cidos Nuclicos

cidos nucleicos: Introduccin

Bases, nuclesidos y nucletidos

 Objetivos

Conocer las caractersticas qumicas de

los cidos nuclicos.
Reconocer la importancia de estas
molculas en el control del metabolismo
en los seres vivos.
Conocer las estructuras del ADN y ARN.
F. Miescher (1865)

Estudia la composicin qumica del pus:

encuentra una fraccin precipitable por cido
diludo que denomina Nuclena.

Encuentra un material parecido a la nuclena

en la esperma de salmn, y lo fracciona en
una componente proteico (protamina) y un
componente que contiene P, de carcter
cido, que Altmann denomina cido
nucleico.
 Estudios posteriores a Miescher demuestran la
existencia de dos tipos de cido nucleico: uno
abundante en la levadura, que recibe el nombre de
cido zimonucleico y otro, abundante en el timo,
llamado cido timonucleico.

Posteriormente se comprueba que en la composicin

del llamado zimonucleico entra la ribosa, y por eso
pasa a llamarse cido ribonucleico (RNA, ARN),
mientras que el timonucleico contiene desoxirribosa,
por lo que pasa a llamarse cido
desoxirribonucleico (DNA, ADN)
 Experimento de Avery (1944)

El neumococo tipo R (rough, rugoso) (colonias a la izda.) puede

ser transformado en neumococo tipo S (smooth, liso) (colonias
a la dcha.) por el DNA del neumococo S. Esta transformacin
se transmite a la descendencia.
 La hidrlisis qumica completa de un cido nucleico da
lugar a una mezcla de:

A. Una base nitrogenada heterocclica, purina o pirimidina

B. Una pentosa, ribosa o desoxirribosa

C. Fosfato

La hidrlisis enzimtica completa de un cido nucleico da

lugar a una mezcla de nucletidos

Los cidos nucleicos son polmeros (de altsimo peso

molecular) cuyos monmeros son los nucletidos.
DNA de Escherichia coli

Una sola molcula

circular cuya
circunferencia mide
1 mm

Tiene un peso
molecular de
aproximadamente
109
 NH2
N
O N
-
O P O CH2 N
O N
O- H H
H
OH OH

Pentosa Base

Fosfato Nuclesido

Nucletido
 NH2 Polinucletido
N
N
O P O CH2 N
O N
-
O NH2
N
O N
OH
O P O CH2 N
O N
-
O NH2
N
O N
OH
Enlace O P O CH2 N
fosfodister O N
-
O
Enlace
-glicosdico
O OH
 Purinas Pirimidinas
6 7 4
5
1 N 3
N 5
N 8
2 2 6
4 NH
N N
3 9 1
 NH2
N
N

N NH
Adenina: 6-amino purina

O
N
HN

H 2N N NH

Guanina: 2-amino 6-oxo purina

 NH2
Citosina:
2-oxo 4-amino
N pirimidina

O N
O
Uracilo:
2,4-dioxo
HN pirimidina

O N
O
Timina:
CH3 2,4-dioxo
HN 5-metil
pirimidina
O N
 Nuclesidos, 1

Unin de una base a una pentosa a

travs de un enlace de tipo -N-
H 2N
glicosdico: Enlace H 2N
N N -N-glicosdico
N N

HOCH2 N N
O HOCH2 N N
O

OH OH
OH H

Adenosina Desoxiadenosina
(pentosa es ribosa) (pentosa es desoxirribosa)

Purinas: enlace entre carbono anomrico (1) y N9 de la base

Nuclesidos, 2

NH2 NH2
N N
O O
HOCH2 N
O HOCH2 N
O

OH OH
OH H

Citidina Desoxicitidina

Pirimidinas: enlace entre carbono anomrico (1) y N1 de la base

 Numeracin Nomenclatura

H2 N
6 Base Nuclesido
7N N1
5 Adenina Adenosina
5' 8 4 2 Guanina Guanosina
HOCH2 N9 N
O 3 Citosina Citidina
4' 3' 2' 1' Uracilo Uridina
Timina Timidina

OH OH
Numeracin de tomos en los nuclesidos

Uridina
5
1
4

3 2
 Conformacin de nuclesidos

Adenosina (anti-) Adenosina (syn-)

 Antibiticos nucleosdicos

NH2
Puromicina
N
N Antibitico inhibidor
de la sntesis de
O N protenas
N
NH2
N
N
HOCH2 OH
HOCH2 O N
N
Cordicepina
Medicamento contra el cncer;
es un tipo de antibitico antitumoral.

