Ligao Gnica, Crossing-Over e

Mapeamento Cromossmico
Introduo
Ligao Fatorial ou Gnica: Diz respeito
existncia de dois ou mais genes localizados no
mesmo cromossomo.
O fenmeno foi descoberto em 1906 por Bateson e
Punnett, que verificaram a falta de independncia
de dois genes segregando em ervilhas.
Quando os genes esto muito prximos, no mesmo
cromossomo, diz-se que ocorre ligao completa;
quando esto suficientemente separados diz-se que
ocorre ligao incompleta ou parcial
Deteco do Fenmeno de
Ligao
Como detectar o fenmeno de ligao entre
dois genes (ou locos)?
Teste do Qui-Quadrado (
2
):
Ho: Genes com segregao independente (no-
ligados) vs Ha: Genes com segregao no-
independente (ligados)
Teste Qui-Quadrado
Exemplo 1:
Mendel (1866): Ervilhas (Pisum sp)
Carter cor dos cotildones: Padro amarelo (V-)
dominante sobre padro verde (vv)
Carter aspecto da casca da semente: Padro de casca
lisa (R-) dominante sobre tipo rugoso (rr)
Cruzamento:
P: (Amarelo, Lisa) x (Verde, Rugosa)
F1: (Amarelo, Lisa)
F2: 315 Amarelos, lisas
101 Amarelos, rugosas
108 Verdes, lisas
32 Verdes, Rugosas
Teste Qui-Quadrado
Exemplo 2:
Bateson e Punnett (1906): Ervilha-doce (Lathyrus
odoratus)
Carter cor da flor: Padro Prpura (A-) dominante
sobre padro vermelho (aa)
Carter forma do gro de plen: Padro alongado (B-)
dominante sobre tipo redondo (bb)
Cruzamento:
P: (Prpura, longo) x (Vermelha, redondo)
F1: (Prpura, longo)
F2: 296 Prpura, longo
19 Prpura, redondo
27 Vermelha, longo
85 Vermelha, redondo

Teste Qui-Quadrado
Classe
Fenotpica
Exemplo 1 Exemplo 2
Obs. Esp. Obs. Esp.
A-B- (V-R-) 315 312,75 296 240,1875
A-bb (V-rr) 101 104,25 19 80,0625
aaB- (vvR-) 108 104,25 27 80,0625
aabb (vvrr) 32 34,75 85 26,6875
Total 556 427

2
0,4700 222,1221
Prob. (%) 92,54 0,00
Diagnstico No-ligado Ligado
Concluses:
Para genes independentes, a freqncia de
indivduos com determinado gentipo para
mais de um loco dada pelo produto da
freqncia dos gentipos de cada um dos locos
(2 Lei de Mendel).
Se dois genes no seguem a lei da
independncia, ento eles esto ligados.
Plantas F
1
, duplo-heterozigotas, no produzem
os quatro tipos de gametas em frequncias de
cada quando os genes esto ligados.

Crossing-Over e Recombinao
Crossing-over ou Permuta: Troca de segmentos
cromossmicos entre cromtides de cromossomos
homlogos.
Ocorrncia: Durante o paquteno. Portanto, na fase
de ttrades, ps-replicao, na meiose I.
O fenmeno do crossing-over foi sugerido por
Morgan (1911) e confirmado citogeneticamente
em 1931 por dois trabalhos (Stern; Creigthon e
McClintock).
Recombinao o resultado da permutao,
quando o rearranjo produz gametas diferentes dos
parentais (ou gametas recombinantes).
Permuta ocorre a nvel de cromtides.
Recombinao se d em nvel de cromossomos.


Gametas Parentais e Recombinantes
Cromossomos em que no h recombinao produzem
apenas gametas paternais. Cromossomos em que a
recombinao ocorre so produzidos tanto gametas
parentais quanto no parentais (recombinantes).


