0olin.)7"%(nafto#uinon(L(sulfonato sdico al &"%5" hidrxido sdico al 7&5,. Hetionina. ro;o

!stereoismerismo de aminoacidos
Gsmeros: dos o mas compuestos #ue tienen el mismo numero" clase de tomos y 2H. Gsomera estructural. !stereoisomera. Gsmeros geom$tricos. -is( trans. !nantiomeros. Gsmeros pticos. L. ?

!nantiomeros
Los aminocidos #ue tienen un centro asim$trico en el carbono alfa pueden existir en dos formas" )? y L," las cuales son imgenes al espe;o una de la otra. Las dos formas enantimeras tienen las mismas propiedades fsicas excepto la interaccin con la luP polariPada en un plano: un ismero des a el plano de polariPacin hacia la derecha" mientras el otro ismero lo des a en la direccin contraria. La mePcla en cantidades e#uimolares de cada enantimero en una solucin se denomina mePcla rac$mica y es pticamente inacti a. Las dos formas en cada par son denominadas estereoismeros" ismeros pticos o enantimeros. 'odos los aminocidos #ue se encuentran en las protenas son de configuracin L. *o obstante los aminocidos de configuracin ? son encontrados en algunos antibiticos y en paredes de c$lulas bacterianas.

P!OPI DAD S OPTICAS

-romforo. Hol$cula capaP de absorber luP a cierta longitud de onda

Los aromticos absorben a %M& nm Los dems a %%& nm

S PA!ACION D AMINOACIDOS
Los a.a. son liberados de las protenas mediante una hidrlisis. Un hidroliPado proteico" obtenido por coccin con +-l 8*" presenta una mePcla de a.a.

'$cnica de -romatografa: !n todas las separaciones cromatogrficas" las mol$culas son separadas dentro de una fase estacionaria y una m il. ?ependi$ndo del tipo de fase estacionaria podemos distinguir: cromatografa en papel" cromatografa en capa fina" o cromatografa en columna" en gases" +2L-" etc. La separacin depende de la tendencia relati a de las mol$culas en la mePcla de asociarse con ms fuerPa a una o a otra fase.

Cromatogra%6a en papel
Las muestras se aplican en un punto marcado aprox. / 4 cm del extremo de una tira de papel filtro" y $sta se suspende en un recipiente sellado #ue contiene el sol ente cromatogrfico )para a.a. son mePclas de agua" alcoholes y cidos o bases" constituyendo la fase m il,. La fase mo il asciende por capilaridad. -uando ha a anPado hasta el otro extremo" la tira se seca y se trata para permitir la isualiPacin de las mol$culas de inter$s )e;.: para a.a. se trata con ninhidrina al &.45 en acetona" seguida de calentamiento de N&(7&&X - durante unos minutos,.

Cromatogra%6a en papel
La relacin entre la distancia recorrida por un a.a. con la distancia #ue ia;a el sol ente" medidas ambas desde el sitio marcado para la aplicacin de la mePcla de a.a." se asigna como alor Rf )mo ilidad relati a con el sustrato, de ese a.a. La mo ilidad puede expresarse en relacin a la de un estandar

Rf:

La relacin entre las distancias recorridas por incompuesto dado y el frente de la fase m il" desde el origen del cromatograma se conoce como !% )rate factor," y tiene un alor constante para cada sustancia en unas condiciones cromatogrficas dadas )temperatura" composicin de fase m il" tamaOo de la cubeta...etc,. !l clculo del Rf se realiPa segBn:

0undamento
Los a.a. con grandes cadenas laterales no polares )Leu" Gleu" 0en" 'rip" Fal" Het" 'ir, migran ms #ue #ue a#uellos con cadenas laterales mas cortas no polares )2ro" /la" <li, o con cadenas laterales polares )'hr" <lu" :er" /rg" /sp" +is" Lis" -is,. !sto refle;a la mayor solubilidad relati a de las mol$culas polares en la fase estacionaria hidroflica" y de las mol$culas no polares en sol entes orgnicos.

Cromatogra%6a en capa %ina .!s muy similar a la cromatografa en papel" pero se utiliPa como fase estacionaria unos soportes adsorbentes como celulosa pul eriPada o gel de slica" incorporados en capa fina sobre una placa de idrio. La cromatografa en capa fina de adsorcin se aplica a sustancias apolares" como lpidos" no as a a.a. ni la mayora de los p$ptidos.

Cromatogra%6a en capa %ina

Cromatogra%6a de intercam+io i&nico

La columna cromatogrfica consiste en un tubo largo relleno de partculas de una resina sint$tica" #ue contiene grupos cargados fi;osQ las #ue contienen grupos aninicos se denominan resinas de intercambio catinico )e;.: resina con grupos :.6(, y las #ue contienen grupos catinicos" resinas de intercambio aninico. La afinidad de cada a.a. por la resina est afectada por el p+ )#ue determinar el estado de ioniPacin de la mol$cula, y la concentracin de iones salinos" #ue pueda competir con la resina por asociacin con el a.a. :e puede" por lo tanto" conseguir la separacin ptima de los a.a. mediante un cambio gradual del p+ o de la concentracin salina de la solucin #ue se pase a tra $s de la columna" de manera #ue se cree un gradiente de p+ o de sal. Una me;ora moderna de $sta y otras t$cnicas cromatogrficas se denomina cromatografa l#uida de alta resolucin )+2L-,.

0undamento de !lectroforesis
-uando una mePcla de mol$culas ioniPadas y con carga neta son colocadas en un campo el$ctrico" estas experimentan una fuerPa de atraccin hacia el polo #ue posee carga opuesta" de;ando transcurrir cierto tiempo las mol$culas cargadas positi amente se desplaParan hacia el ctodo )el polo negati o, y a#uellas cargadas positi amente se desplaParan hacia el nodo )el polo positi o,.

Separaci&n electro%or:tica.
,epresentaci!n simplificada de la separaci!n electrofor*tica de la alanina, lisina y cido asprtico a pH # (. La lisina cati!nica es atrada -acia el ctodo, el cido asprtico ani!nico es atrado -acia el nodo y la alanina se encuentra en su punto isoel*ctrico, por lo que no se mueve

!lectroforesis ertical

Determinaci&n de la composici&n de los aminocidos.

En el analizador de aminocidos, el -idrolizado pasa a trav*s de una columna de intercambio i!nico. La soluci!n que emerge de la columna se trata con nin-idrina y su absorbancia se registra en funci!n del tiempo. .ada aminocido se identifica por el tiempo de retenci!n necesario para pasar a trav*s de la columna.