NH OH
H3 C O CH2 CH C O
NH2
Antivirales

Citosin arabinsido
(Vidarabin)
Activo contra herpes y varicela
 Antirretrovirales, ej. VIH

O
O
CH3
HN CH3
HN
HOCH2 O N
O HOCH2 O N
O

C C
N3

AZT, Zidovudina D4T, Estavudina

 Nucletidos
(ribonucletidos)

5-nucletido 3-nucletido 2-nucletido

(5-CMP) (3-CMP) (2-CMP)
Nucletidos (desoxirribonucletidos)

5-dTMP 3-dCMP
Nucletidos cclicos

3,5 Adenosin monofosfato cclico, cAMP

Mensajeros Qumicos, cAMP y cGMP

Adenosn monofosfato cclico (AMPc, cAMP, AMP

cclico o adenosn monofosfato-3',5' cclico) es un
nucletido que funciona como segundo mensajero en
varios procesos biolgicos. Es un derivado del
adenosn trifosfato (ATP), y se produce mediante la accin
de la enzima adenilato ciclasa a partir del
adenosn trifosfato.
El AMPc es un segundo mensajero, empleado en las
rutas de transduccin de la seal en las clulas como
respuesta a un estmulo externo o interno, como puede
ser una hormona como el glucagn o la adrenalina, o una
respuesta de regulacin postraduccional.
cGMP

El guanosn monofosfato cclico,

GMPc o GMP cclico es derivado
cclico del nucletido trifosfato GTP,
generado por mediacin de la enzima
guanilato ciclasa tambin conocida
como guanililciclasa e implicado como
segundo mensajero en las rutas de
transduccin de la seal celulares.
 5-Adenosina
monofosfato, AMP

5-Adenosina
difosfato, ADP

5-Adenosina
trifosfato, ATP

Nuclesido polifosfatos
ATP

El trifosfato de adenosina (adenosn trifosfato, del

ingls Adenosine TriPhosphate) es un nucletido
fundamental en la obtencin de energa celular.

Est formado por una base nitrogenada (adenina) unida

al carbono 1 de un azcar de tipo pentosa, la ribosa, que
en su carbono 5 tiene enlazados tres grupos fosfato.

Se produce durante la fotorrespiracin y la

respiracin celular, y es consumido por muchas enzimas
en la catlisis de numerosos procesos qumicos. Su
frmula molecular es C10H16N5O13P3.
ADP

El adenosn difosfato (ADP) es un nucletido difosfato,

es decir, un compuesto qumico formado por un
nuclesido y dos radicales fosfato unidos entre s. En este
caso el nuclesido lo componen una base prica, la
adenina, y un azcar del tipo pentosa que es la ribosa.
Se produce ADP cuando hay alguna descarboxilacin en
algunos de los compuestos de la gluclisis en el
ciclo de Krebs.
El ADP es almacenado en los densos grnulos de las
plaquetas, y es movilizado por la activacin plaquetaria.
Transportadores de electrones: NAD+, FMN, FAD

El dinucletido de nicotinamida y
NAD+ adenina, ms conocido como
nicotinamida adenina dinucletido
(abreviado NAD+ en su forma oxidada
y NADH en su forma reducida), es una
coenzima encontrada en clulas vivas
y compuesta por un dinucletido, ya
que est formada por dos nucletidos
unidos a travs de sus grupos fosfatos,
siendo uno de ellos una base de
adenina y el otro de nicotinamida. Su
funcin principal es el intercambio de
electrones e hidrogeniones en la
produccin de energa de todas las
clulas.
Transportadores de electrones: NAD+, FMN, FAD

