UNIVERSIDAD AUTÓNOMA DE SINALOA

Facultad de Ciencias Químico-Biológicas

Posgrado en Biotecnología

DNA como material genético

1. Noción de gen
2. Estructura y organización del genoma nuclear
3. ADN repetitivo
4. Elementos genéticos móviles
5. Exones e intrones
6. Cromatina
7. Nucleosomas
8. Modificación química de histonas
9. Superenrollamiento

MC Abraham Cruz Febrero de 2013

 Conceptos básicos
• La información genética está alojada en
la secuencia lineal de nucleótidos que
constituyen el DNA.
• Cada molécula de DNA es una doble
hélice, formada por dos hebras
complementarias de nucleótidos,
unidos entre sí por puentes de
hidrógeno (G-C y A-T)
• El DNA contiene las instrucciones
necesarias para sintetizar todas las
proteínas de un organismo.

MC Abraham Cruz
 Conceptos básicos
• Genoma: Conjunto completo de
la información almacenada en el
DNA de un organismo

• Gen: Fragmento de la secuencia

del DNA que codifica para una
proteína o una molécula de RNA
(catalítica o estructural)

MC Abraham Cruz
MC Abraham Cruz
Figure 1.34 The central dogma states that
information in nucleic acid can be perpetuated or
transferred, but the transfer of information into protein
is irreversible.

DNA

Replication Reverse
'Transcription
transcription

,. Translation

MC Abraham Cruz
 Figure 1.29 The gene may be longer than the
sequence coding far protein.

v
@ad�

5'
' /;Trailer

3'
I
RNA

�
.•...•...•....•
N� � �� �
'
...•...•...•...•
� � e Protein

Protein defines coding region

Length of ANA defines region of gene

MC Abraham Cruz
Operón: grupo de genes que se transcriben desde un
mismo promotor en una larga molécula de mRNA, que
después se traduce en polipéptidos separados.
MC Abraham Cruz
Código genético

MC Abraham Cruz
 Sitios de inicio alternativos
Figure 2.25 Two proteins can be
generated from a single ÍFull-length protin
>
gene by starting (or terminating) - ,
expression at different points.

••••••••••••••••••••••••••
•••••••••••••••••••••
•••••
START Triplet codons

Alternative START
•••••••••••••••••• STOP

•••
MC Abraham Cruz
@11111111111111111111111111111111111111111111111111,11111111111lllllll111111111111111111
• Un gen procariótico es expresado mediante su
transcripción a ARNm y luego su traducción a
proteína.
• En eucariotas, un gen puede contener
regiones internas que no se traducen a
proteína.
– Dichas regiones son removidas del ARN (splicing)
para dar lugar al ARNm

MC Abraham Cruz
• Exon: Secuencia codificante
• Intron: Secuencia intercalada
no codificante

MC Abraham Cruz
Figure 2.1 O lnterrupted
genes are expressed vía a Exon 1 lntron 1 Exon 2 lntron 2 Exon 3
precursor RNA. lntrons are DNA
removed when the exons
are spliced together. The
mRNA has only the
sequences of the exons.

pre-mRNA

mRNA

J Protein synthesis

Protein ••••••••••••••••••••
•••••••••••
Length of precursor ANA (not mRNA) defines region of gene

Individual coding regions are separated in gene

MC Abraham Cruz
 Eliminación de intrones
• En el corte y empalme del RNA se eliminan del RNA recién
sintetizado las secuencias del intrón, y los exones son unidos
entre sí
• Cada intrón contiene secuencias cortas de nucleótidos que
actúan como señales para su eliminación
• Estas secuencias se encuentran en cada extremo del intrón y
son las mismas o similares en todos los intrones
 Espliceosomas
• El corte y empalme es llevado a cabo por
las snRNA (RNA nucleares pequeñas), se
unen con proteínas adicionales para formar
partículas de ribonucleoproteínas nucleares
pequeñas

• Estas snRNP forman el centro de los

espliceosomas, estos son a su vez un gran
ensamblado de moléculas de RNA y
proteínas que llevan a cabo el corte y
empalme en la célula
Espliceosoma recorta
el mRNA primario y
después reúne los
exones adyacentes
Corte y empalme del
RNA (splicing)

Un mRNA ya procesado y
listo para la traducción se
denomina mRNA maduro
 Regulación de la expresión génica

• Elementos en cis: promotores, intensificadores y

silenciadores
• Elementos en trans: factores de transcripción
– Generales: unión RNA polimerasa a promotor
– Específicos: controlan nivel de expresión y la especificidad
tisular y temporal
MC Abraham Cruz
MC Abraham Cruz
 Cromosomas de virus y bacterias
Ácido nucleico Tamaño del
Organismo Tipo Cadena Long (µm) organismo (µm)

Virus ɸX174 DNA Sencilla 2 0.025 x 0.025

TMV RNA Sencilla 3 0.3 x 0.02
Fago lambda DNA Doble 17 0.07 x 0.07
Fago T2 DNA Doble 52 0.07 x 0.1
Bacterias Hemophilus influenzae DNA Doble 832 1 x 0.3
Escherichia coli DNA Doble 1200 2 x 0.5

E. coli

MC Abraham Cruz
 Cromosomas eucariotas
• DNA + proteína = cromatina
– Heterocromatina  inactiva
– Eucromatina  expresión génica

• Cromosomas visibles durante

mitosis (metafase)
– Cromatina se condensa 10,000 veces

MC Abraham Cruz
• Telómeros  integridad estructural de cromosomas
– Protegen extremos de degradación
– Evitan que se fusionen con otros cromosomas
• Envejecimiento celular  acortamiento de telómeros
– Pierden ~100 pb en cada división celular
– Reloj biológico

MC Abraham Cruz
 Telomerase

ANA
template
.
.'
1--
� JI
(;�
DNA
\\:

Nucleotide

Table 6.3 Telomerase activity.