Fases de Ligao entre Dois
Genes
Para dois genes ligados h diferena no
arranjo de ambos nos indivduos duplo-
heterozigotos:
Fase de aproximao ou acoplamento (ou cis):
Condio em que os alelos dominantes esto
em um mesmo cromossomo e, no seu
homlogo, os dois alelos recessivos.
Fase de repulso (ou trans): Condio na qual o
alelo dominante de um gene e o alelo recessivo
do outro gene esto em um mesmo
cromossomo e vice-versa no homlogo.
Porcentagem de Recombinao e
de Quiasmas e Distncia entre
Genes
Aps determinar se dois genes esto ligados
ou no e constatada a ligao entre eles,
fundamental no estudo da ligao fatorial a
quantificao da distncia entre os genes.

Como quantificar a distncia entre dois
genes?
Porcentagem de Recombinao e
de Quiasmas e Distncia entre
Genes
Pressuposies:
Permutas Simples
No ocorrncia de permutas (ou quiasmas):
todos os gametas sero do tipo parental
Ocorrncia de permutas: gametas parentais e
gametas recombinantes
Considere, como exemplo, quatro ttrades em
quatro diferentes clulas e que cada clula d
origem a quatro tipos de gametas. Assim:
Porcentagem de Recombinao e
de Quiasmas e Distncia entre
Genes
Ttrade Gameta
% Quiasma % Recomb.
1 2 3 4 P R
x x x x 8 8 100 50
x x x - 10 6 75 37,5
x x - - 12 4 50 25
x - - - 14 2 25 12,5
- - - - 16 0 0 0
Concluses:
% Quiasma = 2 (% Recombinao)
Porcentagem mxima de recombinao = 50 %
(desde que haja quiasmas em 100% das
ttrades)
A porcentagem de recombinao tambm
funo da distncia entre os genes. Portanto,
quanto maior a distncia entre dois genes,
maior ser a probabilidade de ocorrer um
quiasma entre eles e, conseqentemente, maior
ser a % de recombinao
Assim, admite-se que: Distncia entre dois
genes = % Recombinao entre dois genes

Ligao Completa
Quando no ocorre crossing-over entre dois genes
Apenas gametas parentais so formados:
Exemplo: Considere os genes A/a e B/b completamente
ligados. A proporo gamtica do duplo-heterozigoto
em fase de aproximao ser de AB e de ab
A distncia entre genes com ligao completa
zero (0 % de recombinao).
Em alguns casos a no ocorrncia de
recombinantes pode ser conseqncia do tamanho
amostral insuficiente.
Ligao Incompleta
Quando ocorre crossing-over entre dois genes.
A % de quiasmas ser maior que zero ou menor ou igual
a 1.
Se em todas as clulas ocorrerem permuta (100% de
quiasmas), o resultado ser semelhante ao esperado
quando dois genes so independentes:
Exemplo: Considere os genes A/a e B/b. A proporo gamtica
do duplo-heterozigoto em fase de aproximao ser de AB e
ab (parentais); Ab e aB (recombinantes).
Quando a freqncia de quiasmas maior que 0%
e menor que 100%:
Gametas parentais iro variar de a ; gametas
recombinantes 0 a .
Quadro: Probabilidades dos gametas produzidos por
duplo-heterozigoto em fase de aproximao
Frequncia de
Crossing-over
Probabilidades dos gametas
AB (P) Ab (R) aB (R) ab (P)
0 0 0
Maior que 0 e
menor que 1
Maior que
e menor que