FMN

El flavin mononucletido (FMN), o

riboflavina-5'-fosfato, es un derivado
de la riboflavina (vitamina B2) que
acta como coenzima de diversas
oxidoreductasas.
Transportadores de electrones: NAD+, FMN, FAD

FAD El flavn adenn dinucletido o

dinucletido de flavina-adenina
(abreviado FAD en su forma oxidada
y FADH2 en su forma reducida) es
una coenzima que interviene en las
reacciones metablicas de
oxidacin-reduccin.
es una coenzima que interviene
como dador o aceptor de electrones
y protones (poder reductor) en
reacciones metablicas redox
Propiedades de los nucletidos

1. Carcter cido debido al fosfato

2. Solubilidad incrementada respecto al nuclesido

3. Misma reactividad que bases y nuclesidos

 ATP como
donador de energa
Polinucletidos
 Enlace Fosfodiester

Un enlace fosfodister es un tipo de

enlace covalente que se produce entre
un grupo hidroxilo en el carbono 3' y un
grupo fosfato en el carbono 5' del
nucletido entrante, formndose as un
doble enlace ster.
Extremo 5

Enlace Polinucletido
fosfodister

Extremo 3
Formas de representacin de polinucletidos

5- CpApTpTpGpCpGpGpApApTpGpCpCp -3

5-CATTGCGGAATGCC-3
3-GTAACGCCTTACGG-5
 3

Polinucletido
en doble hlice

5
3
DNA y RNA
Composicin en bases del DNA en algunas especies

A G C T

Hombre, H.sapiens 0.290.180.180.31

Bovino, Bos taurus 0.260.240.230.27

Levadura, S.cerevisiae 0.300.180.150.29

Mycobacterium sp. 0.120.280.260.11

 Cristalografa de rayos X del DNA
Estudiada por: L.Pauling (Caltech),
M.Wilkins y R.E.Franklin (Londres)
J.D.Watson y F.H.C.Crick (Cambridge)

Formas cristalinas:

DNA-A: baja hidratacin, peso molecular

relativamente bajo.

DNA-B: alta hidratacin, peso molecular

alto.

DNA-Z: Molcula de DNA de doble hebra con giro

hacia la izquierda. Se ha demostrado que existe en forma
transitoria y localizada junto al DNA en conformacin B.
Comparacin entre ADN-A,
ADN-B y ADN-Z
El DNA-A

1. Estructura helicoidal
2. Distancia entre pares de bases a 0,23 nm
3. Paso de hlice o vuelta completa a 2,53 nm
4. Dimetro de la hlice 2,55 nm
5. Sentido de giro de la hlice Dextrgiro.
6. Forma y tamao ms ancha y corta.
 El DNA-B

1. Estructura helicoidal
2. Distancia entre pares de bases a 3.4 nm
3. Paso de hlice o vuelta completa a 0.34 nm
4. R.E.Franklin sugiere que el eje
ribosa-fosfato est hacia fuera y
las bases hacia dentro. Igualmente
sugiere que se trata de una doble
hlice, y no triple

Con estos datos, Watson y Crick elaboraron su modelo en doble hlice

 Modelo de Watson - Crick, A

1. El DNA es una doble

hlice
3.4 nm plectonmica y
dextrgira,
con un paso de rosca de
3.4 nm
 Modelo de Watson-Crick, B

5
3

3 5

2. Cada una de las dos hlices es un polinucletido entrelazado con

el otro de manera que su polaridad es opuesta (es decir, corren en
sentido antiparalelo)
3. El eje ribosa-fosfato se sita
hacia el exterior de la doble hlice,
en contacto con el solvente
Modelo de Watson-Crick, C

4. Mientras que las bases

nitrogenadas (anillos planares) se
sitan, apiladas, hacia el interior
de la estructura, en un entorno
hidrofbico
 Modelo de Watson-Crick, D

