NOMBRE DE LA ESCUELA: INSTITUTO TECNOLOGICO DE CHINA

NOMBRE DE LA MATERIA: ESTRATEGIAS BIOTECNOLOGICAS PARA LA

CONSERVACION.

NOMBRE DEL TRABAJO: PROBLEMATICAS DE LA TRANSCRIPTOMA.

NOMBRE DEL ALUMNO: DIEGO ALFREDO BRITO DOMINGUEZ.

PANTI MAY AMAYRANI
PECH PECH EDWIN
KU CUPUL SANTOS JULIO
RAMIREZ DZUL JEHUDI
PROFESOR: NORMA LAURA RODRIGUEZ AVILA

GRUPO: 7mo. de BIOLOGIA

FECHA: 10/12/18
Problemática:
• El complejo NAD (P) H deshidrogenasa está codificado por 11 genes ndh en
genomas de cloroplastos (cp) de plantas. Sin embargo, los genes ndh están
truncados o eliminados en algunos genomas autotróficos de la orquídea cp de
Epidendroideae. Para determinar el momento evolutivo de las deleciones
genéticas y las ubicaciones genómicas de los diversos genes ndh en las orquídeas,
los genomas cp de Vanilla planifolia, Paphiopedilum armeniacum, Paphiopedilum
niveum, Cypripedium formosanum, Habenaria longidenticulata, Goodyera fumata
y Masdevallia picta estos genomas representan subfamilias de Vanilloideae,
Cypripedioideae, Orchidoideae y Epidendroideae.
Resolucion:
• De acuerdo con los resultados, una base de datos de transcriptomas de células
completas puede proporcionar información útil para la investigación de genes ndh en
genomas de orquídeas. Sin embargo, los datos de transcriptoma deben interpretarse con
precaución por varias razones. En primer lugar, es difícil determinar el genoma de origen
(es decir, nuclear u organelar) a partir de los datos del transcriptoma. En segundo lugar,
las transcripciones identificadas pueden no ser de longitud completa, pueden contener
porciones no traducidas, o pueden no estar correlacionadas con las secuencias
genómicas de cp. En tercer lugar, los perfiles de transcriptoma diferían entre especies
dentro de una subfamilia. Por ejemplo, en las Cypripedioideae, todos los 11 genes ndh se
identificaron en Cypripedium pero solo 7 se identificaron en Paphiopedilum. Cuarto, los
materiales de origen (raíces, diferentes etapas de las hojas, etc.) también influyen en un
perfil de transcripción. Aunque algunos de los datos del transcriptoma no mostraron
genes ndh completos, esto no significa necesariamente que estos genes se hayan
perdido o truncado por estas especies. Debido a estos caprichos, los resultados
deducidos de los transcriptomas deben confirmarse mediante secuenciación dirigida del
ADN genómico.
Probletamitca:
• Las vainas de la orquídea de vainilla (Vanilla planifolia) acumulan grandes
cantidades del compuesto de sabor vainilla (3-metoxi, 4-hidroxi-benzaldehído)
como glucósido durante las últimas etapas de su desarrollo. En etapas anteriores,
las semillas en desarrollo dentro de la vaina sintetizan un nuevo polímero de
lignina, catequinil (C) lignina, en abrigos herederos. Los recursos genómicos para
determinar las rutas biosintéticas de estos compuestos y otros componentes del
sabor en V. planifolia son actualmente limitados.
• Usando tecnologías de secuenciación de próxima generación, se generaron
conjuntos de datos de secuencias genéticas muy grandes a partir de vainas de
vainilla en diferentes momentos de desarrollo, y representando diferentes tipos
de tejidos, incluyendo semillas, pelos, placentarios y tejidos de mesocarpio. Esta
serie de desarrollo se eligió como la más informativa para el interrogatorio de las
vías de biosíntesis de vainillina y C-lignina en la vaina y la semilla,
respectivamente. Las plataformas 454 / Illumina RNA-seq combinadas brindan
cobertura de secuencia profunda y ensamblaje de transcriptos de novo de alta
calidad para esta especie de cultivo no modelo.
Problemática:
• Como las diferentes clases funcionales de los genes MADS-box son miembros de
distintos clados, el estudio de la expresión y función de los genes en el contexto
comparativo de su filogenia ha sido importante para probar hipótesis sobre la
evolución de la morfología de las flores.
Solucion:
• Según los datos sugieren una hipótesis revisada donde los niveles
altos de clado-1 y -2, y los niveles bajos de clado-3 y -4, en la
expresión del gen especifican tepalos laterales internos, mientras que
el desarrollo del labelo requiere niveles bajos de expresión y clade-1 y
-2. y Altos niveles de expresión clade-3 y -4.
Problemática:
• En el articulo detalla como problemática, la infestación de Fusarium
oxysporum, ocasionando pudrición en tallos y raíces de las plantas,
ocasionando una baja en la producción de la vainilla.
Solucion:
• Identificaron diferentes cepas de Fusarium, y confirmaron que estos
afectaban a diferentes rutas metabólicas de la Vanilla.