Maior que 0
e menor que

Maior que 0 e
menor que
Maior que
e menor
que
1
Estudo da Ligao Fatorial
(Gnica)
Introduo
Para dois genes ligados o objetivo estimar a
distncia relativa entre eles.
Isto feito ao se determinar a freqncia ou a
porcentagem de gametas recombinantes.
Ento: d = % gametas recombinantes.
Para se contar os gametas recombinantes
necessrio fazer uma amostragem dos gametas
produzidos por um indivduo duplo-heterozigoto
(F
1
).
Isto feito com base em cruzamentos controlados,
que produzem as chamadas populaes de
mapeamento.
Existem vrias populaes de mapeamento, mas
iremos estudar somente duas: Retrocruzamentos e
F
2
Estudo da Ligao Fatorial na
Descendncia de
Retrocruzamento
O retrocruzamento (backcross) aquele em que os
indivduos F
1
so cruzados com um dos genitores.
Se o retrocruzamento feito com o homozigoto
recessivo, chamado de cruzamento teste. A
ligao fatorial , portanto, detectada na prognie
do cruzamento entre um duplo heterozigoto e
outro em homozigose recessiva.
Estudo da Ligao Fatorial na
Descendncia de Retrocruzamento
Exemplo 1:
Drosophila melanogaster
2 caracteres
Comprimento da Asa: asas longas (s+)
dominante sobre asas vestigiais (s)
Cor do Corpo: cor cinza (b+) dominante sobre
cor preta (b)

Estudo da Ligao Fatorial na
Descendncia de Retrocruzamento
Resultados do Cruzamento-Teste:
Fentipo Nmero Observado
Asas Longas, Corpo Cinza 537
Asas Longas, Corpo Preto 122
Asas Vestigiais, Corpo Cinza 112
Asas Vestigiais, Corpo Preto 529
Total 1300
Estudo da Ligao Fatorial na
Descendncia de Retrocruzamento
Constatao da evidncia de ligao
fatorial:
Teste Qui-Quadrado
H
0
: : : : (Independncia)
Teste
2
:
Fentipo Gentipo Obs. Esp.
Longo, Cinza s
+
s b
+
b 537 325
Longo, Preto s
+
s b b 122 325
Vestigial, Cinza s s b
+
b 112 325
Vestigial, Preto s s b b 529 325
Total 1300 1300

2
532,732
Prob. 1,46 %
Estudo da Ligao Fatorial na
Descendncia de Retrocruzamento
Determinao Fase de Ligao do F
1
:
As freq. nas classes fenotpicas refletem as freq. de
gametas produzidos pelo F
1
Gametas (Classes) de Maior Freqncia: Parentais
Se forem do tipo (s
+
b
+
) e (sb): Fase de Aproximao
Se forem do tipo (s
+
b) e (sb
+
): Fase de Repulso
Gametas (Classes) de Menor Freqncia:
Recombinantes
Estudo da Ligao Fatorial na
Descendncia de Retrocruzamento
Determinao da distncia entre os genes:
Estimada por meio da freqncia de
recombinao entre os locos: Freqncia de
Gametas Recombinantes
d = [(Gametas Recombinantes)/ Total]*100

Estudo da Ligao Fatorial na
Descendncia F
2
Muitas vezes a existncia de ligao fatorial
avaliada com dados resultantes de uma gerao F
2
.
Na gerao F
2
no possvel contar diretamente
os gametas.
Como proceder ento para calcular a distncia
entre dois genes?
Com base nas propores esperadas nas classes
fenotpicas para genes ligados.
O mais usual utilizar o duplo-homozigoto
recessivo (aabb).
Estudo da Ligao Fatorial na
Descendncia F
2
Exemplo 2:
Bateson e Punnett (1906): Ervilha-doce
(Lathyrus odoratus)
Carter cor da flor: Padro Prpura (A-)
dominante sobre padro vermelho (aa)
Carter forma do gro de plen: Padro
alongado (B-) dominante sobre tipo redondo
(bb)
Estudo da Ligao Fatorial na
Descendncia F
2
Resultados da F
2
:

Fentipo

Obs.:
Prpura, longo 296
Prpura, redondo 19
Vermelha, longo 27
Vermelha, redondo 85
Total 427
Estudo da Ligao Fatorial na
Descendncia F
2
Constatao da evidncia de ligao fatorial
Teste Qui-Quadrado
H
0
: 9/16: 3/16: 3/16:1/16 (Independncia)