0.34 nm

5. Las bases estn situadas en planos aproximadamente

perpendiculares al eje mayor de la doble hlice. La distancia
entre planos es de 0.34 nm
Modelo de Watson-Crick, E

6. Cada base interacciona

con su opuesta a travs de
enlaces de hidrgeno, y de
manera que:

(a) Adenina (A) slo puede

interaccionar con timina (T)
(y viceversa), a travs de dos
puentes de hidrgeno, y
(b) Guanina (G) slo
puede interaccionar con
citosina (C) (y viceversa),
a travs de tres puentes
de hidrgeno
Modelo de Watson-Crick, F
7. La base est situada
8. La desoxirribosa en posicin anti-
en forma furansica

5
1

2
3 9. El anillo furansico est
en conformacin endo-2
 Surco
estrecho
10. El eje de la doble hlice
no pasa por el centro geomtrico
del par de bases. Esto determina
que la hlice presente un surco
ancho y un surco estrecho
Surco
ancho

Modelo de Watson-Crick, G
 Geometra de la doble hlice (DNA-B)

Paso de rosca 3.4 nm

3.4
Distancia entre 0.34 nm
planos de bases
0.34
Pares de bases/vuelta 10

Anchura 2.4 nm

2.4
 DNA-A

1.Doble hlice plectonmica y dextr-

gira

2. Planos de bases oblicuos respecto

al eje de la doble hlica

3. Propio de RNAs en doble hlice, o

de hbridos DNA-RNA

4. Ms ancha y corta que DNA-B

 DNA-Z

1. Doble hlice plectonmica y levgira

2. Zonas de secuencia alternante -GCGC-

3. Conformacin de G es syn- en lugar de

anti-

4. Ms estrecha y larga que DNA-B

 Distintas formas del DNA

A B Z

Grosor 2.6 2.4 1.8

Giro Dextro Dextro Levo
Bases/vuelta 11 10.4 12
P.de rosca 2.5 3.4 4.5
Inclinacin 19 1 9
plano bases
 Tipos de ADN

ADN-A ADN-B ADN-Z

los surcos
son ms
parecidos
en anchura:
Ms surco Ms
mayor
corta estrecho y larga
profundo
el surco mayor
no existe, es muy
surco poco profundo
menor
19 ancho y
superficial
bases algo surco menor,
inclinadas: profundo y
9 estrecho

dextrgira levgira
 Superhlices de DNA

El DNA se presenta habitualmente en forma de superhlices,

cuando la doble hlice, a su vez, se enrolla sobre s misma. Esto
permite el empaquetamiento de la molcula en el interior de
la clula o del ncleo celular.
 DNA circular, con
superhlice negativa

DNA circular, relajado

Superhlices en plsmidos
(ADN extracromosmico)
 Niveles estructurales de los cidos nucleicos
Estructura primaria
Polmero lineal formado por la unin de numerosos nucletidos mediante enlaces
fosfodister. El orden de los nucletidos define la secuencia del cido nucleico.

Estructura secundaria
Formada por la disposicin relativa espacial de los nucletidos que se encuentran
prximos en la secuencia.

DNA estructura definida por la unin de las dos cadenas polinucletidicas

a travs de las bases nitrogenadas.

RNA presente en determinadas regiones de la clula

Estructuras de orden superior

Todas aquellas de orden superior a los niveles primario y secundario.

DNA resultantes del superenrollamiento y de la asociacin con protenas

bsicas para formar la cromatina.
RNA (especialmente tRNA) plegamiento tridimensional definido, similar a
la estructura terciaria de las protenas.
 Niveles estructurales de los cidos nucleicos
Estructura terciaria
Formada por la disposicin relativa espacial de los nucletidos que se encuentran
prximos en la secuencia.

DNA La estructura terciaria hace referencia al empaquetamiento que sufre la molcula

de ADN con protenas h La estructura terciaria hace referencia al empaquetamiento que
sufre la molcula de ADN con protenas histnicas para constituir la cromatina de las
clulas eucariotas. istnicas para constituir la cromatina de las clulas eucariotas.