Cell type Telomere length Telomerase activity

Single-celled eukaryotes, e.g. Tetrahymena Maintained +

Human germline cells, e.g. sperm, oocytes (eggs) Maintained +
Human somatic cells:
Not rapidly dividing, e.g. fibroblast cells Progressively shorren -
(5�200 nt/division) *
Rapidly dividing, e.g. epidermis, bone marrow, Maintained +
gastrointestinal mucosa

Human malignant cancer cells (advanced tumors) Maintained +

* There may be low levels of transient, perioclic expression in 6broblasts.
MC Abraham Cruz
Actividad de telomerasa aumenta la duración de vida

MC Abraham Cruz
MC Abraham Cruz
 Nucleoproteínas

Histonas: Grupo altamente

conservado con función
principalmente estructural. Histonas en
Se han descrito 5 clases de color verde
histonas: H1, H2A,
H2B, H3 y H4

No histonas: Grupo
heterogéneo RNA polimerasa
dentro de ellas se en color gris
encuentran las enzimas y
proteínas reguladoras
 Nucleosoma = octámero de histonas +
1.7 vueltas de DNA
Spacer DNA
plus Hl histone
Histones{ H2A x 2 = 28 kD

O H2B x 2 = 28 kD

00 H3x2 =30kD

00 H4 x 2 = 22 kD
'
'' Total protein = 108
'' kD

�·�
��
' '
0 - 1------r-- Histone octamer plus

�� "*� : !/ - �
147 base pairs of DNA
: '.�
/

DNA

�
(2-nm diameter) (a) Nucleosomes
:::::: (6-nm x 11-nm flat disc)

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Aminoácidos (+) se unen a
PO4 (-) de los nucleótidos

MC Abraham Cruz
 Niveles de compactación de la cromatina
La cromatina es una estructura
dinámica que adapta su estado de
Doble hélice de compactación y empaquetamie nto
DNA para optimizar los procesos de
replicación, transcripción y
Forma de cuentas de collar
de la cromatina reparación del DNA, juega un rol
regulatorio fundamental en
Fibra de nucleosomas la expresión génica.
empaquetados
(Solenoide)

Cromosoma
20 µm

El enrollamiento de la molécula de DNA en

torno al nucleosoma reduce hasta en 6
veces la longitud de la cadena de DNA.
 Modificación química de histonas
• Cambios en la carga de las
histonas
– Acetilación: añade acetil en lisina
– Metilación: añade metilo en
arginina y lisina
– Fosforilación: añade fosfato en
serina e histidina
• Relajación y condensación de
cromatina
• Activación génica

MC Abraham Cruz
MC Abraham Cruz
 Repetitive
DNA

-
Highly
repetitive
Middle
repetitive
1
J
1

Satellite Tandem lnterspersed

DNA repeats retrotransposons
1
1 1 1 1

Multiple Mini- Micro- 1

SINE UNE
copy genes satellites satellites S S
1 1 1 1
•
rRNA Dinucleo-
VNTRs Alu Ll
genes ti des

MC Abraham Cruz
MC Abraham Cruz
DNA satélite
• Posee un coeficiente de
sedimentación diferente al
DNA nuclear
• Heterocromatina asociada a
centrómeros y telómeros
• Estabilidad e integridad de
cromosomas

MC Abraham Cruz
 Repeticiones en tándem
• Minisatélites
– Número variable de repeticiones en tándem (VNTR)
– 10-100 pb
• Microsatélites
– Secuencias simples repetidas (SSR)
– 2-6 pb
• Aplicaciones
– Huella genética
– Análisis forenses
– Variabilidad genética

MC Abraham Cruz
Secuencias transponibles
Transposón
• Copiar y pegar
• Cortar y pegar

Retrotransposón
• Sólo copiar y pegar
• Elementos dispersos cortos (SINE)
– Alu. 200-300 pb. 500,000
repeticiones en GH
• Elementos dispersos largos (LINE)
– L1. 6,400 pb. 100,000
repeticiones en GH

MC Abraham Cruz
MC Abraham Cruz
 Función de secuencias transponibles

• Mecanismo evolutivo
– Pueden brincar dentro de genes existentes, y
convertirse en nuevos exones
• Inserción en 5’ UTR
– Estabilidad del mRNA y eficiencia de traducción

MC Abraham Cruz
ENCODE (Encyclopedia of DNA Elements)

• Objetivo. Delinear todos

los elementos funcionales
codificados en el genoma
humano

• Sept 2012. Publicación

simultánea de 30 artículos

ham Cruz
MC Abra
 Aportaciones de ENCODE
• 80% de lo que se creía DNA basura
tiene actividad biológica
• Al menos 20% está involucrado en
regulación
• 4 millones de interruptores (8% del genoma)
• 20,000 genes codifican para Small
A nuclear RNA
proteínas L ntisense RNA
Mong coding RNA
• 18,000 genes codifican para otros S icroRNA
Rimall interfering RNA
tipos de RNA Tebonuclease
R lomerase
etrotransposon
MC Abraham Cruz