Teste
2
:

Fentipo Gentipo Obs. Esp.
Prpura, Longo A-B- 296 240,1875
Prpura, Redondo A-bb 19 80,0625
Vermelho, Longo aaB- 27 80,0625
Vermelho,
Redondo
aabb 85 26,6875
Total - 427 427

2
222,1221
Prob. 0,00
Estudo da Ligao Fatorial na
Descendncia F
2
Determinao da Fase de Ligao do F
1
:
Frequncia do Homozigoto Recessivo: f(aabb)
Configurao Cis: Maior que 1/16 (0,0625)
Configurao Trans: Menor que 1/16 (0,0625)

Estudo da Ligao Fatorial na
Descendncia F
2
Determinao da distncia entre os genes:
Estimada por meio da propores esperadas do
homozigoto recessivo, de acordo com a fase de
ligao:
d = 1 - 2 [ f (aabb) ]

(Cis)
d = 2 [ f (aabb) ]

(Trans)

Estudo da Ligao Fatorial na
Descendncia F
2
F
2
Obs. Freq. Esp. (Cis) Freq. Esp. (Trans)
A-B- 296 3/4-d/4(2-d) 2/4+d
2
/4
A-bb 19 d/4(2-d) 1/4+d
2
/4
aaB- 27 d/4(2-d) 1/4+d
2
/4
aabb 85 (1-d)
2
/4 d
2
/4
Total 427
Concluses
A estimao da distncia por meio da freqncia
dos homozigotos recessivos um mtodo
grosseiro.
Outros mtodos que levam em conta todas as
classes fenotpicas e com princpios estatsticos
mais avanados so preferveis, mas fogem do
escopo (propsito) da disciplina.
Uma alternativa utilizar a mdia ponderada das
freqncias obtidas das quatro classes fenotpicas.
Delineamentos Experimentais e
Populaes de Mapeamento
Populaes Endogmicas ou
Exogmicas;
Tamanho da Populao.
Testes de Segregao Individual e
Conjunta (Teste
2
);
Segregao Distorcida.

Tipos de marcadores e relao de
dominncia entre alelos;
Nmero de Marcadores.

Mxima Verossimilhana;
Determinao da Fase de Ligao.

Funo de Mapeamento (Haldane,
Kosambi, etc.)
LOD Escore mnimo;
Distncia mxima para ligao.
Algoritmos de Ordenamento (RCD,
etc.).
Quadrados Mnimos;
Mxima Verossimilhana.
Genotipagem por meio de
marcadores moleculares
Testes de Segregao
Estimao da Freqncia de
Recombinao (Pares de
Locos)
Ordenamento das Marcas
Estimao da Freqncia de
Recombinao (Anlise
Multilocos)

Formao dos Grupos de
Ligao
Viso Geral
do
Processo
de
Mapeamento
Gentico
Viso Simplificada do Mapeamento de Gentico
1. Realizao de Cruzamentos (Populaes de Mapeamento):
Populaes de Retrocruzamentos (Cruzamento Teste)
Populaes F2
2. Deteco do Fenmeno de Ligao
Segregao Individual
Segregao Conjunta
Teste do Qui-Quadrado
3. Identificao de Classes Parentais e Recombinantes
Determinao da Fase de Ligao do Duplo-Heterozigoto
Identificao do Gentipo das Linhagens Parentais
4. Clculo da Distncia entre os Genes/Locos
5. Obteno da Matriz de Distncias
6. Formao dos Grupos de Ligao e Ordenamento dos
Genes/Locos

Na matriz de distncias abaixo esto as porcentagens de
gametas recombinantes em relao a seis genes de uma
dada espcie. Analise e represente o mapa de ligao,
com a ordem correta dos genes em cada grupo.

B C D E F
A 50 50 01 50 50
B 31 50 15 50
C 50 16 20
D 50 50
E 36
Formao dos Grupos de Ligao e Ordenamento
de Genes