Estructura cuaternaria
La estructura cuaternaria se da en las clulas eucariotas en divisin

DNA se empaqueta an ms hasta formar los cromosomas.

La estructura primaria.
Estructura
secundaria del
ADN fue
propuesta por
Watson y
Crick en 1953.
 La estructura
terciaria:
empaquetamient
o que sufre la
molcula de
ADN .
La estructura
cuaternaria: el
ADN se
empaqueta an
ms hasta
formar los
cromosomas.
5 -
O O
O
P
- H
O
O N N
H
2-OH en la pentosa
N
H 2C N N
O H

OH
-
O O
P H H
-
N
O
O
N
H2C
N O
O

-
O O OH
P O
-
O H
O N Uracilo en lugar de timina
H2C N O
O

-
O O OH H
H N
P
-
O N
O N

H2C N N
O

-
-
O
P
O OH
O
H
RNA
O N
O N
H
N
H2C N N
O H
3
O OH
Reactividad qumica:

El RNA, al tener el grupo 2-OH, es mucho ms

reactivo qumicamente que el DNA. En concreto,
puede ser completamente hidrolizado por lcali a
una mezcla de 2- y 3-nucletidos.

Estructura tridimensional

Las formas en doble hlice del RNA adoptan la

configuracin A (en lugar de la B, propia del DNA),
as como los hbridos DNA-RNA.
 DNA RNA

5
5
4 1 1
4
3 2
3 2

Anillo furansico en endo-2 Anillo furansico en endo-3

RNA como enzima

Algunos RNA son capaces

de catalizar reacciones qumicas
del mismo modo que las enzimas:
son las ribozimas

Participan en el procesado
del RNA transcrito primario
y en la formacin de enlace
peptdico en la sntesis de
protenas.

Ribozima
hammerhead
 Funciones y tipos de RNA, 1
Los distintos tipos de RNA permiten la expresin fenotpica
del DNA:

- Como mensaje gentico que determina la secuencia de amino-

cidos en la sntesis de protena: RNA mensajero o mRNA

- Como molcula que activa a los aminocidos para poder ser

incorporados en una nueva protena: RNA de transferencia o
tRNA

- Como elemento estructural bsico de las partculas encargadas

de llevar a cabo la sntesis proteica, los ribosomas: RNA ribosmico
o rRNA
 Funciones y tipos de RNA, 2

- Participa en el procesado del transcrito primario (HnRNA)

para dar lugar al RNA mensajero o mRNA, mediante los snRNA
(RNAs nucleares pequeos)

- Opera como enzima (ribozimas) en el procesado del HnRNA y en

la formacin de enlace peptdico en las protenas.

- Es el material gentico de algunos virus.

 -
O O
P O
- H
O N
O N
H
N
H2 C N N
O H

OH
-
O O
P H H
-
N
O
O

Unin del aminocido al H2C

N
N

O
C
extremo 3 del tRNA O

-
O O OH
H H
P N
-
O
O
C
N

H2C N O
O

-
O O OH H
H N
P
-
O
A
O N
N

H2C N N
O

H O OH
H3 N C C
R O
 Estructura tridimensional del tRNA

5
Extremo
Aceptor posee
la secuencia CCA,
cuyo grupo -OH terminal
sirve de lugar de unin
con el aminocido
Lazo TC
Lazo que acta como
variable lugar de reconocimiento
del ribosoma.

Lazo
anticodon
 3 Lazo anticodon

C
G
mRNA
A

U U

3
 Que se entiende por
codon y anticodon?
CODON
La informacin gentica, contenida en el ARNm, se
escribe a partir de cuatro letras, que corresponden a las
bases nitrogenadas del ARN (A, C, G y U), las cuales
van agrupadas de tres en tres. Cada grupo de tres se
llama codn y lo que hace es codificar un aminocido o
un smbolo de puntuacin (Comienzo, parada).

ANTICODON
En gentica, un anticodn es la secuencia de
nucletidos ubicada en el ARNt, complementaria al
codn ubicado en el ARNm
CDIGO GENTICO